요지

선박 매각손실이 발생한 경우에도 매각대금으로 새로운 선박을 대체취득한 경우 톤세적용 전 기간분에 대한 매각손실의 80%는 해운소득으로 봄

답변내용

조세특례제한법 제104조의10 제1항의 규정에 의한 해운기업이 같은 조 같은 항의 규정에 의한 해운기업의 과세표준 계산 특례의 적용 이전부터 소유하고 있던 선박을 매각하여 매각손실이 발생한 경우 같은법 시행령 제104조의7 제2항 제2호 마목 2)의 계산식에 따라 계산한 금액은 해운소득으로 보는 것임

1. 사실관계

 ○질의법인은 외항운송사업을 영위하는 해운기업으로 2021년부터 ｢조세특례제한법｣제104조의10에 따른 해운기업에 대한 법인세 과세표준 계산특례(이하 ⁠“톤세”)를 적용하고 있음

 ○질의법인은 2009년 10월에 취득한 선박을 2023년 4월에 매각하였으며, 해당 선박 매각에 따른 매각손실이 발생함

2. 질의요지

 ○선박 매각대금으로 새로운 선박을 취득하는 경우 톤세적용 전 기간분 매각손실의 80%를 해운소득으로 보아야 하는지 여부

3. 관련 법령

○조세특례제한법 제104조의10 【해운기업에 대한 법인세 과세표준 계산 특례】

①내국법인 중 ⁠「해운법」상 외항운송사업의 경영 등 대통령령으로 정하는 요건을 갖춘 해운기업(이하 이 조에서 "해운기업"이라 한다)의 법인세과세표준은 2024년 12월 31일까지 다음 각 호에 따라 계산한 금액을 합한 금액으로 할 수 있다.

 1. 외항운송 활동과 관련된 대통령령으로 정하는 소득(이하 이 조에서 "해운소득"이라 한다)에 대해서는 「법인세법」 제13조부터 제54조까지의 규정에도 불구하고 선박별로 다음 계산식을 적용하여 계산한 개별선박표준이익의 합계액(이하 이 조에서 "선박표준이익"이라 한다)

 　개별선박표준이익 ＝ 개별선박순톤수 × 톤당 1운항일 이익 × 운항일수 × 사용률

 2. 해운소득 외의 소득(이하 이 조에서 "비해운소득"이라 한다)에 대해서는 「법인세법」 제13조부터 제54조까지의 규정에 따라 계산한 금액

②제1항에 따른 해운기업의 과세표준 계산의 특례(이하 이 조에서 "과세표준계산특례"라 한다)를 적용받으려는 법인은 대통령령으로 정하는 바에 따라 과세표준계산특례 적용을 신청하여야 하며, 과세표준계산특례를 적용받으려는 사업연도부터 연속하여 5개 사업연도(이하 "과세표준계산특례적용기간"이라 한다) 동안 과세표준계산특례를 적용받아야 한다. 다만, 과세표준계산특례를 적용받고 있는 해운기업은 2017년 12월 31일이 속하는 사업연도까지 대통령령으로 정하는 바에 따라 과세표준계산특례의 적용을 포기할 수 있다.

③ 제1항을 적용할 때 비해운소득에서 발생한 결손금은 선박표준이익과 합산하지 아니하며, 해운소득에 대해서는 이 법, 「국세기본법」 및 조약과 제3조제1항 각 호에 규정된 법률에 따른 비과세, 세액면제, 세액감면, 세액공제 또는 소득공제 등의 조세특례를 적용하지 아니한다.

   (중략)

⑧ 제1항을 적용할 때 톤당 1운항일 이익은 선박톤수, 해운기업의 운항소득, 법인세 납부 실적 및 외국의 운영 사례 등을 고려하여 톤당 30원을 초과하지 아니하는 범위에서 대통령령으로 정한다.

⑨운항일수, 사용률 등 개별선박표준이익의 계산, 과세표준계산특례를 적용받지 아니하고 ⁠「법인세법」을 적용받게 되는 경우 각 사업연도 소득의 계산방법, 구분경리 방법 등 과세표준계산특례 적용에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

○조세특례제한법 시행령 제104조의7 【해운기업에 대한 법인세 과세표준 계산특례】(현행)

①법 제104조의10제1항 각 호 외의 부분에서 "「해운법」상 외항운송사업의 영위 등 대통령령으로 정하는 요건을 갖춘 해운기업"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사업을 영위하는 기업으로서 해당 기업이 용선(다른 해운기업이 기획재정부령으로 정하는 공동운항에 투입한 선박을 사용하는 경우를 포함한다. 이하 이 조에서 같다)한 선박의 연간운항순톤수(선박의 순톤수에 연간운항일수와 사용률을 곱하여 계산한 톤수를 말한다. 이하 이 조에서 같다)의 합계가 해당 기업이 소유한 선박 등 기획재정부령으로 정하는 기준선박의 연간운항순톤수의 합계의 5배를 초과하지 아니하는 기업을 말한다.

 1. 「해운법」 제3조에 따른 외항정기여객운송사업 또는 외항부정기여객운송사업

 2. 「해운법」 제23조에 따른 외항정기화물운송사업 또는 외항부정기화물운송사업. 수산물운송사업을 제외한다.

 3. 「크루즈산업의 육성 및 지원에 관한 법률」 제2조제4호에 따른 국제순항 크루즈선 운항사업

②법 제104조의10제1항제1호에서 "외항운송 활동과 관련된 대통령령으로 정하는 소득"이란 제1호 또는 제2호에 해당하는 활동으로 발생한 소득과 제3호에 해당하는 소득(이하 이 조에서 "해운소득"이라 한다)을 말한다.

 1. 외항해상운송활동(외항해상운송에 사용하기 위한 「해운법」 제2조제4호에 따른 용대선(傭貸船)을 포함한다. 이하 이 조에서 같다)

 2. 외항해상운송활동과 연계된 활동으로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 활동

  가. 화물의 유치ㆍ선적ㆍ하역ㆍ유지 및 관리와 관련된 활동

  나. 외항해상운송활동을 위하여 필요한 시설의 임대차와 관련된 활동으로서 기획재정부령이 정하는 활동

  다. 직원의 모집ㆍ교육 및 훈련과 관련된 활동

  라. 선박의 취득ㆍ유지ㆍ관리 및 폐기와 관련된 활동

  마. 선박의 매각과 관련된 활동. 다만, 법 제104조의10제1항에 따른 해운기업의 과세표준계산의 특례(이하 이 조에서 "과세표준계산특례"라고 한다)의 적용 이전부터 소유하고 있던 선박을 매각하는 경우에는 1)의 계산식에 따라 계산한 금액(이하 이 목에서 "특례적용전 기간분"이라 한다)은 비해운소득으로 하되, 그 매각대금으로 해당 선박의 매각일이 속하는 사업연도의 종료일까지 새로운 선박을 취득하는 경우에는 2)의 계산식에 따라 계산한 금액에 상당하는 금액은 해운소득으로 한다.

   1)

   2)

   (중략)

⑨특례적용기업은 해운소득과 비해운소득을 각각 별개의 회계로 구분하여 경리하여야 하고, 해운소득과 비해운소득에 공통되는 익금과 손금은 기획재정부령으로 정하는 방법에 따라 안분하여 계산한다.

○조세특례제한법 시행령 제104조의7 【해운기업에 대한 법인세 과세표준 계산특례】(2009.02.04., 대통령령 제21307호로 개정되기 전)

   (중략)

②법 제104조의10제1항제1호에서 "외항운송활동과 관련된 대통령령이 정하는 소득"이라 함은 제1호 또는 제2호에 해당하는 활동으로 발생한 소득과 제3호에 해당하는 소득(이하 이 조 및 제104조의8에서 "해운소득"이라 한다)을 말한다

      (중략)

  마.선박의 매각. 다만, 법 제104조의10제1항의 규정에 의한 해운기업의 과세표준계산의 특례(이하 이 조 및 제104조의8에서 "과세표준계산특례"라고 한다)의 적용 이전부터 소유하고 있던 선박의 매각손익은 과세표준계산특례의 적용기간과 ⁠「법인세법」의 적용기간별로 안분하여 그 비율에 따라 각각 해운소득과 비해운소득으로 한다.

      (이하 생략)

○조세특례제한법 시행령 제104조의7 【해운기업에 대한 법인세 과세표준 계산특례】(2009.02.04., 대통령령 제21307호로 개정된 것)

   (중략)

②법 제104조의10제1항제1호에서 "외항운송활동과 관련된 대통령령이 정하는 소득"이라 함은 제1호 또는 제2호에 해당하는 활동으로 발생한 소득과 제3호에 해당하는 소득(이하 이 조 및 제104조의8에서 "해운소득"이라 한다)을 말한다

    (중략)

  마. 선박의 매각. 다만, 법 제104조의10제1항에 따른 해운기업의 과세표준계산의 특례(이하 이 조에서 "과세표준계산특례"라고 한다)의 적용 이전부터 소유하고 있던 선박을 매각하는 경우에는 그 매각손익에 해당 선박의 총 소유기간 중 과세표준계산특례가 적용되기 전의 기간이 차지하는 비율을 곱하여 계산한 금액(이하 이 목에서 "특례적용전 기간분"이라 한다)은 비해운소득으로 하되, 그 매각대금으로 해당 선박의 매각일이 속하는 사업연도의 종료일까지 새로운 선박을 취득하는 경우에는 특례적용전 기간분에 해당 선박의 매각대금 중 새로운 선박의 취득에 사용된 매각대금이 차지하는 비율을 곱하여 계산한 금액의 100분의 20에 상당하는 금액만 비해운소득으로 한다.

      (이하생략)

○조세특례제한법 시행령 제104조의7 【해운기업에 대한 법인세 과세표준 계산특례】(2010.02.18., 대통령령 제22037호로 개정된 것)

   (중략)

  마. 선박의 매각. 다만, 법 제104조의10제1항에 따른 해운기업의 과세표준계산의 특례(이하 이 조에서 "과세표준계산특례"라고 한다)의 적용 이전부터 소유하고 있던 선박을 매각하는 경우에는 그 매각손익에 해당 선박의 총 소유기간 중 과세표준계산특례가 적용되기 전의 기간이 차지하는 비율을 곱하여 계산한 금액(이하 이 목에서 "특례적용전 기간분"이라 한다)은 비해운소득으로 하되, 그 매각대금으로 해당 선박의 매각일이 속하는 사업연도의 종료일까지 새로운 선박을 취득하는 경우에는 특례적용전 기간분에 해당 선박의 매각대금 중 새로운 선박의 취득에 사용된 매각대금이 차지하는 비율을 곱하여 계산한 금액의 100분의 80에 상당하는 금액은 해운소득으로 한다.

      (이하 생략)

○조세특례제한법 제23조【국제선박 양도차익의 손금산입】(2008.12.26., 법률 제9272호로 개정되기 전의 것)

①내국법인이 당해 사업에 직접 사용하던 선박(「국제선박등록법」에 의하여 登錄한 船舶을 말한다. 이하 이 條에서 같다)을 2008년 12월 31일까지 양도하고 그 양도대금으로 당해 선박의 양도일이 속하는 사업연도의 종료일까지 새로운 선박을 취득하는 경우에는 새로운 선박의 취득에 사용된 양도차익의 100분의 80에 상당하는 금액은 당해 사업연도의 소득금액계산에 있어서 대통령령이 정하는 바에 따라 이를 손금에 산입하여 과세를 이연받을 수 있다.

   (이하생략)

출처 : 국세청 2024. 05. 31. 사전-2024-법규법인-0144 | 국세법령정보시스템