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조합원입주권 양도시 장기보유특별공제 산정 기준
사전-2025-법규재산-0347 · 2025. 05. 29.Q질의내용
- 조합원입주권을 양도할 때 장기보유특별공제의 보유기간 및 거주기간 산정 시 기존주택이 관리처분계획인가 이후에도 멸실되지 않고 임차인이 거주한 경우, 해당 기간까지 통산하여 공제를 적용할 수 있는지 여부는?
S요약
R회신 내용 사전-2025-법규재산-0347 · 2025. 05. 29.
- 국세청 사전-2025-법규재산-0347(2025.05.29.) 회신 내용 근거
- 조합원입주권의 양도차익에서 장기보유특별공제를 적용할 때 보유기간과 거주기간은 기존 주택과 그 부수토지의 취득일부터 관리처분계획인가일까지의 기간만을 기준으로 산정함을 명확히 하였습니다.
- 관리처분계획인가일 이후에도 기존주택이 멸실되지 않고 임차인이 거주한 경우라도, 관리처분계획인가일부터의 기간은 장기보유특별공제 산정에 포함되지 않는 것으로 회신하였습니다.
- 이는 소득세법 제95조 제2항 및 관련 시행령에 따른 해석임이 명기되었습니다.
- 따라서 임차인이 관리처분계획인가 이후에도 계속 거주했다고 하더라도 그 기간은 산정하지 않는다고 보아야 할 것으로 판단됩니다.
L관련 법령 해석
- 소득세법 제88조: '주택' 및 '조합원입주권' 정의 및 해당 자산의 범위 명시
- 소득세법 제94조: 건물·토지·부동산 권리 양도에 따른 양도소득 과세 및 조합원입주권의 양도차익 포함
- 소득세법 제95조 제2항: 조합원입주권 양도 시 장기보유특별공제 적용 및 보유기간 산정 특례 규정
- 소득세법 제95조 제4항: 보유기간 기산일은 취득일~양도일까지임을 규정
- 소득세법 시행령 제159조의4: 장기보유특별공제 대상 1세대 1주택의 범위·거주기간 요건
* 중앙부처 1차 해석은 부처에서 해석한 내용을 수집·제공하는 공공데이터로, 현재 기준과 다를 수 있습니다. 구체적 사안은 소관 부처에 확인하거나 전문가 상담을 권장합니다.
요지
조합원입주권 양도시 장기보유특별공제는 조합원입주권으로 전환되기 전 보유기간 및 거주기간으로 산정
답변내용
「소득세법」제95조 제2항에 따른 조합원입주권의 양도차익에서 장기보유특별공제액을 계산할 때 보유기간별 공제율은 기존 건물과 그 부수토지의 취득일부터 관리처분인가일까지의 기간에 대하여 적용하는 것입니다.
1. 사실관계
○ ‘19.02.08. A주택 취득
○ ’21.04.29. 관리처분계획 인가
○ ’21.08.18. 입주자 퇴거*
* A주택의 멸실일이 ’22.02.08 이후임을 전제
○ ’25.04.23. A조합원입주권 양도 계약 (잔금일: ’25.8.29.)
2. 질의요지
○ 조합원입주권 양도시 「도시 및 주거환경정비법」에 따른 관리처분계획인가일 이후 기존주택이 멸실되지 않고 임차인이 거주한 경우, 관리처분계획인가일 이후 멸실되기 전 기간을 통산하여 장기보유특별공제 적용 여부를 판정할 수 있는지 여부
3. 관련법령
□ 소득세법 제88조 【정의】
7. "주택"이란 허가 여부나 공부(公簿)상의 용도구분과 관계없이 세대의 구성원이 독립된 주거생활을 할 수 있는 구조로서 대통령령으로 정하는 구조를 갖추어 사실상 주거용으로 사용하는 건물을 말한다. 이 경우 그 용도가 분명하지 아니하면 공부상의 용도에 따른다.
9. "조합원입주권"이란 「도시 및 주거환경정비법」 제74조에 따른 관리처분계획의 인가 및 「빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법」 제29조에 따른 사업시행계획인가로 인하여 취득한 입주자로 선정된 지위를 말한다. 이 경우 「도시 및 주거환경정비법」에 따른 재건축사업 또는 재개발사업, 「빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법」에 따른 자율주택정비사업, 가로주택정비사업, 소규모재건축사업 또는 소규모재개발사업을 시행하는 정비사업조합의 조합원(같은 법 제22조에 따라 주민합의체를 구성하는 경우에는 같은 법 제2조제6호의 토지등소유자를 말한다)으로서 취득한 것(그 조합원으로부터 취득한 것을 포함한다)으로 한정하며, 이에 딸린 토지를 포함한다.
□ 소득세법 제94조 【양도소득의 범위】
① 양도소득은 해당 과세기간에 발생한 다음 각 호의 소득으로 한다.
1. 토지[「공간정보의 구축 및 관리 등에 관한 법률」에 따라 지적공부(地籍公簿)에 등록하여야 할 지목에 해당하는 것을 말한다] 또는 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함한다)의 양도로 발생하는 소득
2. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 부동산에 관한 권리의 양도로 발생하는 소득
가. 부동산을 취득할 수 있는 권리(건물이 완성되는 때에 그 건물과 이에 딸린 토지를 취득할 수 있는 권리를 포함한다)
나. 지상권
다. 전세권과 등기된 부동산임차권
□ 소득세법 제95조【양도소득금액과 장기보유 특별공제액】
① 양도소득금액은 양도차익에서 장기보유 특별공제액을 공제한 금액으로 한다
② 제1항에서 "장기보유 특별공제액"이란 제94조제1항제1호에 따른 자산(제104조제3항에 따른 미등기양도자산과 같은 조 제7항 각 호에 따른 자산은 제외한다)으로서 보유기간이 3년 이상인 것 및 제94조제1항제2호가목에 따른 자산 중 조합원입주권(조합원으로부터 취득한 것은 제외한다)에 대하여 그 자산의 양도차익(조합원입주권을 양도하는 경우에는 「도시 및 주거환경정비법」 제74조에 따른 관리처분계획 인가 및 「빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법」 제29조에 따른 사업시행계획인가 전 토지분 또는 건물분의 양도차익으로 한정한다)에 다음 표 1에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다. 다만, 대통령령으로 정하는 1세대 1주택(이에 딸린 토지를 포함한다)에 해당하는 자산의 경우에는 그 자산의 양도차익에 다음 표 2에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액과 같은 표에 따른 거주기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 합산한 것을 말한다.
③ 제89조제1항제3호에 따라 양도소득의 비과세대상에서 제외되는 고가주택(이에 딸린 토지를 포함한다) 및 같은 항 제4호 각 목 외의 부분 단서에 따라 양도소득의 비과세대상에서 제외되는 조합원입주권에 해당하는 자산의 양도차익 및 장기보유 특별공제액은 제1항에도 불구하고 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액으로 한다.
④ 제2항에서 규정하는 자산의 보유기간은 그 자산의 취득일부터 양도일까지로 한다. 다만, 제97조의2제1항의 경우에는 증여한 배우자 또는 직계존비속이 해당 자산을 취득한 날부터 기산(起算)하고, 같은 조 제4항제1호에 따른 가업상속공제가 적용된 비율에 해당하는 자산의 경우에는 피상속인이 해당 자산을 취득한 날부터 기산한다.
□ 소득세법 시행령 제159조의4 【장기보유특별공제】
법 제95조제2항 표 외의 부분 단서 및 같은 조 제5항 각 호 외의 부분에서 "대통령령으로 정하는 1세대 1주택"이란 각각 1세대가 양도일(주택의 매매계약을 체결한 후 해당 계약에 따라 주택을 주택 외의 용도로 용도변경하여 양도하는 경우에는 해당 주택의 매매계약일을 말한다) 현재 국내에 1주택(제155조ㆍ제155조의2ㆍ제156조의2ㆍ제156조의3 및 그 밖의 규정에 따라 1세대 1주택으로 보는 주택을 포함한다)을 보유하고 보유기간 중 거주기간이 2년 이상인 것을 말한다. 이 경우 해당 1주택이 제155조제3항 각 호 외의 부분 본문에 따른 공동상속주택인 경우 거주기간은 해당 주택에 거주한 공동상속인 중 그 거주기간이 가장 긴 사람이 거주한 기간으로 판단한다.
유권해석
조합원입주권 양도시 장기보유특별공제 산정 기준
사전-2025-법규재산-0347 · 2025. 05. 29.Q질의내용
- 조합원입주권을 양도할 때 장기보유특별공제의 보유기간 및 거주기간 산정 시 기존주택이 관리처분계획인가 이후에도 멸실되지 않고 임차인이 거주한 경우, 해당 기간까지 통산하여 공제를 적용할 수 있는지 여부는?
S요약
R회신 내용 사전-2025-법규재산-0347 · 2025. 05. 29.
- 국세청 사전-2025-법규재산-0347(2025.05.29.) 회신 내용 근거
- 조합원입주권의 양도차익에서 장기보유특별공제를 적용할 때 보유기간과 거주기간은 기존 주택과 그 부수토지의 취득일부터 관리처분계획인가일까지의 기간만을 기준으로 산정함을 명확히 하였습니다.
- 관리처분계획인가일 이후에도 기존주택이 멸실되지 않고 임차인이 거주한 경우라도, 관리처분계획인가일부터의 기간은 장기보유특별공제 산정에 포함되지 않는 것으로 회신하였습니다.
- 이는 소득세법 제95조 제2항 및 관련 시행령에 따른 해석임이 명기되었습니다.
- 따라서 임차인이 관리처분계획인가 이후에도 계속 거주했다고 하더라도 그 기간은 산정하지 않는다고 보아야 할 것으로 판단됩니다.
L관련 법령 해석
- 소득세법 제88조: '주택' 및 '조합원입주권' 정의 및 해당 자산의 범위 명시
- 소득세법 제94조: 건물·토지·부동산 권리 양도에 따른 양도소득 과세 및 조합원입주권의 양도차익 포함
- 소득세법 제95조 제2항: 조합원입주권 양도 시 장기보유특별공제 적용 및 보유기간 산정 특례 규정
- 소득세법 제95조 제4항: 보유기간 기산일은 취득일~양도일까지임을 규정
- 소득세법 시행령 제159조의4: 장기보유특별공제 대상 1세대 1주택의 범위·거주기간 요건
* 중앙부처 1차 해석은 부처에서 해석한 내용을 수집·제공하는 공공데이터로, 현재 기준과 다를 수 있습니다. 구체적 사안은 소관 부처에 확인하거나 전문가 상담을 권장합니다.
요지
조합원입주권 양도시 장기보유특별공제는 조합원입주권으로 전환되기 전 보유기간 및 거주기간으로 산정
답변내용
「소득세법」제95조 제2항에 따른 조합원입주권의 양도차익에서 장기보유특별공제액을 계산할 때 보유기간별 공제율은 기존 건물과 그 부수토지의 취득일부터 관리처분인가일까지의 기간에 대하여 적용하는 것입니다.
1. 사실관계
○ ‘19.02.08. A주택 취득
○ ’21.04.29. 관리처분계획 인가
○ ’21.08.18. 입주자 퇴거*
* A주택의 멸실일이 ’22.02.08 이후임을 전제
○ ’25.04.23. A조합원입주권 양도 계약 (잔금일: ’25.8.29.)
2. 질의요지
○ 조합원입주권 양도시 「도시 및 주거환경정비법」에 따른 관리처분계획인가일 이후 기존주택이 멸실되지 않고 임차인이 거주한 경우, 관리처분계획인가일 이후 멸실되기 전 기간을 통산하여 장기보유특별공제 적용 여부를 판정할 수 있는지 여부
3. 관련법령
□ 소득세법 제88조 【정의】
7. "주택"이란 허가 여부나 공부(公簿)상의 용도구분과 관계없이 세대의 구성원이 독립된 주거생활을 할 수 있는 구조로서 대통령령으로 정하는 구조를 갖추어 사실상 주거용으로 사용하는 건물을 말한다. 이 경우 그 용도가 분명하지 아니하면 공부상의 용도에 따른다.
9. "조합원입주권"이란 「도시 및 주거환경정비법」 제74조에 따른 관리처분계획의 인가 및 「빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법」 제29조에 따른 사업시행계획인가로 인하여 취득한 입주자로 선정된 지위를 말한다. 이 경우 「도시 및 주거환경정비법」에 따른 재건축사업 또는 재개발사업, 「빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법」에 따른 자율주택정비사업, 가로주택정비사업, 소규모재건축사업 또는 소규모재개발사업을 시행하는 정비사업조합의 조합원(같은 법 제22조에 따라 주민합의체를 구성하는 경우에는 같은 법 제2조제6호의 토지등소유자를 말한다)으로서 취득한 것(그 조합원으로부터 취득한 것을 포함한다)으로 한정하며, 이에 딸린 토지를 포함한다.
□ 소득세법 제94조 【양도소득의 범위】
① 양도소득은 해당 과세기간에 발생한 다음 각 호의 소득으로 한다.
1. 토지[「공간정보의 구축 및 관리 등에 관한 법률」에 따라 지적공부(地籍公簿)에 등록하여야 할 지목에 해당하는 것을 말한다] 또는 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함한다)의 양도로 발생하는 소득
2. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 부동산에 관한 권리의 양도로 발생하는 소득
가. 부동산을 취득할 수 있는 권리(건물이 완성되는 때에 그 건물과 이에 딸린 토지를 취득할 수 있는 권리를 포함한다)
나. 지상권
다. 전세권과 등기된 부동산임차권
□ 소득세법 제95조【양도소득금액과 장기보유 특별공제액】
① 양도소득금액은 양도차익에서 장기보유 특별공제액을 공제한 금액으로 한다
② 제1항에서 "장기보유 특별공제액"이란 제94조제1항제1호에 따른 자산(제104조제3항에 따른 미등기양도자산과 같은 조 제7항 각 호에 따른 자산은 제외한다)으로서 보유기간이 3년 이상인 것 및 제94조제1항제2호가목에 따른 자산 중 조합원입주권(조합원으로부터 취득한 것은 제외한다)에 대하여 그 자산의 양도차익(조합원입주권을 양도하는 경우에는 「도시 및 주거환경정비법」 제74조에 따른 관리처분계획 인가 및 「빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법」 제29조에 따른 사업시행계획인가 전 토지분 또는 건물분의 양도차익으로 한정한다)에 다음 표 1에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다. 다만, 대통령령으로 정하는 1세대 1주택(이에 딸린 토지를 포함한다)에 해당하는 자산의 경우에는 그 자산의 양도차익에 다음 표 2에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액과 같은 표에 따른 거주기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 합산한 것을 말한다.
③ 제89조제1항제3호에 따라 양도소득의 비과세대상에서 제외되는 고가주택(이에 딸린 토지를 포함한다) 및 같은 항 제4호 각 목 외의 부분 단서에 따라 양도소득의 비과세대상에서 제외되는 조합원입주권에 해당하는 자산의 양도차익 및 장기보유 특별공제액은 제1항에도 불구하고 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액으로 한다.
④ 제2항에서 규정하는 자산의 보유기간은 그 자산의 취득일부터 양도일까지로 한다. 다만, 제97조의2제1항의 경우에는 증여한 배우자 또는 직계존비속이 해당 자산을 취득한 날부터 기산(起算)하고, 같은 조 제4항제1호에 따른 가업상속공제가 적용된 비율에 해당하는 자산의 경우에는 피상속인이 해당 자산을 취득한 날부터 기산한다.
□ 소득세법 시행령 제159조의4 【장기보유특별공제】
법 제95조제2항 표 외의 부분 단서 및 같은 조 제5항 각 호 외의 부분에서 "대통령령으로 정하는 1세대 1주택"이란 각각 1세대가 양도일(주택의 매매계약을 체결한 후 해당 계약에 따라 주택을 주택 외의 용도로 용도변경하여 양도하는 경우에는 해당 주택의 매매계약일을 말한다) 현재 국내에 1주택(제155조ㆍ제155조의2ㆍ제156조의2ㆍ제156조의3 및 그 밖의 규정에 따라 1세대 1주택으로 보는 주택을 포함한다)을 보유하고 보유기간 중 거주기간이 2년 이상인 것을 말한다. 이 경우 해당 1주택이 제155조제3항 각 호 외의 부분 본문에 따른 공동상속주택인 경우 거주기간은 해당 주택에 거주한 공동상속인 중 그 거주기간이 가장 긴 사람이 거주한 기간으로 판단한다.
