해운기업 법인세 과세표준 계산특례 폐업 연도 적용 여부

요지

요건위반 없이 ⁠‘해운기업에 대한 법인세 과세표준 계산특례’를 적용받던 법인이 특례적용기간 중 폐업한 경우 폐업일이 속하는 사업연도에 과세표준계산특례를 적용하는 것임

답변내용

귀 사전답변 신청의 사실관계와 같이, ｢조세특례제한법｣ 제104조의10에 따라 ⁠“해운기업에 대한 법인세 과세표준 계산특례”(이하 ⁠‘과세표준계산특례’)를 적용받던 내국법인이 과세표준계산특례 적용기간(이하 ⁠‘특례적용기간’) 중 폐업한 경우로서 폐업일이 속하는 사업연도 전 특례적용기간에 같은 법 시행령 제104조의7제1항에 따른 요건을 위반한 사실이 없는 경우, 폐업일이 속하는 사업연도에 과세표준계산특례를 적용하여야 하는 것입니다. 끝.

1. 사실관계

 ○ A법인은 외항부정기화물운송업자로서 조특법§104의10에 따라 ⁠‘해운기업에 대한 법인세 과세표준 계산특례’ 적용신청 하여 2021사업연도까지 해당 특례를 적용받았음(특례적용기간: 2020.1.1.∼2024.12.31.)

 ○ A법인은 특례적용기간에 요건위반 없이 특례를 적용하던 중 2022사업연도에 보유한 선박을 모두 매각함에 따라 ⁠「해운법」상 외항화물운송사업 등록기준에 미달하게 되어 2022년 11월 해당사업을 폐업하였음

2. 질의내용

 ○요건위반 없이 ⁠‘해운기업에 대한 법인세 과세표준 계산특례’를 적용받던 법인이 특례적용기간 중 폐업한 경우

  - 폐업일이 속한 사업연도의 ⁠‘해운기업에 대한 법인세 과세표준계산특례’ 적용 여부

3. 관련법령

○ 조세특례제한법 제104조의10【해운기업에 대한 법인세 과세표준 계산특례】

 ① 내국법인 중 ⁠「해운법」상 외항운송사업의 경영 등 대통령령으로 정하는 요건을 갖춘 해운기업(이하 이 조에서 "해운기업"이라 한다)의 법인세과세표준은 2024년 12월 31일까지 다음 각 호에 따라 계산한 금액을 합한 금액으로 할 수 있다.

  1. 외항운송 활동과 관련된 대통령령으로 정하는 소득(이하 이 조에서 "해운소득"이라 한다)에 대해서는 「법인세법」 제13조부터 제54조까지의 규정에도 불구하고 선박별로 다음 계산식을 적용하여 계산한 개별선박표준이익의 합계액(이하 이 조에서 "선박표준이익"이라 한다)

　 개별선박표준이익 ＝ 개별선박순톤수 × 톤당 1운항일 이익 × 운항일수 × 사용률

  2. 해운소득 외의 소득(이하 이 조에서 "비해운소득"이라 한다)에 대해서는 「법인세법」 제13조부터 제54조까지의 규정에 따라 계산한 금액

 ② 제1항에 따른 해운기업의 과세표준 계산의 특례(이하 이 조에서 "과세표준계산특례"라 한다)를 적용받으려는 법인은 대통령령으로 정하는 바에 따라 과세표준계산특례 적용을 신청하여야 하며, 과세표준계산특례를 적용받으려는 사업연도부터 연속하여 5개 사업연도(이하 "과세표준계산특례적용기간"이라 한다) 동안 과세표준계산특례를 적용받아야 한다. 다만, 과세표준계산특례를 적용받고 있는 해운기업은 2017년 12월 31일이 속하는 사업연도까지 대통령령으로 정하는 바에 따라 과세표준계산특례의 적용을 포기할 수 있다.

 ③ ∼ ⑤ ⁠(생략)

 ⑥ 과세표준계산특례를 적용받고 있는 법인이 과세표준계산특례적용기간 동안 제1항에 따른 요건을 2개 사업연도 이상 위반하는 경우에는 2회째 위반하게 된 사업연도부터 해당 과세표준계산특례적용기간의 남은 기간과 다음 5개 사업연도 기간은 과세표준계산특례를 적용받을 수 없다.

○ 조세특례제한법 시행령 제104조의7 【해운기업에 대한 법인세 과세표준 계산특례】

 ① 법 제104조의10제1항 각 호 외의 부분에서 "「해운법」상 외항운송사업의 영위 등 대통령령으로 정하는 요건을 갖춘 해운기업"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사업을 영위하는 기업으로서 해당 기업이 용선(다른 해운기업이 기획재정부령으로 정하는 공동운항에 투입한 선박을 사용하는 경우를 포함한다. 이하 이 조에서 같다)한 선박의 연간운항순톤수(선박의 순톤수에 연간운항일수와 사용률을 곱하여 계산한 톤수를 말한다. 이하 이 조에서 같다)의 합계가 해당 기업이 소유한 선박 등 기획재정부령으로 정하는 기준선박의 연간운항순톤수의 합계의 5배를 초과하지 아니하는 기업을 말한다.

  1. 「해운법」 제3조에 따른 외항정기여객운송사업 또는 외항부정기여객운송사업

  2. 「해운법」 제23조에 따른 외항정기화물운송사업 또는 외항부정기화물운송사업. 다만, 수산물운송사업을 제외한다.

  3. 「크루즈산업의 육성 및 지원에 관한 법률」 제2조제4호에 따른 국제순항 크루즈선 운항사업

 ② ∼ ④ ⁠(생략)

 ⑤ 과세표준계산특례를 적용받으려는 법인은 과세표준계산특례를 적용받으려는 최초 사업연도의 과세표준 신고기한까지 기획재정부령으로 정하는 해운기업의 법인세과세표준계산특례 적용신청서에 제1항에 따른 요건의 충족여부에 대한 해양수산부장관의 확인서를 첨부하여 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다.

 ⑥ 특례적용기업은 법 제104조의10제2항 본문에 따른 과세표준계산특례적용기간(이하 이 조에서 "특례적용기간"이라 한다)에 속하는 사업연도(제5항에 따라 제출된 해양수산부장관의 확인서에 의하여 요건의 충족을 확인할 수 있는 사업연도는 제외한다)의 과세표준을 신고하는 때에 기획재정부령으로 정하는 해운기업의 법인세과세표준계산특례 요건명세서에 제1항에 따른 요건의 충족여부에 대한 해양수산부장관의 확인서를 첨부하여 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다.

○ 조세특례제한법 시행규칙 제46조의3 【해운기업에 대한 법인세 과세표준 계산 특례】

 ③ 영 제104조의7제1항의 규정에 의한 연간운항순톤수는 과세표준계산특례 적용신청기한이 속하는 사업연도(영 제104조의7제6항에 따라 해운기업의 법인세 과세표준계산특례 요건명세서를 제출하는 경우에는 당해 요건명세서의 제출기한이 속하는 사업연도)의 직전 사업연도 종료일을 기준으로 산출한다.

○ 해운법 제23조 【사업의 종류】

 해상화물운송사업의 종류는 다음과 같다.

  1. 내항 화물운송사업 : 국내항과 국내항 사이에서 운항하는 해상화물운송사업

  2. 외항 정기 화물운송사업 : 국내항과 외국항 사이 또는 외국항과 외국항 사이에서 정하여진 항로에 선박을 취항하게 하여 일정한 일정표에 따라 운항하는 해상화물운송사업

  3. 외항 부정기 화물운송사업 : 제1호와 제2호 외의 해상화물운송사업

○ 해운법 제27조 【등록기준】

 ① 내항 화물운송사업을 경영하려는 자는 선박의 보유량과 선령 등이 해양수산부령으로 정하는 등록기준에 맞도록 하여야 한다.

 ② 외항화물운송사업을 경영하려는 자는 선박의 보유량, 자본금 등 사업의 재정적 기초와 경영 형태가 해양수산부령으로 정하는 등록기준에 맞도록 하여야 한다.

○ 해운법 제18조 【사업의 휴업 또는 폐업】

 ① 여객운송사업자는 그 사업을 휴업하거나 폐업하려면 해양수산부령으로 정하는 바에 따라 해양수산부장관에게 신고하여야 한다. 다만, 내항정기여객운송사업자가 그 사업을 휴업하려는 경우에는 해양수산부장관의 허가를 받아야 한다.

○ 해운법 제19조 【면허의 취소 등】

 ① 해양수산부장관은 여객운송사업자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하면 면허(승인을 포함한다) 또는 제12조제4항에 따른 인가를 취소하거나 6개월 이내의 기간을 정하여 해당 사업의 전부 또는 일부를 정지할 것을 명하거나 10억원 이하의 과징금을 부과할 수 있다. 다만, 제2호부터 제11호까지, 제15호 및 제17호에 대하여는 1억원 이하의 과징금을 부과할 수 있다.

  5. 제5조제1항제5호에 따른 면허기준에 미달하게 된 경우(미달하게 된 날부터 2개월 이내에 그 기준을 충족한 경우는 제외한다)

○ 해운법 제32조 【준용규정】

 ① 해상화물운송사업에 관하여는 제4조제4항, 제8조, 제17조부터 제19조까지를 준용한다. ⁠(이하생략)

○ 해운법 시행령 제19조 【해상화물운송사업의 등록기준】

 ① 법 제27조에 따른 해상화물운송사업의 등록기준은 별표 3과 같다.

○ 해운법 시행규칙 [별표 3]

출처 : 국세청 2023. 02. 16. 사전-2022-법규법인-1162[법규과-419] | 국세법령정보시스템