요지

종전규정에 따라 연결자법인에서 제외된 경우 동일 사업연도에 개정규정에 따라 연결지배가 성립하더라도 종전규정에 따라 5년간 연결납세방식 적용 배제됨

회신

연결납세방식을 적용받던 내국법인이 2023사업연도에 연결모법인의 완전 지배를 받지 아니하게 됨으로써 ｢법인세법｣(2022.12.31. 법률 제19193호로 개정되기 전의 것)(이하 ⁠‘종전규정’) 제76조의12제1항에 따라 연결납세방식을 적용하지 아니하게 된 경우,
동일 사업연도에 ｢법인세법｣(2022.12.31. 법률 제19193호로 개정된 것)제2조제10의2호에 따라 연결지배가 성립하더라도 종전규정 제76조의12제3항 및 제76조의9제3항에 따라 해당 사업연도와 그 다음 사업연도의 개시일부터 4년 이내에 끝나는 사업연도까지는 연결납세방식 적용 당시와 동일한 법인을 연결모법인으로 하여 연결납세방식을 적용받을 수 없는 것임

1. 사실관계

○ 질의법인은 연결납세방식을 적용하는 연결집단의 모법인으로 2022사업연도까지 100% 연결자법인인 B법인을 포함하여 연결납세방식으로 신고함

 ○ 질의법인은 2023.6월 B법인에 대한 지분율이 52.7%로 감소하였다가, 2023.7월 유상증자를 통해 97.0%로 증가*함

    * 이후 연결자법인 요건(90% 이상)을 계속 총족함을 전제로 질의

  - B법인이 완전지배를 받지 않게 됨에 따라 ’23.8월 B법인을 연결집단에서 제외하는 연결납세방식 변경신고를 함

○ 2022.12.31. 법인세법 개정*(이하 ⁠‘개정규정’)으로 연결납세방식 적용기준이 지분율 100%에서 90% 이상으로 확대됨

   * ⁠(부칙 제19193호, 2022.12.31.) 2024.1.1. 이후 개시하는 사업연도부터 적용한다

    → 시행시기만 규정할 뿐 개별적용례를 별도로 두지 않음

2. 질의내용

 ○ 2023사업연도에 지분율 감소로 연결자법인에서 제외하였으나 동일 사업연도에 다시 지분율 90% 이상으로 연결지배하게 된 경우 연결납세방식 적용 방법

  - ⁠(1안) 종전규정에 따라 5년간 연결자법인 배제

  - ⁠(2안) 개정규정에 따라 2024사업연도부터 연결자법인 추가

3. 관련법령

□ 연결납세방식 관련 개정* 전 조문 ← 2023년 적용

  * 법률 제19193호 2022.12.31. 일부개정

○ 법인세법 제2조【정의】

 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

  6. "연결납세방식"이란 둘 이상의 내국법인을 하나의 과세표준과 세액을 계산하는 단위로 하여 제2장의3에 따라 법인세를 신고ㆍ납부하는 방식을 말한다.

  7. "연결법인"이란 연결납세방식을 적용받는 내국법인을 말한다.

  8. "연결집단"이란 연결법인 전체를 말한다.

  9. "연결모법인"(連結母法人)이란 연결집단 중 다른 연결법인을 완전 지배하는 연결법인을 말한다.

  10. "연결자법인"(連結子法人)이란 연결모법인의 완전 지배를 받는 연결법인을 말한다.

○ 법인세법 제76조의8 【연결납세방식의 적용 등】

 ① 다른 내국법인을 완전 지배하는 내국법인[비영리법인 등 대통령령으로 정하는 법인은 제외하며, 이하 이 항에서 "완전모법인"(完全母法人)이라 한다]과 그 다른 내국법인[청산 중인 법인 등 대통령령으로 정하는 법인은 제외한다. 이하 이 장에서 "완전자법인"(完全子法人)이라 한다]은 대통령령으로 정하는 바에 따라 완전모법인의 납세지 관할지방국세청장의 승인을 받아 연결납세방식을 적용할 수 있다. 이 경우 완전자법인이 둘 이상일 때에는 해당 법인 모두가 연결납세방식을 적용하여야 한다.

○ 법인세법 제76조의9 【연결납세방식의 취소】

 ① 연결모법인의 납세지 관할지방국세청장은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 연결납세방식의 적용 승인을 취소할 수 있다.

  1. 연결법인의 사업연도가 연결사업연도와 일치하지 아니하는 경우

  2. 연결모법인이 완전 지배하지 아니하는 내국법인에 대하여 연결납세방식을 적용하는 경우

  3. 연결모법인의 완전자법인에 대하여 연결납세방식을 적용하지 아니하는 경우

  4. 제66조제3항 단서에 따른 사유로 장부나 그 밖의 증명서류에 의하여 연결법인의 소득금액을 계산할 수 없는 경우

  5. 연결법인에 제69조제1항에 따른 수시부과사유가 있는 경우

  6. 연결모법인이 다른 내국법인(비영리내국법인은 제외한다)의 완전 지배를 받는 경우

 ② 연결납세방식을 적용받은 각 연결법인은 연결납세방식을 적용받은 연결사업연도와 그 다음 연결사업연도의 개시일부터 4년 이내에 끝나는 연결사업연도 중에 제1항에 따라 연결납세방식의 적용 승인이 취소된 경우 다음 각 호의 구분에 따라 소득금액이나 결손금을 연결납세방식의 적용 승인이 취소된 사업연도의 익금 또는 손금에 각각 산입하여야 한다. 다만, 대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있는 경우에는 그러하지 아니하다.

  1. 연결사업연도 동안 제76조의14제1항에 따라 다른 연결법인의 결손금과 합한 해당 법인의 소득금액: 익금에 산입

  2. 연결사업연도 동안 제76조의14제1항에 따라 다른 연결법인의 소득금액과 합한 해당 법인의 결손금: 손금에 산입

 ③ 제1항에 따라 연결납세방식의 적용 승인이 취소된 연결법인은 취소된 날이 속하는 사업연도와 그 다음 사업연도의 개시일부터 4년 이내에 끝나는 사업연도까지는 연결납세방식의 적용 당시와 동일한 법인을 연결모법인으로 하여 연결납세방식을 적용받을 수 없다.

○ 법인세법 제76조의10【연결납세방식의 포기】

 ① 연결납세방식의 적용을 포기하려는 연결법인은 연결납세방식을 적용하지 아니하려는 사업연도 개시일 전 3개월이 되는 날까지 대통령령으로 정하는 바에 따라 연결모법인의 납세지 관할지방국세청장에게 신고하여야 한다. 다만, 연결납세방식을 최초로 적용받은 연결사업연도와 그 다음 연결사업연도의 개시일부터 4년 이내에 끝나는 연결사업연도까지는 연결납세방식의 적용을 포기할 수 없다.

 ② 제1항에 따라 연결납세방식의 적용을 포기하는 경우에는 제76조의9제3항 및 제4항을 준용한다. 이 경우 제76조의9제3항 중 "취소된 날이 속하는 사업연도"는 "연결납세방식이 적용되지 아니하는 최초의 사업연도"로 본다.

 ③ 제76조의8제3항에 따라 연결납세방식을 적용받은 연결법인이 제1항에 따라 연결납세방식의 적용을 포기하는 경우 제1항에 따라 연결모법인의 납세지 관할지방국세청장에게 신고한 날이 속하는 연결사업연도의 종료일 다음 날부터 본래사업연도 개시일 전날까지의 기간을 1사업연도로 본다.

○ 법인세법 제76조의11【연결자법인의 추가】

 ① 연결모법인이 새로 다른 내국법인을 완전 지배하게 된 경우에는 완전 지배가 성립한 날이 속하는 연결사업연도의 다음 연결사업연도부터 해당 내국법인은 연결납세방식을 적용하여야 한다.

 ② 법인의 설립등기일부터 연결모법인이 완전 지배하는 내국법인은 제1항에도 불구하고 설립등기일이 속하는 사업연도부터 연결납세방식을 적용하여야 한다.

 ③ 연결모법인은 제1항 및 제2항에 따라 연결자법인이 변경된 경우에는 변경일 이후 중간예납기간 종료일과 사업연도 종료일 중 먼저 도래하는 날부터 1개월 이내에 대통령령으로 정하는 바에 따라 납세지 관할지방국세청장에게 신고하여야 한다.

○ 법인세법 제76조의12【연결자법인의 배제】

 ① 연결모법인의 완전 지배를 받지 아니하게 되거나 해산한 연결자법인은 해당 사유가 발생한 날이 속하는 연결사업연도의 개시일부터 연결납세방식을 적용하지 아니한다. 다만, 연결자법인이 다른 연결법인에 흡수합병되어 해산하는 경우에는 해산등기일이 속하는연결사업연도에 연결납세방식을 적용할 수 있다.

 ② 연결납세방식을 적용받은 연결사업연도와 그 다음 연결사업연도의 개시일부터 4년 이내에 끝나는 연결사업연도 중에 제1항 본문에 따라 연결납세방식을 적용하지 아니하는 경우 다음 각 호의 구분에 따라 소득금액 또는 결손금을 해당 사유가 발생한 날이 속하는 사업연도의 익금 또는 손금에 각각 산입하여야 한다. 다만, 대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있는 경우에는 그러하지 아니하다.

  1. 연결사업연도 동안 제76조의14제1항에 따라 다른 연결법인의 결손금과 합한 연결배제법인(제1항 본문에 따라 연결납세방식을 적용하지 아니하게 된 개별법인을 말한다. 이하 이 조에서 같다)의 소득금액: 연결배제법인의 익금에 산입

  2. 연결사업연도 동안 제76조의14제1항에 따라 다른 연결법인의 소득금액과 합한 연결배제법인의 결손금: 연결배제법인의 손금에 산입

  3. 연결사업연도 동안 제76조의14제1항에 따라 연결배제법인의 결손금과 합한 해당 법인의 소득금액: 해당 법인의 익금에 산입

  4. 연결사업연도 동안 제76조의14제1항에 따라 연결배제법인의 소득금액과 합한 해당 법인의 결손금: 해당 법인의 손금에 산입

 ③ 제1항 본문에 따라 연결납세방식을 적용하지 아니하는 경우에는 제76조의9제3항부터 제6항까지의 규정을 준용한다.

 ④ 제1항에 따라 연결자법인이 변경된 경우 그 변경신고에 관하여는 제76조의11제3항을 준용한다.

□ 연결납세방식 관련 개정* 조문 ← 2024년 이후 적용

  * 법률 제19193호 2022.12.31. 일부개정

○ 법인세법 제2조【정의】

 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

  6. ⁠“연결납세방식”이란 둘 이상의 내국법인을 하나의 과세표준과 세액을 계산하는 단위로 하여 제2장의3에 따라 법인세를 신고ㆍ납부하는 방식을 말한다.

  7. ⁠“연결법인”이란 연결납세방식을 적용받는 내국법인을 말한다.

  8. ⁠“연결집단”이란 연결법인 전체를 말한다.

  9. ⁠“연결모법인”(連結母法人)이란 연결집단 중 다른 연결법인을 연결지배하는 연결법인을 말한다.

  10. ⁠“연결자법인”(連結子法人)이란 연결모법인의 연결지배를 받는 연결법인을 말한다.

  10의2. ⁠“연결지배”란 내국법인이 다른 내국법인의 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 90 이상을 보유하고 있는 경우를 말한다. 이 경우 그 보유비율은 다음 각 목에서 정하는 바에 따라 계산한다.

   가. ∼ 라. ⁠(생략)

○ 법인세법 제76조의8【연결납세방식의 적용 등】

 ① 다른 내국법인을 연결지배하는 내국법인[비영리법인 등 대통령령으로 정하는 법인은 제외하며, 이하 이 항에서 ⁠“연결가능모법인”이라 한다]과 그 다른 내국법인[청산 중인 법인 등 대통령령으로 정하는 법인은 제외한다. 이하 이 장에서 ⁠“연결가능자법인”이라 한다]은 대통령령으로 정하는 바에 따라 연결가능모법인의 납세지 관할지방국세청장의 승인을 받아 연결납세방식을 적용할 수 있다. 이 경우 연결가능자법인이 둘 이상일 때에는 해당 법인 모두가 연결납세방식을 적용하여야 한다.

○ 법인세법 제76조의9 【연결납세방식의 취소】

 ①연결모법인의 납세지 관할지방국세청장은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 연결납세방식의 적용 승인을 취소할 수 있다.

  1. 연결법인의 사업연도가 연결사업연도와 일치하지 아니하는 경우

  2. 연결모법인이 연결지배하지 아니하는 내국법인에 대하여 연결납세방식을 적용하는 경우

  3. 연결모법인의 연결가능자법인에 대하여 연결납세방식을 적용하지 아니하는 경우

 ③ 제1항에 따라 연결납세방식의 적용 승인이 취소된 연결법인은 취소된 날이 속하는 사업연도와 그 다음 사업연도의 개시일부터 4년 이내에 끝나는 사업연도까지는 연결납세방식의 적용 당시와 동일한 법인을 연결모법인으로 하여 연결납세방식을 적용받을 수 없다.

 ⑤ 제1항에 따라 연결납세방식의 적용 승인이 취소된 경우 제76조의18에 따라 납부한 연결중간예납세액 중 같은 조 제4항의 연결법인별 중간예납세액은 제64조제1항을 적용할 때에 같은 항 제2호의 중간예납세액으로 본다.

 ⑥ 제76조의8제3항에 따라 연결납세방식을 적용받은 연결법인이 제1항에 따라 연결납세방식의 적용 승인이 취소된 경우 취소된 날이 속하는 연결사업연도의 개시일부터 그 연결사업연도의 종료일까지의 기간과 취소된 날이 속하는 연결사업연도 종료일의 다음 날부터 본래사업연도 개시일 전날까지의 기간을 각각 1사업연도로 본다.

○ 법인세법 제76조의10【연결납세방식의 포기】

 ① 연결납세방식의 적용을 포기하려는 연결법인은 연결납세방식을 적용하지 아니하려는 사업연도 개시일 전 3개월이 되는 날까지 대통령령으로 정하는 바에 따라 연결모법인의 납세지 관할지방국세청장에게 신고하여야 한다. 다만, 연결납세방식을 최초로 적용받은 연결사업연도와 그 다음 연결사업연도의 개시일부터 4년 이내에 끝나는 연결사업연도까지는 연결납세방식의 적용을 포기할 수 없다.

 ② 제1항에 따라 연결납세방식의 적용을 포기하는 경우에는 제76조의9 제3항 및 제4항을 준용한다. 이 경우 제76조의9제3항 중 "취소된 날이 속하는 사업연도"는 "연결납세방식이 적용되지 아니하는 최초의 사업연도"로 본다.

 ③ 제76조의8제3항에 따라 연결납세방식을 적용받은 연결법인이 제1항에 따라 연결납세방식의 적용을 포기하는 경우 제1항에 따라 연결모법인의 납세지 관할지방국세청장에게 신고한 날이 속하는 연결사업연도의 종료일 다음 날부터 본래사업연도 개시일 전날까지의 기간을 1사업연도로 본다.

○ 법인세법 제76조의11【연결자법인의 추가】

 ① 연결모법인이 새로 다른 내국법인을 연결지배하게 된 경우에는 연결지배가 성립한 날이 속하는 연결사업연도의 다음 연결사업연도부터 해당 내국법인은 연결납세방식을 적용하여야 한다.

 ② 법인의 설립등기일부터 연결모법인이 연결 지배하는 내국법인은 제1항에도 불구하고 설립등기일이 속하는 사업연도부터 연결납세방식을 적용하여야 한다.

 ③ 연결모법인은 제1항 및 제2항에 따라 연결자법인이 변경된 경우에는 변경일 이후 중간예납기간 종료일과 사업연도 종료일 중 먼저 도래하는 날부터 1개월 이내에 대통령령으로 정하는 바에 따라 납세지 관할지방국세청장에게 신고하여야 한다.

○ 법인세법 제76조의12【연결자법인의 배제】

 ① 연결모법인의 연결지배를 받지 아니하게 되거나 해산한 연결자법인은 해당 사유가 발생한 날이 속하는 연결사업연도의 개시일부터 연결납세방식을 적용하지 아니한다. 다만, 연결자법인이 다른 연결법인에 흡수합병되어 해산하는 경우에는 해산등기일이 속하는 연결사업연도에 연결납세방식을 적용할 수 있다.

 ② ∼ ④ ⁠(종전과 동일) ⁠(검토서 p.5∼6)

□ 부칙

 ○ 제1조(시행일)

  이 법은 2023년 1월 1일부터 시행한다. 다만, 다음 각 호의 개정규정은 해당 호에서 정하는 날부터 시행한다.

  1. 제2조제9호ㆍ제10호ㆍ제10호의2, 제18조제7호, 제21조제6호, 제25조(같은 조 제2항제3호 중 "매입자발행계산서"의 개정부분은 제외한다), 제75조의5제2항제1호, 제75조의7제1항ㆍ제3항ㆍ제4항의 개정규정, 같은 조 제5항의 개정규정 중 "제3호의 소득"을 개정하는 부분, 제76조의8, 제76조의9, 제76조의11, 제76조의12, 제76조의14(같은 조 제1항제2호가목 및 같은 항 제4호는 제외한다), 제76조의18 및 제76조의19의 개정규정: 2024년 1월 1일

○ 제15조의2(연결납세방식의 포기 등에 관한 특례)  2023.12.31. 신설

  ① 2024년 1월 1일 당시 종전의 제2조제10호에 따른 연결자법인 외에 다른 내국법인을 제2조제10호의2의 개정규정에 따라 연결지배하고 있는 연결모법인이 2024년 1월 1일 이후 개시하는 사업연도부터 연결납세방식을 적용하지 아니하려는 경우에는 제76조의10제1항 본문을 적용할 때 ⁠“사업연도 개시일 전 3개월이 되는 날”을 ⁠“2024년 1월 1일 이후 개시하는 사업연도 개시일 이후 2개월이 되는 날”로 보며, 같은 항 단서는 적용하지 아니한다.

  ② 제1항에 따른 연결모법인이 같은 항에 따른 신고기한 내에 연결납세방식 적용 포기 신고를 하지 아니한 경우에는 제76조의11제1항 및 제2항의 개정규정에도 불구하고 2024년 1월 1일이 속하는 사업연도부터 연결납세방식을 적용하여야 한다. 이 경우 제76조의11제3항을 적용할 때 ⁠“변경일”은 ⁠“2024년 1월 1일 이후 개시하는 사업연도 개시일 이후 2개월이 되는 날”로 본다.

출처 : 국세청 2024. 01. 22. 서면-2023-법규법인-2211 | 국세법령정보시스템