대기업 계열사 편입 시 중소기업 유예기간 및 소득세 감면 적용

요지

중소기업기본법 제2조에 따른 중소기업이 공시대상기업집단의 국내 계열회사로 편입된 경우에는 중소기업 유예기간을 적용하지 않음

회신

중소기업기본법 제2조에 따른 중소기업이 조세특례제한법 제2조 제1항 제3호에 따라 공시대상기업집단의 국내 계열회사로 편입된 경우에는 같은 조 제2항 제3호에 의거 중소기업 유예기간을 적용하지 않습니다. 공정거래위원회로부터 계열제외 승인을 받았다 하더라도 계열등록이 되어 있던 기간에 대해서는 조세특례제한법 제30조에 따른 소득세 감면을 소급하여 적용할 수 없으며, 중소기업에 해당하던 시기에 취업하여 감면대상자에 해당하는 직원은 회사가 계열등록에서 제외되어 감면대상 중소기업에 해당하는 경우에는 조세특례제한법 제30조에 따른 소득세 감면을 적용받을 수 있습니다. 위 질의는 아래 해석사례를 참고하시기 바랍니다.
○사전-2021-법령해석소득-0866(2021.12.23.)
○서면법규과-24(2014.1.13.)

1.사실관계

○질의인은 공정거래위원회 요구로 2023.4.1.자로 대기업 계열사로 편입되었고, 편입 당시 계열제외(중소벤처기업 유예) 신고서를 제출하지 아니하였으나 추후 제출할 예정임

 ○위와 관련하여 공정거래법 시행령 개정안에 따라(2022.12.27.시행) 대기업 집단 계열편입 후에도 편입 후 1년 이내까지는 계열편입 유예신청이 허용됨을 확인함

2.질의내용

○중소기업 유예기간의 소급 적용 가능 여부

 -질의인이 추후 공정거래위원회로부터 계열 제외 승인을 받을 시, 세법상 계열등록이 되어있던 2023년 기간(위 사실관계에 따라 2023.4.~계열 제외 승인일)에도 소급하여 중소기업 유예기간이 적용되어 소득세 감면을 적용받을 수 있는지?

○기존 감면 직원의 감면 재개 가능 여부 및 감면 기간 소급 가능여부

  -기존 직원(중소기업 시기 취업 직원)은 계열 제외(유예) 확정일로부터(또는 소급 적용이 가능할 시 2023년 전 기간) 소득세 감면제도의 혜택을 다시 받을 수 있는지?

○대기업 계열사 편입 이전 입사 직원의 감면 적용 가능 여부 및 기간 소급 가능 여부

  -국세청 홈택스를 통하여 중소기업 취업자 소득세 감면신청서를 제출하지 않았으나, 중소기업 기간에 취업한 직원(고용보험 가입일로 증명)의 경우 계열 제외 확정일 이후 소득세 감면신청서를 제출하고 질의인이 공식적으로 중소기업인 기간 동안의(첫번째 질의에 따라 소급적용될 시 취업일로부터 2023년 전 기간) 감면 혜택을 적용받을 수있는지?

3.관련법령

 ○중소기업기본법 제2조【중소기업자의 범위】

 ①중소기업을 육성하기 위한 시책(이하 "중소기업시책"이라 한다)의 대상이 되는 중소기업자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 기업 또는 조합 등(이하 "중소기업"이라 한다)을 영위하는 자로 한다. 다만, ｢독점규제 및 공정거래에 관한 법률｣ 제31조 제1항에 따른 공시대상기업집단에 속하는 회사 또는 같은 법 제33조에 따라 공시대상기업집단의 소속회사로 편입·통지된 것으로 보는 회사는 제외한다.

 1.다음 각 목의 요건을 모두 갖추고 영리를 목적으로 사업을 하는 기업

 가.업종별로 매출액 또는 자산총액 등이 대통령령으로 정하는 기준에 맞을 것

 나.지분 소유나 출자 관계 등 소유와 경영의 실질적인 독립성이 대통령령으로 정하는 기준에 맞을 것

 ○조세특례제한법 시행령 제2조【중소기업의 범위】

 ①법 제6조 제1항 각 호 외의 부분에서 "대통령령으로 정하는 중소기업"이란 다음 각 호의 요건을 모두 갖춘 기업(이하 "중소기업"이라 한다)을 말한다. 다만, 자산총액이 5천억원 이상인 경우에는 중소기업으로 보지 않는다.

  1.매출액이 업종별로「중소기업기본법 시행령」별표 1에 따른 규모 기준("평균매출액등"은 "매출액"으로 보며, 이하 이 조에서 "중소기업기준"이라 한다) 이내일 것

  2. 삭제

  3.｢독점규제 및 공정거래에 관한 법률｣ 제31조 제1항에 따른 공시대상기업집단에 속하는 회사 또는 같은 법 제33조에 따라 공시대상기업집단의 국내 계열회사로 편입·통지된 것으로 보는 회사에 해당하지 않으며, 실질적인 독립성이 ｢중소기업기본법 시행령｣ 제3조 제1항 제2호에 적합할 것. 이 경우 ｢중소기업기본법 시행령｣ 제3조 제1항 제2호 나목의 주식 등의 간접소유 비율을 계산할 때 ｢자본시장과 금융투자업에 관한 법률｣에 따른 집합투자기구를 통하여 간접소유한 경우는 제외하며, ｢중소기업기본법 시행령｣ 제3조 제1항 제2호 다목을 적용할 때 "평균매출액등이 별표 1의 기준에 맞지 아니하는 기업"은 "매출액이 ｢조세특례제한법 시행령｣ 제2조 제1항 제1호에 따른 중소기업기준에 맞지 않는 기업"으로 본다.

 ②제1항의 규정을 적용함에 있어서 중소기업이 그 규모의 확대 등으로 같은 항 각 호 외의 부분 단서에 해당되거나 같은 항 제1호 또는 제3호(「중소기업기본법 시행령 제3조 제1항 제2호 다목의 규정으로 한정한다)의 요건을 갖추지 못하게 되어 중소기업에 해당하지 아니하게 된 때에는 최초로 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도와 그 다음 3개 과세연도까지는 이를 중소기업으로 보고, 해당 기간(이하 이 조에서 "유예기간"이라 한다)이 경과한 후에는 과세연도별로 제1항의 규정에 따라 중소기업 해당여부를 판정한다. 다만, 중소기업이 다음 각 호의 어느 하나의 사유로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우에는 유예기간을 적용하지 아니하고, 유예기간 중에 있는 기업에 대해서는 해당 사유가 발생한 날(제2호에 따른 유예기간 중에 있는 기업이 중소기업과 합병하는 경우에는 합병일로 한다)이 속하는 과세연도부터 유예기간을 적용하지 아니한다.

  3.제1항 제3호(｢중소기업기본법 시행령｣ 제3조 제1항 제2호 다목의 규정은 제외한다)의 요건을 갖추지 못하게 되는 경우

○독점규제 및 공정거래에 관한 법률 제31조【상호출자제한기업집단 등의 지정 등】

 ①공정거래위원회는 대통령령으로 정하는 바에 따라 산정한 자산총액이 5조원 이상인 기업집단을 대통령령으로 정하는 바에 따라 공시대상기업집단으로 지정하고, 지정된 공시대상기업집단 중 자산총액이 국내총생산액의 1천분의 5에 해당하는 금액 이상인 기업집단을 대통령령으로 정하는 바에 따라 상호출자제한기업집단으로 지정한다. 이 경우 공정거래위원회는 지정된 기업집단에 속하는 국내 회사와 그 회사를 지배하는 동일인의 특수관계인인 공익법인에 지정 사실을 대통령령으로 정하는 바에 따라 통지하여야 한다.

○조세특례제한법 제30조【중소기업 취업자에 대한 소득세 감면】

 ①대통령령으로 정하는 청년(이하 이 항에서 "청년"이라 한다), 60세 이상인 사람, 장애인 및 경력단절 여성이「중소기업기본법」제2조에 따른 중소기업(비영리기업을 포함한다)으로서 대통령령으로 정하는 기업 ∼

4.관련예규

 ○사전-2021-법령해석소득-0866(2021.12.23.)

   귀 사전답변 신청의 경우,「중소기업기본법」제2조에 따른 중소기업(이하 ⁠‘중소기업’)에 해당하던 기업(이하 ⁠‘본 건 기업’)이 같은 조 제1항 각 호 외의 부분 단서에 따라 그 사유가 발생한 날부터 중소기업에 해당하지 않게 된 경우(이 경우 같은 법 제2조제3항단서 및 같은 법 시행령 제9조제2호에 따라 같은 법 제2조제3항본문에 따른 유예기간의 적용 없음),「조세특례제한법」제30조에 따른 소득세 감면은 본 건 기업이 중소기업에 해당하는 기간 동안 지급받은 근로소득에 적용되는 것입니다.

출처 : 국세청 2023. 06. 28. 서면-2023-원천-1201 | 국세법령정보시스템