요지

제조업을 영위하는 내국법인(“해당 내국법인”)과 금융보험업을 영위하는 내국법인이 인수목적법인을 통해서 소재부품장비 외국법인을 인수하는 경우로서 해당내국법인의 인수목적법인에 대한 출자비율이 100%에 미달하는 경우 해당 내국법인은 ｢조세특례제한법｣ 제13조의3제3항에 따른 세액공제를 적용할 수 없음

회신

귀 서면질의 신청 사실관계와 같이 제조업 등을 영위하는 내국법인(이하 ⁠“해당 내국법인”)과 금융보험업을 영위하는 내국법인이 인수목적법인(SPC)을 통해서 소재･부품･장비 외국법인을 인수하는 경우로서 해당 내국법인의 인수목적법인에 대한 출자비율이 100%에 미달하여 ｢조세특례제한법 시행령｣ 제12조의3제9항제2호의 요건을 충족하지 못한 경우, 해당 내국법인은 ｢조세특례제한법｣ 제13조의3제3항에 따른 세액공제를 적용할 수 없는 것입니다.

1. 사실관계

 ○ 제조업을 영위하는 내국법인인 질의법인은 반도체용 제품을 제조･판매하는 회사로 미국에 있는 소･부･장 외국법인(“피인수기업”)을 인수하기 위하여 금융보험업을 영위하는 내국법인(“A법인”)과 컨소시엄을 구성함

 ○ 질의법인과 A법인은 피인수기업을 인수하기 위하여 미국에 인수목적법인(“B법인”)을 설립하고 B법인을 통해 소･부･장 외국법인을 인수완료 하였음

2. 질의내용

 ○ 금융보험업을 영위하는 내국법인이 인수목적법인의 일부지분을 보유한 경우 조특법§13의3⑥(공동인수에 의한 세액공제)에 따라 세액공제를 적용할 수 있는지 여부

3. 관련법령

○조세특례제한법 제13조의3 【내국법인의 소재･부품･장비 전문기업에의 출자･인수에 대한 과세특례】(2020.1.1. 법률 제16835호로 개정된 것)

 ③ 내국법인[외국법인이 대통령령으로 정하는 특수관계인(이하 이 항에서 "특수관계인”이라 한다)인 법인과 금융 및 보험업을 영위하는 법인은 제외한다. 이하 이 항 및 제4항에서 같다]이 다음 각 호의 구분에 따른 요건을 모두 갖추어 2022년 12월 31일까지 국내 산업 기반, 해외 의존도 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 소재·부품·장비 관련 외국법인(내국법인이 특수관계인인 경우는 제외하며, 이하 이 조에서 "소재·부품·장비외국법인”이라 한다)의 주식등을 취득하거나 소재·부품·장비외국법인의 소재·부품·장비 사업의 양수 또는 사업의 양수에 준하는 자산의 양수(이하 이 조에서 "인수"라 한다)를 하는 경우[소재·부품·장비외국법인을 인수할 목적으로 설립된 대통령령으로 정하는 특수 목적 법인(이하 이 조에서 "인수목적법인"이라 한다)을 통해 간접적으로 인수하는 경우를 포함한다] 주식등 취득가액 또는 사업·자산의 양수가액(이하 이 조에서 "인수가액"이라 한다)의 100분의 5(중견기업의 경우에는 100분의 7, 중소기업의 경우에는 100분의 10)에 상당하는 금액을 해당 사업연도의 법인세에서 공제한다. 이 경우 대통령령으로 정하는 인수건별 인수가액이 5천억원을 초과하는 경우 그 초과하는 금액은 없는 것으로 본다.

  1. 주식등을 취득하는 경우: 다음 각 목의 요건

   가. 해당 내국법인과 소재·부품·장비외국법인이 각각 1년 이상 사업을 계속하던 기업일 것

   나. 소재·부품·장비외국법인의 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 50(내국법인이 소재·부품·장비외국법인의 최대주주 또는 최대출자자로서 그 소재·부품·장비외국법인의 경영권을 실질적으로 지배하는 경우는 100분의 30으로 하고, 이하 이 조에서 "기준지분비율"이라 한다) 이상을 직접 또는 간접적으로 취득하고, 해당 내국법인이 해당 주식등을 취득일이 속하는 사업연도의 종료일까지 보유할 것

   다. 인수일 당시 소재·부품·장비외국법인의 주주 또는 출자자(이하 이 조에서 "주주등"이라 한다)가 해당 주식등을 양도한 날부터 그 날이 속하는 내국법인의 사업연도 종료일까지 내국법인 또는 인수목적법인의 지배주주등에 해당하지 아니할 것

   라. 내국법인의 주식등 취득일이 속하는 사업연도의 종료일까지 소재·부품·장비외국법인이 종전에 영위하던 사업을 계속할 것

  2. 사업 또는 자산을 양수하는 경우: 다음 각 목의 요건

   가. 해당 내국법인과 소재·부품·장비외국법인이 각각 1년 이상 사업을 계속하던 기업일 것

   나. 소재·부품·장비외국법인의 주주등이 사업 또는 자산을 양도한 날부터 그 날이 속하는 내국법인의 사업연도 종료일까지 내국법인 또는 인수목적법인의 지배주주등에 해당하지 아니할 것

   다. 내국법인의 사업·자산의 양수일이 속하는 사업연도의 종료일까지 양수를 통하여 승계된 종전의 사업을 계속할 것

④제3항에 따라 법인세를 공제받은 내국법인은 5년 이내의 범위에서 대통령령으로 정하는 기간에 다음 각 호의 사유가 발생하는 경우에는 그 사유가 발생한 날이 속하는 사업연도의 과세표준신고를 할 때 제3항에 따라 공제받은 세액에 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 이자상당액을 더한 금액을 법인세로 납부하여야 하며, 해당 세액은 ｢법인세법｣ 제64조에 따라 납부하여야 할 세액으로 본다. 다만, 사업 또는 자산을 양수한 경우에는 제3호를 적용하지 아니한다.

  1. 인수일 당시 소재·부품·장비외국법인의 주주등이 내국법인 또는 인수목적법인의 지배주주등에 해당하는 경우

  2. 소재·부품·장비외국법인이 종전에 영위하던 사업을 폐지하거나 양수를 통하여 승계된 종전의 사업을 폐지하는 경우

  3. 각 사업연도 종료일 현재 내국법인이 직접 또는 간접적으로 보유하고 있는 소재·부품·장비외국법인의 지분비율(이하 이 조에서 "현재지분비율”이라 한다)이 주식등의 취득일 당시 지분비율(이하 이 조에서 "당초지분비율”이라 한다)보다 낮아지는 경우

⑤ 제4항제3호에 해당하는 경우로서 현재지분비율이 기준지분비율 이상인 경우에는 제4항 각 호 외의 부분 본문에도 불구하고 다음의 계산식에 따라 계산한 금액(지분비율 감소로 이미 납부한 공제세액은 제외한다)에 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 이자상당액을 더한 금액을 법인세로 납부하여야 한다.

⑥ 제3항 및 제4항을 적용할 때 둘 이상의 내국법인이 대통령령으로 정하는 바에 따라 공동으로 소재·부품·장비외국법인을 인수(이하 "공동인수"라고 한다)하는 경우 1개의 내국법인이 인수하는 것으로 보며, 공동인수에 참여한 각 내국법인의 공제금액은 인수가액에 비례하여 안분계산한 금액으로 한다.

⑦ 제1항 및 제3항을 적용받으려는 내국법인은 대통령령으로 정하는 바에 따라 세액공제신청을 하여야 한다.

⑧ 제1항부터 제7항까지의 규정에 따른 중견기업의 요건, 지배주주등의 범위, 종전에 영위하던 사업의 계속 및 폐지에 관한 기준 등과 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

○조세특례제한법 시행령 제12조의3【내국법인의 소재･부품･장비 전문기업에의 출자･인수에 대한 과세특례】(2020.2.11. 대통령령 제30390호로 개정된 것)

 ⑦ 법 제13조의3제3항 각 호 외의 부분 전단에서 "대통령령으로 정하는 소재·부품·장비 관련 외국법인”이란 해당 소재·부품·장비 관련 국내 산업 기반, 국내 특허 보유 여부, 해외 의존도 등을 고려하여 기획재정부령으로 정하는 소재·부품·장비 품목을 생산하는 외국법인[주식등을 취득하는 방법으로 인수하는 경우에는 소재·부품·장비 품목의 매출액(제2조제4항에 따른 계산방법으로 산출한 매출액으로서 주식등의 취득일이 속한 사업연도 직전 3개 사업연도의 평균 매출액을 말하며, 사업연도가 1년 미만인 사업연도의 매출액은 1년으로 환산한 매출액을 말한다. 이하 이 항에서 같다)이 전체 매출액의 100분의 50 이상인 외국법인]을 말한다.

⑧ 법 제13조의3제3항 각 호 외의 부분 전단에 따른 소재·부품·장비 사업의 양수는 소재·부품·장비 사업에 관한 권리와 의무를 포괄적 또는 부분적으로 승계하는 것을 말하며, 사업의 양수에 준하는 자산의 양수는 양수 전에 소재·부품·장비 관련 외국법인이 영위하던 소재·부품·장비 사업이 양수 후에도 계속될 수 있는 정도의 자산을 매입하는 것을 말한다.

⑨ 법 제13조의3제3항 각 호 외의 부분 전단에서 "소재·부품·장비외국법인을 인수할 목적으로 설립된 대통령령으로 정하는 특수 목적 법인”이란 다음 각 호의 요건을 모두 충족하는 법인(이하 "인수목적법인”이라 한다)을 말한다.

  1. 제7항에 따른 소재·부품·장비 관련 외국법인을 인수하는 것을 사업목적으로 할 것

  2. 법 제13조의3제3항 각 호 외의 부분 전단에 따른 내국법인이 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 100을 출자하고 있는 법인일 것

⑩ 법 제13조의3제3항 각 호 외의 부분 후단에서 "대통령령으로 정하는 인수건별 인수가액"이란 법 제13조의3제3항 각 호 외의 부분 전단에 따라 소재·부품·장비 관련 외국법인의 소재·부품·장비 사업 또는 자산의 양수일부터 3년 이내에 그 외국법인으로부터 소재·부품·장비 사업 또는 자산의 인수가 있는 경우 그 각각의 인수가액을 합한 금액을 말한다.

⑪ 법 제13조의3제3항 각 호 외의 부분 전단에 따라 간접적으로 인수하는 경우 지분비율은 내국법인의 인수목적법인에 대한 출자비율에 그 인수목적법인의 제7항에 따른 소재·부품·장비 관련 외국법인에 대한 출자비율을 곱한 것으로 한다.

⑫ 법 제13조의3제4항 각 호 외의 부분 본문에서 "대통령령으로 정하는 기간"이란 법 제13조의3제3항 각 호 외의 부분 전단에 따른 인수일이 속하는 사업연도의 다음 사업연도의 개시일부터 4년을 말한다.

⑬ 법 제13조의3제6항에 따라 같은 조 제3항 및 제4항이 적용되는 공동인수는 같은 조 제3항에 따른 내국법인이 공동투자 등에 대해 체결한 협약에 따라 공동으로 같은 항에 따른 인수를 하는 경우로 한다.

출처 : 국세청 2025. 06. 25. 서면-2023-법규법인-4198[법규과-1407] | 국세법령정보시스템