기업도시개발사업 법인세 감면기산 소득 범위 해석

요지

‘감면대상사업에서 최초로 소득이 발생한 과세연도’에서 ⁠‘소득’이란 ⁠「조세특례제한법」 제121조의17 제1항에서 규정한 ⁠「기업도시개발특별법」 제2조 제3호에 따른 기업도시개발사업에서 발생한 소득을 말하는 것임

회신

1. ⁠(질의1) ⁠「조세특례제한법」 제121조의17 제2항의 '사업개시일'에 대해 조세특례제한법에서 별도로 규정하고 있지 않으므로 같은 법 제2조 제2항에 따라 부가가치세법에서 사용하는 용어의 예에 따르는 것입니다.
2. ⁠(질의2) ⁠‘감면대상사업에서 최초로 소득이 발생한 과세연도’에서 ⁠‘소득’이라 함은 ⁠「조세특례제한법」 제121조의17 제1항에서 규정한 ⁠「기업도시개발특별법」 제2조 제3호에 따른 기업도시개발사업에서 발생한 소득을 말하는 것입니다.

1. 사실관계

○ 질의법인은 ⁠「기업도시개발 특별법」(“기업도시법”)에 따라 국토균형발전을 목적으로 그동안 개발에서 상대적으로 소외되거나 낙후된 지역인 00군 일원에 기업도시개발사업을 추진하는 사업시행전담법인(SPC)임

  - 201X년에 개발구역 지정 및 개발계획 승인을 득하고 사업시행자로 지정받았으며,

  -기업도시 개발에 편입된 공유수면을 양도·양수하기 위하여 기업도시법 제33조 제5항의 ⁠“개발계획이 승인된 경우 매립공사의 준공인가 전에 시행자에게 매립에 관한 권리를 양도할 수 있다”는 규정에 따라

  -00공사와 공유수면매립 권리·의무 양도·양수 협약을 체결하고 현재 계약금 20%를 기납부한 상태임

  -00공사로부터 양수받은 공유수면과 관련하여 기존 00공사가 농민들에게 주었던 가경작에 대해서도 승계받아 질의법인이 직접 가경작 임대를 주고 임대료를 받고 있음

  -또한, 공유수면이 연약지반이고 대규모 토지로서 다량의 성토재가 필요하여 00발전소 등을 통해 석탄재^*를 반입하여 초기 성토재로 활용하고 있음

   * ⁠「자원의 절약과 재활용촉진에 관한 법률」에 의하여 환경부와 국토부가 권장사용하고 환경기준을 충족하는 사업장 일반폐기물로 화력발전소에서는 폐기물 처리비용이 발생하기 때문에 질의법인에 운반비용 등을 보조하여 줌

  -이러한 가경작 임대와 석탄재 반입을 통해 부수적 매출^*이 발생함

   * 2013년부터 연간 4∼5억원

2. 질의내용

 ○「조세특례제한법」 제121조의17【기업도시개발구역 등의 창업기업 등에 대한 법인세 감면】은 사업개시일 이후 감면대상사업에서 최초로 소득이 발생한 과세연도부터 5년간 적용받을 수 있음

  -(질의1) 감면기산연도에서 사업개시일의 의미

  -(질의2) 감면기산연도인 ⁠‘최초로 소득이 발생한 과세연도’의 ⁠‘소득’에 감면대상사업 외에서 부수적으로 발생한 소득도 포함되는지

3. 관련법령

○조세특례제한법 제121조의17【기업도시개발구역 등의 창업기업 등에 대한 법인세 등의 감면】

 ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사업(이하 이 장에서 "감면대상사업"이라 한다)을 하기 위한 투자로서 업종 및 투자금액이 대통령령으로 정하는 기준에 해당하는 투자에 대해서는 제2항부터 제8항까지의 규정에 따라 법인세 또는 소득세를 감면한다.

  1. 기업도시개발구역에 2018년 12월 31일까지 창업하거나 사업장을 신설(기존 사업장을 이전하는 경우는 제외한다)하는 기업이 그 구역의 사업장에서 하는 사업

  2. 기업도시개발사업 시행자가 하는 사업으로서 ⁠「기업도시개발 특별법」 제2조제3호에 따른 기업도시개발사업

  3. 「지역 개발 및 지원에 관한 법률」 제11조에 따라 지정된 지역개발사업구역(같은 법 제7조제1항제1호에 해당하는 지역개발사업으로 한정한다) 또는 같은 법 제67조에 따른 지역활성화지역에 2018년 12월 31일까지 창업하거나 사업장을 신설(기존 사업장을 이전하는 경우는 제외한다)하는 기업(법률 제12737호 ⁠「지역 개발 및 지원에 관한 법률」 부칙 제4조에 따라 의제된 지역개발사업구역 중 ⁠「폐광지역 개발 지원에 관한 특별법」에 따라 지정된 폐광지역진흥지구에 개발사업시행자로 선정되어 입주하는 경우에는 ⁠「관광진흥법」에 따른 관광숙박업 및 종합휴양업과 축산업을 경영하는 내국인을 포함한다)이 그 구역 또는 지역 안의 사업장에서 하는 사업

  4. 「지역 개발 및 지원에 관한 법률」 제11조(같은 법 제7조제1항제1호에 해당하는 지역개발사업으로 한정한다)에 따른 지역개발사업구역과 같은 법 제67조에 따른 지역활성화지역에서 같은 법 제19조에 따라 지정된 사업시행자가 하는 지역개발사업

  5. 「여수세계박람회 기념 및 사후활용에 관한 특별법」 제15조제1항에 따라 지정ㆍ고시된 해양박람회특구에 2018년 12월 31일까지 창업하거나 사업장을 신설(기존 사업장을 이전하는 경우는 제외한다)하는 기업이 그 구역 안의 사업장에서 하는 사업

  6. 「여수세계박람회 기념 및 사후활용에 관한 특별법」 제18조제1항에 따른 사업시행자가 박람회 사후활용에 관하여 시행하는 사업

 ② 제1항에 해당하는 기업의 감면대상사업에서 발생한 소득에 대해서는 사업개시일 이후 그 감면대상사업에서 최초로 소득이 발생한 과세연도(사업개시일부터 5년이 되는 날이 속하는 과세연도까지 그 사업에서 소득이 발생하지 아니한 경우에는 5년이 되는 날이 속하는 과세연도)의 개시일부터 3년 이내에 끝나는 과세연도에는 제1항제1호ㆍ제3호ㆍ제5호의 경우 법인세 또는 소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을, 제1항제2호ㆍ제4호ㆍ제6호의 경우 법인세 또는 소득세의 100분의 50에 상당하는 세액을 각각 감면하고, 그 다음 2년 이내에 끝나는 과세연도에는 제1항제1호ㆍ제3호ㆍ제5호의 경우 법인세 또는 소득세의 100분의 50에 상당하는 세액을, 제1항제2호ㆍ제4호ㆍ제6호의 경우 법인세 또는 소득세의 100분의 25에 상당하는 세액을 각각 감면한다.

 ③ 삭제

 ④ 제2항이 적용되는 감면기간 동안 감면받는 소득세 또는 법인세의 총합계액이 다음 각 호의 금액을 합한 금액을 초과하는 경우에는 그 합한 금액을 한도(이하 이 조에서 "감면한도"라 한다)로 하여 세액을 감면한다.

  1. 대통령령으로 정하는 투자누계액의 100분의 50

  2. 다음 각 목의 금액 중 적은 금액

  가. 해당 과세연도의 제1항 각 호의 어느 하나에 해당하는 사업을 하는 사업장(이하 이 조에서 "감면대상사업장"이라 한다)의 상시근로자 수 × 1천만원

  나. 제1호의 투자누계액의 100분의 20

 ⑤ 제2항에 따라 각 과세연도에 감면받을 소득세 또는 법인세에 대하여 감면한도를 적용할 때에는 제4항제1호의 금액을 먼저 적용한 후 같은 항 제2호의 금액을 적용한다.

 ⑥ 제4항제2호를 적용받아 소득세 또는 법인세를 감면받은 기업이 감면받은 과세연도 종료일부터 2년이 되는 날이 속하는 과세연도 종료일까지의 기간 중 각 과세연도의 감면대상사업장의 상시근로자 수가 감면받은 과세연도의 상시근로자 수보다 감소한 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 감면받은 세액에 상당하는 금액을 소득세 또는 법인세로 납부하여야 한다.

 ⑦ 제4항 및 제6항을 적용할 때 상시근로자의 범위, 상시근로자 수의 계산방법, 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

 ⑧ 제1항, 제2항 및 제4항부터 제7항까지의 규정을 적용할 때 창업의 범위에 관하여는 제6조제6항을 준용한다.

 ⑨ 제2항을 적용받으려는 자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 감면신청을 하여야 한다.

○조세특례제한법 시행령 제116조의21【기업도시개발구역 등의 창업기업 등에 대한 법인세 등의 감면】

 ①법 제121조의17제1항제1호·제3호 및 제5호에 따라 법인세 또는 소득세를 감면하는 투자는 투자금액이 100억원 이상(제116조의2제17항제2호에 해당하는 사업의 경우에는 20억원 이상이며 제116조의2제17항제3호에 해당하는 사업의 경우에는 50억원 이상을 말한다)으로서 「기업도시개발특별법」 제2조제2호에 따른 기업도시개발구역(이하 이 조에서 "기업도시개발구역"이라 한다), ⁠「지역 개발 및 지원에 관한 법률」 제11조에 따라 지정된 지역개발사업구역(같은 법 제7조제1항제1호에 해당하는 지역개발사업으로 한정한다. 이하 이 조에서 "지역개발사업구역"이라 한다) 및 같은 법 제67조에 따른 지역활성화지역(이하 이 조에서 "지역활성화지역"이라 한다), ⁠「여수세계박람회 기념 및 사후활용에 관한 특별법」 제15조제1항에 따라 지정·고시된 해양박람회특구(이하 이 조에서 "해양박람회특구"라 한다) 안에서 제116조의2제17항 각 호에 해당하는 사업을 영위하기 위하여 시설을 새로이 설치하는 경우를 말한다.

 ②법 제121조의17제1항제2호·제4호 및 제6호에 따라 법인세 또는 소득세를 감면하는 투자는 「기업도시개발특별법」 제11조에 따른 기업도시개발계획에 따라 기업도시개발구역을 개발하거나 「지역 개발 및 지원에 관한 법률」 제19조에 따라 지정된 사업시행자가 지역개발사업구역 또는 지역활성화지역을 개발하기 위한 지역개발사업 또는 「여수세계박람회 기념 및 사후활용에 관한 특별법」 제18조제1항에 따른 사업시행자가 해양박람회특구를 개발하기 위한 개발사업으로서 총개발사업비가 1천억원 이상인 경우를 말한다.

 ③ 법 제121조의17제1항제1호·제3호 및 제5호에 해당하는 기업도시개발구역, 지역개발사업구역, 지역활성화지역 및 해양박람회특구에 창업하거나 사업장을 신설하는 기업이 그 구역에 있는 사업장에서 경영하는 사업의 감면대상소득은 제1항에 따른 감면대상사업을 경영하기 위하여 그 구역에 투자한 시설에서 직접 발생한 소득을 말한다.

 ④ 법 제121조의17제4항제1호에서 "대통령령으로 정하는 투자누계액"이란 법 제121조의17제2항에 따라 법인세 또는 소득세를 감면받는 해당 과세연도까지의 기획재정부령으로 정하는 사업용자산에 대한 투자 합계액을 말한다.

 ⑤ 법 제121조의17제6항에 따라 납부하여야 할 소득세액 또는 법인세액은 다음의 계산식에 따라 계산한 금액(그 수가 음수이면 영으로 보고, 감면받은 과세연도 종료일 이후 2개 과세연도 연속으로 상시근로자 수가 감소한 경우에는 두 번째 과세연도에는 첫 번째 과세연도에 납부한 금액을 뺀 금액을 말한다)으로 하며, 이를 상시근로자 수가 감소된 과세연도의 과세표준을 신고할 때 소득세 또는 법인세로 납부하여야 한다. 　해당 기업의 상시근로자 수가 감소된 과세연도의 직전 2년 이내의 과세연도에 법 제121조의17제4항제2호에 따라 감면받은 세액의 합계액 - ⁠(상시근로자 수가 감소된 과세연도의 감면대상사업장의 상시근로자 수 × 1천만원)

 ⑥ 법 제121조의17제7항에 따른 상시근로자의 범위 및 상시근로자 수의 계산방법에 관하여는 제23조제10항부터 제12항까지의 규정을 준용한다.

 ⑦ 법 제121조의17제2항의 규정에 의하여 법인세 또는 소득세를 감면받고자 하는 자는 과세표준신고와 함께 기획재정부령이 정하는 세액감면신청서를 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다.

○조세특례제한법 기본통칙 6-0…2 【 감면대상소득의 범위 】

법 제6조 제1항 및 제2항・제7조 제1항・제63조 제1항・제64조 제1항・제66조 제1항・제67조 제1항・제68조 제1항의 규정에 의한 감면대상 소득계산시 이자수익ㆍ유가증권처분이익ㆍ유가증권처분손실 등은 포함하지 아니한다.

○기업도시개발 특별법 제2조【정의】

 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

  1. "기업도시"란 산업입지와 경제활동을 위하여 민간기업(법인만 해당하며, 제48조제2항에 따라 대체지정된 시행자를 포함한다)이 산업·연구·관광·레저·업무 등의 주된 기능과 주거·교육·의료·문화 등의 자족적 복합기능을 고루 갖추도록 개발하는 도시를 말한다.

  2. "기업도시개발구역"이란 기업도시개발사업을 시행하기 위하여 제5조에 따라 지정·고시된 구역을 말한다.

  3. "기업도시개발사업"이란 기업도시를 조성하기 위하여 시행하는 사업을 말한다.

4. 관련사례

○ 조특, 국일46017-189 , 1996.4.4.

   법인세 과세대상 사업을 영위하고 있는 외국인투자기업이 법인세 감면대상 사업을 영위하기 위하여 종전의 제조장에 감면품목 기계장치를 설치하는 경우, 감면대상사업의 감면기산일은 외자도입법 제14조 제2항 및 동법 시행령 제16조 제1항의 사업개시일이므로 부가가치세법 제5조 제1항 및 동법 시행규칙 제3조 제1호의 규정에 의해 당해 제조장에서 감면품목의 제조를 개시하는 날이 된다.

○ 부가, 서면인터넷방문상담3팀-274 , 2006.02.10

   (질의) 외국인투자기업(개발사업 시행자)으로서 감면대상사업의 건축물을 신축하여 분양하고 있는 바 사업자등록을 한 후 임차한 건물의 일부를 전대하고, 그 후 감면대상사업을 영위하는 경우에 조세특례제한법 제121조의 2 제4항, 제5항 및 제6항의 사업개시일이 언제인지?

   (회신) 건물신축판매업 및 부동산임대업의 사업개시일은 부가가치세법 시행규칙 제3조 제3호에 규정된 각 사업의 재화 또는 용역의 공급을 개시하는 날임

○ 법인, 서면인터넷방문상담2팀-2388 , 2006.11.21.

   「제주특별자치도 설치 및 국제자유도시 조성을 위한 특별법」 제217조의 규정에 의하여 지정되는 제주투자진흥지구에 입주기업이 같은법 시행령 제116조의 15 제1항에 열거한 감면대상사업을 영위하기 위한 시설에 총사업비가 미화 1천만불 이상 투자하여 시설을 새로이 설치하는 경우에 감면대상사업에서 발생한 소득에 대하여 ⁠「조세특례제한법」제121조 의 9 제2항의 법인세를 감면을 받는 것이나,

   제주투자진흥지구 내에 부지조성공사 후 조성된 부지를 매각하거나 관광호텔 등 감면대상사업을 영위하기 위한 시설을 건설하여 매각하여 발생한 소득은 감면을 받을 수 없는 것임

○ 서면-2015-법령해석국조-0002 ⁠[법령해석과-2644] , 2015.10.12.

   수차례의 증자를 통하여 다수의 감면대상사업과 그 밖의 사업을 영위하는 외국인투자기업이「조세특례제한법」제121조의4 제1항에 따라 증자분에 대하여 조세감면을 적용할 경우 같은 법 시행령 제116조의6 제5항에 따라 해당 증자분 감면대상 사업을 당초 감면대상 사업 및 그 밖의 사업과 구분경리하여 외국인투자비율을 계산하여야하는 것이고,

   이 경우 같은 법 제143조 및 ⁠「법인세법」제113조, 같은 법 시행령 제156조 및 같은 법 시행규칙 제75조에 따라 구분하여야 할 사업별로 자산・부채 및 손익에 대하여 각각의 증자분 감면대상 사업과 그 밖의 사업에 속하는 것을 각각 다른 회계로 구분하여 기록하는 것을 말함

○ 수원지방법원2013구합13649, 2014.4.23.

   구 조세특례제한법 제121조의2 제2항이 규정하는 '감면소득'은 감면대상사업의 주된 영업활동에서 직접 발생한 소득과 주된 영업활동과 직접 관련되어 그 사업을 보다 효율적·안정적으로 운영하기 위하여 필수적으로 요구되는 영업활동으로 인한 소득만을 의미하는 것으로 해석함이 타당함

○ 대법원 2003두773, 2004.11.12

   구 조감법 제7조 제1항 소정의 법인세 감면대상인 '당해 사업에서 발생한 소득'이라 함은 감면대상사업의 주된 영업활동에서 직접 발생한 소득만을 의미하고 그 소득을 은행에 일시 보관하여 생기는 자연적 법정과실인 수입이자나 당해 사업을 타에 양도함으로써 얻게 된 특별이익 등은 이에 해당하지 아니하고, 법인이 지출하는 지급이자는 차입한 자금의 실제 사용용도가 밝혀진 경우에는 개별손금으로 인정될 여지가 있지만 그렇지 않은 경우에는 공통손금으로 보아 감면대상사업과 기타 사업(과세사업)의 매출액에 비례하여 안분 계산할 수밖에 없으므로, 이와 같은 방법으로 감면소득을 산정한 피고의 조치는 정당함

○ 법규국조 2011-134, 2011.6.22.

   「조세특례제한법」제121조의2에 의한 감면결정을 받은 외국인투자기업이 감면사업을 영위하는 중에 공장용 토지의 일부를 매각하여 고정자산처분이익이 발생한 경우, 동 고정자산처분이익은 ⁠「조세특례제한법」제121조의2 규정에 의한 감면대상소득에 해당되지 아니하는 것임

출처 : 국세청 2016. 12. 30. 서면-2016-법인-2801[법인세과-3422] | 국세법령정보시스템