연구개발 전담부서 인정 및 세액공제 요건 요약

요지

연구개발 전담부서로 인정받은 경우로서 신청일 이후 발생되는 비용은 세액공제 대상에 해당에 해당하며, 이 경우 연구업무에 종사한 일수에 따라 계산하는 것임
또한 기계장치 구입비용은 연구․인력개발비 세액공제 대상이 아님

회신

귀 질의의 사실관계와 같이 과세연도의 월중에 ｢기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률｣ 제14조의2에 따라 연구개발 전담부서로 인정을 받은 경우 연구개발 전담부서로 인정을 신청한 날 이후 발생하는 연구전담요원의 인건비가 조세특례제한법 시행령 별표6에 해당하는 경우 해당 인건비는 조세특례제한법 제10조에 따라 연구·인력개발비 세액공제를 적용받을 수 있는 것이며, 이 경우 해당 월의 인건비 중 인정을 신청한 날 이후 발생한 인건비 해당 금액을 구분하기 어려운 경우에는 인정을 신청한 날 이후 연구업무에 종사한 일수에 따라 일할 계산하는 것임
또한, 연구에 사용할 목적으로 구입한 기계장치의 구입비용은 조세특례제한법 시행령 제9조 제1항 및 ⁠[별표6]의 연구·인력개발비 세액공제를 적용받는 비용에 해당하지 아니하는 것임

1. 사실관계

 ○질의법인은 2018.1.16.개업하여 화장품 제조업을 영위하는 법인으로서 2021.12.15. 한국산업기술진흥협회로부터 화장품 개발을 위해 연구개발 전담부서를 인정받음

 - 연구개발 전담부서를 인정받기 전인 2021년 10월 경 연구에 사용할 목적으로 기계장치(나노입자 균질기, 매입비용 52백만원)를 구입하였고, 2021년 11월 경 연구전담요원 1명을 채용함

2. 질의내용

 ○ (질의1)과세연도의 월중에 연구개발 전담부서로 인정받은 경우 연구․인력개발비 세액공제 대상 연구전담요원의 인건비를 일할 계산하는지 여부

 ○(질의2) 연구개발 전담부서로 인정받기 전에 구입한 연구전용 기계장치의 연구․인력개발비 세액공제 대상 여부

3. 관련법령

○ 조세특례제한법 제10조【연구 및 인력개발비에 대한 세액공제】

 ① 내국인의 연구개발 및 인력개발을 위한 비용 중 대통령령으로 정하는 비용(이하 "연구ㆍ인력개발비"라 한다)이 있는 경우에는 다음 각 호의 금액을 합한 금액을 해당 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세만 해당한다) 또는 법인세에서 공제한다. 이 경우 제1호 및 제2호는 2024년 12월 31일까지 발생한 해당 연구ㆍ인력개발비에 대해서만 적용하며, 제1호 및 제2호를 동시에 적용받을 수 있는 경우에는 납세의무자의 선택에 따라 그 중 하나만을 적용한다.

 ⑥ 자체 연구개발을 위한 연구개발비가「기초연구진흥 및 기술개발 지원에 관한 법률」제14조의3제1항 각 호에 해당하는 사유 등 대통령령으로 정하는 사유로 인하여 연구개발비에 해당하지 아니하게 되는 경우에는 대통령령으로 정하는 날 이후 발생하는 비용에 대하여 제1항에 따른 세액공제를 적용하지 아니한다.

○조세특례제한법 시행령 제9조【연구 및 인력개발비에 대한 세액공제】

 ① 법 제10조 제1항 각 호 외의 부분 전단에서 "대통령령으로 정하는 비용"이란 연구개발 및 인력개발을 위한 비용으로서 별표 6의 비용을 말한다. 다만, 다음 각 호에 해당 하는 비용은 제외한다.

  1. 법 제10조의2제1항에 따른 연구개발출연금등을 지급받아 연구개발비로 지출하는 금액

  2. 국가, 지방자치단체, ⁠「공공기관의 운영에 관한 법률」에 따른 공공기관 및 ⁠「지방공기업법」에 따른 지방공기업으로부터 연구개발 또는 인력개발 등을 목적으로 출연금 등의 자산을 지급받아 연구개발비 또는 인력개발비로 지출하는 금액

 ⑲ 법 제10조 제6항에서 "대통령령으로 정하는 날"이란 제18항 각 호에 따른 인정취소의 사유별로 다음 각 호의 구분에 따른 날을 말한다.

  1. ⁠「기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률」 제14조의3제1항제1호 또는 「문화산업진흥 기본법」 제17조의3제4항제1호에 따라 인정이 취소된 경우: 인정일이 속하는 과세연도의 개시일

  2. 「기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률」 제14조의3제1항제2호, 제3호, 제5호, 제6호 및 제8호에 따라 인정이 취소된 경우: 인정취소일

  3.「기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률」 제14조의3제1항 제4호ㆍ제7호 또는 「문화산업진흥 기본법」 제17조의3제4항제2호에 따라 인정이 취소된 경우: 인정취소일이 속하는 과세연도의 개시일

○조세특례제한법 시행령 【별표 6】연구·인력개발비 세액공제를 적용받는 비용

○ 조세특례제한법 시행령 제25조의3 【설비투자자산의 감가상각비 손금산입 특례】

 ③ 법 제28조의3제1항제2호에서 "대통령령으로 정하는 혁신성장투자자산"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 시설을 말한다.

   1. 신성장사업화시설

   2. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 연구ㆍ시험용 시설 및 직업훈련용 시설

   가. 연구개발을 위한 연구ㆍ시험용 시설로서 기획재정부령으로 정하는 시설

   나. 인력개발을 위한 직업훈련용 시설로서 기획재정부령으로 정하는 시설

○조세특례제한법 시행규칙 제7조 【연구 및 인력개발비의 범위】

 ① 영 별표 6 제1호가목1)에 따른 연구소 또는 전담부서란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 연구소 및 전담부서(이하 "전담부서등"이라 한다)를 말하며, 영 별표 6의 제1호가목1)에 따른 연구개발서비스업이란 ⁠「국가과학기술 경쟁력 강화를 위한 이공계지원 특별법」제18조제2항에 따라 과학기술정보통신부장관에게 신고한 연구개발서비스업 중 같은 법 제2조 제4호 가목에 따른 연구개발업(이하 이 조에서 "연구개발서비스업"이라 한다)을 말한다.

   1. 「기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률」 제14조의2제1항에 따라 과학기술정보통신부장관의 인정을 받은 기업부설연구소 또는 연구개발전담부서

   2. 「문화산업진흥 기본법」 제17조의3제1항에 따른 기업부설창작연구소 또는 기업창작전담부서

   3. 「산업디자인진흥법」 제9조에 따른 산업디자인전문회사(이하 이 조에서 "산업디자인전문회사"라 한다)

 ③ 영 별표 6의 제1호가목1)에서 "기획재정부령으로 정하는 자"란 전담부서등에서 연구 업무에 종사하는 ⁠「기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률시행령」제2조제7호에 따른 연구전담요원(산업디자인전문회사의 경우 연구업무에 종사하는 ⁠「산업디자인진흥법 시행규칙」제9조제1항 제1호에 따른 전문인력을 말한다. 이하 이 조에서 같다) 및 같은 법 시행령 제2호제8호에 따른 연구보조원과 연구개발서비스업에 종사하는 전담요원을 말한다. 다만, 주주인 임원으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자는 제외한다.

   1.부여받은 주식매수선택권을 모두 행사하는 경우 당해 법인의 총발행주식의 100분의 10을 초과하여 소유하게 되는 자

   2.당해 법인의 주주로서 「법인세법 시행령」 제43조제7항에 따른 지배주주 등 및 당해 법인의 총발행주식의 100분의 10을 초과하여 소유하는 주주

   3.제2호에 해당하는 자(법인을 포함한다)와 「소득세법 시행령」 제98조제1항 또는 「법인세법 시행령」 제2조제5항에 따른 특수관계인. 이 경우 「법인세법 시행령」 제2조제5항제7호에 해당하는 자가 당해 법인의 임원인 경우를 제외한다.

○ 조세특례제한법 시행규칙 제13조의10【설비투자자산의 감가상각비 손금산입 특례】

 ① 영 제25조의3제3항제2호가목에서 "기획재정부령으로 정하는 시설"이란 전담부서등, 「국가과학기술 경쟁력강화를 위한 이공계지원특별법」 제18조 및 같은 법 시행령 제17조에 따라 과학기술정보통신부장관에게 신고한 연구개발서비스업자 및 ⁠「산업기술연구조합 육성법」에 따른 산업기술연구조합에서 직접 사용하기 위한 연구ㆍ시험용시설로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 말한다. 다만, 운휴 중인 것은 제외한다.

   1. 공구 또는 사무기기 및 통신기기, 시계ㆍ시험기기 및 계측기기, 광학기기 및 사진제작기기

   2. 「법인세법 시행규칙」 별표 6의 업종별 자산의 기준내용연수 및 내용연수범위표의 적용을 받는 자산

○ 법인세법 시행규칙 [별표6] 업종별자산의 기준내용연수 및 내용연수 범위표

   1. 이 표는 별표 3이나 별표 5의 적용을 받는 자산을 제외한 모든 감가상각자산에 대하여 적용한다.

○ 기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률(이하 ⁠‘기초연구진흥법’) 제14조의2 【기업부설연구소 또는 연구개발전담부서의 인정 등】

 ① 과학기술정보통신부장관은 기업의 연구개발활동을 효율적으로 지원하고 관리하기 위하여 연구 인력 및 시설 등 대통령령으로 정하는 기준을 충족하는 기업부설 연구기관 또는 기업의 연구개발부서를 기업부설연구소 또는 연구개발전담부서로 인정할 수 있다.

 ② 소속 기업부설 연구기관 또는 기업의 연구개발부서에 대하여 제1항에 따른 인정을 받으려는 기업은 과학기술정보통신부령으로 정하는 바에 따라 과학기술정보통신부장관에게 인정을 신청하여야 한다.

 ③ 제1항에 따라 인정받은 기업부설연구소 또는 연구개발전담부서(이하 "기업부설연구소등"이라 한다)가 소속된 기업은 과학기술정보통신부령으로 정하는 사항을 변경하는 경우에는 과학기술정보통신부장관에게 신고하여야 한다.

○조세특례제한법 제24 조 【통합투자세액공제 】

 ① 대통령령으로 정하는 내국인이 제1호 가목 또는 나목에 해당하는 자산에 투자(중고품 및 대통령령으로 정하는 리스에 의한 투자는 제외한다. 이하 이 조에서 같다)하는 경우에는 제2호 각 목에 따른 기본공제 금액과 추가공제 금액을 합한 금액을 해당 투자가 이루어지는 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세만 해당한다) 또는 법인세에서 공제한다.

   1. 공제대상 자산

    가.기계장치 등 사업용 유형자산. 다만, 대통령령으로 정하는 자산은 제외한다.

    나. 가목에 해당하지 아니하는 유형자산과 무형자산으로서 대통령령으로 정하는 자산

   2. 공제금액

    가. 기본공제 금액: 해당 과세연도에 투자한 금액의 100분의 1(중견기업은 100분의 3, 중소기업은 100분의 10)에 상당하는 금액.

       다만, 다음의 어느 하나에 해당하는 경우에는 다음의 구분에 따른 금액으로 한다.

     1)신성장ㆍ원천기술의 사업화를 위한 시설로서 대통령령으로 정하는 시설(이하 이 조에서 "신성장사업화시설"이라 한다)에 투자하는 경우: 100분의 3(중견기업은 100분의 5, 중소기업은 100분의 12)에 상당하는 금액

     2) 국가전략기술의 사업화를 위한 시설로서 대통령령으로 정하는 시설(이하 이 조에서 "국가전략기술사업화시설"이라 한다)에 2024년 12월 31일까지 투자하는 경우: 100분의 6(중견기업은 100분의 8, 중소기업은 100분의 16)에 상당하는 금액

    나. 추가공제 금액: 해당 과세연도에 투자한 금액이 해당 과세연도의 직전 3년간 연 평균 투자 또는 취득금액을 초과하는 경우에는 그 초과하는 금액의 100분의 3(국가전략기술사업화시설의 경우에는 100분의 4)에 상당하는 금액. 다만, 추가공제 금액이 기본공제 금액을 초과하는 경우에는 기본공제 금액의 2배를 그 한도로 한다.

 ② 제1항에 따른 투자가 2개 이상의 과세연도에 걸쳐서 이루어지는 경우에는 그 투자가 이루어지는 과세연도마다 해당 과세연도에 투자한 금액에 대하여 제1항을 적용한다.

 ③ 제1항에 따라 소득세 또는 법인세를 공제받은 자가 투자완료일부터 5년 이내의 기간 중 대통령령으로 정하는 기간 내에 그 자산을 다른 목적으로 전용하는 경우에는 공제받은 세액공제액 상당액에 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 이자 상당 가산액을 가산하여 소득세 또는 법인세로 납부하여야 한다. 이 경우 해당 세액은 「소득세법」 제76조 또는 「법인세법」 제64조에 따라 납부하여야 할 세액으로 본다.

 ④ 제1항을 적용받으려는 내국인은 대통령령으로 정하는 바에 따라 세액공제신청을 하여야 한다.

 ⑤ 제1항부터 제4항까지의 규정을 적용할 때 투자금액의 계산방법, 해당 과세연도의 직전 3년간 연 평균 투자금액의 계산방법, 신성장사업화시설 및 국가전략기술사업화시설의 판정방법 및 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

○조세특례제한법시행령 제21조 【통합투자세액공제】

 ① 법 제24조제1항 각 호 외의 부분 본문에서 "대통령령으로 정하는 내국인"이란 다음 각 호의 업종 외의 사업을 경영하는 내국인을 말한다.

   1. 제29조제3항에 따른 소비성서비스업

   2. 부동산임대 및 공급업

 ② 법 제24조제1항제1호가목 단서에서 "대통령령으로 정하는 자산"이란 토지와 건축물 등 기획재정부령으로 정하는 자산을 말한다.

 ③ 법 제24조제1항제1호나목에서 "가목에 해당하지 않는 유형자산과 무형자산으로서 대통령령으로 정하는 자산"이란 다음 각 호의 자산을 말한다.

   1. 연구ㆍ시험, 직업훈련, 에너지 절약, 환경보전 또는 근로자복지 증진 등의 목적으로 사용되는 사업용자산으로서 기획재정부령으로 정하는 자산

   2. 운수업을 경영하는 자가 사업에 직접 사용하는 차량 및 운반구 등 기획재정부령으로 정하는 자산

   3. 중소기업 및 중견기업이 취득한 다음 각 목의 자산(제11조제1항에 따른 특수관계인으로부터 취득한 자산은 제외한다)

   가. 내국인이 국내에서 연구ㆍ개발하여 ⁠「특허법」에 따라 최초로 설정등록받은 특허권

   나. 내국인이 국내에서 연구ㆍ개발하여 ⁠「실용신안법」에 따라 최초로 설정등록받은 실용신안권

   다. 내국인이 국내에서 연구ㆍ개발하여 ⁠「디자인보호법」에 따라 최초로 설정등록받은 디자인권

  ④ 법 제24조제1항제2호가목1) 및 2)에서 "대통령령으로 정하는 시설"이란 다음 각 호의 시설을 말한다.

   1. 법 제24조제1항제2호가목1)의 시설: 다음 각 목의 시설

   가. 기획재정부령으로 정하는 바에 따라 신성장ㆍ원천기술을 사업화하는 시설(신성장ㆍ원천기술을 사용하여 생산하는 제품 외에 다른 제품의 생산에도 사용되는 시설을 포함한다)로서 연구개발세액공제기술심의위원회의 심의를 거쳐 기획재정부장관과 산업통상자원부장관이 공동으로 인정하는 시설(이하 "신성장사업화시설"이라 한다)

   나. 별표 7 제6호가목1) 및 2)의 기술이 적용된 5세대 이동통신 기지국(이와 연동된 교환시설을 포함한다)을 운용하기 위해 필요한 설비로서 ⁠「전기통신사업 회계정리 및 보고에 관한 규정」 제8조에 따른 전기통신설비 중 같은 조 제1호, 제2호 및 제6호에 따른 교환설비, 전송설비 및 전원설비

   2. 법 제24조제1항제2호가목2)의 시설: 기획재정부령으로 정하는 바에 따라 국가전략기술을 사업화하는 시설(국가전략기술을 사용하여 생산하는 제품 외에 다른 제품의 생산에도 사용되는 시설을 포함한다)로서 연구개발세액공제기술심의위원회의 심의를 거쳐 기획재정부장관과 산업통상자원부장관이 공동으로 인정하는 시설 ⁠(이하 "국가전략기술사업화시설"이라 한다)

 ⑤ 법 제24조제3항 전단에서 "대통령령으로 정하는 기간"이란 다음 각 호의 구분에 따른 기간을 말한다.

   1. 제3항 각 호의 어느 하나에 해당하는 사업용자산으로서 기획재정부령으로 정하는 건축물 또는 구축물: 5년

   2.신성장사업화시설 또는 국가전략기술사업화시설 중 해당 기술을 사용하여 생산하는 제품 외에 다른 제품의 생산에도 사용되는 시설: 투자완료일이 속하는 과세연도의 다음 3개 과세연도의 종료일까지의 기간

   3. 제1호 및 제2호 외의 사업용자산: 2년

 ⑥ 법 제24조제3항 전단에서 "대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 이자상당 가산액"은 공제 받은 세액에 제1호의 기간과 제2호의 율을 곱하여 계산한 금액으로 한다.

   1. 공제받은 과세연도의 과세표준신고일의 다음 날부터 법 제24조제3항의 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도의 과세표준신고일까지의 기간

   2. 제11조의2제9항제2호에 따른 율

 ⑦ 법 제24조제1항 및 제2항에 따른 투자금액은 제1호의 금액에서 제2호의 금액을 뺀 금액으로 한다.

   1. 총투자금액에 「법인세법 시행령」 제69조제1항에 따른 작업진행률에 의하여 계산한 금액과 해당 과세연도까지 실제로 지출한 금액 중 큰 금액

   2. 다음 각 목의 금액을 더한 금액

   가. 해당 과세연도 전에 법 제24조를 적용받은 투자금액

   나. 해당 과세연도 전의 투자분으로서 가목의 금액을 제외한 투자분에 대하여 제1호를 준용하여 계산한 금액

 ⑧ 법 제24조제1항제2호나목에 따른 3년간 연 평균 투자금액의 계산은 다음 계산식에 따른다. 이 경우 내국인의 투자금액이 최초로 발생한 과세연도의 개시일부터 세액공제를 받으려는 해당 과세연도 개시일까지의 기간이 36개월 미만인 경우에는 그 기간에 투자한 금액의 합계액을 36개월로 환산한 금액을 해당 과세연도의 개시일부터 소급하여 3년간 투자한 금액의 합계액으로 본다.

 ⑨ 법 제24조제1항제2호나목을 적용할 때 제8항에 따라 계산한 3년간 투자한 연 평균 투자금액이 없는 경우에는 추가공제 금액이 없는 것으로 한다.

 ⑩ 법 제24조제3항을 적용할 때 제5항제2호의 시설이 다음 각 호에 해당하면 해당 호에서 정한 기간이 끝나는 날에 그 시설을 다른 목적으로 전용한 것으로 본다. 다만, 천재 지변으로 인한 시설의 멸실, 그 밖에 기획재정부령으로 정하는 사유가 있는 경우에는 전용한 것으로 보지 않는다.

   1. 신성장사업화시설의 경우: 투자완료일(투자완료일이 2022년 4월 1일 이전인 경우에는 2022년 4월 1일)부터 제5항제2호의 기간 동안 해당 시설에서 생산된 모든 제품의 총생산량에서 신성장ㆍ원천기술을 사용하여 생산한 제품과 국가전략기술을 사용하여 생산한 제품의 생산량의 합이 차지하는 비율이 100분의 50 이하인 경우

   2. 국가전략기술사업화시설의 경우: 투자완료일(투자완료일이 2022년 4월 1일 이전인 경우에는 2022년 4월 1일)부터 제5항제2호의 기간 동안 해당 시설에서 생산된 모든 제품의 총생산량에서 국가전략기술을 사용하여 생산한 제품의 생산량이 차지하는 비율이 100분의 50 이하인 경우

 ⑪ 제10항에 따라 신성장사업화시설 또는 국가전략기술사업화시설을 다른 목적으로 전용한 것으로 보는 경우의 법 제24조제3항 전단에 따른 "공제받은 세액공제액 상당액"은 다음 각 호의 구분에 따라 계산한 금액으로 한다.

  1. 신성장사업화시설의 경우: 공제받은 세액공제액에서 해당 시설이 신성장사업화시설 또는 국가전략기술사업화시설이 아닌 시설(이하 이 항에서 "일반시설"이라 한다)인 경우에 공제받을 수 있는 세액공제액을 뺀 금액

  2. 국가전략사업화시설의 경우: 공제받은 세액공제액에서 해당 시설이 일반시설인 경우에 공제받을 수 있는 세액공제액(해당 시설에서 생산된 모든 제품의 총생산량에서 신성장ㆍ원천기술을 사용하여 생산한 제품과 국가전략기술을 사용하여 생산한 제품의 생산량의 합이 차지하는 비율이 100분의 50을 초과하는 경우에는 신성장사업화시설로서 공제받을 수 있는 세액공제액)을 뺀 금액

 ⑫ 제1항부터 제11항까지의 규정을 적용할 때 투자의 개시시기에 관하여는 제23조제14항을 준용한다.

 ⑬ 법 제24조제1항에 따른 세액공제를 적용받으려는 자는 해당 과세연도의 과세표준신고서와 함께 기획재정부령으로 정하는 세액공제신청서를 납세지 관할 세무서장에게 제출해야 한다.

 ⑭ 신성장사업화시설 또는 국가전략기술사업화시설 중 해당 기술을 사용하여 생산하는 제품 외에 다른 제품의 생산에도 사용되는 시설에 대하여 법 제24조제1항에 따른 세액공제를 적용받으려는 자는 해당 시설에서 생산되는 모든 제품의 생산량을 기획재정부령으로 정하는 바에 따라 측정하여 작성ㆍ보관해야 하며, 제5항제2호에 따른 기간 중 마지막 과세연도의 과세표준신고를 할 때 기획재정부령으로 정하는 생산량 실적 자료를 납세지 관할 세무서장에게 제출해야 한다.

4. 관련 판례･심판례･예규 등

□연구전담 직원의 인건비를 일할 계산할 수 있다는 취지의 판례․심판례․예규 등

 ○관련판례

 ▪대법원 2013두22147, 2014.3.13.

   조세특례제한법상 연구・인력개발비 세액공제 제도는 기업의 연구개발전담부서에서 소요되는 일정 범위의 인건비 등이 있는 경우에는 기업의 기술인력개발을 장려하려는 목적에서 일정 범위의 금액을 해당 과세연도의 소득세 또는 법인세에서 공제하도록 하는데 그 취지가 있으므로(대법원 2001. 1. 19. 선고 99두8718 판결 참조)，해당 과세연도의 연구 및 인력개발에 직접적으로 대응하는 비용만을 세액공제 대상으로 삼아야 할 것임

 ▪서울행정법원 2016구합56905, 2017.7.13.

   조세법률주의의 원칙상 과세요건이나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하며, 특히 감면요건 규정 가운데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세 공평의 원칙에도 부합함(대법원 2009. 8. 20. 선고 2008두11372 판결 등 참조)

   구 조세특례제한법 제10조에서 규정하고 있는 연구개발비 세액공제 제도는 각종 연구기관, 기업이나 단체 및 기업의 연구개발전담부서 등에 의한 연구개발을 장려할 목적에서 그 대가로 지급되는 일정 범위의 금액을 해당 과세연도의 소득세 또는 법인세에서 공제하도록 하는 데에 취지가 있으므로, 위 관계 법령에서 규정하는 일정한 조건을 갖춘 연구개발에 직접적으로 대응하는 비용만을 세액공제의 대상으로 삼아야 할 것임. 앞서 살핀 관계 법령의 내용을 종합하여 보면, 기업부설연구소에서 근무하는 연구전담요원이나 연구보조원으로서 인건비 세액공제 대상이 되기 위해서는 미래창조과학부장관의 인정을 받은 기업부설연구소에서 연구개발과제를 직접 수행하거나 이를 보조하는 연구업무에 종사하면서 그 외에 다른 업무를 겸하지 않아야 하고, 재료비 세액공제 대상이 되는 연구기자재란 기업부설연구소에서 연구전담요원 또는 연구보조원이 연구개발활동에 직접 사용하는 것이어야 함

 ▪법인세과-954, 2011.11.29.

   기업부설연구소에서 지출하는 비용의 세액공제 적용 시기 등에 대한 귀 질의의 경우 우리청 법규과의 해석(법규과-1543, 2011.11.22)을 참고하시기 바람

 ▪서면 법규과-01017, 2014.9.21.

   조세특례제한법 제10조【연구ㆍ인력개발비에 대한 세액공제】를 적용함에 있어, 법인의 전담부서에서 연구업무에 종사하는 연구요원이자 임원에 해당하는 자가 사업연도 중 당해 법인의 주식을 취득하여 그 소유지분이 총발행주식의 10%를 초과하게 되어 연구인력개발비 세액공제 대상 연구전담요원에서 제외되는 경우, 그 제외사유 발생일 이전 기간에 상당하는 인건비에 대해서는 연구인력개발비 세액공제를 적용할 수 있는 것임

□기계장치 매입비용에 대해 세액공제 대상에 해당하지 않는다는 취지의 판례․심판례․예규 등

○ 관련 예규

 ▪재조예 46019-192, 2003.9.30.

   조세특례제한법 시행령 제9조 제2항과 관련한 별표6의 제1호 사목란의 고유상표(공동상표 포함) 및 고유디자인의 개발을 위한 비용에는 고유상표(공동상표 포함)의 개발과 관련이 있는 전문디자이너에 대한 디자인 위탁개발용역비, 자체고용디자이너의 인건비, 디자인설계기기(CAD)등 관련설비의 임차료, 디자인설계비용, 연구용으로 사용하는 견본품ㆍ부품ㆍ원재료 및 시약류구입비 등은 해당하는 것이나, 초도금형의 매입비용은 해당하지 아니하는 것임

 ▪ 법인 46012-1942, 2000.9.19.

   연구시험용 금형구입비는 기술 및 인력개발 세액공제를 적용받을 수 없음

 ▪사전-2015-법령해석법인-0443, 2015.12.17.

   내국법인이 기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률에 따른 연구개발전담부서로 인정을 받기 위하여 조세특례제한법 시행규칙 제8조제1항 각 호의 어느 하나에 해당하는 연구시험용 시설(이하 ⁠“해당시설”이라 함)에 투자한 후, 미래창조과학부장관으로부터 연구개발전담부서 인정을 받아 해당시설을 전담부서에서 직접 사용하는 경우에는 해당시설 투자금액에 대해 조세특례제한법 제11조 ‘연구 및 인력개발을 위한 설비투자에 대한 세액공제’를 적용받을 수 있는 것임

출처 : 국세청 2022. 04. 22. 서면-2021-법인-7893[공익중소법인지원팀-409] | 국세법령정보시스템