요지
지방공사의 책임과 계산으로 환경기초시설 등을 운영 및 유지·관리하면서 지방자치단체로부터 지급받는 대행사업비 전액이 용역의 공급대가에 해당하나, 지방자치단체의 책임과 계산으로 해당 시설을 운영 및 유지·관리하면서 지방공사가 단순히 그 지출만을 대행하고 받는 금액은 용역의 공급대가에 해당하지 아니하는 것임
회신
귀 서면질의의 경우, 지방공사가 자기의 책임과 계산으로 환경기초시설, 하수관거, 문화스포츠관련시설 등의 운영 및 유지․관리용역을 제공하면서 지방자치단체로부터 정산하여 지급받는 「지방공기업법」제71조에 따른 대행사업비 및 대행수수료는 「부가가치세법」제11조에 따른 용역의 공급대가에 해당하므로 해당 대가 전액을 부가가치세 공급가액에 포함하는 것이나,
지방자치단체의 책임과 계산으로 해당 시설을 운영 및 유지․관리하면서 지방공사는 단순히 그 지출만을 대행하고 거래 상대방으로부터 세금계산서에 공급받는 자를 지방자치단체장으로 기재하거나 「부가가치세법 시행령」제69조에 따라 세금계산서를 수수한 경우에는 지방자치단체로부터 받는 대행사업비 및 대행수수료에서 해당 세금계산서의 공급가액을 제외한 가액을 지방공사의 부가가치세 공급가액으로 하는 것입니다.
다만, 귀 질의의 경우 단순히 지출만을 대행한 것인지 여부는 거래형태, 계약관계 등 사실관계를 종합적으로 판단하여 결정할 사항입니다.
1. 사실관계
○ ★★도시관리공사(이하 “당사”이라 함)는 ★★시에서 100% 출자하여 「지방공기업법」에 따라 설립된 지방공사로 ★★시와 다음과 같은 위․수탁사업에 대하여 계약을 체결하고 매년 대행사업비를 지급받고 있음
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※ 위․수탁 사업
1. 환경기초시설 위탁사업
- 수도권 시민의 식수원인 팔당호의 수질보전을 위하여 현재 12개의 하수처리장과 분뇨처리장, 축산폐수처리장과 하수슬러지소각장, 마을 하수도시설 위탁운영
2. 하수관거 유지관리 위탁사업
- 환경기초시설과 연계된 시설로서 하수처리업무의 일원화로 관로의 보수, 유지관리업무 위탁운영
3. 주차장관리 위탁사업
- 주차수요 해소 및 도시의 교통을 원활히 하기 위하여 4개의 주차장 관리업무 위탁대행
4. 종량제 쓰레기 봉투 판매 위탁사업
- 종량제 쓰레기 봉투의 원활한 공급을 위하여 쓰레기 봉투 소매점에 대한 판매를 위탁대행
5. 도로공사 위탁사업
- ★★시가 발주한 도로공사에 대해서 토지보상 및 공사감독업무를 위탁받아 대행
6. 문화스포츠센타운영사업
- ★★시의 문화스포츠관련시설에 관한 유지․관리업무 위탁대행 |
○ 당사는 ★★시로부터 상기 5개 위탁사업(도로공사 위탁사업 대행용역은 없음)에 대하여 매년 또는 2～3년 단위로 위탁계약을 체결하고
- 매년 단가협의서 작성을 한 후 대행사업비를 지급받고 있으며 연말 정산을 통해 ★★시로부터 지급받은 대행사업비 중 미집행 금원은 다시 ★★시로 반환하고 있음
○ 당사는 매 회계연도의 사업계획과 모든 수입 및 지출을 예산에 편성하여 이사회의 의결을 거쳐 ★★시장에게 확정보고를 하여 집행하고 있으며
- 「지방공기업법」 및 행정안전부의 지방공기업결산지침에 따라 사업연도 종료 후 2월 이내에 결산을 완료하고, 공인회계사의 감사보고서를 첨부하여 ★★시장에게 보고하여 승인을 얻고 있음
○ ★★시는 당사와의 위수탁계약에 대한 대행사업비에 대한 예산편성을 아래와 같이 하여 매년 당사와 단가 계약을 체결하고 있으며, 2013 사업연도 환경기초시설 위탁관리비의 단가계약은 아래와 같음
※ 환경기초시설 위탁관리비 비목별 내역
(단위: 천원)
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구 분 |
계약금액 |
비고 |
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환경기초시설 |
노무비 |
6,317,244 |
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경비 |
5,265,487 |
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슬러지 |
슬러지처리비 |
3,773,201 |
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총원가 |
15,355,934 |
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대행수수료 |
767,796 |
총원가의 5% |
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부가가치세 |
76,779 |
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합 계 |
16,200,510 |
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○ 당사에서 관리하고 있는 폐수, 하수처리시설은 모두 ★★시 소유이고,
- ★★시의 책임과 계산으로 시민들에게 ★★시명의로 수도료를 징수하고, 폐수, 하수처리에 대한 공공시설을 운영하면서 관련 운영관리에 대해서만 당사와 위탁계약을 체결
- 환경기초시설에 대한 민원은 ★★시에서 담당
○ 종량제 쓰레기 봉투 판매 위탁사업, 문화스포츠센타 운영사업 또한 내용이 동일하며
- 관련 수입은 당사가 소비자에게 사용료를 징수하고 ★★시의 세입계좌로 전액 송금, ★★시의 책임과 명의로 수익에 대한 세금계산서, 현금영수증 등을 발행하여 주고 있음
○ 당사는 위․수탁 대행사업비 총액에 대하여 ★★시로부터 지급을 받고 있으며 위수탁계약 제7조에 따라 대행사업 집행과 관련하여 당사가 직접 대금을 지급하였으나
- 공급받는자가 ★★시로 되어있는 매입세금계산서는 대부분 전력비 등 공공요금과 시설물에 대한 수선비 등으로 모든 시설의 소유자는 ★★시로 당사의 소유로 된 자산이 아니기때문이며
- 당사의 책임과 계산으로 집행한 부분은 당사를 공급받는자로 하여 매입세금계산서를 수취하였음
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※ 위․수탁 계약서
제7조(비용부담)
① 위․수탁업무 수행에 소요되는 모든 비용은 “을(★★도시관리공사)”이 부담하되, 「지방공기업법」제26조 및 「법인세법 시행령」제31조의 규정에 의한 자본적지출에 해당하는 다음 각호의 비용은 “갑(★★시)”이 부담하며 시행은 “을”로 하여금 하게 할 수 있다.
1. 위탁자산의 가치를 증진시키거나 내구연수를 증가시키는 시설공사 또는 대규모 개보수 공사 중 300만원을 초과하는 비용(단, 하수관거 제외)
2. 실험장비 등 고정자산의 취득(단, 원가에 반영된 것은 제외)
3. 천재지변에 의한 긴급한 시설보완 및 피해복구에 소요되는 비용
4. 환경기술개발 및 지원에 관한 법률 제13조에 의한 기술진단수수료
5. 화재 및 풍수해보험표
6. 기타 전력비, 슬러지처리비 등“갑”이 인정하는 비용 |
○ ★★시는 수취한 매입세액에 대하여 불공제매입세액으로 부가가치세 신고하였으며 상기의 매입과 관련하여 공제받은 내역은 없으며
- 당사는 대행사업비 전액을 법인세 수입금액으로 집행한 원가(노무비, 경비 등) 전체에 대하여 손금으로 법인세 신고를 하였음
2. 질의내용
○ 지방자치단체명의로 수취한 세금계산서 금액을 지방공사의 공급가액에서 제외할 수 있는지 여부
3. 관련법령
○ 부가가치세법 제11조 【용역의 공급】
① 용역의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 따른 것으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것으로 한다.
1. 역무를 제공하는 것
2. 시설물, 권리 등 재화를 사용하게 하는 것
○ 부가가치세법 제16조 【용역의 공급시기】
① 용역이 공급되는 시기는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 때로 한다.
1. 역무의 제공이 완료되는 때
2. 시설물, 권리 등 재화가 사용되는 때
○ 부가가치세법 제26조 【재화 또는 용역의 공급에 대한 면세】
① 다음 각 호의 재화 또는 용역의 공급에 대하여는 부가가치세를 면제한다.
18. 종교, 자선, 학술, 구호(救護), 그 밖의 공익을 목적으로 하는 단체가 공급하는 재화 또는 용역으로서 대통령령으로 정하는 것
19. 국가, 지방자치단체 또는 지방자치단체조합이 공급하는 재화 또는 용역으로서 대통령령으로 정하는 것
○ 부가가치세법 제29조 【과세표준】
① 재화 또는 용역의 공급에 대한 부가가치세의 과세표준은 해당 과세기간에 공급한 재화 또는 용역의 공급가액을 합한 금액으로 한다.
② 재화의 수입에 대한 부가가치세의 과세표준은 그 재화에 대한 관세의 과세가격과 관세, 개별소비세, 주세, 교육세, 농어촌특별세 및 교통ㆍ에너지ㆍ환경세를 합한 금액으로 한다.
③ 제1항의 공급가액은 다음 각 호의 가액을 말한다. 이 경우 대금, 요금, 수수료, 그 밖에 어떤 명목이든 상관없이 재화 또는 용역을 공급받는 자로부터 받는 금전적 가치 있는 모든 것을 포함하되, 부가가치세는 포함하지 아니한다.
1. 금전으로 대가를 받는 경우: 그 대가. 다만, 그 대가를 외국통화나 그 밖의 외국환으로 받은 경우에는 대통령령으로 정한 바에 따라 환산한 가액
○ 부가가치세법 제38조 【공제하는 매입세액】
① 매출세액에서 공제하는 매입세액은 다음 각 호의 금액을 말한다.
1. 사업자가 자기의 사업을 위하여 사용하였거나 사용할 목적으로 공급받은 재화 또는 용역에 대한 부가가치세액(제52조제4항에 따라 납부한 부가가치세액을 포함한다)
2. 사업자가 자기의 사업을 위하여 사용하였거나 사용할 목적으로 수입하는 재화의 수입에 대한 부가가치세액
② 제1항제1호에 따른 매입세액은 재화 또는 용역을 공급받는 시기가 속하는 과세기간의 매출세액에서 공제한다.
○ 부가가치세법 시행령 제46조 【국가, 지방자치단체 또는 지방자치단체조합이 공급하는 재화 또는 용역으로서 면세하는 것의 범위】
법 제26조제1항제19호에 따른 국가, 지방자치단체 또는 지방자치단체조합이 공급하는 재화 또는 용역은 다음 각 호의 재화 또는 용역을 제외한 것으로 한다.
1. 「우정사업 운영에 관한 특례법」에 따른 우정사업조직이 「우편법」 제15조제1항에 따른 선택적 우편역무 중 소포우편물을 방문접수하여 배달하는 용역
2. 「철도건설법」에 따른 고속철도에 의한 여객운송용역
3. 부동산임대업, 도매 및 소매업, 음식점업·숙박업, 골프장 및 스키장 운영업, 기타 스포츠시설 운영업. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우는 제외한다.
○ 조세특례제한법 제106조 【부가가치세의 면제 등】
① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 재화 또는 용역의 공급에 대해서는 부가가치세를 면제한다. 이 경우 제1호부터 제3호까지, 제4호의5 및 제9호는 2018년 12월 31일까지 공급한 것에만 적용하고, 제4호의2, 제5호, 제9호의2, 제9호의3, 제11호 및 제12호는 2017년 12월 31일까지 공급한 것에만 적용하며, 제8호 및 제8호의2는 2014년 12월 31일까지 실시협약이 체결된 것에만 적용한다.
6. 대통령령으로 정하는 정부업무를 대행하는 단체가 공급하는 재화 또는 용역으로서 대통령령으로 정하는 것
○ 지방공기업법 제49조 【설립】
① 지방자치단체는 제2조에 따른 사업을 효율적으로 수행하기 위하여 필요한 경우에는 지방공사(이하 "공사"라 한다)를 설립할 수 있다. 이 경우 공사를 설립하기 전에 특별시장, 광역시장, 특별자치시장, 도지사 및 특별자치도지사(이하 "시ㆍ도지사"라 한다)는 행정자치부장관과, 시장ㆍ군수ㆍ구청장(자치구의 구청장을 말한다)은 관할 특별시장ㆍ광역시장 및 도지사와 협의하여야 한다.
② 지방자치단체는 공사를 설립하는 경우 그 설립, 업무 및 운영에 관한 기본적인 사항을 조례로 정하여야 한다.
③ 지방자치단체는 공사를 설립하는 경우 대통령령으로 정하는 바에 따라 주민복리 및 지역경제에 미치는 효과, 사업성 등 지방공기업으로서의 타당성을 미리 검토하고 그 결과를 공개하여야 한다.
○ 지방공기업법 제71조 【대행사업의 비용 부담】
① 공사는 국가 또는 지방자치단체의 사업을 대행할 수 있으며, 이 경우에 필요한 비용은 국가 또는 지방자치단체가 부담한다.
② 제1항에 따른 비용의 부담에 필요한 사항은 대통령령으로 정하는 사항을 제외하고는 조례로 정한다.
출처 :
국세청 2016. 02. 18. 서면-2016-법령해석부가-2814[법령해석과-490] | 국세법령정보시스템
