한국환경공단의 공공폐수처리시설 운영 시 부가가치세 면제 가능 여부

요지

한국환경공단이 국가로부터 본건 공공폐수처리시설의 운영사업을 위탁받아 수행하며 이용자로부터 시설의 직접 운영에 소요되는 비용인 사용료를 받는 경우로서 사업에 필요한 예산을 국가의 예산으로 하는 등 해당 사업이 국가의 명의와 계산으로 수행되는 것으로 볼 수 있는 경우에는 부가가치세가 면제되는 것임

답변내용

한국환경공단(이하 ⁠“수탁자”)이 환경부장관(이하 ⁠“위탁자”)으로부터 공공폐수처리시설 설치 및 구축‧운영사업을 위탁받아 수행하며 공공폐수처리시설에 오․폐수를 유입처리하는 자로부터 사용료를 받는 경우로서 해당 사용료 전액은 처리시설의 유지관리에 소요되는 비용으로 하고 사업계획과 예산의 집행계획‧정산에 대하여 위탁자의 승인을 받으며 사업에 필요한 예산을 모두 위탁자의 부담으로 하는 등 해당 사업이 위탁자의 명의와 계산으로 수행되는 것으로 볼 수 있는 경우 해당 공공폐수처리시설 이용에 따른 용역의 공급에 대하여는 ｢부가가치세법｣ 제26조제1항제19호 및 같은 법 시행령 제46조에 따라 부가가치세가 면제되는 것임

 질의요지

 ○ 한국환경공단이 환경부장관으로부터 공공폐수처리시설 운영에 관한 사업을 위탁받아 수행하고 오․폐수처리시설 사용자로부터 사용료를 받는 경우 부가가치세 면제여부

 사실관계

 ○ 한국환경공단(이하 ⁠“신청법인” 또는 ⁠“공단”)은 ｢한국환경공단법｣에 따라 환경오염방지‧환경개선‧자원순환촉진 및 기후변화대응을 위한 온실가스 관련 사업을 효율적으로 추진하기 위하여 설립된 공단으로

  - ｢물환경보전법｣ 제48조 및 ｢한국환경공단법｣ 제17조에 따라 환경부장관으로부터 공공폐수처리시설 설치‧운영사업(이하 ⁠“본건 사업”)을 위탁받아 수행함

 ○ 국가(환경부)는 여수 국가산업단지 내 발생하는 오･폐수를 적정하게 처리하고자 ⁠‘국가소유 공공폐수처리시설(여수 4단계)’을 설치하였으며, 동 시설의 개요는 다음과 같음

  - 환경부는 국가소유 공공폐수처리시설(여수 4단계)의 운영을 한국환경공단에 의뢰하는 내용의 위･수탁협약(이하 ⁠“본건협약”)을 ’23년 6월 체결하였으며, 위․수탁 협약서’의 주요 내용은 다음과 같음

 ○ 신청법인은 본건협약에 따라 오염물질을 배출하는 산업단지 입주기업(이하 ⁠“사업자”)을 대상으로 사용료를 징수·관리할 예정임

  - 공공폐수처리시설 운영 시, 인건비, 약품비, 슬러지처리비 및 전력비 등 시설 운영에 소요되는 비용(사용료)이 발생하게 되며, 동 비용은 ⁠‘오염원인자 책임원칙’에 따라 여수 산업단지 입주기업인사업자가 전액 부담함

 ○ 신청법인은 ｢조세특례제한법 시행령｣ 제106조제7항제47호에 따라 정부업무대행단체로 지정된 자로 환경부로부터 본건 사업을 위탁받아 수행함

 관련법령

○ 부가가치세법 제10조【재화 공급의 특례】

 ⑦ 위탁매매 또는 대리인에 의한 매매를 할 때에는 위탁자 또는 본인이 직접 재화를 공급하거나 공급받은 것으로 본다. 다만, 위탁자 또는 본인을 알 수 없는 경우로서 대통령령으로 정하는 경우에는 수탁자 또는 대리인에게 재화를 공급하거나 수탁자 또는 대리인으로부터 재화를 공급받은 것으로 본다.

○ 부가가치세법 제11조【용역의 공급】

 ① 용역의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 따른 것으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것으로 한다.

  1. 역무를 제공하는 것

○ 부가가치세법 제26조【재화 또는 용역의 공급에 대한 면세】

 ① 다음 각 호의 재화 또는 용역의 공급에 대하여는 부가가치세를 면제한다.

  19. 국가, 지방자치단체 또는 지방자치단체조합이 공급하는 재화 또는 용역으로서 대통령령으로 정하는 것

○ 부가가치세법 시행령 제46조【국가, 지방자치단체 또는 지방자치단체조합이 공급하는 재화 또는 용역으로서 면세하는 것의 범위】

  법 제26조제1항제19호에 따른 국가, 지방자치단체 또는 지방자치단체조합이 공급하는 재화 또는 용역은 다음 각 호의 재화 또는 용역을 제외한 것으로 한다.

  1. ｢우정사업 운영에 관한 특례법｣에 따른 우정사업조직이 제공하는 다음 각 목의 용역(각목 생략)

  2. ｢철도건설법｣에 따른 고속철도에 의한 여객운송용역

  3. 부동산임대업, 도매 및 소매업, 음식점업‧숙박업, 골프장 및 스키장 운영업, 기타 스포츠시설 운영업. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우는 제외한다.(각목 생략)

  4. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 의료보건 용역(각목 생략)

○ 부가가치세법 시행령 제69조【위탁판매 등에 대한 세금계산서 발급】

 ① 위탁판매 또는 대리인에 의한 판매의 경우 수탁자 또는 대리인이 재화를 인도할 때에는 법 제32조제6항에 따라 수탁자 또는 대리인이 위탁자 또는 본인의 명의로 세금계산서를 발급하며, 위탁자 또는 본인이 직접 재화를 인도하는 때에는 위탁자 또는 본인이 세금계산서를 발급할 수 있다. 이 경우 수탁자 또는 대리인의 등록번호를 덧붙여 적어야 한다.

 ⑤ 용역의 공급에 대한 주선‧중개의 경우에는 제1항과 제2항을 준용한다.

○ 조세특례제한법 제106조【부가가치세의 면제 등】

 ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 재화 또는 용역의 공급에 대해서는 부가가치세를 면제한다. 이 경우 제1호부터 제3호까지, 제4호의5 및 제9호는 2018년 12월 31일까지 공급한 것에만 적용하고, 제4호의2, 제5호, 제9호의2, 제9호의3, 제11호 및 제12호는 2020년 12월 31일까지 공급한 것에만 적용하며, 제8호 및 제8호의2는 2014년 12월 31일까지 실시협약이 체결된 것에만 적용한다.

  6. 대통령령으로 정하는 정부업무를 대행하는 단체가 공급하는 재화 또는 용역으로서 대통령령으로 정하는 것

○ 조세특례제한법 시행령 제106조【부가가치세 면제 등】

 ⑦ 법 제106조제1항제6호에서 "대통령령으로 정하는 정부업무를 대행하는 단체"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자를 말한다.

  47. ｢한국환경공단법｣에 따른 한국환경공단

 ⑧ 법 제106조제1항제6호에서 "대통령령으로 정하는 것"이란 제7항 각호의 1에 해당하는 자가 그 고유의 목적사업으로서 기획재정부령이 정하는 사업을 위하여 공급하는 재화 또는 용역을 말한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사업을 제외하며, 제7호의 규정은 ｢부가가치세법 시행령｣ 제45조제1호에도 불구하고 적용한다.

  1. 소매업‧음식점업‧숙박업‧욕탕업 및 예식장업

  2. ｢부가가치세법 시행령｣ 제3조제2항에 규정된 사업

  3. 부동산임대업

  4. 골프장‧스키장 및 기타 운동시설 운영업

  5. 수상오락서비스업

  6. 유원지‧테마파크운영업

  7. 주차장운영업 및 자동차견인업

○ 조세특례제한법 시행규칙 제48조【부가가치세의 면제등】

 ② 영 제106조제8항 각 호 외의 부분 본문에서 "기획재정부령이 정하는 사업"이라 함은 별표 10의 정부업무대행단체의 면세사업을 말한다.

○ 조세특레제한법 시행규칙 별표 6의2(정부업무대행단체의 면세사업)

○ 한국환경공단법 제1조【목적】

  이 법은 한국환경공단을 설립하여 환경오염방지‧환경개선‧자원순환촉진 및 기후변화대응을 위한 온실가스 관련 사업을 효율적으로 추진함으로써 환경친화적 국가발전에 이바지함을 목적으로 한다.

○ 한국환경공단법 제17조【사업】

 ① 공단은 다음 각 호의 사업을 한다.

  1. 환경오염방지ㆍ환경개선 및 자원순환(「자원순환기본법」제2조제1호에 따른 자원순환을 말한다. 이하 같다) 촉진을 통한 자원생산성 향상 등을 위한 정책의 연구, 개발 및 지원

  2. ⁠(중략)

  3. ⁠「환경기술 및 환경산업 지원법」에 따른 환경시설(이하 ⁠“환경시설”이라 한다)의 점검ㆍ진단ㆍ검사ㆍ설치ㆍ운영 및 기술지원

  4. 환경산업의 육성, 환경시설의 설치, 환경기술의 개발 등 환경개선사업에 필요한 자금의 융자

 ② 공단은 국가나 지방자치단체 또는 그 밖의 자로부터 제1항 각 호의 어느 하나에 해당하는 사업이나 그 밖의 환경개선 및 자원순환 촉진사업을 위탁받아 시행할 수 있다.

○ 환경기술 및 환경산업 지원법 제2조 【정의】

  이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

  1.

  2. ⁠“환경시설”이란 환경오염물질 등으로 인한 자연환경 및 생활환경에 대한 위해를 사전에 예방 또는 감소하거나 환경오염물질의 적정한 처리 또는 폐기물 등의 재활용을 위한 시설ㆍ기계ㆍ기구, 그 밖의 물체로서 환경부령으로 정하는 것을 말한다.

○ 환경기술 및 환경산업 지원법 시행규칙 제2조 【환경시설】

 「환경기술 및 환경산업 지원법」(이하 ⁠“법”이라 한다) 제2조제2호에서 ⁠“환경부령으로 정하는 것”이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 말한다.

  1. ~ 2.

  3. ⁠「물환경보전법」제48조에 따른 공공폐수처리시설

○ 물환경보전법 제48조 【공공폐수처리시설의 설치】

 ① 국가ㆍ지방자치단체 및 한국환경공단은 수질오염이 악화되어 환경기준을 유지하기 곤란하거나 물환경 보전에 필요하다고 인정되는 지역의 각 사업장에서 배출되는 수질오염물질을 공동으로 처리하여 배출하기 위하여 공공폐수처리시설을 설치ㆍ운영할 수 있으며, 국가와 지방자치단체는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자에게 공공폐수처리시설을 설치하거나 운영하게 할 수 있다. 이 경우 사업자 또는 그 밖에 수질오염의 원인을 직접 일으킨 자(이하 ⁠“원인자”라 한다)는 공공폐수처리시설의 설치ㆍ운영에 필요한 비용의 전부 또는 일부를 부담하여야 한다.

  1. 한국환경공단

  2. ⁠「산업입지 및 개발에 관한 법률」제16조제1항(제5호와 제6호는 제외한다)에 따른 산업단지개발사업의 시행자

  3. ⁠「사회기반시설에 대한 민간투자법」제2조제7호에 따른 사업시행자

  4. 제1호부터 제3호까지의 자에 준하는 공공폐수처리시설의 설치ㆍ운영 능력을 가진 자로서 대통령령으로 정하는 자

○ 물환경보전법 제48조의3 【공공폐수처리시설의 사용료의 부과ㆍ징수】

 ① 시행자는 공공폐수처리시설의 운영에 드는 비용의 전부 또는 일부를 충당하기 위하여 원인자로부터 공공폐수처리시설의 사용료(이하 "공공폐수처리시설 사용료"라 한다)를 부과ㆍ징수할 수 있다.

 ② 원인자에게 부과되는 공공폐수처리시설 사용료는 각 원인자의 사업의 종류ㆍ규모 및 오염물질의 배출 정도 등을 기준으로 하여 정한다.

 ③ 제1항에 따라 징수한 공공폐수처리시설 사용료는 공공폐수처리시설에 관한 용도 외에는 사용할 수 없다.

 ④ 제1항 및 제2항에 따른 공공폐수처리시설 사용료의 산정 방법, 부과ㆍ징수의 방법과 절차 및 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

○ 경산 및 청주․진주․익산․여수․달성산업단지 공공폐수처리시설 운영 및 비용부담규정 제15조 【설치 부담금의 부담】
(환경부 공고 제2021-470호, 2021.6.22. 시행)

 ① 처리시설에 오․폐수 등을 유입처리하는 자로서 다음 각 호의 1에 해당하는 자는 처리시설 설치에 소요된 비용의 일부(이하 ⁠“설치부담금”)를 관리기관에 납부하여야 한다.

  1. 처리시설에 폐수를 유입하는 폐수배출사업자

○ 경산 및 청주․진주․익산․여수․달성산업단지 공공폐수처리시설 운영 및 비용부담규정 제18조 【사용료의 부담】
(환경부 공고 제2021-470호, 2021.6.22. 시행)

 ① 처리시설에 오․폐수 등을 유입처리하는 자는 처리시설의 유지관리에 소요되는 비용(이하 ⁠“사용료”)을 관리기관에 납부하여야 한다.

 ② 제1항의 규정에 의한 사용료의 부담대상자는 다음 각 호와 같다.

  1. 처리시설에 오․폐수 등을 유입처리하는 모든 사업자(단서 생략)

출처 : 국세청 2023. 11. 23. 사전-2023-법규부가-0714[법규과-2939] | 국세법령정보시스템