요지

수입농산물을 원료로 하여 가공식품을 제조하여 판매하는 사업에서 발생한 소득은 감면대상 소득에 해당하나, 귀 질의의 사례가 수입농산물 본래의 성질이 변하는 정도의 가공에 해당하는지 여부는 사실 판단할 사항임

회신

「농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률」에 따른 농업회사법인이 수입농산물을 유통·판매하여 발생한 소득은 ⁠「조세특례제한법시행령」제65조 제2항 제3호 단서에 따라 감면대상 소득에서 제외됩니다.
다만, 수입농산물 가공에서 발생한 소득은 감면대상 소득에 해당하나, 귀 질의의 사례가 수입농산물 본래의 성질이 변하는 정도의 가공에 해당하는지 여부는 사실 판단할 사항입니다.

1. 사실관계

 ○질의인은 수입산(캐나다) 돼지목뼈와 국내산 농산물을 원료로 하여 가공식품(뼈다귀탕)을 제조·판매하는 사업장의 대표로

  - 향후 공장건립 및 시설투자 확대 등으로 농업회사법인을 설립 예정임

2. 질의내용

 ○ 수입농산물을 가공하여 판매하는 소득이 농업회사법인에 대한 감면소득(50%)에 해당하는 지 여부

3. 관련법령

○ 조세특례제한법 제68조【농업회사법인에 대한 법인세의 면제 등】

① 「농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률」 제4조에 따라 농어업경영정보를 등록한 농업회사법인(이하 "농업회사법인"이라 한다)에 대해서는 2026년 12월 31일 이전에 끝나는 과세연도까지 식량작물재배업소득 전액과 식량작물재배업소득 외의 작물재배업에서 발생하는 소득 중 대통령령으로 정하는 범위의 금액에 대하여 법인세를 면제하고, 작물재배업에서 발생하는 소득 외의 소득 중 대통령령으로 정하는 소득에 대해서는 최초로 해당 소득이 발생한 과세연도(사업개시일부터 5년이 되는 날이 속하는 과세연도까지 해당 소득이 발생하지 아니하는 경우에는 5년이 되는 날이 속하는 과세연도를 말한다)와 그 다음 과세연도의 개시일부터 4년 이내에 끝나는 과세연도까지 해당 소득에 대한 법인세의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면한다.

 ②∼⑥ ⁠(생 략)

○ 조세특례제한법 시행령 제65조【농업회사법인에 대한 세액 감면 등】

 ① 법 제68조제1항에서 "대통령령으로 정하는 범위"란 다음의 계산식에 따라 계산한 금액 이하를 말한다.

 ② 법 제68조제1항에서 "대통령령으로 정하는 소득"이란 다음 각 호의 소득(농업인이 아닌 자가 지배하는 기획재정부령으로 정하는 농업회사법인의 경우에는 기획재정부령으로 정하는 업종에서 발생하는 소득은 제외한다)을 말한다.

  1. 「농업ㆍ농촌 및 식품산업 기본법 시행령」 제2조에 따른 축산업, 임업에서 발생한 소득

  2. ⁠「농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률」에 따른 농업회사법인(이하 이 조에서 "농업회사법인"이라 한다)의 같은 법 시행령 제20조의5제1항제6호가목부터 마목까지의 사업에서 발생한 소득

  3. 「농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률」 제19조제1항에 따른 농산물 유통ㆍ가공ㆍ판매 및 농작업 대행에서 발생한 소득 다만, 수입 농산물의 유통 및 판매에서 발생하는 소득은 제외한다.

 ③∼④ ⁠(생 략)

 ⑤ 법 제68조제1항 또는 제3항에 따라 법인세를 감면받거나 이월과세를 적용받으려는 자는 과세표준신고와 함께 기획재정부령으로 정하는 세액감면신청서, 면제세액계산서 또는 이월과세적용신청서와 농어업경영체 등록확인서를 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다. 이 경우 이월과세적용신청서는 농업회사법인과 함께 제출하여야 한다.

 ⑥∼⑧ ⁠(생 략)

○ 구 조세특례제한법 시행령 제65조【농업회사법인에 대한 세액 감면 등】

 ① 법 제68조제1항에서 "대통령령으로 정하는 범위"란 다음의 계산식에 따라 계산한 금액 이하를 말한다.

 ② 법 제68조제1항에서 "대통령령으로 정하는 소득"이란 다음 각 호의 소득(농업인이 아닌 자가 지배하는 기획재정부령으로 정하는 농업회사법인의 경우에는 기획재정부령으로 정하는 업종에서 발생하는 소득은 제외한다)을 말한다.

  1. 「농업ㆍ농촌 및 식품산업 기본법 시행령」 제2조에 따른 축산업, 임업에서 발생한 소득

  2. ⁠「농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률」에 따른 농업회사법인(이하 이 조에서 "농업회사법인"이라 한다)의 같은 법 시행령 제20조의5제1항제6호가목부터 마목까지의 사업에서 발생한 소득

  3. 「농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률」 제19조제1항에 따른 농산물 유통ㆍ가공ㆍ판매 및 농작업 대행에서 발생한 소득

 ③∼⑧ ⁠(생 략)

○ 조세특례제한법 시행규칙 제26조【농업회사법인 법인세 감면 배제 소득 등】

 ① 영 제65조제2항에서 "기획재정부령으로 정하는 농업회사법인"이란 출자총액이 80억원을 초과하고 출자총액 중 「농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률」 제2조제1호에 따른 농업인 및 「농업ㆍ농촌 및 식품산업 기본법」 제3조제4호에 따른 농업 관련 생산자단체의 출자지분 합계의 비중이 100분의 50 미만인 농업회사법인을 말한다.

 ② 영 제65조제2항에서 "기획재정부령으로 정하는 업종"이란 도ㆍ소매업 및 서비스업(작물재배 관련 서비스업은 제외한다)을 말한다.

○ 농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률 제1조【목적】

 이 법은 경쟁력 있는 농어업경영체를 육성하고 농어업의 공동경영을 활성화하여 국민에게 안전한 농수산물과 식품을 안정적으로 공급하고, 나아가 농어촌사회의 안정과 국가 발전에 이바지함을 목적으로 한다.

○ 농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률 제2조【정의】

 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

  1. "농업인"이란 「농업ㆍ농촌 및 식품산업 기본법」 제3조제2호에 따른 농업인을 말한다.

  2. "농업법인"이란 제16조에 따른 영농조합법인과 제19조에 따른 농업회사법인을 말한다.

  3. "농업경영체"란 농업인과 농업법인을 말한다.

  4.∼8. ⁠(생 략)

○ 농업ㆍ농촌 및 식품산업 기본법 제3조【정의】

 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

  1. "농업"이란 농작물재배업, 축산업, 임업 및 이들과 관련된 산업으로서 대통령령으로 정하는 것을 말한다.

  2. "농업인"이란 농업을 경영하거나 이에 종사하는 자로서 대통령령으로 정하는 기준에 해당하는 자를 말한다.

  3. "농업경영체"란 「농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률」 제2조제3호에 따른 농업경영체를 말한다.

  4. "생산자단체"란 농업 생산력의 증진과 농업인의 권익보호를 위한 농업인의 자주적인 조직으로서 대통령령으로 정하는 단체를 말한다.

  5. ⁠(생 략)

  6. "농수산물"이란 다음 각 목의 것을 말한다.

   가. 농산물: 농업활동으로 생산되는 산물로서 대통령령으로 정하는 것

   나. 수산물: 「수산업ㆍ어촌 발전 기본법」 제3조제1호가목에 따른 어업활동 및 같은 호 마목에 따른 양식업활동으로 생산되는 산물로서 대통령령으로 정하는 것

  7.∼11. ⁠(생 략)

○ 농업ㆍ농촌 및 식품산업 기본법 시행령 제2조【농업의 범위】

 「농업ㆍ농촌 및 식품산업 기본법」(이하 "법"이라 한다) 제3조제1호에 따른 농업은 다음 각 호와 같다.

  1. 농작물재배업: 식량작물 재배업, 채소작물 재배업, 과실작물 재배업, 화훼작물 재배업, 특용작물 재배업, 약용작물 재배업, 사료작물 재배업, 풋거름작물 재배업, 버섯 재배업, 양잠업 및 종자ㆍ묘목 재배업(임업용 종자ㆍ묘목 재배업은 제외한다)

  2. 축산업: 동물(수생동물은 제외한다)의 사육업ㆍ증식업ㆍ부화업 및 종축업(種畜業)

  3. ⁠(생 략)

○ 농업ㆍ농촌 및 식품산업 기본법 시행령 제3조【농업인의 기준】

 ① 법 제3조제2호에서 "대통령령으로 정하는 기준에 해당하는 자"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사람을 말한다.

  1. 1천제곱미터 이상의 농지(「농어촌정비법」 제98조에 따라 비농업인이 분양받거나 임대받은 농어촌 주택 등에 부속된 농지는 제외한다)를 경영하거나 경작하는 사람

  2. 농업경영을 통한 농산물의 연간 판매액이 120만원 이상인 사람

  3. 1년 중 90일 이상 농업에 종사하는 사람

  4. 「농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률」 제16조제1항에 따라 설립된 영농조합법인의 농산물 출하ㆍ유통ㆍ가공ㆍ수출활동에 1년 이상 계속하여 고용된 사람

  5. 「농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률」 제19조제1항에 따라 설립된 농업회사법인의 농산물 유통ㆍ가공ㆍ판매활동에 1년 이상 계속하여 고용된 사람

 ②∼③ ⁠(생 략)

○ 농업ㆍ농촌 및 식품산업 기본법 시행령 제5조【농수산물의 범위】

 ① 법 제3조제6호가목에서 "대통령령으로 정하는 것"이란 제2조의 농업활동으로부터 생산되는 산물을 말한다.

 ② 법 제3조제6호나목에서 "대통령령으로 정하는 것"이란 「수산업ㆍ어촌 발전 기본법」 제3조제1호가목에 따른 어업활동으로부터 생산되는 산물을 말한다.

○ 농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률 제4조【농어업경영정보의 등록】

 ① 농어업ㆍ농어촌에 관련된 융자ㆍ보조금 등을 지원받으려는 농어업경영체는 다음 각 호의 사항(이하 "농어업경영정보"라 한다)을 등록하여야 한다. 등록한 사항 중 대통령령으로 정하는 중요한 사항이 변경된 경우에도 또한 같다.

  1. 농업경영체: 「농업ㆍ농촌 및 식품산업 기본법」 제40조에 따른 농지ㆍ축사ㆍ임야ㆍ원예시설 등 생산수단, 생산농산물, 생산방법 및 가축사육 마릿수 등 농업경영 관련 정보 및 융자ㆍ보조금 등의 수령정보로서 대통령령으로 정하는 것(이하 "농업경영정보"라 한다)

  2. ⁠(생 략)

 ②∼④ ⁠(생 략)

○ 농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률 제19조【농업회사법인 및 어업회사법인의 설립신고 등】

 ① 농업의 경영이나 농산물의 유통ㆍ가공ㆍ판매를 기업적으로 하려는 자나 농업인의 농작업을 대행하거나 농어촌 관광휴양사업을 하려는 자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 농업회사법인(農業會社法人)을 설립할 수 있다.

 ②∼⑪ ⁠(생 략)

○ 농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률 시행령 제17조【농업회사법인 및 어업회사법인의 설립 유형】

 ① 농업인 및 농업생산자단체는 법 제19조제1항에 따라 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 농업회사법인(이하 "농업회사법인"이라 한다)을 설립할 수 있다.

  1. 합명회사

  2. 합자회사

  2의2. 유한책임회사

  3. 주식회사

  4. 유한회사

 ②∼④ ⁠(생 략)

○ 농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률 시행령 제18조【농어업인 등이 아닌 자의 출자한도】

 ① 법 제19조제2항에 따라 농업인 또는 농업생산자단체가 아닌 자가 농업회사법인에 출자할 수 있는 한도는 다음 각 호와 같다.

  1. 농업회사법인의 총출자액이 80억원 이하인 경우: 총출자액의 100분의 90

  2. 농업회사법인의 총출자액이 80억원을 초과하는 경우: 총출자액에서 8억원을 제외한 금액

 ② ⁠(생 략)

○ 농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률 제19조의4【농업법인 및 어업법인의 사업범위】

 ① 농업법인은 그 목적을 달성하기 위하여 농업의 경영, 농산물의 공동 출하ㆍ유통ㆍ가공 등 대통령령으로 정하는 사업을 영위할 수 있다.

 ② 어업법인은 그 목적을 달성하기 위하여 수산업의 경영, 수산물의 공동 출하ㆍ유통ㆍ가공 등 대통령령으로 정하는 사업을 영위할 수 있다.

○ 농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률 시행령 제20조의5【농업법인 및 어업법인의 사업범위】

 ① 법 제19조의4제1항에서 "농업의 경영, 농산물의 공동 출하ㆍ유통ㆍ가공 등 대통령령으로 정하는 사업"이란 다음 각 호의 사업을 말한다.

  1. 농업의 경영

  2. 농산물의 출하ㆍ유통ㆍ가공ㆍ판매 및 수출

  3. 농작업의 대행

  4. 농어촌관광휴양사업

  5. ⁠「농촌융복합산업 육성 및 지원에 관한 법률」에 따른 농촌융복합산업(농촌융복합산업 사업자로서 수행하는 경우만 해당한다)

  6. 다음 각 목의 부대 사업

   가. 영농에 필요한 자재의 생산 및 공급사업

   나. 영농에 필요한 종자생산 및 종균배양사업

   다. 농산물의 구매 및 비축사업

   라. 농업기계나 그 밖의 장비의 임대ㆍ수리 및 보관사업

   마. 소규모 관개시설(灌漑施設)의 수탁 및 관리사업

   바. 농업과 관련된 공동이용시설의 설치ㆍ운영

출처 : 국세청 2024. 07. 26. 서면-2024-법인-0951 | 국세법령정보시스템