장기이식 HLA 검사 의료기관 계산서 교부의무 판단

요지

내국법인이 재화나 용역을 공급하는 경우에는「법인세법」제121조에 따라 공급받는 자에게 계산서 등을 작성하여 교부하여야 하는 것입니다.

회신

귀 질의의 경우 아래 회신사례를 참조하시기 바랍니다.
○ 법인세과-2493, 2018.9.13.
「장기등이식에 관한 법률」제20조에 따라 설립된 내국법인이 장기를 이식받은 자에게 HLA(Human Leukocyte Antigen, 조직적합성 항원) 교차검사 용역을 제공하고「장기등이식에 관한 법률」제42조 및「국민건강보험법」제47조에 따라 건강보험공단에 심사하여 지급한 관리료를 장기이식의료기관(수혜병원)으로부터 지급받는 경우 장기이식의료기관에 계산서를 교부하지 아니하는 것입니다.

1. 사실관계

○ 질의법인은 병의원과 위수탁계약을 통해서 검체에 대한 임사병리검사 용역을 제공하는 의료법인으로서

- 보건복지부사업인 조혈모세포이식의 공여적합성 검사(HLA:Human Leukocyte Antigen, 조직적합성 항원)의 검사기관으로서 정부에서 실시하는 난치성 혈액질환자를 위한 조혈모세포의 이식과 관련된 검사사업을 시작함

○ 질의법인은 HLA 교차검사를 실행해야 할 조혈모세포 기증자와 이식받는 자(이하“수혜자”라 함)의 HLA 검사를 실행하고

- 질의법인은 상기 검사 등에 대해「국민건강보험법」(이하 ⁠“건강보험법”이라 함)에 따라 산출한 조혈모세포이식의 관리료(이하 ⁠“관리료”라 함)를 조혈모세포이식의료기관(이하 ⁠“수혜병원”이라 함)에 청구하면

- 수혜병원이 질의법인을 대신하여 건강보험심사평가원에게 관리료 지급에 대한 심사를 청구하고 건강보험공단은 관리료를 수혜병원에 지급

- 수혜병원은 지급받은 관리료를 그대로 정산하여 질의법인에 관리료 지급

2. 질의내용

○ 용역의 공급에 따른 계산서의 교부 여부

3. 관련법령

○법인세법 제121조【계산서의 교부·작성등】

① 법인이 재화나 용역을 공급하면 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산서나 영수증(이하 "계산서등"이라 한다)을 작성하여 공급받는 자에게 발급하여야 한다. 이 경우 계산서는 대통령령으로 정하는 전자적 방법으로 작성한 계산서(이하 "전자계산서"라 한다)를 발급하여야 한다.

②「부가가치세법」제26조 제1항 제1호에 따라 부가가치세가 면제되는 농산물ㆍ축산물ㆍ수산물과 임산물의 위탁판매 또는 대리인에 의한 판매의 경우에는 수탁자(受託者)나 대리인이 재화를 공급한 것으로 보아 계산서등을 작성하여 그 재화를 공급받는 자에게 발급하여야 한다. 다만, 제1항에 따라 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산서등을 발급하는 경우에는 그러하지 아니하다.

③∼⑦ ⁠(생략)

⑧ 계산서등의 작성ㆍ발급 및 매출ㆍ매입처별 계산서합계표의 제출에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

○ 법인세법 시행령 제164조【계산서의 작성·교부 등】

①「소득세법 시행령」제211조 내지 제212조의2의 규정은 법 제121조의 규정에 의한 계산서등의 작성ㆍ교부에 관하여 이를 준용한다.

② 법 제121조 제1항 후단에서 "대통령령으로 정하는 전자적 방법"이란「부가가치세법 시행령」제68조 제5항에 따른 방법으로 발급하는 것을 말하며, 법 제121조 제2항 단서에서 "대통령령으로 정하는 바에 따라 계산서등을 발급하는 경우"란 위탁자 또는 본인의 명의로 「소득세법 시행령」제212조 제2항의 규정에 의하여 계산서등을 교부하는 경우를 말한다.

(이하 생략)

○ 소득세법 시행령 제212조【매출ㆍ매입처별계산서합계표의 제출 등】

① ⁠(생략)

② 제211조의 계산서의 작성ㆍ교부 및 제1항의 매출ㆍ매입처별계산서합계표의 제출에 관하여는 이 영에 특별한 규정이 있는 경우를 제외하고는「부가가치세법」제32조부터 제35조까지 및 제54조와 같은 법 시행령 제69조부터 제72조까지 및 제97조부터 제99조까지의 규정을 준용한다.

(이하 생략)

○ 부가가치세법 제32조【세금계산서 등】

① 사업자가 재화 또는 용역을 공급(부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역의 공급은 제외한다)하는 경우에는 다음 각 호의 사항을 적은 계산서(이하 "세금계산서"라 한다)를 그 공급을 받는 자에게 발급하여야 한다.

1. 공급하는 사업자의 등록번호와 성명 또는 명칭

2. 공급받는 자의 등록번호. 다만, 공급받는 자가 사업자가 아니거나 등록한 사업자가 아닌 경우에는 대통령령으로 정하는 고유번호 또는 공급받는 자의 주민등록번호

3. 공급가액과 부가가치세액

4. 작성 연월일

5. 그 밖에 대통령령으로 정하는 사항

(이하 생략)

○ 부가가치세법 제11조【용역의 공급】

① 용역의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 따른 것으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것으로 한다.

1. 역무를 제공하는 것

2. 시설물, 권리 등 재화를 사용하게 하는 것

② 제1항에 따른 용역의 공급의 범위에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

○ 장기등이식에 관한 법률 제4조【정의】 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

1. "장기등"이란 사람의 내장이나 그 밖에 손상되거나 정지된 기능을 회복하기 위하여 이식이 필요한 조직으로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 것을 말한다.

가. 신장ㆍ간장ㆍ췌장ㆍ심장ㆍ폐

나. 골수ㆍ안구

다. 그 밖에 사람의 내장 또는 조직 중 기능회복을 위하여 적출ㆍ이식할 수 있는 것으로서 대통령령으로 정하는 것

2. "장기등기증자"란 다른 사람의 장기등의 기능회복을 위하여 대가 없이 자신의 특정한 장기등을 제공하는 사람으로서 제14조에 따라 등록한 사람을 말한다.

3. "장기등기증희망자"란 본인이 장래에 뇌사 또는 사망할 때 장기등을 기증하겠다는 의사표시를 한 사람으로서 제15조에 따라 등록한 사람을 말한다.

4. "장기등이식대기자"란 자신의 장기등의 기능회복을 목적으로 다른 사람의 장기등을 이식받기 위하여 제14조에 따라 등록한 사람을 말한다.

(이하 생략)

○ 장기등이식에 관한 법률 시행령 제2조【장기등의 정의】

「장기등 이식에 관한 법률」(이하 "법"이라 한다) 제4조 제1호 다목에서 "대통령령으로 정하는 것"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 말한다. 다만, 제3호는 소장과 동시에 이식하기 위한 경우만 해당한다.

1. 췌도(膵島)

2. 소장

3. 위장, 십이지장, 대장, 비장

4. 뼈·피부·근육·신경·혈관 등으로 구성된 복합조직으로서의 손 및 팔

5. 말초혈(조혈모세포를 이식할 목적으로 채취하는 경우에 한정한다. 이하 같다)

○ 장기등이식에 관한 법률 제20조【장기구득기관】

① 보건복지부장관은 뇌사추정자 및 뇌사판정대상자의 파악과 관리, 뇌사판정 및 장기 적출 절차의 진행 지원, 장기등 기증 설득 및 장기등기증자에 대한 지원 등의 업무를 수행하는 장기구득기관을 지정할 수 있다.

② 장기구득기관으로 지정받을 수 있는 기관은 다음 각 호와 같다.

1. 의료기관

2. 장기등의 기증 및 이식에 관련된 사업을 주된 목적으로 설립된 비영리법인

(이하 생략)

○ 장기등이식에 관한 법률 제42조【장기등의 적출ㆍ이식 비용의 부담 등】

① 장기등의 적출 및 이식에 드는 비용은 해당 장기등을 이식받은 사람이 부담한다. 다만, 이식받은 사람이 부담하는 비용에 대하여 다른 법령에서 따로 정하는 경우에는 해당 법령에서 정하는 바에 따른다.

② 제1항에 따른 비용은「국민건강보험법」에서 정하는 바에 따라 산출한다. 다만,「국민건강보험법」에서 규정하지 아니한 비용은 보건복지부령으로 정하는 바에 따라 산출한다.

○ 국민건강보험법 제42조【요양기관】

① 요양급여(간호 및 이송을 제외한다)는 다음 각호의 요양기관에서 행한다. 이 경우 보건복지가족부장관은 공익 또는 국가시책상 요양기관으로 적합하지 아니하다고 인정되는 의료기관등으로서 대통령령이 정하는 의료기관등은 요양기관에서 제외할 수 있다.

1.「의료법」에 의하여 개설된 의료기관

2.「약사법」에 의하여 등록된 약국

3.「약사법」제72조의12의 규정에 의하여 설립된 한국희귀의약품센터

4.「지역보건법」에 의한 보건소・보건의료원 및 보건지소

5.「농어촌 등 보건의료를 위한 특별조치법」에 의하여 설치된 보건진료소

(이하 생략)

○ 국민건강보험법 제47조【요양급여비용의 청구와 지급 등】

① 요양기관은 요양급여비용의 지급을 공단에 청구할 수 있다. 이 경우 제2항의 규정에 의한 심사청구는 이를 공단에 대한 요양급여비용의 청구로 본다.

② 제1항의 규정에 의한 요양급여비용의 청구를 하고자 하는 요양기관은 제55조의 규정에 의한 건강보험심사평가원에 요양급여비용의 심사청구를 하여야 하며, 심사청구를 받은 건강보험심사평가원은 이를 심사한 후 지체없이 그 내용을 공단 및 요양기관에 통보하여야 한다.

③ 제2항에 따라 심사 내용을 통보받은 공단은 지체 없이 그 내용에 따라 요양급여비용을 요양기관에 지급한다. 이 경우 이미 낸 본인일부부담금이 제2항에 따라 통보된 금액보다 더 많으면 요양기관에 지급할 금액에서 더 많이 낸 금액을 공제하여 해당 가입자에게 지급하여야 한다.

④·⑤ ⁠(생략)

⑥ 요양기관은 제2항의 규정에 따른 심사청구를 다음 각 호의 단체로 하여금 대행하게 할 수 있다.

1.「의료법」제26조 제1항의 규정에 따른 의사회ㆍ치과의사회ㆍ한의사회ㆍ조산사회 또는 동조 제6항의 규정에 따라 신고한 각각의 지부 및 분회

2.「의료법」제45조의 2의 규정에 따른 의료기관단체

(이하 생략)

4. 관련사례

○ 법인세과-2493, 2018.9.13.

「장기등이식에 관한 법률」제20조에 따라 설립된 내국법인이 장기를 이식받은 자에게 HLA(Human Leukocyte Antigen, 조직적합성 항원) 교차검사 용역을 제공하고「장기등이식에 관한 법률」제42조 및「국민건강보험법」제47조에 따라 건강보험공단에 심사하여 지급한 관리료를 장기이식의료기관(수혜병원)으로부터 지급받는 경우 장기이식의료기관에 계산서를 교부하지 아니하는 것임

○ 법인세과-1054, 2011.12.29.

「법인세법」제121조의 계산서는 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 의하여 재화나 용역을 실제 공급받는 자에게 교부하는 것으로서 재화나 용역의 실제 공급받는 자가 누구인지는 계약내용, 대가의 지급관계, 유효한 계약인지 여부 등에 따라 판단할 사항임

○ 서면3팀-1934, 2005.11.2.

사업자가 계약상의 원인에 의하여 재화 또는 용역을 공급하는 경우에는 당해 계약상 공급을 받는 자에게 부가가치세법 제16조 제1항의 규정에 의하여 세금계산서를 교부하여야 하는 것임

귀 질의의 경우에는 관련된 기질의회신문(부가46015-1221, 1997.5.31. ; 부가46015-1979, 2000.8.16.)을 참고하기 바람

○ 법인, 국심2005중3531, 2005.12.15.

(1) ⁠(생략)

(2) 청구법인과 ○○○간에 이루어진 위탁진료비의 수수행위가 계산서 교부대상거래에 해당하는지를 살펴본다.

(가) ○○○대상자에 대한 진료비 지급의 근거를 보면, 국가유공자 등 예우 및 지원에 관한 법률 등에서 애국지사 등 국가유공자에 대하여 의료보호를 실시하는 것으로 되어 있으며(동법 제41조), 국가는 이들에 대한 진료를 국가 또는 지방자치단체외의 의료시설○○○에 위탁하여 행할 수 있고 진료에 소요되는 비용은 국가가 부담하는 것으로 되어 있다(동법 제42조).

(나) ⁠(다)(생략)

이와 같이 청구법인은 ○○○대상자에게 진료용역을 제공하고 그 대가는 관련 법령에 의해 국가가 부담하는 ○○○대상자의 진료비를 ○○○을 통하여 단순히 지급받는 것 뿐이고, 청구법인이 ○○○에게 어떤 재화나 용역의 공급은 없는 것으로 나타나고 있다.

(라) ○○○의 위와 같은 위탁진료비 지급업무는 국가의 진료비 지급업무를 단순히 대행하는 업무로서 이를 비수익사업으로 보고 ○○○, 처분청은 ○○○이 ○○○대상자의 진료비를 청구법인에게 지급하고 청구법인으로부터 계산서를 수취하지 아니한 것에 대하여 법인세법 제76조 제9항 및 법인세법 시행령 제120조 제2항 제2호(비영리법인의 비수익사업에 대한 계산서 미수취 가산세 제외 규정)의 규정에 의해 가산세 적용을 하지 아니하였다.

처분청이 ○○○에게는 이 건 계산서 미수취가산세를 적용하지 않으면서 청구법인에게는 ○○○에게 계산서의 작성·교부의무가 있다고 보아 가산세를 적용한 것은 동일한 거래에 대하여 법령의 해석·적용을 달리한 것으로 보인다.

(마) 한편, ○○○의 청구법인에 대한 위탁진료비 지급등의 방법 및 절차는 의료급여법에 근거하고 있는 바, 이 것과 유사한 지급체계를 가진 ○○○의 경우를 보면, 진료용역을 환자에게 공급하는 병원이 진료비의 일부를 지급하는 ○○○에 대하여는 계산서의 작성·교부의무가 없는 것으로 보고 있다.

(바) 계산서의 작성·교부제도는 재화 또는 용역을 공급하는 경우에 거래사실을 확인하는 과세자료로 활용하여 거래의 정상화 및 과세표준의 양성화를 기하고 그에 따른 탈세의 원천적 예방으로 성실납세 풍토조성 및 근거과세 구현을 위한 제도로 계산서 교부가 사실상 어려운 경우 등은 교부를 면제하거나 영수증을 교부할 수 있도록 하였는 바, 이와 같은 계산서 등의 교부 및 제출의무는 납세의무에 관한 것이 아니고 그 거래상대방의 과세근거가 되는 과세자료를 얻기 위한 것으로서 조세행정상 협력의무라 할 것이다.

앞에서 살펴본 바와 같이, 이 건의 경우 청구법인이 ○○○에게 재화나 용역을 공급한 사실이 없고, ○○○은 국가가 부담하는 ○○○대상자의 진료비를 비수익사업으로서 단순히 지급대행만 하는 것으로 되어 있으며, ○○○에 대하여는 계산서 미수취 가산세의 적용을 하지 않는 점과 이러한 거래과정에서 조세의 탈루 또는 회피의 가능성도 없는 점 등으로 미루어 볼 때, 청구법인이 ○○○을 통하여 ○○○대상자의 진료비를 받은 것이 계산서의 작성·교부대상 거래에 해당한다고 보기 어렵다.

○ 법인, 국심2006서0156, 2006.4.4.

국가유공자 등 예우와 지원에 관한 법률에 의하여 국가보훈처장으로부터 진료를 위탁받은 B병원장이 A병원장과 국가유공자 등 위탁진료계약서를 작성하여 위탁진료기관인 A병원장이 국가유공자 등에게 진료용역을 제공한 후 B병원장에게 진료비를 청구하면 B병원장이 예산범위 내에서 국가보훈처장으로부터 진료비를 교부받아 A병원장에게 지급하는 사실이 확인된다. 그렇다면 이 경우 주로 사업자가 아닌 소비자에게 용역을 공급하는 보건사업을 영위하는 A병원장은 B병원장에게 진료용역을 제공한 것이 아니라 직접 최종소비자인 국가유공자 등에게 용역을 공급한 것인 만큼 A병원장은 영수증을 발행할 수 있는 사업자에 해당됨에도 계산서교부의무가 있다고 보아 A병원장에게 계산서를 교부하지 아니하였다 하여 매출처별계산서합계표 기재불성실가산세를 적용하여 법인세를 부과한 처분은 부당하다고 판단된다.

출처 : 국세청 2018. 12. 13. 서면-2018-법인-2117[법인세과-3169] | 국세법령정보시스템