상장법인 대주주 판정 시 자기주식 포함 여부

요지

양도소득세가 과세되는 대주주가 양도하는 상장주식에 해당하는지 여부를 판단하는 경우 회사가 보유중인 자기주식도 포함하여 대주주 지분율 요건을 판정하는 것임

회신

위 과세기준자문 신청의 사실관계와 같이, 코스닥시장상장법인의 대표이사이자 주주인 갑과 해당 법인이 ⁠「국세기본법 시행령」제1조의2 제1항 및 같은 조 제3항 제1호에 따라 특수관계에 있는 경우로서「소득세법 시행령」(2016.2.17. 대통령령 제26982호로 개정되기 전의 것) 제157조 제4항 제1호에 따른 지분율 계산을 하는 경우 해당 법인이 보유하고 있는 의결권 없는 자기주식은 발행주식총수 및 주주1인과 기타주주가 보유하고 있는 주식수에 포함하는 것입니다.

1. 사실관계

 ○ ◉◉◉은 1997.6.30. 개업하여 소프트웨어 자문․개발 및 공급업을 영위하고 있는 ⁠(주)♡♡♡♡♡♡(이하 ⁠“회사”) 대표이사에 2012.2.16. 취임하여 현재까지 재직 중인 자로서

  - 본인이 보유중이던 회사 주식 786,200주 중 2012년 제3자 직접배정 유상증자로 취득한 466,200주를 2014.10.13. 장내에서 매도하고 양도소득세를 신고․납부함

 ○ 이후 ◉◉◉은 대주주에 해당하지 않는다는 이유로 기 납부한 양도소득세의 환급을 요청하는 경정청구서를 제출함

 ○ 회사의 이사회 구성원은 ◉◉◉(사내이사), ×××(사내이사), ×××(사내이사), ×××(사외이사), ×××(감사)으로 구성되어 있으며 전원 등기임원임

 ○ ◉◉◉이 466,200주를 양도한 날이 속하는 연도의 직전 사업연도(2013년)말 현재의 주주 현황은 다음과 같음

(천주, %)

 ○ ◉◉◉이 회사의 경영에 대하여 지배적인 영향력을 행사하여 ◉◉◉과 회사는 「국세기본법 시행령」제1조의2 제1항 및 제3항 제1호에 따른 특수관계에 해당한다고 전제함

2. 질의내용

○ 양도소득세 과세대상인 대주주가 양도하는 코스닥 상장법인 주식의 대주주 요건을 판단할 때, 해당 법인과 해당 법인의 대표이사가 특수관계인 경우 해당 법인이 보유하고 있는 의결권 없는 자기주식을 포함하여 지분율을 계산하는지 여부

3. 관련법령

○ 소득세법 제94조【양도소득의 범위】(2015.12.15. 법률 제13558호로 개정되기 전의 것)

① 양도소득은 해당 과세기간에 발생한 다음 각 호의 소득으로 한다.

 3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주식 또는 출자지분(신주인수권과 대통령령으로 정하는 증권예탁증권을 포함한다. 이하 이 장에서 "주식등"이라 한다)의 양도로 발생하는 소득

  가. ⁠「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」에 따른 주권상장법인(이하 "주권상장법인"이라 한다)의 주식등으로서 소유주식의 비율·시가총액 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 대주주(이하 이 장에서 "대주주"라 한다)가 양도하는 것과 같은 법에 따른 증권시장(이하 "증권시장"이라 한다)에서의 거래에 의하지 아니하고 양도하는 것

  나. 주권상장법인이 아닌 법인의 주식등

○ 소득세법 시행령 제157조 【증권예탁증권 및 대주주의 범위】(2016.2.17. 대통령령 제26982호로 개정되기 전의 것)

④ 법 제94조제1항제3호 가목에서 "대통령령으로 정하는 대주주"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자(이하 이 장에서 "대주주"라 한다)를 말한다.

 1. 법인의 주식 또는 출자지분(신주인수권과 제1항에 따른 증권예탁증권을 포함하며, 이하 이 장에서 "주식등"이라 한다)을 소유하고 있는 주주 또는 출자자 1인(이하 이 장에서 "주주 1인"이라 한다) 및 그와 「국세기본법 시행령」 제1조의2제1항 및 같은 조 제3항제1호에 따른 특수관계인(이하 이 장에서 "기타주주"라 한다)이 주식등의 양도일이 속하는 사업연도의 직전사업연도 종료일 현재 해당 법인의 주식등의 합계액의 100분의 2[코스닥시장상장법인[대통령령 제24697호 자본시장과 금융투자업에 관한 법률 시행령 일부개정령 부칙 제8조에 따른 코스닥시장(이하 "코스닥시장"이라 한다)에 상장된 주권을 발행한 법인을 말한다] 또는 코넥스시장상장법인[「자본시장과 금융투자업에 관한 법률 시행령」 제11조제2항에 따른 코넥스시장(이하 "코넥스시장"이라 한다)에 상장된 주권을 발행한 법인을 말한다]의 주식등과 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률 시행령」 제178조제1항에 따라 거래되는 ⁠「벤처기업육성에 관한 특별조치법」 제2조제1항에 따른 벤처기업의 주식등의 경우에는 100분의 4. 이하 이 조에서 같다]이상을 소유한 경우의 해당 주주 1인 및 기타주주. 이 경우 직전사업연도 종료일 현재에는 100분의 2에 미달하였으나 그 후 주식등을 취득함으로써 100분의 2 이상을 소유하게 되는 때에는 그 취득일 이후의 주주 1인 및 기타주주를 포함한다.

 2. 주식등의 양도일이 속하는 사업연도의 직전사업연도 종료일 현재 주주 1인 및 기타주주가 소유하고 있는 해당 법인의 주식등의 시가총액이 50억원[코스닥시장상장법인의 주식등과 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률 시행령」 제178조제1항에 따라 거래되는 ⁠「벤처기업육성에 관한 특별조치법」 제2조제1항에 따른 벤처기업의 주식등의 경우에는 40억원으로 하고, 코넥스시장상장법인의 주식등의 경우에는 10억원으로 한다] 이상인 경우의 해당 주주 1인 및 기타주주

○ 국세기본법 제2조 【정의】 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

 20. "특수관계인"이란 본인과 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 관계에 있는 자를 말한다. 이 경우 이 법 및 세법을 적용할 때 본인도 그 특수관계인의 특수관계인으로 본다.

  가. 혈족ㆍ인척 등 대통령령으로 정하는 친족관계

  나. 임원ㆍ사용인 등 대통령령으로 정하는 경제적 연관관계

  다. 주주ㆍ출자자 등 대통령령으로 정하는 경영지배관계

○ 국세기본법 시행령 제1조의2 【특수관계인의 범위】

① 법 제2조제20호가목에서 "혈족・인척 등 대통령령으로 정하는 친족관계"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 관계(이하 "친족관계"라 한다)를 말한다.

 1. 6촌 이내의 혈족

 2. 4촌 이내의 인척

 3. 배우자(사실상의 혼인관계에 있는 자를 포함한다)

 4. 친생자로서 다른 사람에게 친양자 입양된 자 및 그 배우자・직계비속

② 법 제2조제20호나목에서 "임원・사용인 등 대통령령으로 정하는 경제적 연관관계"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 관계(이하 "경제적 연관관계"라 한다)를 말한다.

 1. 임원과 그 밖의 사용인

 2. 본인의 금전이나 그 밖의 재산으로 생계를 유지하는 자

 3. 제1호 및 제2호의 자와 생계를 함께하는 친족

③ 법 제2조제20호다목에서 "주주・출자자 등 대통령령으로 정하는 경영지배관계"란 다음 각 호의 구분에 따른 관계(이하 "경영지배관계"라 한다)를 말한다.

 1. 본인이 개인인 경우

  가. 본인이 직접 또는 그와 친족관계 또는 경제적 연관관계에 있는 자를 통하여 법인의 경영에 대하여 지배적인 영향력을 행사하고 있는 경우 그 법인

  나. 본인이 직접 또는 그와 친족관계, 경제적 연관관계 또는 가목의 관계에 있는 자를 통하여 법인의 경영에 대하여 지배적인 영향력을 행사하고 있는 경우 그 법인

 2. 본인이 법인인 경우

  가. 개인 또는 법인이 직접 또는 그와 친족관계 또는 경제적 연관관계에 있는 자를 통하여 본인인 법인의 경영에 대하여 지배적인 영향력을 행사하고 있는 경우 그 개인 또는 법인

  나. 본인이 직접 또는 그와 경제적 연관관계 또는 가목의 관계에 있는 자를 통하여 어느 법인의 경영에 대하여 지배적인 영향력을 행사하고 있는 경우 그 법인

  다. 본인이 직접 또는 그와 경제적 연관관계, 가목 또는 나목의 관계에 있는 자를 통하여 어느 법인의 경영에 대하여 지배적인 영향력을 행사하고 있는 그 법인

  라. 본인이 ⁠「독점규제 및 공정거래에 관한 법률」에 따른 기업집단에 속하는 경우 그 기업집단에 속하는 다른 계열회사 및 그 임원

④ 제3항제1호 각 목, 같은 항 제2호가목부터 다목까지의 규정을 적용할 때 다음 각 호의 구분에 따른 요건에 해당하는 경우 해당 법인의 경영에 대하여 지배적인 영향력을 행사하고 있는 것으로 본다.

 1. 영리법인인 경우

  가. 법인의 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 30 이상을 출자한 경우

  나. 임원의 임면권의 행사, 사업방침의 결정 등 법인의 경영에 대하여 사실상 영향력을 행사하고 있다고 인정되는 경우

 2. 비영리법인인 경우

  가. 법인의 이사의 과반수를 차지하는 경우

  나. 법인의 출연재산(설립을 위한 출연재산만 해당한다)의 100분의 30 이상을 출연하고 그 중 1인이 설립자인 경우

○ 증권거래세법 제2조 【정의】

① 이 법에서 "주권"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 말한다.

 1. 상법 또는 특별한 법률에 의하여 설립된 법인의 주권

 2. 외국법인이 발행한 주권(주권)으로서 증권시장에 상장된 것

② 이 법에서 "지분"이란 상법에 따라 설립된 합명회사・합자회사・유한책임회사 및 유한회사의 사원의 지분을 말한다.

③ 이 법에서 "양도"라 함은 계약상 또는 법률상의 원인에 의하여 유상으로 소유권이 이전되는 것을 말한다.

④ 주권의 발행전의 주식, 주식의 인수로 인한 권리, 신주인수권과 특별한 법률에 의하여 설립된 법인이 발행하는 출자증권 및 ⁠「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」 제4조제8항에 따른 증권예탁증권(같은 법 제4조제2항제2호에 따른 지분증권을 예탁받은 자가 발행한 것에 한정한다)은 이 법의 적용에 있어서 주권으로 본다.

○ 상법 제341조 【자기주식의 취득】

① 회사는 다음의 방법에 따라 자기의 명의와 계산으로 자기의 주식을 취득할 수 있다. 다만, 그 취득가액의 총액은 직전 결산기의 대차대조표상의 순자산액에서 제462조제1항 각 호의 금액을 뺀 금액을 초과하지 못한다.

 1. 거래소에서 시세(시세)가 있는 주식의 경우에는 거래소에서 취득하는 방법

 2. 제345조제1항의 주식의 상환에 관한 종류주식의 경우 외에 각 주주가 가진 주식 수에 따라 균등한 조건으로 취득하는 것으로서 대통령령으로 정하는 방법

② 제1항에 따라 자기주식을 취득하려는 회사는 미리 주주총회의 결의로 다음 각 호의 사항을 결정하여야 한다. 다만, 이사회의 결의로 이익배당을 할 수 있다고 정관으로 정하고 있는 경우에는 이사회의 결의로써 주주총회의 결의를 갈음할 수 있다.

 1. 취득할 수 있는 주식의 종류 및 수

 2. 취득가액의 총액의 한도

 3. 1년을 초과하지 아니하는 범위에서 자기주식을 취득할 수 있는 기간

③ 회사는 해당 영업연도의 결산기에 대차대조표상의 순자산액이 제462조제1항 각 호의 금액의 합계액에 미치지 못할 우려가 있는 경우에는 제1항에 따른 주식의 취득을 하여서는 아니 된다.

④ 해당 영업연도의 결산기에 대차대조표상의 순자산액이 제462조제1항 각 호의 금액의 합계액에 미치지 못함에도 불구하고 회사가 제1항에 따라 주식을 취득한 경우 이사는 회사에 대하여 연대하여 그 미치지 못한 금액을 배상할 책임이 있다. 다만, 이사가 제3항의 우려가 없다고 판단하는 때에 주의를 게을리하지 아니하였음을 증명한 경우에는 그러하지 아니하다.

○ 상법 제341조의2 【특정목적에의한 자기주식의 취득】

회사는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 제341조에도 불구하고 자기의 주식을 취득할 수 있다.

1. 회사의 합병 또는 다른 회사의 영업전부의 양수로 인한 경우

2. 회사의 권리를 실행함에 있어 그 목적을 달성하기 위하여 필요한 경우

3. 단주(단주)의 처리를 위하여 필요한 경우

4. 주주가 주식매수청구권을 행사한 경우

○ 상법 제342조 【자기주식의 처분】

회사가 보유하는 자기의 주식을 처분하는 경우에 다음 각 호의 사항으로서 정관에 규정이 없는 것은 이사회가 결정한다.

1. 처분할 주식의 종류와 수

2. 처분할 주식의 처분가액과 납입기일

3. 주식을 처분할 상대방 및 처분방법

○ 상법 제369조 【의결권】

① 의결권은 1주마다 1개로 한다.

② 회사가 가진 자기주식은 의결권이 없다.

③ 회사, 모회사 및 자회사 또는 자회사가 다른 회사의 발행주식의 총수의 10분의 1을 초과하는 주식을 가지고 있는 경우 그 다른 회사가 가지고 있는 회사 또는 모회사의 주식은 의결권이 없다.

출처 : 국세청 2016. 06. 14. 기준-2016-법령해석재산-0079[법령해석과-1921] | 국세법령정보시스템