연구인력 파견 기업부담금의 연구개발비 세액공제 여부

요지

｢조세특례제한법 시행규칙｣ 제7조에서 규정하는 전담부서등에서 연구개발 과제를 전업적으로 수행하는 경우 세액공제 대상 인건비에 해당함

답변내용

귀 사전답변 신청의 사실관계와 같이 내국법인이 중소벤처기업부에서 실시하는 중소기업 연구인력지원사업과 관련하여 공공연구기관의 소속 연구원을 지원받고 ｢조세특례제한법 시행규칙｣ 제7조에서 규정하는 전담부서등에서 연구개발 과제를 전업적으로 수행하는 해당 연구원의 인건비 중 50%에 상당하는 금액을 기업부담금으로 지출하는 경우 해당 금액은 ｢조세특례제한법 시행령｣ 별표6의 제1호가목1)의 인건비에 해당하는 것입니다.

1. 사실관계

 ○ A법인은 중소벤처기업부에서 실시하는 연구인력 지원사업 관련하여 공공연구기관의 연구인력을 파견받음

  - 정부출연연구기관인 oo연구원과 계약을 체결하고 파견연구원의 인건비 중 약 50%에 상당하는 금액을 기업부담금으로 oo연구원에 지급함

   * 파견연구원은 oo연구원의 소속이고 파견기간동안 A법인의 기업부설연구소에 배치되어 기술혁신업무(기술개발, 기술기획, 기술관리등)만을 수행하며 oo연구원은 중소벤처기업부로부터 파견연구원의 연봉 중 50%를 지급받고 A법인으로부터 나머지 50%(기업부담금)를 지급받아 파견연구원의 급여를 지급함

2. 질의요지

 ○ 연구원을 파견 받고 파견 연구기관에 지급하는 기업부담금이 연구·인력개발비 세액공제 대상 인건비에 해당하는지 여부

3. 관련 법령

○ 조세특례제한법 제10조 【연구ㆍ인력개발비에 대한 세액공제】

 ① 내국인이 각 과세연도에 연구개발 및 인력개발에 지출한 금액 중 대통령령으로 정하는 비용(이하 "연구ㆍ인력개발비"라 한다)이 있는 경우에는 다음 각 호의 금액을 합한 금액을 해당 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세만 해당한다) 또는 법인세에서 공제한다. 이 경우 제1호는 2021년 12월 31일까지 발생한 해당 연구ㆍ인력개발비에 대해서만 적용한다.

  1. 연구ㆍ인력개발비 중 대통령령으로 정하는 신성장ㆍ원천기술을 얻기 위한 연구개발비(이하 이 조에서 "신성장ㆍ원천기술 연구개발비"라 한다)에 대해서는 해당 과세연도에 발생한 신성장ㆍ원천기술 연구개발비에 가목의 비율과 나목의 비율을 더한 비율을 곱하여 계산한 금액

    (이하생략)

○ 조세특례제한법 시행령 제9조【연구 및 인력개발비에 대한 세액공제】

 ① 법 제10조제1항 각 호 외의 부분 전단에서 "대통령령으로 정하는 비용"이란 연구개발 및 인력개발을 위한 비용으로서 별표 6의 비용을 말한다. 다만, 다음 각 호에 해당하는 비용은 제외한다.

  1. 법 제10조의2에 따른 연구개발출연금등을 지급받아 연구개발비로 지출하는 금액

  2. 국가, 지방자치단체, ⁠「공공기관의 운영에 관한 법률」에 따른 공공기관 및「지방공기업법」에 따른 지방공기업으로부터 연구개발 또는 인력개발 등을 목적으로 출연금 등의 자산을 지급받아 연구개발비 또는 인력개발비로 지출하는 금액

 ② 법 제10조제1항제1호 각 목 외의 부분에서 "대통령령으로 정하는 신성장ㆍ원천기술을 얻기 위한 연구개발비"란 다음 각 호의 구분에 따른 비용(이하 이 조에서 "신성장ㆍ원천기술연구개발비"라 한다)을 말한다. 다만, 제1항 각 호에 해당하는 비용은 제외한다.

  1. 자체 연구개발의 경우: 다음 각 목의 비용

   가. 기획재정부령으로 정하는 연구소 또는 전담부서에서 별표 7에 따른 신성장ㆍ원천기술의 연구개발업무(이하 이 조에서 "신성장ㆍ원천기술연구개발업무"라 한다)에 종사하는 연구원 및 이들의 연구개발업무를 직접적으로 지원하는 사람에 대한 인건비. 다만, 기획재정부령으로 정하는 사람에 대한 인건비는 제외한다.

   나. 신성장ㆍ원천기술연구개발업무를 위하여 사용하는 견본품, 부품, 원재료와 시약류 구입비 및 소프트웨어(「문화산업진흥 기본법」 제2조제2호에 따른 문화상품 제작을 목적으로 사용하는 경우에 한정한다)ㆍ서체ㆍ음원ㆍ이미지의 대여ㆍ구입비

  2. 위탁 및 공동연구개발의 경우: 기획재정부령으로 정하는 기관에 신성장ㆍ원천기술연구개발업무를 위탁(재위탁을 포함한다)함에 따른 비용(전사적 기업자원 관리설비, 판매시점 정보관리 시스템 설비 등 기업의 사업운영ㆍ관리ㆍ지원 활동과 관련된 시스템 개발을 위한 위탁비용은 제외한다) 및 이들 기관과의 공동연구개발을 수행함에 따른 비용

○ 조세특례제한법 시행령 별표 6【연구･인력개발비 세액공제를 적용받는 비용】

  1. 연구개발

   가. 자체연구개발

    1) 연구개발 또는 문화산업 진흥 등을 위한 기획재정부령으로 정하는 연구소 또는 전담부서(이하 ⁠“전담부서등”이라 한다)에서 근무하는 직원(다만, 연구개발과제를 직접 수행하거나 보조하지 않고 행정 사무를 담당하는 자는 제외한다) 및 연구개발서비스업에 종사하는 전담요원으로서 기획재정부령으로 정하는 자의 인건비 다만, 다음의 인건비를 제외한다.

      가) 「소득세법」 제22조에 따른 퇴직소득에 해당하는 금액

      나) 「소득세법」 제29조 및 「법인세법」 제33조에 따른 퇴직급여충당금

      다) 「법인세법 시행령」 제44조의2제2항에 따른 퇴직연금등의 부담금 및 「소득세법 시행령」 제40조의2제1항제2호에 따른 퇴직연금계좌에 납부한 부담금

   2)전담부서등 및 연구개발서비스업자가 연구용으로 사용하는 견본품･원재료와 시약류구입비(시범제작에 소요되는 외주가공비를 포함한다) 및 소프트웨어(｢문화산업진흥 기본법｣ 제2조제2호에 따른 문화상품 제작을 목적으로 사용하는 경우에 한정한다)･서체･음원･이미지의 대여･구입비

    3) 전담부서등 및 연구개발서비스업자가 직접 사용하기 위한 연구･시험용 시설(제22조제1호에 따른 시설을 말한다. 이하 같다)의 임차 또는 나목1)에 규정된 기관의 연구･시험용 시설의 이용에 필요한 비용

○ 조세특례제한법 시행규칙 제7조 【연구 및 인력개발비의 범위】

 ① 영 별표 6 제1호가목1)에 따른 연구소 또는 전담부서란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 연구소 및 전담부서(이하 "전담부서등"이라 한다)를 말하며, 영 별표 6의 제1호가목1)에 따른 연구개발서비스업이란 「국가과학기술 경쟁력 강화를 위한 이공계지원 특별법」 제18조제2항에 따라 과학기술정보통신부장관에게 신고한 연구개발서비스업 중 같은 법 제2조제4호가목에 따른 연구개발업(이하 이 조에서 "연구개발서비스업"이라 한다)을 말한다.

  1. 「기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률」 제14조의2제1항에 따라 과학기술정보통신부장관의 인정을 받은 기업부설연구소 또는 연구개발전담부서

  2. 「문화산업진흥 기본법」 제17조의3제1항에 따른 기업부설창작연구소 또는 기업창작전담부서

  3. 「산업디자인진흥법」 제9조에 따른 산업디자인전문회사(이하 이 조에서 "산업디자인전문회사"라 한다)

 ③ 영 별표 6의 제1호가목1)에서 "기획재정부령으로 정하는 자"란 전담부서등에서 연구업무에 종사하는 「기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률 시행령」 제2조제7호에 따른 연구전담요원(산업디자인전문회사의 경우 연구업무에 종사하는 「산업디자인진흥법 시행규칙」 제9조제1항제1호에 따른 전문인력을 말한다. 이하 이 조에서 같다) 및 같은 법 시행령 제2호제8호에 따른 연구보조원과 연구개발서비스업에 종사하는 전담요원을 말한다. 다만, 주주인 임원으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자는 제외한다.

  1. 부여받은 주식매수선택권을 모두 행사하는 경우 당해 법인의 총발행주식의 100분의 10을 초과하여 소유하게 되는 자

  2. 당해 법인의 주주로서 「법인세법 시행령」 제43조제7항에 따른 지배주주등 및 당해 법인의 총발행주식의 100분의 10을 초과하여 소유하는 주주

  3. 제2호에 해당하는 자(법인을 포함한다)와 「소득세법 시행령」 제98조제1항 또는 「법인세법 시행령」 제2조제5항에 따른 특수관계인. 이 경우 「법인세법 시행령」 제2조제5항제7호에 해당하는 자가 당해 법인의 임원인 경우를 제외한다.

○ 기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률 시행령 제2조 【정의】

  7. "연구전담요원"이란 연구개발활동과 관련된 연구업무를 하면서 다른 업무를 겸하지 아니하는 사람을 말한다.

  8. "연구보조원"이란 연구전담요원의 지시에 따라 실험ㆍ검사 및 측정 등 연구보조업무를 하면서 다른 업무를 겸하지 아니하는 사람을 말한다.

○ 조세특례제한법 기본통칙 9-8…1 【 연구 및 인력개발비의 용어정의 등 】

 ① 영 별표6에서 규정하는 용어의 정의 및 그 적용범위는 다음 각호와 같다.

  1. ¨인건비¨라 함은 명칭여하에 불구하고 근로의 제공으로 인하여 지급하는 비용을 말하며,「소득세법」제22조의 퇴직소득에 해당하는 금액 및 퇴직급여충당금전입액을 포함하지 아니한다. 

  2. 자체연구개발을 위한 비용 중 ②의 ¨연구¨라 함은「기술개발촉진법」제2조 제1호의 ¨기술개발¨을 말한다.

  3. 자체연구개발을 위한 비용에는 전담부서에서 사용하는 사무용품비등 소모품비와 복리후생비를 포함하지 아니한다.

출처 : 국세청 2021. 07. 14. 사전-2021-법령해석법인-0363[법령해석과-2445] | 국세법령정보시스템