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R&D 세액공제 이월분의 최저한세 적용여부(상장법인)

조세특례제도과-254  ·  2021. 03. 25.
질의 및 요약

Q질의내용

  • 상장법인이 개정 전 발생시킨 R&D 세액공제 이월분이 개정법 시행 이후 과세연도에 사용되는 경우, 해당 금액이 최저한세 적용대상에 포함되는지 궁금합니다.

S요약

상장법인이 2011년 법인세 신고에서 발생한 R&D 세액공제 이월분에 대해, 2011년 12월 31일 ｢조세특례제한법｣ 개정으로 최저한세 적용대상에 포함된 경우, 이 이월세액공제는 개정법 시행 이후 시작하는 과세연도부터 최저한세 적용대상에 해당한다고 판단됩니다.
#R&D 세액공제 #최저한세 #이월공제 #상장법인 #조세특례제한법 #개정법령
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핵심 정리

R회신 내용 조세특례제도과-254  ·  2021. 03. 25.

  • 기획재정부 조세특례제도과-254(2021.3.25) 회신임을 밝힙니다.
  • 2011년 12월 31일 ｢조세특례제한법｣ 제132조 제1항제3호 개정으로, 석·박사 인건비 등 R&D세액공제 이월분도 최저한세 적용대상에 포함됩니다.
  • 중소기업이 아닌 상장법인의 경우, 개정 전 발생했으나 이월되어 개정 이후 과세연도에 공제되는 세액 또한 최저한세 적용대상에 해당합니다.
  • 따라서, 2011년 사업연도 발생분이라 하더라도 개정법 시행 이후 개시되는 사업연도분에 대해 세액공제를 적용한다면 최저한세 대상에서 배제되지 않습니다.

L관련 법령 해석

  • 조세특례제한법 제132조 제1항제3호: 최저한세 적용대상 및 적용배제 대상 관련 규정
  • 조세특례제한법 부칙(2011.12.31. 개정): 개정일 이후 적용되는 세액공제의 최저한세 범위 명시
  • 법인세법 관련 세액공제 및 이월공제 적용 요건
사례 Q&A
1. 2011년 이전 발생한 R&D 세액공제도 2012년 이후 최저한세 대상입니까?
답변
네, 2011년 12월 31일 법 개정 이후 이월되어 사용되는 R&D 세액공제는 최저한세 적용대상이 됩니다.
근거
기획재정부 2021.3.25 회신에서 개정 이후 과세연도에 이월된 세액공제도 최저한세 적용 대상임을 명확히 했습니다.
2. 상장법인 R&D 세액공제 이월분의 최저한세 적용배제 가능성이 있나요?
답변
아니오, 상장법인의 R&D 세액공제 이월분은 최저한세 적용배제 대상이 아닙니다.
근거
조세특례제한법 제132조 제1항제3호 개정으로 상장법인의 해당 공제는 적용배제에서 제외됐습니다.
3. 최저한세 적용대상 변경 시 이월된 세액공제의 과세연도 적용 기준은?
답변
개정된 법령 시행 이후 개시하는 과세연도부터 이월된 세액공제도 최저한세 적용대상에 포함됩니다.
근거
법 개정일(2011.12.31.) 이후 개시하는 사업연도 적용을 명확히 하고 있습니다.

* 중앙부처 1차 해석은 부처에서 해석한 내용을 수집·제공하는 공공데이터로, 현재 기준과 다를 수 있습니다. 구체적 사안은 소관 부처에 확인하거나 전문가 상담을 권장합니다.

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요지

최저한세 적용배제대상이 법 개정 이후 최저한세 적용 시 법 개정 전 이월세액은 최저한세 적용대상에 해당함

회신

귀 질의의 경우 제1안이 타당합니다.

1. 사실관계

 ○ A법인은 중소기업이 아닌 상장법인으로 ’11 사업연도 법인세 신고 시 석ㆍ박사 인건비에 대한 R&D비용 세액공제 대상이 발생하였으나, 결손 등으로 다음 사업연도로 이월되었음

  - 이후, ’11.12.31. ｢조세특례제한법｣ 제132조제1항제3호 개정으로 해당 이월세액공제 대상이 최저한세 적용대상에 포함

2. 질의내용

○ 중소기업이 아닌 법인의 석ㆍ박사 인건비에 대한 R&D비용 세액공제가 ’11.12.31. ｢조세특례제한법｣ 제132조제1항제3호 개정에 의해 최저한세 적용대상으로 변경됨에 따라,

  - 공제받지 못한 세액공제가 개정법 시행 이후 개시하는 과세연도로 이월된 경우 개정법에 따라 최저한세 적용대상에 해당하는지 여부

    (1안)최저한세 적용대상에 해당함

   (2안)최저한세 적용대상에 해당하지 않음

출처 : 기획재정부 2021. 03. 25. 조세특례제도과-254 | 국세법령정보시스템