요지

조특법 제14조【창업기업 등에의 출자에 대한 과세특례】 제1항 제4호를 적용함에 있어, 양도일 현재에도 벤처기업의 주식 또는 출자지분에 해당하여야 과세특례를 적용할 수 있음

회신

벤처기업에 출자함으로써 취득(개인투자조합을 통하여 벤처기업에 출자함으로써 취득하는 경우를 포함한다)한 대통령령으로 정하는 주식 또는 출자지분의 양도에 대하여는 과세특례를 적용하나, 양도일 현재 벤처기업의 주식 또는 출자지분에 해당하지 않는 주식의 양도에 대하여는 과세특례를 적용할 수 없는 것으로, 기해석사례(기획재정부 금융세제과-240, 2020. 9. 25.)를 참고하시기 바랍니다.

【관련 참고자료】

1. 사실관계

 ○A법인은 '18. 5. 26. 벤처기업 인증을 받음

 ○ 신청인은 A법인 벤처기업 인증 후 3년 이내인 '20. 5. 21. A법인의 유상증자 신주 12,000주를 취득함

 ○ A법인은 '22. 5. 24. 벤처기업 인증 취소됨

 ○ 신청인은 취득일로부터 3년 이후인 '24. 5.에 보유주식 전부 양도

2. 질의내용

  ○양도일 현재 벤처기업에 해당하지 않는 A법인 주식을 양도한 경우, 조특법 제14조 제1항 제4호에 따른 과세특례를 적용받아 주식 등의 양도차익에 대한 납세의무가 없는지 여부

3. 관련법령

■조세특례제한법

제14조【창업기업 등에의 출자에 대한 과세특례】

①다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 주식 또는 출자지분(제1호ㆍ제2호ㆍ제2호의2ㆍ제2호의3 및 제3호부터 제6호까지의 규정에 따른 주식 또는 출자지분은 제13조제2항 각 호의 어느 하나에 해당하는 방법으로 취득하는 경우만 해당한다)의 양도에 대해서는 「소득세법」 제94조제1항제3호를 적용하지 아니한다. 다만, 제1호ㆍ제2호ㆍ제2호의2ㆍ제2호의3ㆍ제3호부터 제6호까지 및 제8호의 경우에는 타인 소유의 주식 또는 출자지분을 매입에 의하여 취득하는 경우는 제외한다.

  1.벤처투자회사 또는 ⁠「여신전문금융업법」에 따른 신기술사업금융전문회사에 출자함으로써 취득한 주식 또는 출자지분

  2. 벤처투자조합이 창업기업, 벤처기업 또는 신기술창업전문회사에 출자함으로써 취득한 주식 또는 출자지분

  2의2. 민간재간접벤처투자조합이 창업기업, 벤처기업 또는 신기술창업전문회사에 출자함으로써 취득한 주식 또는 출자지분

  2의3. 농식품투자조합이 창업기업, 벤처기업 또는 신기술창업전문회사에 출자함으로써 취득한 주식 또는 출자지분

  3. 신기술사업투자조합이 신기술사업자, 벤처기업 또는 신기술창업전문회사에 출자함으로써 취득한 주식 또는 출자지분

  4. 벤처기업에 출자함으로써 취득(개인투자조합을 통하여 벤처기업에 출자함으로써 취득하는 경우를 포함한다)한 대통령령으로 정하는 주식 또는 출자지분

  5. 창업기획자에 출자함으로써 취득한 주식 또는 출자지분

  6.전문투자조합이 창업기업, 신기술사업자, 벤처기업 또는 신기술창업전문회사에 출자함으로써 취득한 주식 또는 출자지분

  7.「증권거래세법」 제3조제1호나목에서 정하는 방법으로 거래되는 벤처기업의 주식(「소득세법」 제104조제1항제11호가목의 대주주가 아닌 자가 양도하는 것으로 한정한다)

  8.「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」 제117조의10에 따라 온라인소액투자중개의 방법으로 모집하는 창업 후 3년 이내의 기술우수중소기업 등 대통령령으로 정하는 기업에 출자함으로써 취득한 대통령령으로 정하는 주식 또는 출자지분

■조세특례제한법 시행령

제13조【창업자 등에의 출자에 대한 과세특례】

①법 제14조제1항제4호에서 "대통령령으로 정하는 주식 또는 출자지분"이란 제1호 및 제2호의 규정에 적합한 출자에 의하여 취득한 주식 또는 출자지분으로서 그 출자일부터 3년이 경과된 것을 말한다.

 1.창업 후 5년 이내인 벤처기업(「벤처기업육성에 관한 특별법」제2조제1항에 따른 벤처기업으로서 출자일까지 같은 법 제25조에 따라 벤처기업 확인을 받은 벤처기업을 말한다. 이하 이 조에서 같다) 또는 벤처기업으로 전환한 지 3년 이내인 벤처기업에 대한 출자일 것. 다만, 창업 후 5년 이내 최초로 출자한 날부터 3년 이내에 추가로 출자하고 최초 출자금액과 추가 출자금액의 합계액이 10억원 이하인 경우에는 창업 후 5년 이내인 벤처기업에 출자한 것으로 본다.

 2.다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 벤처기업에 대한 출자일 것. 다만, 제1호 단서를 적용할 때 「법인세법 시행령」 제2조제5항 제2호는 적용하지 아니한다.

  가.「소득세법 시행령」 제98조제1항 또는 「법인세법 시행령」 제2조제5항에 따른 특수관계(이하 이 항에서 "특수관계"라 한다)가 없는 벤처기업에 대한 출자

  나.「벤처투자 촉진에 관한 법률」 제2조제8호에 따른 개인투자조합이 그 조합원과 특수관계가 없는 벤처기업에 대한 출자

제13조 【벤처투자회사 등의 주식양도차익 등에 대한 비과세】

②제1항제1호부터 제4호까지 및 제7호를 적용할 때 출자는 벤처투자회사, 창업기획자, 벤처기업출자유한회사ㆍ신기술사업금융업자 또는 기금운용법인등은 직접 또는 창투조합등을 통하여, 민간재간접벤처투자조합의 업무집행조합원은 민간재간접벤처투자조합을 통하여 각각 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 방법으로 창업기업, 신기술사업자, 벤처기업 또는 신기술창업전문회사의 주식 또는 출자지분을 취득하는 것으로 한다. 다만, 제1호부터 제4호까지의 규정의 경우에는 타인 소유의 주식 또는 출자지분을 매입에 의하여 취득하는 경우는 제외한다.

  1. 해당 기업의 설립 시에 자본금으로 납입하는 방법

  2. 해당 기업이 설립된 후 7년 이내에 유상증자(有償增資)하는 경우로서 증자대금을 납입하는 방법

  3. 해당 기업이 설립된 후 7년 이내에 잉여금을 자본으로 전입(轉入)하는 방법

  4. 해당 기업이 설립된 후 7년 이내에 채무를 자본으로 전환하는 방법

  5. 제2호에 따라 유상증자의 증자대금을 납입한 날부터 6개월 이내에 제16조제1항에 따라 거주자가 소득공제를 적용받아 소유하고 있는 해당 유상증자 기업의 주식 또는 출자지분으로서 해당 거주자의 출자일 또는 투자일부터 3년이 지난 것을 매입하는 방법. 다만, 제2호에 따라 납입한 증자대금의 100분의 30을 한도로 한다.

■소득세법

제94조【양도소득의 범위】

① 양도소득은 해당 과세기간에 발생한 다음 각 호의 소득으로 한다.

 3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주식등의 양도로 발생하는 소득

  가. 주권상장법인의 주식등으로서 다음의 어느 하나에 해당하는 주식등

　　1) 소유주식의 비율ㆍ시가총액 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 주권상장법인의 대주주가 양도하는 주식등

　　2) 1)에 따른 대주주에 해당하지 아니하는 자가 ⁠「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」에 따른 증권시장(이하 "증권시장"이라 한다)에서의 거래에 의하지 아니하고 양도하는 주식등. 다만, 「상법」 제360조의2 및 제360조의15에 따른 주식의 포괄적 교환ㆍ이전 또는 같은 법 제360조의5 및 제360조의22에 따른 주식의 포괄적 교환ㆍ이전에 대한 주식매수청구권 행사로 양도하는 주식등은 제외한다.

  나. 주권비상장법인의 주식등. 다만, 소유주식의 비율ㆍ시가총액 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 주권비상장법인의 대주주에 해당하지 아니하는 자가 ⁠「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」 제283조에 따라 설립된 한국금융투자협회가 행하는 같은 법 제286조제1항제5호에 따른 장외매매거래에 의하여 양도하는 대통령령으로 정하는 중소기업(이하 이 장에서 "중소기업"이라 한다) 및 대통령령으로 정하는 중견기업의 주식등은 제외한다.

  다. 외국법인이 발행하였거나 외국에 있는 시장에 상장된 주식등으로서 대통령령으로 정하는 것

■ 증권거래세법

제3조【납세의무자】

 증권거래세의 납세의무자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자로 한다.

  1.다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주권을 계좌 간 대체(對替)로 매매결제하는 경우에는 ⁠「주식ㆍ사채 등의 전자등록에 관한 법률」 제2조제6호에 따른 전자등록기관(이하 "전자등록기관"이라 한다) 또는 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」 제294조에 따라 설립된 한국예탁결제원

   나. 증권시장 밖에서 대통령령으로 정하는 방법에 따라 양도되는 주권

■ 증권거래세법 시행령

제1조의2【납세의무자】

 ①법 제3조제1호 나목에서 "대통령령으로 정하는 방법"이란 ⁠「자본시장과 금융투자업에 관한 법률 시행령」 제78조 또는 제178조제1항에 따른 기준에 따라 주권을 매매하는 것을 말한다.

4. 관련예규

 ○서면 2018-법령해석재산-0906, 2020. 10. 06.

   증권거래세법§3(1)나목에서 정하는 방법으로 거래되는 벤처기업의 주식의 양도에 대하여는 양도소득세 과세특례를 적용하는 것이나, 양도일 현재 벤처기업 주식에 해당하지 않는 주식의 양도에 대하여는 과세특례를 적용할 수 없는 것으로 귀 서면질의의 경우, 기획재정부 금융세제과-240호, 2020.9.25.를 참고하시기 바랍니다.

출처 : 국세청 2024. 11. 28. 서면-2024-자본거래-2703 | 국세법령정보시스템