조합원입주권 상태 장기임대주택 등록 시 1세대1주택 비과세 특례

요지

도정법에 의한 재건축사업에 의하여 조합원입주권으로 전환된 후 2020년 7월 10일 이전에 민특법에 따라 임대사업자등록 신청한 장기임대주택과 비과세 요건을 충족한 거주주택을 소유하는 1세대가 그 거주주택을 양도하는 경우 비과세 특례를 적용하는 것임

회신

귀 질의의 경우, ⁠「도시 및 주거환경정비사업」에 의한 재건축사업에 의하여 조합원입주권으로 전환된 후 2020년 7월 10일 이전에 ｢민간임대주택에 관한 특별법｣ 제5조에 따라 임대사업자등록 신청한 장기임대주택과 소득세법 시행령 제155조제20항제1호의 요건을 충족한 거주주택을 소유하는 1세대가 그 거주주택을 양도하는 경우 이를 1세대1주택으로 보아 같은 영 제154조제1항을 적용하는 것입니다.
다만, 조합원입주권 상태에서 임대사업자 등록한 경우 ⁠「민간임대주택에 관한 특별법」제5조에 따른 임대사업자 등록인지 여부는 해당 법령의 유권해석 기관인 국토교통부에서 사실 판단할 사항입니다.

1. 사실관계

2. 질의내용

  -A주택을 보유한 1세대가 B주택을 취득하고 입주권으로 전환된 상태에서 ’20.7.10. 이전에 장기임대주택으로 등록하고 사용승인이 된 경우로서

   임대개시는 ’20.7.11. 이후인 경우 소득령 §155⑳에 따른 비과세 특례 규정을 적용할 수 있는지 여부

3. 관련법령

○ 소득세법 제89조【비과세 양도소득】

 ① 다음 각 호의 소득에 대해서는 양도소득에 대한 소득세(이하 ⁠“양도소득세”라 한다)를 과세하지 아니한다.

  3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주택(가액이 대통령령으로 정하는 기준을 초과하는 고가주택은 제외한다)과 이에 딸린 토지로서 건물이 정착된 면적에 지역별로 대통령령으로 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지(이하 이 조에서 ⁠“주택부수토지”라 한다)의 양도로 발생하는 소득

  가. 1세대가 1주택을 보유하는 경우로서 대통령령으로 정하는 요건을 충족하는 주택

  나. 1세대가 1주택을 양도하기 전에 다른 주택을 대체취득하거나 상속, 동거봉양, 혼인 등으로 인하여 2주택 이상을 보유하는 경우로서 대통령령으로 정하는 주택

 ② 1세대가 주택(주택부수토지를 포함한다. 이하 이 조에서 같다)과 조합원입주권 또는 분양권을 보유하다가 그 주택을 양도하는 경우에는 제1항에도 불구하고 같은 항 제3호를 적용하지 아니한다. 다만, ⁠「도시 및 주거환경정비법」에 따른 재건축사업 또는 재개발사업, ⁠「빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법」에 따른 자율주택정비사업, 가로주택정비사업, 소규모재건축사업 또는 소규모재개발사업의 시행기간 중 거주를 위하여 주택을 취득하는 경우나 그 밖의 부득이한 사유로서 대통령령으로 정하는 경우에는 그러하지 아니하다.

○ 소득세법 시행령 제154조【1세대1주택의 범위】

 ① 법 제89조제1항제3호가목에서 ⁠“대통령령으로 정하는 요건”이란 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 해당 주택의 보유기간이 2년(제8항제2호에 해당하는 거주자의 주택인 경우는 3년) 이상인 것[취득 당시에 ｢주택법｣ 제63조의2제1항제1호에 따른 조정대상지역(이하 이 조에서 ⁠“조정대상지역”이라 한다)에 있는 주택의 경우에는 해당 주택의 보유기간이 2년(제8항제2호에 해당하는 거주자의 주택인 경우에는 3년) 이상이고 그 보유기간 중 거주기간이 2년 이상인 것]을 말한다. 다만, 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 제1호부터 제3호까지의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그 보유기간 및 거주기간의 제한을 받지 아니하며 제4호 및 제5호에 해당하는 경우에는 거주기간의 제한을 받지 아니한다.

 ⑪ 법 제89조제1항제3호나목에서 ⁠“대통령령으로 정하는 주택”이란 제155조에 따른 1세대1주택의 특례에 해당하여 이 조를 적용하는 주택을 말한다.

○ 소득세법 시행령 제155조【1세대1주택의 특례】

 ⑳ 제167조의3제1항제2호에 따른 주택{같은 호 가목 및 다목에 해당하는 주택의 경우에는 해당 목의 단서에서 정하는 기한의 제한은 적용하지 않되, 2020년 7월 10일 이전에 「민간임대주택에 관한 특별법」 제5조에 따른 임대사업자등록 신청(임대할 주택을 추가하기 위해 등록사항의 변경 신고를 한 경우를 포함한다)을 한 주택으로 한정하며, 같은 호 마목에 해당하는 주택의 경우에는 같은 목 1)에 따른 주택[같은 목 2) 및 3)에 해당하지 않는 경우로 한정한다]을 포함한다. 이하 이 조에서 "장기임대주택"이라 한다} 또는 같은 항 제8호의2에 해당하는 주택(이하 "장기가정어린이집"이라 한다)과 그 밖의 1주택을 국내에 소유하고 있는 1세대가 각각 제1호와 제2호 또는 제1호와 제3호의 요건을 충족하고 해당 1주택(이하 이 조에서 "거주주택"이라 한다)을 양도하는 경우(장기임대주택을 보유하고 있는 경우에는 생애 한 차례만 거주주택을 최초로 양도하는 경우에 한정한다)에는 국내에 1개의 주택을 소유하고 있는 것으로 보아 제154조제1항을 적용한다. 이 경우 해당 거주주택을 「민간임대주택에 관한 특별법」 제5조에 따라 민간임대주택으로 등록하였거나 「영유아보육법」 제13조제1항에 따른 인가를 받아 가정어린이집으로 사용한 사실이 있고 그 보유기간 중에 양도한 다른 거주주택(양도한 다른 거주주택이 둘 이상인 경우에는 가장 나중에 양도한 거주주택을 말한다. 이하 "직전거주주택"이라 한다)이 있는 거주주택(민간임대주택으로 등록한 사실이 있는 주택인 경우에는 1주택 외의 주택을 모두 양도한 후 1주택을 보유하게 된 경우로 한정한다. 이하 이 항에서 "직전거주주택보유주택"이라 한다)인 경우에는 직전거주주택의 양도일 후의 기간분에 대해서만 국내에 1개의 주택을 소유하고 있는 것으로 보아 제154조제1항을 적용한다.

  1. 거주주택: 보유기간 중 거주기간(직전거주주택보유주택의 경우에는 법 제168조에 따른 사업자등록과 「민간임대주택에 관한 특별법」 제5조에 따른 임대사업자 등록을 한 날 또는 「영유아보육법」 제13조제1항에 따른 인가를 받은 날 이후의 거주기간을 말한다)이 2년 이상일 것

  2. 장기임대주택: 양도일 현재 법 제168조에 따른 사업자등록을 하고, 장기임대주택을 「민간임대주택에 관한 특별법」 제5조에 따라 민간임대주택으로 등록하여 임대하고 있으며, 임대보증금 또는 임대료(이하 이 호에서 "임대료등"이라 한다)의 증가율이 100분의 5를 초과하지 않을 것. 이 경우 임대료등의 증액 청구는 임대차계약의 체결 또는 약정한 임대료등의 증액이 있은 후 1년 이내에는 하지 못하고, 임대사업자가 임대료등의 증액을 청구하면서 임대보증금과 월임대료를 상호 간에 전환하는 경우에는 「민간임대주택에 관한 특별법」 제44조제4항의 전환 규정을 준용한다.

  3. 장기가정어린이집: 양도일 현재 법 제168조에 따라 사업자등록을 하고, 장기가정어린이집을 운영하고 있을 것

 ㉑ 1세대가 장기임대주택의 임대기간요건(이하 이 조에서 "임대기간요건"이라 한다) 또는 장기가정어린이집의 운영기간요건(이하 이 조에서 "운영기간요건"이라 한다)을 충족하기 전에 거주주택을 양도하는 경우에도 해당 임대주택 또는 가정어린이집을 장기임대주택 또는 장기가정어린이집으로 보아 제20항을 적용한다.

 ㉒ 1세대가 제21항을 적용받은 후에 임대기간요건 또는 운영기간요건을 충족하지 못하게 된(장기임대주택의 임대의무호수를 임대하지 않은 기간이 6개월을 지난 경우를 포함한다) 때에는 그 사유가 발생한 날이 속하는 달의 말일부터 2개월 이내에 제1호의 계산식에 따라 계산한 금액을 양도소득세로 신고ㆍ납부해야 한다. 이 경우 제2호의 임대기간요건 및 운영기간요건 산정특례에 해당하는 경우에는 해당 규정에 따른다.

  1. 납부할 양도소득세 계산식

    거주주택 양도 당시 해당 임대주택 또는 어린이집을 장기임대주택 또는 장기어린이집으로 보지 않을 경우에 납부했을 세액 - 거주주택 양도 당시 제20항을 적용받아 납부한 세액

  2. 임대기간요건 및 운영기간요건 산정특례

   가. ⁠「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」에 따른 수용 등 기획재정부령으로 정하는 부득이한 사유로 해당 임대기간요건 또는 운영기간요건을 충족하지 못하게 되거나 임대의무호수를 임대하지 않게 된 때에는 해당 임대주택을 계속 임대하거나 해당 어린이집을 계속 운영하는 것으로 본다.

   나. 재건축사업, 재개발사업 또는 소규모재건축사업등의 사유가 있는 경우에는 어린이집을 운영하지 않은 기간 또는 임대의무호수를 임대하지 않은 기간을 계산할 때 해당 주택의 「도시 및 주거환경정비법」 제74조에 따른 관리처분계획(소규모재건축사업등의 경우에는 「빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법」 제29조에 따른 사업시행계획을 말한다. 이하 "관리처분계획등"이라 한다) 인가일 전 6개월부터 준공일 후 6개월까지의 기간은 포함하지 않는다.

   다. 「주택법」 제2조에 따른 리모델링 사유가 있는 경우에는 임대의무호수를 임대하지 않은 기간을 계산할 때 해당 주택이 같은 법 제15조에 따른 사업계획의 승인일 또는 같은 법 제66조에 따른 리모델링의 허가일 전 6개월부터 준공일 후 6개월까지의 기간은 포함하지 않는다.

   라. 제167조의3제1항제2호가목 및 다목부터 마목까지의 규정에 해당하는 장기임대주택(법률 제17482호 민간임대주택에 관한 특별법 일부개정법률 부칙 제5조제1항이 적용되는 주택으로 한정한다)이 다음의 어느 하나에 해당하여 등록이 말소되고 제167조의3제1항제2호가목 및 다목부터 마목까지의 규정에서 정한 임대기간요건을 갖추지 못하게 된 때에는 그 등록이 말소된 날에 해당 임대기간요건을 갖춘 것으로 본다.

    1) 「민간임대주택에 관한 특별법」 제6조제1항제11호에 따라 임대사업자의 임대의무기간 내 등록 말소 신청으로 등록이 말소된 경우(같은 법 제43조에 따른 임대의무기간의 2분의 1 이상을 임대한 경우로 한정한다)

    2) 「민간임대주택에 관한 특별법」 제6조제5항에 따라 임대의무기간이 종료한 날 등록이 말소된 경우

   마. 재개발사업, 재건축사업 또는 소규모재건축사업등으로 임대 중이던 당초의 장기임대주택이 멸실되어 새로 취득하거나 「주택법」 제2조에 따른 리모델링으로 새로 취득한 주택이 다음의 어느 하나의 경우에 해당하여 해당 임대기간요건을 갖추지 못하게 된 때에는 당초 주택(재건축 등으로 새로 취득하기 전의 주택을 말하며, 이하 이 목에서 같다)에 대한 등록이 말소된 날 해당 임대기간요건을 갖춘 것으로 본다. 다만, 임대의무호수를 임대하지 않은 기간(이 항 각 호 외의 부분에 따라 계산한 기간을 말한다)이 6개월을 지난 경우는 임대기간요건을 갖춘 것으로 보지 않는다.

    1) 새로 취득한 주택에 대해 2020년 7월 11일 이후 종전의 「민간임대주택에 관한 특별법」 제2조제5호에 따른 장기일반민간임대주택 중 아파트를 임대하는 민간매입임대주택이나 같은 조 제6호에 따른 단기민간임대주택으로 종전의 「민간임대주택에 관한 특별법」 제5조에 따른 임대사업자등록 신청(임대할 주택을 추가하기 위해 등록사항의 변경 신고를 한 경우를 포함한다. 이하 이 목에서 같다)을 한 경우

    2) 새로 취득한 주택이 아파트(당초 주택이 단기민간임대주택으로 등록되어 있었던 경우에는 모든 주택을 말한다)인 경우로서 「민간임대주택에 관한 특별법」 제5조에 따른 임대사업자등록 신청을 하지 않은 경우

  ㉓ 제167조의3제1항제2호가목 및 다목부터 마목까지의 규정에 해당하는 장기임대주택(법률 제17482호 민간임대주택에 관한 특별법 일부개정법률 부칙 제5조제1항이 적용되는 주택으로 한정한다)이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하여 등록이 말소된 경우에는 해당 등록이 말소된 이후(장기임대주택을 2호 이상 임대하는 경우에는 최초로 등록이 말소되는 장기임대주택의 등록 말소 이후를 말한다) 5년 이내에 거주주택을 양도하는 경우에 한정하여 임대기간요건을 갖춘 것으로 보아 제20항을 적용한다.

    1. 「민간임대주택에 관한 특별법」 제6조제1항제11호에 따라 임대사업자의 임대의무기간 내 등록 말소 신청으로 등록이 말소된 경우(같은 법 제43조에 따른 임대의무기간의 2분의 1 이상을 임대한 경우에 한정한다)

    2. 「민간임대주택에 관한 특별법」 제6조제5항에 따라 임대의무기간이 종료한 날 등록이 말소된 경우

4. 유사사례(판례, 심판례, 심사례, 예규)

○ 서면-2018-부동산-3778, 2019.06.11.; 서면-2015-부동산-22331, 2015.03.06.

 ｢소득세법 시행령｣ 제167조의3제1항제2호 각 목에 따른 주택(장기임대주택)과 그 밖의 1주택을 국내에 소유하고 있는 1세대가 같은 영 제155조제19항* 각 호의 요건을 모두 충족하는 해당 1주택(거주주택)을 양도하는 경우에는 국내에 1개의 주택을 소유하고 있는 것으로 보아 같은 영 제154조 제1항에 따른 1세대 1주택 비과세를 적용하는 것입니다. 한편, 장기임대주택과 조합원입주권을 소유한 1세대가 대체주택(｢소득세법 시행령｣ 제156조의2 제5항의 대체주택을 말함)을 양도하는 귀 질의의 경우에는 같은 영 제155조제19항* 및 같은 영 제156조의2제5항의 요건을 모두 충족하는 경우에 한하여 1세대 1주택 특례를 적용받을 수 있는 것입니다.

 * 현행 「소득세법 시행령」 제155조제20항

○ 서면-2017-부동산-0761, 2017.06.23.

 ｢소득세법 시행령｣ 제167조의3제1항제2호에 따른 주택(이하 ⁠“장기임대주택”이라 함)과 같은 영 제155조 제19항 각호의 요건을 충족하는 1주택(이하 ⁠“거주주택”이라 함)을 소유한 1세대가 거주주택을 양도하기 전에 1조합원입주권을 취득한 경우로서 거주주택을 취득한 날부터 1년 이상이 지난 후에 1조합원입주권을 취득하고 그 조합원입주권을 취득한 날부터 3년 이내에 거주주택을 양도하는 때에는 ｢소득세법시행령｣ 제154조제1항의 규정을 적용하는 것입니다.

○ 부동산납세과-925, 2014.12.03.

  ｢소득세법 시행령｣ 제167조의3제1항제2호에 따른 장기임대주택과 거주주택을 소유한 1세대가 거주주택을 양도하기 전에 1조합원입주권을 취득한 경우로서 거주주택을 취득한 날부터 1년 이상이 지난 후에 1조합원입주권을 취득하고 그 조합원입주권을 취득한 날부터 3년 이내에 거주주택을 양도하는 때에는 이를 1세대 1주택으로 보는 것입니다.

○ 부동산거래관리과-16, 2013.01.11.

 ｢소득세법 시행령｣ 제155조제19항에 따른 장기임대주택과 거주주택을 소유한 1세대가 같은 영 제156조의2제3항에 따라 해당 거주주택을 양도하기 전에 조합원입주권을 취득한 경우로서 그 조합원입주권을 취득한 날부터 3년 이내에 거주주택을 양도하는 경우에는 이를 1세대1주택으로 보아 같은 영 제154조제1항을 적용받을 수 있는 것입니다.

○ 서면법규과-1309, 2014.12.12.

 1.｢소득세법 시행령｣ 제155조제19항을 적용함에 있어 거주주택의 거주기간은 보유기간 중 거주기간을 통산하는 것입니다.(다만, 직전거주주택보유주택의 경우에는 ｢임대주택법｣ 제6조에 따라 임대주택사업자로 등록한 날 이후의 거주기간으로 계산함)

 2. 이때, 거주기간은 주민등록표상의 전입일부터 전출일까지의 기간에 따르는 것이나, 실제 거주한 기간이 주민등록표와 다른 경우에는 실제 거주한 기간에 따르는 것이며, 실제 거주여부는 사실 판단할 사항입니다.

 3. 거주자가 A․B․C주택을 보유하고 A․C주택이 각각 ｢소득세법 시행령｣ 제155조제19항 각 호에 따른 거주주택(이하 ⁠“A주택”이라 함)과 장기임대주택(이하 ⁠“C주택”이라 함)에 해당하는 경우로서 A주택을 양도하는 경우 같은 항에 따른 거주주택 비과세 특례가 적용되지 않는 것이나, A주택을 양도하기 전에 B주택을 취득하여 같은 조 제1항의 요건을 갖춘 경우 일시적 2주택에 따른 비과세 특례를 적용받을 수 있습니다.

 4. C주택을 보유한 상태에서 A주택을 양도한 경우 B주택(A주택과 B주택 모두 양도하고 다른 주택(이하 ⁠“D주택”이라 함)을 취득한 경우에는 D주택)이 같은 조 제19항* 각 호에 따른 거주주택 요건을 갖춘 경우로서 B주택(D주택)을 양도하는 경우 같은 항에 따른 거주주택 비과세 특례를 적용받을 수 있습니다.

  5. 거주주택인 A․B(D)주택을 모두 양도하고 같은 조 제20항의 임대기간요건을 충족한 C주택 1채만을 보유하다가 양도하는 경우 같은 조 제19항을 적용받은 거주주택 중 가장 마지막에 양도한 거주주택의 양도일 후의 기간분에 대해서만 1세대1주택 비과세 특례를 적용받을 수 있는 것이며, C주택의 양도에 따른 양도소득금액 및 장기보유특별공제액은 같은 령 제161조 제1항, 제4항에 따라 계산하는 것입니다.

 ○ 서면-2020-부동산-4102, 2022.05.27.

  2020년 7월 10일 이전 ｢민간임대주택에 관한 특별법｣ 제5조에 따른 임대사업자등록 신청을 한 ｢소득세법 시행령｣ 제155조제20항에 따른 장기임대주택과 2년 이상 거주한 주택을 소유하는 1세대가 그 거주주택(A주택)을 양도하기 전에 조합원입주권(D조합원입주권)을 취득함으로써 일시적으로 1주택과 1조합원입주권을 소유하게 된 경우로서

  조합원입주권(D조합원입주권)을 취득한 날부터 3년이 지나 거주주택(A주택)을 양도하는 경우에는 ｢소득세법 시행령(2022.2.15. 대통령령 제32420호로 개정되기 전의 것)｣ 제156조의2제4항 각 호의 요건을 모두 갖춘 때에는 이를 1세대1주택으로 보아 같은 영 제154조제1항을 적용하는 것입니다.

  다만, 귀 질의1의 경우 B조합원입주권 상태에서 임대사업자 등록이 ｢민간임대주택에 관한 특별법｣ 제5조에 따라 임대사업자 등록인지 여부는 해당 법령의 유권해석기관인 국토교통부에 문의할 사항임을 알려드립니다.

  귀 질의2의 경우 ｢소득세법 시행령｣ 제155조제20항을 적용함에 있어 거주주택의 거주기간은 보유기간 중 거주기간을 통산하는 것입니다.(다만, 직전거주주택보유주택의 경우에는 ｢임대주택법｣ 제6조에 따라 임대주택사업자로 등록한 날 이후의 거주기간으로 계산함)

출처 : 국세청 2022. 11. 03. 서면-2021-부동산-1092[부동산납세과-3388] | 국세법령정보시스템