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합병 시 이월결손금 공제와 구분경리 방법

서면-2016-법인-4675[법인세과-2840]  ·  2016. 11. 09.
질의 및 요약

Q질의내용

  • 합병 시 동일사업을 영위하지 않는 법인 간 이월결손금의 공제 방법과 구분경리 방법은 어떻게 되나요?

S요약

합병당사 법인들 간에 동일사업을 영위하지 않을 경우, 합병법인은 피합병법인으로부터 승계받은 사업에 속하는 이월결손금그 외 사업에 속하는 금액을 각기 다른 회계로 구분해 기록해야 합니다. 내부거래 등은 독립사업자 간 시가로 평가하며, 동일사업의 판정은 주로 한국표준산업분류 세세분류에 따릅니다.
#합병 #이월결손금 #구분경리 #법인세법 #동일사업 #내부거래
핵심 정리

R회신 내용 서면-2016-법인-4675[법인세과-2840]  ·  2016. 11. 09.

  • 국세청 서면-2016-법인-4675[법인세과-2840](2016.11.09) 회신 기준
  • 합병 당사 법인 간 동일사업을 영위하지 않는 경우, 합병법인은 피합병법인에서 승계받은 사업과 기타 사업을 별도 회계로 구분경리해야 함을 밝힙니다.
  • 동일사업의 판단은 실질적으로 동일한 사업 영위 여부 및 한국표준산업분류 세세분류에 따릅니다. 동일사업이 아니면 구분경리 의무가 부과됩니다.
  • 구분경리 시 자산·부채·손익은 사업별, 자금원천별, 발생원천별로 안분 계산하며, 내부거래물(반제품 등)은 독립사업자 간 시가로 평가합니다.
  • 만약 회계를 구분하지 아니할 수 있는 예외에 해당하는 경우(동일사업)에는 사업용 고정자산가액 비율로 안분계산하여 이월결손금을 공제할 수 있습니다.
  • 피합병법인으로부터 승계받은 결손금은 해당 사업에서 발생한 소득금액 범위 내에서만 공제 가능하며, 기타 사업과 통산하지 않습니다.

L관련 법령 해석

  • 법인세법 제45조: 합병 시 이월결손금 등 공제 제한, 피합병법인에서 발생한 소득금액 범위 내 공제
  • 법인세법 제113조: 합병 시 피합병법인 사업과 그 밖의 사업 회계를 각각 구분경리 의무, 동일사업 합병은 예외
  • 법인세법 시행령 제156조: 동일사업 판정은 원칙적으로 한국표준산업분류 세세분류에 따름, 고정자산가액 70% 이상이어야 동일사업
  • 법인세법 시행규칙 제77조: 구분경리 구체적 방법 및 공통손익의 안분규정
  • 법인세법 시행규칙 제75조: 구분경리 시 각각 독립된 계정과목별 구분기장, 공통익금·손금은 예외
사례 Q&A
1. 합병 시 동일사업 아닌 법인의 이월결손금 공제 방법은?
답변
합병법인은 각 피합병법인에서 승계받은 사업별로 이월결손금을 각각 구분경리 하여 해당 사업 부문에서 발생한 소득금액 범위 내에서만 공제할 수 있습니다.
근거
법인세법 제45조, 제113조 및 시행령 제156조에서는 동일사업이 아니면 승계결손금의 사업별 소득금액 범위 분리와 구분경리, 기준 및 방법을 명확히 규정합니다.
2. 합병 후 사업 간 내부거래 시 반제품 가격 산정 기준은?
답변
승계사업장과 기타사업장 간 반제품 등 내부거래가 있는 경우, 독립된 사업자 사이의 시가를 기준으로 반영하게 됩니다.
근거
국세청 서이46012-11445(2003.8.1) 및 법인세법 시행규칙 제77조에 근거해 시가 기준 평가를 명시하고 있습니다.
3. 동일사업 판정 기준은 무엇에 따르나요?
답변
동일사업인지는 실질적 사업내용과 한국표준산업분류 세세분류를 기준으로 판정하며, 고정자산가액 비율이 70%를 초과해야 동일사업으로 볼 수 있습니다.
근거
법인세법 시행령 제156조 제2항에 따라 동일사업 여부는 산업분류와 고정자산가액 기준을 충족해야 합니다.

* 중앙부처 1차 해석은 부처에서 해석한 내용을 수집·제공하는 공공데이터로, 현재 기준과 다를 수 있습니다. 구체적 사안은 소관 부처에 확인하거나 전문가 상담을 권장합니다.

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유권해석 전문

요지

합병당사법인간에 동일사업을 영위하지 아니하는 경우 합병법인이 피합병법인으로부터 이월결손금을 승계함에 있어 각 피합병법인으로부터 승계받은 사업에 속하는 것과 그 밖의 사업에 속하는 것을 각각 다른 회계로 구분하여 기록하여야 하는 것임

회신

귀 질의의 경우 아래 회신사례를 참고하시기 바랍니다.
○ 법인세과-840(2011.10.28.)
내국법인이 2개 이상의 다른 내국법인을 합병함에 있어 합병당사법인간에「법인세법 시행령」제156조제2항에 따른 동일사업을 영위하지 아니하는 경우 합병법인이 피합병법인으로부터 이월결손금을 승계함에 있어 각 피합병법인으로부터 승계받은 사업에 속하는 것과 그 밖의 사업에 속하는 것을 각각 다른 회계로 구분하여 기록하여야 하는 것임
○ 서면-2015-법인-0275(2015.8.12.)
질의1) 동일사업을 하는 법인 간에 합병하는 경우「법인세법」제113조 제3항에 따라 회계를 구분하여 기록하지 아니할 수 있는 것이나, 동일사업을 영위하는 법인의 판정은 실질적으로 동일한 사업을 영위하는 것으로서 같은 법 시행규칙 제75조의2에서 정하는 경우 외에는 같은 법 시행령 제156조제2항에 따라 한국표준산업분류에 따른 세세분류에 따르는 것으로 귀 질의의 경우는 동일사업을 하는 법인 간에 합병으로 볼 수 없는 것입니다.
질의2) 귀 질의의 경우 아래 회신사례를 참고하시기 바랍니다.
* 서이46012-11445, 2003.8.1.
합병법인이「법인세법시행규칙」제77조 제2항의 규정에 의하여 피합병법인으로부터 승계받은 사업장과 기타의 사업장별로 손익 등을 구분경리함에 있어서 동항 제2호 및 같은법시행규칙 제76조 제6항 및 제7항의 규정을 준용하여 수입금액 또는 매출액에 따른 안분계산방법에 의하여 구분경리하는 경우에 피합병법인으로부터 승계받은 사업장에서 기타의 사업장으로 대체되는 반제품 등의 가격은 독립된 사업자간에 통상의 거래조건에 따라 매매할 경우 적용하는 시가에 의한다.

1. 사실관계

 ○ 질의법인은 중견기업으로 분류되어 외국인 근로자의 고용이 제한됨에 따라 20xx.x.xx. 직원 등을 이전하여 OO업 등을 영위하는 100% 자회사 A법인을 설립하였으나,

  - 201x.x.x. 경영합리화를 위하여 A법인을 합병한 후 승계한 피합병법인의 직원을 기존에 인력공급받아 수행한 업무에 그대로 배치하여 운영하였음

 ○ 질의법인은 적격합병 과세특례를 신청하고, 합병등기일 현재 피합병법인의 이월결손금 xx억원을 승계하였음

2. 질의내용

 ○ 합병으로 승계받은 이월결손금의 공제 방법

  - 구분경리 대상 여부 및 내부거래에 대한 구분경리 방법

3. 관련법령

법인세법 제44조【합병 시 피합병법인에 대한 과세】

 ② 제1항을 적용할 때 다음 각 호의 요건을 모두 갖춘 합병의 경우에는 제1항제1호의 가액을 피합병법인의 합병등기일 현재의 순자산 장부가액으로 보아 양도손익이 없는 것으로 할 수 있다. 다만, 대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있는 경우에는 제2호 또는 제3호의 요건을 갖추지 못한 경우에도 대통령령으로 정하는 바에 따라 양도손익이 없는 것으로 할 수 있다.

 ③ 내국법인이 발행주식총수 또는 출자총액을 소유하고 있는 다른 법인을 합병하거나 그 다른 법인에 합병되는 경우에는 제2항에도 불구하고 양도손익이 없는 것으로 할 수 있다.

법인세법 제44조의3【적격 합병 시 합병법인에 대한 과세특례】

 ① 제44조제2항 또는 제3항에 따라 양도손익이 없는 것으로 한 경우 합병법인은 제44조의2에도 불구하고 피합병법인의 자산을 장부가액으로 양도받은 것으로 한다. 이 경우 장부가액과 제44조의2제1항에 따른 시가와의 차액을 대통령령으로 정하는 바에 따라 자산별로 계상하여야 한다.

 ② 합병법인은 제1항에 따라 피합병법인의 자산을 장부가액으로 양도받은 경우 피합병법인의 합병등기일 현재의 제13조제1호의 결손금과 피합병법인이 각 사업연도의 소득금액 및 과세표준을 계산할 때 익금 또는 손금에 산입하거나 산입하지 아니한 금액, 그 밖의 자산ㆍ부채 및 제59조에 따른 감면ㆍ세액공제 등을 대통령령으로 정하는 바에 따라 승계한다.

법인세법 제45조【합병 시 이월결손금 등 공제 제한】

 ① 합병법인의 합병등기일 현재 제13조제1호의 결손금은 합병법인의 각 사업연도의 과세표준을 계산할 때 피합병법인으로부터 승계받은 사업에서 발생한 소득금액[제113조제3항 단서에 해당되어 회계를 구분하여 기록하지 아니한 경우에는 그 소득금액을 대통령령으로 정하는 자산가액 비율로 안분계산(按分計算)한 금액으로 한다. 이하 이 조에서 같다]의 범위에서는 공제하지 아니한다.

 ② 제44조의3제2항에 따라 합병법인이 승계한 피합병법인의 결손금은 피합병법인으로부터 승계받은 사업에서 발생한 소득금액의 범위에서 합병법인의 각 사업연도의 과세표준을 계산할 때 공제한다.

 ⑤ 제1항부터 제4항까지의 규정에 따른 각 사업연도의 과세표준을 계산할 때 공제하는 결손금의 계산, 양도받은 자산의 처분손실 손금산입, 승계받은 사업에서 발생하는 소득금액에 해당하는 법인세액의 계산 등에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

법인세법 시행령 제81조【합병에 따른 이월결손금 등의 승계】

 ② 법 제45조제2항에 따라 합병법인이 각 사업연도의 과세표준을 계산할 때 승계하여 공제하는 결손금은 합병등기일 현재의 피합병법인의 법 제13조제1호에 따른 결손금(합병등기일을 사업연도의 개시일로 보아 계산한 금액을 말한다)으로 하되, 합병등기일이 속하는 사업연도의 다음 사업연도부터는 매년 순차적으로 1년이 지난 것으로 보아 계산한 금액(이하 이 조에서 "승계결손금의 범위액"이라 한다)으로 한다.

법인세법 제113조【구분경리】

 ③ 다른 내국법인을 합병하는 법인은 다음 각 호의 구분에 따른 기간 동안 자산ㆍ부채 및 손익을 피합병법인으로부터 승계받은 사업에 속하는 것과 그 밖의 사업에 속하는 것을 각각 다른 회계로 구분하여 기록하여야 한다. 다만, 제25조제1항제1호의 중소기업 간 또는 동일사업을 하는 법인 간에 합병하는 경우에는 회계를 구분하여 기록하지 아니할 수 있다.

  1. 합병등기일 현재 제13조제1호의 결손금이 있는 경우 또는 제45조제2항에 따라 피합병법인의 이월결손금을 공제받으려는 경우: 그 결손금 또는 이월결손금을 공제받는 기간

  2. 그 밖의 경우: 합병 후 5년간

 ⑥ 제1항부터 제5항까지의 규정에 따른 구분경리의 방법, 동일사업을 하는 법인의 판정, 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

법인세법 시행령 제156조【구분경리】

 ① 법 제113조제1항부터 제5항까지의 규정에 해당하는 법인은 구분하여야 할 사업 또는 재산별로 자산ㆍ부채 및 손익을 법인의 장부상 각각 독립된 계정과목에 의하여 기획재정부령으로 정하는 바에 따라 구분경리하여야 한다.

 ② 법 제113조제3항 단서 및 같은 조 제4항 단서에 따른 중소기업의 판정은 합병 또는 분할합병 전의 현황에 따르고, 동일사업을 영위하는 법인(분할법인의 경우 승계된 사업분에 한정한다)의 판정은 실질적으로 동일한 사업을 영위하는 것으로서 기획재정부령으로 정하는 경우 외에는 한국표준산업분류에 따른 세세분류에 따른다. 이 경우 합병법인 또는 피합병법인이나 분할법인(승계된 사업분에 한정한다) 또는 분할합병의 상대방법인이 2 이상의 세세분류에 해당하는 사업을 영위하는 경우에는 사업용 고정자산가액 중 동일사업에 사용하는 사업용 고정자산가액의 비율이 각각 100분의 70을 초과하는 경우에만 동일사업을 영위하는 것으로 본다.

법인세법 시행규칙 제75조【구분경리의 범위】

 ① 영 제156조의 규정에 의한 구분경리를 할 때에는 구분하여야 할 사업 또는 재산별로 자산ㆍ부채 및 손익을 각각 독립된 계정과목에 의하여 구분기장하여야 한다. 다만, 각 사업 또는 재산별로 구분할 수 없는 공통되는 익금과 손금은 그러하지 아니하다.

법인세법 시행규칙 제75조의2【동일사업 영위 법인】

   영 제156조제2항에서 "실질적으로 동일한 사업을 영위하는 것으로서 기획재정부령으로 정하는 경우"란 한국산업은행법(2014. 5. 21. 법률 제12663호로 개정된 것을 말한다) 부칙 제3조에 따른 한국산업은행, 산은금융지주주식회사 및「한국정책금융공사법」에 따른 한국정책금융공사가 각각 영위하던 사업을 말한다.

법인세법 시행규칙 제77조【합병법인 및 분할신설법인등의 구분경리】

 ① 법 제113조제3항에 따라 합병법인이 피합병법인으로부터 승계받은 사업과 그 밖의 사업을 구분경리함에 있어서 자산ㆍ부채 및 손익의 구분계산은 다음 각 호에 따른다.

  1. 고정자산과 부채는 용도에 따라 각 사업별로 구분하되, 용도가 분명하지 아니한 차입금은 총수입금액에서 각 사업의 당해 사업연도의 수입금액이 차지하는 비율에 따라 안분계산

  2. 현금ㆍ예금등 당좌자산 및 투자자산은 자금의 원천에 따라 각 사업별로 구분하되, 그 구분이 분명하지 아니한 경우에는 총수입금액에서 각 사업의 당해 사업연도의 수입금액이 차지하는 비율에 따라 안분계산

  3. 제1호 및 제2호외의 자산 및 잉여금 등은 용도ㆍ발생원천 또는 기업회계기준에 따라 계산

  4. 각 사업에 속하는 익금과 손금은 각 각 독립된 계정과목에 의하여 구분하여 기록하되, 각 사업에 공통되는 익금과 손금은 제76조제6항 및 제7항을 준용하여 구분계산. 다만, 합병등기일 전부터 소유하던 고정자산의 양도손익은 합병등기일 전에 고정자산을 소유하던 사업부문에 속하는 익금과 손금으로 본다.

 ② 합병법인은 제1항에도 불구하고 다음 각 호의 방법으로 구분경리할 수 있다. 이 경우 합병법인은 피합병법인의 이월결손금을 공제받고자 하는 사업연도가 종료할 때(연결모법인의 경우에는 합병 후 5년간을 말한다)까지 계속 적용하여야 한다.

  1. 피합병법인으로부터 승계받은 사업장과 기타의 사업장별로 자산ㆍ부채 및 손익을 각각 독립된 회계처리에 의하여 구분계산. 이 경우 피합병법인으로부터 승계받은 사업장의 자산ㆍ부채 및 손익은 이를 피합병법인으로부터 승계받은 사업에 속하는 것으로 한다.

  2. 본점등에서 발생한 익금과 손금등 각 사업장에 공통되는 익금과 손금은 제76조제6항 및 제7항을 준용하여 안분계산. 다만, 합병등기일 전부터 소유하던 고정자산의 양도손익은 합병등기일 전에 고정자산을 소유하던 사업부문에 속하는 익금과 손금으로 본다.

  3. 제1호 및 제2호의 규정을 적용함에 있어서 합병등기일이후 새로이 사업장을 설치하거나 기존 사업장을 통합한 경우에는 그 주된 사업내용에 따라 피합병법인으로부터 승계받은 사업장, 기타의 사업장 또는 공통사업장으로 구분. 이 경우 주된 사업내용을 판정하기 곤란한 경우에는 다음 각목에 의한다.

   가. 새로이 사업장을 설치한 경우에는 합병법인의 사업장으로 보아 구분경리

   나. 기존 사업장을 통합한 경우에는 통합한 날이 속하는 사업연도의 직전 사업연도의 각 사업장별 수입금액(수입금액이 없는 사업장이 있는 경우에는 각 사업장별 자산총액을 말한다)이 많은 법인의 사업장으로 보아 구분경리

4. 관련사례

○ 서면-2015-법인-0275(2015.8.12.)

  질의1) 동일사업을 하는 법인 간에 합병하는 경우「법인세법」제113조 제3항에 따라 회계를 구분하여 기록하지 아니할 수 있는 것이나, 동일사업을 영위하는 법인의 판정은 실질적으로 동일한 사업을 영위하는 것으로서 같은 법 시행규칙 제75조의2에서 정하는 경우 외에는 같은 법 시행령 제156조제2항에 따라 한국표준산업분류에 따른 세세분류에 따르는 것으로 귀 질의의 경우는 동일사업을 하는 법인 간에 합병으로 볼 수 없는 것임

  질의2) 귀 질의의 경우 아래 회신사례를 참고하시기 바랍니다.

  * 서이46012-11445, 2003.8.1.

  합병법인이「법인세법시행규칙」제77조 제2항의 규정에 의하여 피합병법인으로부터 승계받은 사업장과 기타의 사업장별로 손익 등을 구분경리함에 있어서 동항 제2호 및 같은법시행규칙 제76조 제6항 및 제7항의 규정을 준용하여 수입금액 또는 매출액에 따른 안분계산방법에 의하여 구분경리하는 경우에 피합병법인으로부터 승계받은 사업장에서 기타의 사업장으로 대체되는 반제품 등의 가격은 독립된 사업자간에 통상의 거래조건에 따라 매매할 경우 적용하는 시가에 의함

○ 서면-2014-법인-21858(2015.6.30.)

  다른 내국법인을 합병하는 법인이「법인세법」제113조제3항 단서에 해당되어 회계를 구분하여 기록하지 아니한 경우 그 소득금액을 같은 법 시행령 제81조제1항에서 정하는 사업용 고정자산가액 비율로 안분계산한 금액을 피합병법인으로부터 승계받은 사업에서 발생한 소득금액으로 보아 같은 법 제45조제2항을 적용하는 것이며, 이때 사업용 고정자산가액은 세무상 장부가액으로 하는 것임

○ 사전-2014-법령해석법인-21574(2015.3.2.)

  다른 내국법인을 합병하는 법인이「법인세법」제113조 제3항 단서에 해당되어 회계를 구분하여 기록하지 아니한 경우 그 소득금액을 같은 법 시행령 제81조 제1항에서 정하는 사업용 고정자산가액 비율로 안분계산한 금액을 피합병법인으로부터 승계받은 사업에서 발생한 소득금액으로 보아 같은 법 제45조 제2항을 적용하는 것이며, 이때 사업용 고정자산가액은 세무상 장부가액으로 하는 것임. 또한, 합병법인이 동일 사업연도에 2회 이상 합병하고 같은 법 제113조 제3항 단서에 해당되어 회계를 구분하여 기록하지 아니한 경우에는 매 합병시점의 합병법인과 피합병법인의 사업용 고정자산가액을 기준으로 안분비율을 순차적으로 적용하는 것임

○ 법인세과-538(2013.9.30.)

  「법인세법」제113조 제3항 단서에 해당되어 회계를 구분하여 기록하지 아니한 경우 그 소득금액을 같은 법 시행령 제81조 제1항에서 정하는 자산가액 비율로 안분계산한 금액을 피합병법인으로부터 승계받은 사업에서 발생한 소득금액으로 보아 같은 법 제45조 제2항을 적용하는 것임

○ 법인세과-840(2011.10.28.)

  내국법인이 2개 이상의 다른 내국법인을 합병함에 있어 합병당사법인간에「법인세법 시행령」제156조제2항에 따른 동일사업을 영위하지 아니하는 경우 합병법인이 피합병법인으로부터 이월결손금을 승계함에 있어 각 피합병법인으로부터 승계받은 사업에 속하는 것과 그 밖의 사업에 속하는 것을 각각 다른 회계로 구분하여 기록하여야 하는 것임

○ 법인세과-506(2011.7.25)

  1.「법인세법」제44조의2제1항(2010.12.30. 법률 제10423호로 개정된 것)의 시가라 함은 같은 법 시행령 제89조제1항 및 제2항에 의한 가액을 말하는 것임

  2. 내국법인이「법인세법」제44조제3항(2010.12.30. 법률 제10423호로 개정된 것)에 따라 양도손익이 없는 것으로 한 경우에는 같은 법 제44조의2제3항의 규정이 적용되지 않는 것임

  3.「법인세법」제45조제2항(2010.12.30. 법률 제10423호로 개정된 것)의 규정을 적용함에 있어서 합병법인이 피합병법인으로부터 2이상의 사업을 승계받은 경우 피합병법인으로부터 승계받은 결손금은 그 승계받은 사업에서 발생한 소득금액을 통산하여 계산한 소득금액의 범위안에서 합병법인의 각사업연도 과세표준 계산시 공제하는 것임

  4. 법인이 특수관계자에게 비상장주식을 시가보다 낮은 가액으로 양도하는 경우 시가와 거래가액의 차액이 3억원 이상이거나 시가의 100분의 5에 상당하는 금액 이상인 경우에는「법인세법」제52조의 부당행위계산부인 규정을 적용할 수 있는 것이며, 이 경우 시가라 같은 법 시행령 제89조 제1항 및 제2항에 의한 가액을 말하는 것임

○ 서이46012-11445(2003.8.1.)

  합병법인이「법인세법시행규칙」제77조 제2항의 규정에 의하여 피합병법인으로부터 승계받은 사업장과 기타의 사업장별로 손익 등을 구분경리함에 있어서 동항 제2호 및 같은법시행규칙 제76조 제6항 및 제7항의 규정을 준용하여 수입금액 또는 매출액에 따른 안분계산방법에 의하여 구분경리하는 경우에 피합병법인으로부터 승계받은 사업장에서 기타의 사업장으로 대체되는 반제품 등의 가격은 독립된 사업자간에 통상의 거래조건에 따라 매매할 경우 적용하는 시가에 의함

○ 법인46012-499(1995.2.25.)

  조세감면규제법 제15조의3의 규정에 의하여 중소제조업에 대한 임시특별세액감면을 적용함에 있어『감면사업(제조업)』과『기타사업(건설업)』을 겸영하는 경우에는 구분경리를 하여야 하는 것이며,

  이때『감면사업』과『기타사업』간에 내부거래가 있는 경우에는『감면사업』과『기타사업』으로 대체되는 제품 등의 가격은 독립된 사업자간에 통상의 거래조건에 따라 매매할 경우 적용하는 시가에 의하고, 각 사업간의 공통손금은 법인세법시행규칙 제25조의 규정을 준용하여 안분계산함

출처 : 국세청 2016. 11. 09. 서면-2016-법인-4675[법인세과-2840] | 국세법령정보시스템