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분식회계 혐의에 대하여 검찰 수사 또는 금융감독원장의 회계감리가 진행 중에 분식회계로 과다 계상한 과세표준 및 세액에 대해 경정청구하는 경우 사실과 다른 회계처리로 인한 경정에 따른 세액공제 적용
내국법인이 감사인의 회계감사 결과 분식회계 사실이 확인되고 분식회계 혐의에 대하여 검찰 수사 또는 금융감독원장의 회계감리가 진행 중에 해당 분식회계로 과다 계상한 법인세의 과세표준 및 세액에 대하여 「국세기본법」제45조의2에 따라 경정을 청구하는 경우 「법인세법」제58조의3을 적용하는 것임
1. 사실관계
○ 질의법인의 감사인은 회계감사 수행 중 과거 사업연도의 재무제표가 왜곡되었다고 지적
○ 질의법인은 감사인의 권고사항에 따라 해당 사업연도의 재무제표를 재작성하였으며, 해당 사업연도의 법인세 및 농어촌특별세의 환급을 구하는 경정청구 제기
○ 경정청구 접수일 현재 사실과 다른 회계처리로 인하여 금융위원회 등 관련 기관으로부터 질의법인, 감사인 또는 그에 소속된 공인회계사가 경고·주의 등의 조치를 받은 사실이 없으나, 분식회계 혐의에 대하여 검찰 수사 및 금감원 회계감리 진행 중
2. 질의내용
○ 감사인의 회계감사 결과 분식회계 사실이 확인되고, 분식회계 혐의에 대한 검찰 수사 또는 금감원 회계감리 진행 중에 과다 납부세액을 경정청구하는 경우 즉시 환급하지 않고「법인세법」제58조의3에 따른 사실과 다른 회계처리로 인한 경정에 따른 세액공제 적용 여부
3. 관련법령
○ 국세기본법 제45조의2 【경정 등의 청구】
① 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당할 때에는 최초신고 및 수정신고한 국세의 과세표준 및 세액의 결정 또는 경정을 법정신고기한이 지난 후 5년 이내에 관할 세무서장에게 청구할 수 있다. 다만, 결정 또는 경정으로 인하여 증가된 과세표준 및 세액에 대하여는 해당 처분이 있음을 안 날(처분의 통지를 받은 때에는 그 받은 날)부터 90일 이내(법정신고기한이 지난 후 5년 이내로 한정한다)에 경정을 청구할 수 있다.
1. 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액(각 세법에 따라 결정 또는 경정이 있는 경우에는 해당 결정 또는 경정 후의 과세표준 및 세액을 말한다)이 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과할 때
2. 과세표준신고서에 기재된 결손금액 또는 환급세액(각 세법에 따라 결정 또는 경정이 있는 경우에는 해당 결정 또는 경정 후의 결손금액 또는 환급세액을 말한다)이 세법에 따라 신고하여야 할 결손금액 또는 환급세액에 미치지 못할 때
○ 법인세법 제58조의3 【사실과 다른 회계처리로 인한 경정에 따른 세액공제】
① 내국법인이 제66조제2항제4호에 따른 경정(更正)을 받은 경우에는 그 경정일이 속하는 사업연도의 개시일부터 5년 이내에 끝나는 각 사업연도의 법인세액에서 과다 납부한 세액을 차례로 공제한다.
② 제1항을 적용할 때 내국법인이 해당 사실과 다른 회계처리와 관련하여 그 경정일이 속하는 사업연도 이전의 사업연도에 「국세기본법」 제45조에 따른 수정신고를 하여 납부할 세액이 있는 경우에는 그 납부할 세액에서 제1항에 따른 과다 납부한 세액을 먼저 공제하여야 한다.
③ 제1항과 제2항에 따른 세액공제와 관련한 구체적인 방법 및 절차는 대통령령으로 정한다.
○ 법인세법 제66조 【결정 및 경정】
① 납세지 관할 세무서장 또는 관할지방국세청장은 내국법인이 제60조에 따른 신고를 하지 아니한 경우에는 그 법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 결정한다.
②납세지 관할 세무서장 또는 관할지방국세청장은 제60조에 따른 신고를 한 내국법인이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그 법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 경정한다.
1. 신고 내용에 오류 또는 누락이 있는 경우
2. 제120조 또는 제120조의2에 따른 지급명세서, 제121조에 따른 매출·매입처별 계산서합계표의 전부 또는 일부를 제출하지 아니한 경우
3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우로서 시설 규모나 영업 현황으로 보아 신고 내용이 불성실하다고 판단되는 경우
가.~라. (생략)
4.내국법인이 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」 제159조에 따른 사업보고서 및 「주식회사의 외부감사에 관한 법률」 제8조에 따른 감사보고서를 제출할 때 수익 또는 자산을 과다 계상하거나 손비 또는 부채를 과소 계상하는 등 사실과 다른 회계처리를 함으로 인하여 그 내국법인, 그 감사인 또는 그에 소속된 공인회계사가 대통령령으로 정하는 경고ㆍ주의 등의 조치를 받은 경우로서 과세표준 및 세액을 과다하게 계상하여 「국세기본법」 제45조의2에 따라 경정을 청구한 경우
(이하 생략)
○법인세법 시행령 제103조의2 【사실과 다른 회계처리로 인한 경고ㆍ주의 등의 조치】
법 제66조제2항제4호에서 "대통령령으로 정하는 경고ㆍ주의 등의 조치"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 말한다.
1. 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」 제164조 및 같은 법 시행령 제175조에 따른 임원해임권고, 일정기간 증권의 발행제한, 같은 법 위반에 따른 고발 또는 수사기관에의 통보, 다른 법률 위반에 따른 관련기관 또는 수사기관에의 통보, 경고 또는 주의
2. 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」 제429조제3항에 따른 과징금의 부과
3. 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」 제444조제13호 및 제446조제28호에 따른 징역 또는 벌금형의 선고
4. 「주식회사의 외부감사에 관한 법률」 제16조제1항의 규정에 의한 감사인 또는 그에 소속된 공인회계사의 등록취소 및 업무ㆍ직무의 정지건의, 특정 회사에 대한 감사업무의 제한
5. 「주식회사의 외부감사에 관한 법률」 제16조제2항의 규정에 의한 주주총회에 대한 임원의 해임권고 또는 유가증권의 발행제한
6. 「주식회사의 외부감사에 관한 법률」 제20조의 규정에 의한 징역 또는 벌금형의 선고
○ 법인세법 제72조의2 【사실과 다른 회계처리로 인한 경정에 따른 환급】
① 납세지 관할 세무서장 또는 관할지방국세청장은 제66조제2항제4호에 따른 경정을 할 때 제58조의3 및 제59조에 따라 세액공제한 후 남은 금액이 있으면 환급금과 환급가산금을 즉시 지급하여야 한다.
② 제1항을 적용할 때 해당 내국법인이 해산(합병 또는 분할에 따른 해산은 제외한다)하는 경우에는 제77조에 따른 청산소득에 대한 법인세 납부세액을 먼저 빼고 남은 금액을 즉시 환급하여야 한다.
출처 : 국세청 2016. 10. 18. 서면-2016-법령해석법인-4352[법령해석과-3310] | 국세법령정보시스템