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07년 과세특례 적용 지주회사 제외시 사후관리 해당 여부

서면-2024-법인-0254  ·  2024. 04. 15.
질의 및 요약

Q질의내용

  • 2007년 과세특례를 적용받은 법인이 2024년 이후 지주회사에서 제외되는 경우, 사후관리대상에 해당하는지 궁금합니다.

S요약

2007년 과세특례를 적용받은 법인이 2024년 이후 지주회사에서 제외되는 경우, 현물출자일 다음 사업연도 개시일부터 3년이 지난 이후라면 과세이연된 금액을 익금에 산입하지 않아 사후관리대상에 해당하지 않는 것으로 판단됩니다. 이는 관련 조세특례법과 부칙에 따른 경과 규정 적용에 근거합니다.
#지주회사 #과세특례 #사후관리 #현물출자 #법인세 #조세특례제한법
핵심 정리

R회신 내용 서면-2024-법인-0254  ·  2024. 04. 15.

  • 국세청 서면-2024-법인-0254(2024.4.15) 회신에 따른 내용입니다.
  • 법률 제10406호(2010.12.27.) 개정 전 조세특례제한법 제38조의2 제2항 과세특례를 받은 전환지주회사가 2024년 이후 지주회사 제외신고를 한 경우, 2015.12.15. 법률 제13560호 부칙 제18조 제2항에 따라, 과세이연 특례 사후관리기간(3년)이 경과한 이후라면 현물출자 주식의 장부가액과 시가 차액을 익금에 산입하지 않음이 명확히 회신되었습니다.
  • 즉, 2007년 12월 현물출자 후 다음 사업연도(2008년) 개시일로부터 3년이 지난 연도(2011년 이후)에 지주회사 제외신고를 했다면, 사후관리대상에 해당하지 않습니다.
  • 적용 근거 조문은 조특법 제38조의2 및 동법 시행령 제35조의3(현물출자등 이후 3년 경과 시 익금산입 사유 소멸)입니다.
  • 따라서, 질의법인 사례와 같이 이미 3년의 사후관리기간이 경과한 이후 지주회사 제외신고를 하는 경우에는 추가 과세이연금액의 익금산입 의무가 발생하지 않는 것으로 보입니다.

L관련 법령 해석

  • 조세특례제한법 제38조의2: 주식의 현물출자 등에 의한 지주회사의 설립 등에 대한 과세특례 규정으로 주식 현물출자를 통해 지주회사 전환 시 일정 요건 충족시 과세 이연 가능
  • 조세특례제한법 시행령 제35조의3: 지주회사 설립 등 관련 법인주주의 과세특례 및 사후관리 기간, 사유 규정 (장부가액·익금산입 등)
  • 조세특례제한법 부칙(2015.12.15. 법률 제13560호로 개정) 제18조: 개정 전에 적용된 과세특례에 대한 사후관리기준 적용례 규정
  • 조세특례제한법 시행령 제35조의3 제7항: 사후관리기간 3년 적용 (현물출자일이 속하는 다음 사업연도부터 계산)
  • 독점규제 및 공정거래에 관한 법률 시행령 제2조: 지주회사 기준·자산총액 관련 요건 명시
사례 Q&A
1. 2007년 과세특례 받은 지주회사가 2024년에 제외신고하면 사후관리대상인가요?
답변
현물출자일 다음 사업연도 개시일부터 3년이 지나 지주회사에서 제외될 경우, 사후관리대상에 해당하지 않습니다.
근거
국세청 2024년 유권해석과 조세특례제한법 제38조의2, 동 시행령 제35조의3에 따라, 3년 경과 후에는 익금산입 사유가 발생하지 않습니다.
2. 지주회사 과세특례 사후관리 3년은 언제부터 계산하나요?
답변
사후관리 3년은 현물출자 또는 자기주식교환일이 속하는 사업연도의 다음 사업연도 개시일부터 산정됩니다.
근거
조세특례제한법 시행령 제35조의3 제7항에 근거하여 3년 산정 기준이 규정되어 있습니다.
3. 현물출자 3년 이후 지주회사에서 제외되면 과세이연금액은 어떻게 되나요?
답변
3년의 사후관리기간이 경과한 후에는 과세이연금액을 익금에 산입하지 않아 추가 과세의무가 없습니다.
근거
국세청 회신 및 조세특례제한법 부칙 제18조 적용례에 따라 사후관리 종료로 판단됩니다.

* 중앙부처 1차 해석은 부처에서 해석한 내용을 수집·제공하는 공공데이터로, 현재 기준과 다를 수 있습니다. 구체적 사안은 소관 부처에 확인하거나 전문가 상담을 권장합니다.

유권해석 전문

’07년 과세특례를 적용받은 질의법인이 ’24년 이후 지주회사에서 제외되는 경우 사후관리대상에 해당하지 않음

요지

회신

「조세특례제한법」제38조의2【주식의 현물출자 등에 의한 지주회사의 설립 등에 대한 과세특례】를 적용함에 있어 법률 제10406호(2010.12.27.)로 개정되기 전의 같은 법 같은 조의 제2항에 따른 과세특례를 적용받은 ⁠(전환)지주회사가 지주회사 제외신고를 할 경우 「조세특례제한법(2015.12.15. 법률 제13560호로 개정된 것)」 부칙 제18조 제2항에 따라 같은 법 제38조의2 제3항(2010.10.27., 법률 제10406호로 개정된 것)을 적용하는 것이므로 현물출자일 또는 자기주식교환일로부터 3년 이내에 「독점규제 및 공정거래에 관한 법률」에 따른 지주회사에 해당하지 아니하게 된 경우 현물출자 등으로 취득한 주식의 장부가액과 현물출자 등을 한 날의 현재의 시가와의 차액을 익금에 산입하는 것입니다.
따라서, 질의법인의 사례와 같이 지주회사로 전환되면서 현물출자 또는 자기주식 교환으로 주식을 취득한 날(2007년 12월)의 다음 사업연도 개시일부터 3년이 경과한 연도 이후에 지주회사 제외신고를 하는 경우에는 과세이연된 금액을 익금에 산입하지 않는 것입니다.

1. 사실관계

 ○질의법인은 75년 설립된 법인으로 07.8.1. 인적분할을 통해 ⁠‘갑’법인을 분할 신설법인으로 설립하고 현재 상호로 변경 후 지주회사로 전환함

공정거래법 상 자회사에 대한 지분율 요건(20% 이상) 충족 및 경영권 확보 목적으로 07.12.4. 공개매수 방식으로 주주들로부터 자회사(‘갑’법인) 주식을 현물출자 받고 그 대가로 신청법인의 신주를 배정함

위의 현물출자는 인적분할에 의하여 전환한 지주회사에 현물출자한 것으로 최대주주A는 07.6월 구 조특법§38의2에 따라 **억원의 주식양도차익에 대하여 과세이연 받음

     * 07년 과세특례 적용 당시 특례요건은 충족한 것으로 봄

2. 질의내용

 ○ ’07년 과세특례를 적용받은 질의법인이 ’24년 이후 지주회사에서 제외되는 경우 사후관리대상에 해당하는지 여부

3. 관련법령

조세특례제한법 제38조의2【주식의 현물출자 등에 의한 지주회사의 설립 등에 대한 과세특례】

 ① 내국법인의 내국인 주주가 2026년 12월 31일까지 다음 각 호의 요건을 모두 갖추어 주식을 현물출자함에 따라 ⁠「독점규제 및 공정거래에 관한 법률」에 따른 지주회사(「금융지주회사법」에 따른 금융지주회사를 포함한다. 이하 이 조에서 "지주회사"라 한다)를 새로 설립하거나 기존의 내국법인을 지주회사로 전환하는 경우 그 현물출자로 인하여 취득한 주식의 가액 중 그 현물출자로 인하여 발생한 양도차익에 상당하는 금액에 대하여는 대통령령으로 정하는 바에 따라 그 주주가 해당 지주회사의 주식을 처분할 때까지 양도소득세 또는 법인세의 과세를 이연받을 수 있다.

  1. 지주회사 및 현물출자를 한 주주 중 대통령령으로 정하는 주주가 현물출자로 취득한 주식을 현물출자일이 속하는 사업연도의 종료일까지 보유할 것

  2. 현물출자로 인하여 지주회사의 자회사로 된 내국법인(이하 이 조에서 "자회사"라 한다)이 현물출자일이 속하는 사업연도의 종료일까지 사업을 계속할 것

 ② 내국법인의 내국인 주주가 현물출자 또는 분할(「법인세법」 제46조제2항 각 호 또는 같은 법 제47조제1항에서 정한 요건을 갖춘 분할만 해당하며, 이하 이 조에서 "분할"이라 한다)에 의하여 지주회사로 전환한 내국법인(제1항에 따라 지주회사로 전환된 내국법인을 포함하며, 이하 이 조에서 "전환지주회사"라 한다)에 제1항 각 호 및 다음 각 호의 요건을 모두 갖추어 2026년 12월 31일까지 주식을 현물출자하거나 그 전환지주회사의 자기주식과 교환(이하 이 조에서 "자기주식교환"이라 한다)하는 경우 그 현물출자 또는 자기주식교환으로 인하여 취득한 전환지주회사의 주식가액 중 현물출자 또는 자기주식교환으로 인하여 발생한 양도차익에 상당하는 금액에 대해서는 대통령령으로 정하는 바에 따라 그 주주가 해당 전환지주회사의 주식을 처분할 때까지 양도소득세 또는 법인세의 과세를 이연받을 수 있다. 이 경우 제1항 각 호를 적용할 때 "지주회사"는 "전환지주회사"로, "자회사"는 "지분비율미달자회사"로, "현물출자"는 "현물출자 또는 자기주식교환"으로 본다.

  1. 전환지주회사의 주식소유비율이 「독점규제 및 공정거래에 관한 법률」 제18조제2항제2호 각 목 외의 부분 본문에서 정한 비율 미만인 법인(이하 이 조에서 "지분비율미달자회사"라 한다)으로서 다음 각 목에 해당하는 법인의 주식을 현물출자하거나 자기주식교환하는 것일 것

   가. 전환지주회사가 될 당시 해당 전환지주회사가 출자하고 있는 다른 내국법인

   나. 전환지주회사의 분할로 신설ㆍ합병되는 법인 및 분할 후 존속하는 법인

  2. 전환지주회사가 된 날부터 2년 이내에 현물출자하거나 자기주식교환하는 것일 것

  3. 자기주식교환의 경우에는 지분비율미달자회사의 모든 주주가 그 자기주식교환에 참여할 수 있어야 하며, 그 사실을 대통령령으로 정하는 바에 따라 공시하였을 것

 ③ 내국법인의 주주가 제1항 또는 제2항에 따라 과세를 이연받은 경우 지주회사(전환지주회사를 포함한다)는 현물출자 또는 자기주식교환(이하 이 조에서 "현물출자등"이라 한다)으로 취득한 주식의 가액을 장부가액으로 하고, 이후 3년 이내의 범위에서 대통령령으로 정하는 기간에 다음 각 호의 어느 하나의 사유가 발생하는 경우에는 현물출자등으로 취득한 주식의 장부가액과 현물출자등을 한 날 현재의 시가와의 차액(시가가 장부가액보다 큰 경우만 해당한다)을 대통령령으로 정하는 바에 따라 익금에 산입하여야 한다. 이 경우 제2호의 사유에 해당하는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 이자상당액을 법인세 납부금액에 가산하여 납부하여야 한다.

  1. 제1항에 따라 신설되거나 전환된 지주회사 또는 전환지주회사가 지주회사에 해당하지 아니하게 되는 경우. 다만, 「독점규제 및 공정거래에 관한 법률」 등 지주회사의 기준을 정한 법령의 개정으로 지주회사에 해당하지 아니하게 된 경우로서 대통령령으로 정하는 경우는 제외한다.

  2. 전환지주회사가 지주회사로 전환한 날의 다음 날부터 2년이 되는 날까지 지분비율미달자회사의 주식을 「독점규제 및 공정거래에 관한 법률」 제18조제2항제2호 각 목 외의 부분 본문에서 정한 비율 미만으로 소유하는 경우

  3. 자회사(지분비율미달자회사를 포함한다)가 사업을 폐지하는 경우

  4. 지주회사(전환지주회사를 포함한다) 또는 현물출자등을 한 주주 중 대통령령으로 정하는 주주가 현물출자등으로 취득한 주식을 처분하는 경우

조세특례제한법 시행령 제35조의3【지주회사의 설립 등에 대한 법인 주주의 과세특례】

 ① 내국법인의 주주인 법인이 법 제38조의2제1항 또는 제2항에 따라 보유주식을 지주회사 또는 전환지주회사에 현물출자하거나 지주회사 또는 전환지주회사의 주식과 교환하고 과세를 이연받는 경우 그 주식의 현물출자 또는 교환(이하 이 조 및 제35조의4에서 "현물출자등"이라 한다)을 한 날 현재의 그 현물출자등으로 취득한 지주회사 또는 전환지주회사의 주식가액(「법인세법」 제52조제2항에 따른 시가 평가액을 말한다)에서 그 현물출자등을 한 날 전일의 해당 보유주식의 장부가액을 뺀 금액(그 금액이 해당 보유주식의 시가에서 장부가액을 뺀 금액을 초과하는 경우 그 초과한 금액을 제외하며, 이하 이 조에서 "주식양도차익"이라 한다)을 그 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입한다. 이 경우 그 금액은 해당 주식의 압축기장충당금으로 계상해야 한다.

 ② 제1항에 따라 계상한 압축기장충당금은 해당 지주회사 또는 전환지주회사의 주식을 처분(현물출자등으로 취득한 주식 외에 다른 방법으로 취득한 주식이 있는 경우에는 현물출자등으로 취득한 주식을 먼저 처분한 것으로 본다)하는 사업연도에 이를 익금에 산입하되, 일부 주식을 처분하는 경우에는 다음 계산식에 따라 계산한 금액을 익금에 산입한다.

 압축기장충당금 ×

주식의 현물출자 또는 자기주식교환으로 취득한 지주회사 또는 전환주식회사의 주식 중 처분한 주식 수

주식의 현물출자 또는 자기주식교환으로 취득한 지주회사 또는 전환주식회사의 주식 수

 ③ 제2항에도 불구하고 「법인세법 시행령」 제82조의2제3항제2호의 요건을 충족하는 적격분할(물적분할 및 분할합병은 제외하며, 이하 이 항에서 "적격분할"이라 한다)로 인하여 해당 지주회사 또는 전환지주회사의 주식을 양도하는 경우에는 해당 주식에 계상된 압축기장충당금을 익금에 산입하지 않으며, 적격분할로 신설되는 법인은 해당 주식에 계상된 압축기장충당금을 적격분할로 양수받은 해당 지주회사 또는 전환지주회사 주식의 압축기장충당금으로 승계하고 제2항의 계산방법에 따라 익금에 산입한다.

 ④ 법 제38조의2제1항제1호 및 같은 조 제3항제4호에서 "대통령령으로 정하는 주주"란 현물출자등의 대상이 된 주식을 발행한 법인의 주주 중 「법인세법 시행령」 제80조의2제5항에 해당하는 주주를 말한다.

 ⑤ 법 제38조의2제1항제2호(같은 조 제2항에서 준용하는 경우를 포함한다) 및 같은 조 제3항제3호에 따른 자회사의 사업 계속 및 폐지 여부의 판정에 관하여는 「법인세법 시행령」 제80조의2제7항 및 제80조의4제8항을 준용한다.

 ⑥ 지주회사 또는 전환지주회사는 법 제38조의2제3항 각 호 외의 부분 전단에 따라 같은 조 제1항제2호에 따른 자회사(이하 이 조 및 제35조의4에서 "자회사"라 한다)의 주식을 장부가액으로 취득한 경우 현물출자등으로 취득한 자회사의 주식의 가액을 현물출자등을 한 날 현재의 시가로 계상하되, 시가에서 자회사의 주식의 장부가액 합계액을 뺀 금액을 자산조정계정으로 계상해야 한다. 이 경우 계상한 자산조정계정은 다음 계산식에 따른 금액을 해당 주식을 처분하는 사업연도에 익금 또는 손금에 산입하되, 자기주식으로 소각되는 경우에는 익금 또는 손금에 산입하지 않고 소멸하는 것으로 한다.

 자산조정계정 ×

 처분한 주식 수

현물출자등으로 취득한 주식 수

 ⑦ 법 제38조의2제3항 각 호 외의 부분 전단에서 "대통령령으로 정하는 기간"이란 현물출자등을 한 날이 속하는 사업연도의 다음 사업연도 개시일부터 2년을 말한다.

 ⑧ 법인이 제1항에 따라 주식양도차익상당액을 손금에 산입한 후 법 제38조의2제3항 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생한 경우에는 같은 항 각 호 외의 부분 전단에 따라 이 조 제6항의 자산조정계정의 잔액(잔액이 0보다 큰 경우로 한정하며, 잔액이 0보다 작은 경우에는 없는 것으로 본다)을 익금에 산입한다. 이 경우 제6항에 따라 계상한 자산조정계정은 소멸하는 것으로 한다.

 ⑨ 법 제38조의2제2항제3호에 따른 자기주식교환사실의 공시는 다음 각 호의 사항을 ⁠「신문 등의 진흥에 관한 법률」에 따른 일반일간신문 또는 경제분야의 특수일간신문 중 전국을 보급지역으로 하는 신문에 1회 이상 게재하는 방법에 따라야 한다.

  1. 자기주식교환일 및 교환대상주식의 범위

  2. 주권제출기한 및 제출장소

  3. 교환수량ㆍ교환비율 및 교환방법

  4. 모든 주주가 자기주식교환에 참여할 수 있다는 내용 및 그 밖에 주식교환에 필요한 사항

 ⑩ 법 제38조의2제3항 각 호 외의 부분 후단에 따라 법인세에 가산하여 납부해야 하는 이자상당액은 제1호의 금액에 제2호의 값을 곱하여 계산한 금액으로 한다.

  1. 법 제38조의2제3항제2호에 해당하는 사유로 제8항에 따라 익금에 산입하는 자산조정계정 잔액을 현물출자등을 한 날이 속하는 사업연도에 익금에 산입하지 않아 발생한 법인세액의 차액

  2. 현물출자등을 한 날이 속하는 사업연도의 다음 사업연도의 개시일부터 제1호에 따른 자산조정계정 잔액을 익금에 산입한 사업연도의 종료일까지의 기간에 대하여 1일 10만분의 22의 율을 곱한 값

 ⑪ 법 제38조의2제3항제1호 단서에서 "대통령령으로 정하는 경우"란 법령의 개정으로 지주회사의 기준이 변경된 날(이하 이 항에서 "기준변경일"이라 한다)이 속하는 사업연도(지주회사의 기준이 변경되어 지주회사에 해당되지 않게 된 해당 지주회사의 사업연도를 말하며, 이하 이 항에서 같다)와 그 다음 사업연도 개시일부터 4년 이내에 종료하는 사업연도의 기간(이하 이 항에서 "유예기간"이라 한다) 중 각 사업연도 종료일 현재 해당 지주회사의 신설 또는 전환 당시의 법령에 따른 지주회사 기준(신설 또는 전환 이후부터 기준변경일까지의 기간 중에 지주회사의 기준이 2회 이상 변경된 경우에는 기준변경일에서 가장 가까운 때의 기준을 말한다)을 충족하고 있는 경우로서 해당 유예기간 중에 있는 경우를 말한다.

 ⑫ 법 제38조의2제4항에 따른 법인세의 과세의 이연에 관하여는 제1항 및 제2항을 준용한다. 이 경우 압축기장충당금으로 계상해야 할 금액은 제1항에 따라 과세를 이연받은 금액과 그 과세의 이연을 받은 중간지주회사의 주식을 해당 중간지주회사를 지배하는 금융지주회사의 주식과 교환함으로써 발생한 양도차익의 합계액으로 하고, 그 중간지주회사의 주식과 교환함으로써 취득한 금융지주회사의 주식을 처분하는 사업연도에 해당 압축기장충당금을 익금에 산입한다.

 ⑬ 법 제38조의2제5항에서 "대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있는 경우"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

  1. 법 제38조의2제1항제1호(같은 조 제2항에서 준용하는 경우를 포함한다) 및 같은 조 제3항제4호에 대한 부득이한 사유가 있는 것으로 보는 경우: 지주회사, 전환지주회사 및 제4항에 따른 주주가 「법인세법 시행령」 제80조의2제1항제1호 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우

  2. 법 제38조의2제1항제2호(같은 조 제2항에서 준용하는 경우를 포함한다) 및 같은 조 제3항제3호에 대한 부득이한 사유가 있는 것으로 보는 경우: 지주회사 및 전환지주회사의 자회사가「법인세법 시행령」제80조의2제1항제2호 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우

 ⑭ 지주회사 또는 전환지주회사는 제1항에 따라 자회사의 주주인 법인이 현물출자등에 따른 주식양도차익을 손금에 산입한 경우 현물출자등으로 취득한 자회사의 주식을 자회사의 주주인 법인의 장부가액으로 취득한 것으로 한다.

 ⑮ 법 제38조의2제1항, 제2항 및 제4항을 적용받으려는 법인은 해당 현물출자등을 한 날이 속하는 사업연도의 과세표준신고를 할 때 지주회사 또는 전환지주회사와 함께 기획재정부령으로 정하는 현물출자등 과세특례신청서를 납세지 관할세무서장에게 제출해야 한다.

 ⑯ 제14항에 따라 자회사의 주식을 장부가액으로 취득한 지주회사 또는 전환지주회사는 현물출자등을 받은 날이 속하는 사업연도의 과세표준신고를 할 때 기획재정부령으로 정하는 자회사 주식의 장부가액 계산서를 납세지 관할 세무서장에게 제출해야 한다.

조세특례제한법 제38조의2【주식의 현물출자 등에 의한 지주회사의 설립 등에 대한 과세특례】(2010.12.27. 법률 10406호로 개정된 것)

 ② 내국법인의 내국인 주주가 현물출자 또는 분할(「법인세법」 제46조제2항 각 호 또는 같은 법 제47조제1항에서 정한 요건을 갖춘 분할만 해당하며, 이하 이 조에서 "분할"이라 한다)에 의하여 지주회사로 전환한 내국법인(제1항에 따라 지주회사로 전환된 내국법인을 포함하며, 이하 이 조에서 "전환지주회사"라 한다)에 제1항 각 호 및 다음 각 호의 요건을 모두 갖추어 2012년 12월 31일까지 주식을 현물출자하거나 그 전환지주회사의 자기주식과 교환(이하 이 조에서 "자기주식교환"이라 한다)하는 경우 그 현물출자 또는 자기주식교환으로 인하여 취득한 전환지주회사의 주식가액 중 현물출자 또는 자기주식교환으로 인하여 발생한 양도차익에 상당하는 금액에 대해서는 대통령령으로 정하는 바에 따라 그 주주가 해당 전환지주회사의 주식을 처분할 때까지 양도소득세 또는 법인세의 과세를 이연받을 수 있다. 이 경우 제1항 각 호를 적용할 때 "지주회사"는 "전환지주회사"로, "자회사"는 "지분비율미달자회사"로, "현물출자"는 "현물출자 또는 자기주식교환"으로 본다.

  1. ~ 3. ⁠(생략)

 ③ 내국법인의 주주가 제1항 또는 제2항에 따라 과세를 이연받은 경우 지주회사(전환지주회사를 포함한다)는 현물출자 또는 자기주식교환(이하 이 조에서 "현물출자등"이라 한다)으로 취득한 주식의 가액을 장부가액으로 하고, 이후 3년 이내의 범위에서 대통령령으로 정하는 기간에 다음 각 호의 어느 하나의 사유가 발생하는 경우에는 현물출자등으로 취득한 주식의 장부가액과 현물출자등을 한 날 현재의 시가와의 차액(시가가 장부가액보다 큰 경우만 해당한다)을 대통령령으로 정하는 바에 따라 익금에 산입하여야 한다. 이 경우 제2호의 사유에 해당하는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 이자상당액을 법인세 납부금액에 가산하여 납부하여야 한다.

  1. 제1항에 따라 신설되거나 전환된 지주회사 또는 전환지주회사가 지주회사에 해당하지 아니하게 되는 경우. 다만, 「독점규제 및 공정거래에 관한 법률」 등 지주회사의 기준을 정한 법령의 개정으로 지주회사에 해당하지 아니하게 된 경우로서 대통령령으로 정하는 경우는 제외한다.

  2. ~ 4. ⁠(생략)

조세특례제한법 시행령 제35조의3【주식의 현물출자 등에 의한 지주회사의 설립 등에 대한 과세특례】

 ⑥ 법 제38조의2제3항 각 호 외의 부분 전단에서 "대통령령으로 정하는 기간"이란 현물출자등을 한 날이 속하는 사업연도의 다음 사업연도 개시일부터 3년을 말한다.

조세특례제한법 부칙 법률 제10406호(2010.12.27.)

    (2015.12.15. 법률 제13560호로 개정된 것, ②항을 소급하여 추가)

제1조(시행일) 이 법은 2011년 1월 1일부터 시행한다.

제2조(일반적 적용례) ① 이 법 중 소득세 및 법인세에 관한 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 개시하는 과세연도 분부터 적용한다.

제3조 ~제17조(생략)

제18조(주식의 현물출자 등에 의한 지주회사 설립 등에 대한 과세특례에 관한 적용례)

 ① 제38조의2제1항, 제2항, 제5항 및 제6항의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 현물출자하거나 자기주식과 교환하는 분부터 적용한다.

 ② 제38조의2제3항의 개정규정은 이 법 시행 전에 현물출자하거나 자기주식과 교환하는 분에 대해서도 적용한다.

제19조 ~제55조(생략)

제56조(주식의 현물출자 등에 의한 지주회사 설립 등에 대한 과세특례에 관한 경과조치)

 ① 이 법 시행 전에 이루어진 현물출자 또는 자기주식교환에 대하여는 제38조의2제1항, 제2항, 제5항 및 제6항의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따르고, 2010년 12월 31일 현재 「금융지주회사법」 제3조에 따라 금융지주회사 설립을 위한 인가를 신청한 경우에는 제38조제1항제1호 및 제2호의 요건을 갖춘 것으로 보며 같은 조 제2항제2호를 적용하지 아니한다.

 ② 제1항에도 불구하고 종전의 제38조의2제3항제4호는 이 법 시행 전에 최대주주가 자회사의 임원으로 취임한 경우에만 적용한다.

조세특례제한법 부칙 법률 제10406호(2010.12.27. 개정된 것)

    (2015. 12.15. 법률 제13560호로 개정되기 전의 것)

제1조 ~ 제17조 ⁠(생략)

제18조(주식의 현물출자 등에 의한 지주회사 설립 등에 대한 과세특례에 관한 적용례) 제38조의2제1항부터 제3항까지, 제5항 및 제6항의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 현물출자하거나 자기주식과 교환하는 분부터 적용한다.

제19조 ~제55조(생략)

제56조(주식의 현물출자 등에 의한 지주회사 설립 등에 대한 과세특례에 관한 경과조치)

 ① 이 법 시행 전에 이루어진 현물출자 또는 자기주식교환에 대하여는 제38조의2제1항부터 제3항까지, 제5항 및 제6항의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따른다.

 ② ⁠(생략)

조세특례제한법 제38조의2【주식의 현물출자 등에 의한 지주회사의 설립 등에 대한 과세특례】(2010.12.27. 법률 제10406호로 개정되기 전의 것)

 ② 내국법인의 내국인 주주가 현물출자 또는 분할(「법인세법」 제46조제2항 각 호 또는 같은 법 제47조제1항에서 정한 요건을 갖춘 분할만 해당하며, 이하 이 조에서 "분할"이라 한다)에 의하여 지주회사로 전환한 내국법인(제1항에 따라 지주회사로 전환된 내국법인을 포함하며, 이하 이 조에서 "전환지주회사"라 한다)에 제1항 각 호 및 다음 각 호의 요건을 모두 갖추어 2012년 12월 31일까지 주식을 현물출자하거나 그 전환지주회사의 자기주식과 교환(이하 이 조에서 "자기주식교환"이라 한다)하는 경우 그 현물출자 또는 자기주식교환으로 인하여 취득한 전환지주회사의 주식가액 중 현물출자 또는 자기주식교환으로 인하여 발생한 양도차익에 상당하는 금액에 대해서는 대통령령으로 정하는 바에 따라 그 주주가 해당 전환지주회사의 주식을 처분할 때까지 양도소득세 또는 법인세의 과세를 이연받을 수 있다. 이 경우 제1항 각 호를 적용할 때 "지주회사"는 "전환지주회사"로, "자회사"는 "지분비율미달자회사"로, "현물출자"는 "현물출자 또는 자기주식교환"으로 본다.

  1. ~ 3. ⁠(생략)

 ③ 제1항 또는 제2항에 따라 양도소득세 또는 법인세의 과세를 이연받은 주주는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생한 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 그 과세를 이연받은 양도소득세 또는 법인세를 납부하여야 한다. 이 경우 제3호 및 제4호의 사유에 해당하는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 이자상당액을 양도소득세 또는 법인세 납부금액에 가산하여 납부하여야 한다.

  1. 제1항의 지주회사 또는 제2항의 전환지주회사가 지주회사에 해당하지 아니하게 되는 경우. 다만, ⁠「독점규제 및 공정거래에 관한 법률」등 지주회사의 기준을 정한 법령의 개정으로 지주회사에 해당하지 아니하게 된 경우로서 대통령령으로 정하는 경우는 제외한다.

  2. ~ 4.(생략)

독점규제 및 공정거래에 관한 법률 시행령 제2조【지주회사의 기준】

   (2016. 9. 29. 대통령령 제27529호로 개정된 것)

 ① ⁠「독점규제 및 공정거래에 관한 법률」(이하 "법"이라 한다) 제2조(정의)제1호의2 전단에서 "자산총액이 대통령령이 정하는 금액 이상인 회사"란 다음 각 호의 회사를 말한다.

  1. 해당 사업연도에 새로이 설립되었거나 합병 또는 분할·분할합병·물적분할(이하 "분할"이라 한다)을 한 회사의 경우에는 각각 설립등기일·합병등기일 또는 분할등기일 현재의 대차대조표상 자산총액이 5천억원 이상인 회사

  2. 제1호 외의 회사의 경우에는 직전 사업연도 종료일(사업연도 종료일 이전의 자산총액을 기준으로 지주회사 전환신고를 하는 경우에는 해당 전환신고 사유의 발생일) 현재의 대차대조표상의 자산총액이 5천억원 이상인 회사

독점규제 및 공정거래에 관한 법률 시행령 부칙 대통령령 제27529호

제1조(시행일) 이 영은 2016년 9월 30일부터 시행한다. 다만, 제2조제1항의 개정규정은 2017년 7월 1일부터 시행한다.

제2조(지주회사의 기준에 관한 경과조치) 부칙 제1조 단서에 따른 시행일 전에 지주회사를 설립하거나 지주회사로 전환하여 제15조제1항에 따라 신고를 한 지주회사로서 같은 시행일 당시 제2조제1항제1호 및 제2호의 개정규정에 따른 기준에 해당하지 아니하게 된 지주회사(이하 "기존 지주회사"라 한다)는 제2조제1항제1호 및 제2호의 개정규정에도 불구하고 2027년 6월 30일까지 제2조제1항제1호 및 제2호의 개정규정에 따른 지주회사의 자산총액 기준을 충족하여야 한다. 다만, 기존 지주회사가 부칙 제1조 단서에 따른 시행일 이후 제15조제4항에 따라 지주회사 제외 신고를 한 경우에는 신고한 날부터 지주회사에서 제외된다.

독점규제 및 공정거래에 관한 법률 시행령 제2조【지주회사의 기준】

    (2016. 9. 29. 대통령령 제27529호로 개정되기 전의 것)

 ① ⁠「독점규제 및 공정거래에 관한 법률」(이하 "법"이라 한다) 제2조(정의)제1호의2 전단에서 "자산총액이 대통령령이 정하는 금액 이상인 회사"란 다음 각 호의 회사를 말한다.

  1. 해당 사업연도에 새로이 설립되었거나 합병 또는 분할·분할합병·물적분할(이하 "분할"이라 한다)을 한 회사의 경우에는 각각 설립등기일·합병등기일 또는 분할등기일 현재의 대차대조표상 자산총액이 1천억원 이상인 회사

  2. 제1호 외의 회사의 경우에는 직전 사업연도 종료일(사업연도 종료일 이전의 자산총액을 기준으로 지주회사 전환신고를 하는 경우에는 해당 전환신고 사유의 발생일) 현재의 대차대조표상의 자산총액이 1천억원 이상인 회사

출처 : 국세청 2024. 04. 15. 서면-2024-법인-0254 | 국세법령정보시스템

유권해석

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07년 과세특례 적용 지주회사 제외시 사후관리 해당 여부

서면-2024-법인-0254  ·  2024. 04. 15.
질의 및 요약

Q질의내용

  • 2007년 과세특례를 적용받은 법인이 2024년 이후 지주회사에서 제외되는 경우, 사후관리대상에 해당하는지 궁금합니다.

S요약

2007년 과세특례를 적용받은 법인이 2024년 이후 지주회사에서 제외되는 경우, 현물출자일 다음 사업연도 개시일부터 3년이 지난 이후라면 과세이연된 금액을 익금에 산입하지 않아 사후관리대상에 해당하지 않는 것으로 판단됩니다. 이는 관련 조세특례법과 부칙에 따른 경과 규정 적용에 근거합니다.
#지주회사 #과세특례 #사후관리 #현물출자 #법인세
핵심 정리

R회신 내용 서면-2024-법인-0254  ·  2024. 04. 15.

  • 국세청 서면-2024-법인-0254(2024.4.15) 회신에 따른 내용입니다.
  • 법률 제10406호(2010.12.27.) 개정 전 조세특례제한법 제38조의2 제2항 과세특례를 받은 전환지주회사가 2024년 이후 지주회사 제외신고를 한 경우, 2015.12.15. 법률 제13560호 부칙 제18조 제2항에 따라, 과세이연 특례 사후관리기간(3년)이 경과한 이후라면 현물출자 주식의 장부가액과 시가 차액을 익금에 산입하지 않음이 명확히 회신되었습니다.
  • 즉, 2007년 12월 현물출자 후 다음 사업연도(2008년) 개시일로부터 3년이 지난 연도(2011년 이후)에 지주회사 제외신고를 했다면, 사후관리대상에 해당하지 않습니다.
  • 적용 근거 조문은 조특법 제38조의2 및 동법 시행령 제35조의3(현물출자등 이후 3년 경과 시 익금산입 사유 소멸)입니다.
  • 따라서, 질의법인 사례와 같이 이미 3년의 사후관리기간이 경과한 이후 지주회사 제외신고를 하는 경우에는 추가 과세이연금액의 익금산입 의무가 발생하지 않는 것으로 보입니다.

L관련 법령 해석

  • 조세특례제한법 제38조의2: 주식의 현물출자 등에 의한 지주회사의 설립 등에 대한 과세특례 규정으로 주식 현물출자를 통해 지주회사 전환 시 일정 요건 충족시 과세 이연 가능
  • 조세특례제한법 시행령 제35조의3: 지주회사 설립 등 관련 법인주주의 과세특례 및 사후관리 기간, 사유 규정 (장부가액·익금산입 등)
  • 조세특례제한법 부칙(2015.12.15. 법률 제13560호로 개정) 제18조: 개정 전에 적용된 과세특례에 대한 사후관리기준 적용례 규정
  • 조세특례제한법 시행령 제35조의3 제7항: 사후관리기간 3년 적용 (현물출자일이 속하는 다음 사업연도부터 계산)
  • 독점규제 및 공정거래에 관한 법률 시행령 제2조: 지주회사 기준·자산총액 관련 요건 명시
사례 Q&A
1. 2007년 과세특례 받은 지주회사가 2024년에 제외신고하면 사후관리대상인가요?
답변
현물출자일 다음 사업연도 개시일부터 3년이 지나 지주회사에서 제외될 경우, 사후관리대상에 해당하지 않습니다.
근거
국세청 2024년 유권해석과 조세특례제한법 제38조의2, 동 시행령 제35조의3에 따라, 3년 경과 후에는 익금산입 사유가 발생하지 않습니다.
2. 지주회사 과세특례 사후관리 3년은 언제부터 계산하나요?
답변
사후관리 3년은 현물출자 또는 자기주식교환일이 속하는 사업연도의 다음 사업연도 개시일부터 산정됩니다.
근거
조세특례제한법 시행령 제35조의3 제7항에 근거하여 3년 산정 기준이 규정되어 있습니다.
3. 현물출자 3년 이후 지주회사에서 제외되면 과세이연금액은 어떻게 되나요?
답변
3년의 사후관리기간이 경과한 후에는 과세이연금액을 익금에 산입하지 않아 추가 과세의무가 없습니다.
근거
국세청 회신 및 조세특례제한법 부칙 제18조 적용례에 따라 사후관리 종료로 판단됩니다.

* 중앙부처 1차 해석은 부처에서 해석한 내용을 수집·제공하는 공공데이터로, 현재 기준과 다를 수 있습니다. 구체적 사안은 소관 부처에 확인하거나 전문가 상담을 권장합니다.

유권해석 전문

’07년 과세특례를 적용받은 질의법인이 ’24년 이후 지주회사에서 제외되는 경우 사후관리대상에 해당하지 않음

요지

회신

「조세특례제한법」제38조의2【주식의 현물출자 등에 의한 지주회사의 설립 등에 대한 과세특례】를 적용함에 있어 법률 제10406호(2010.12.27.)로 개정되기 전의 같은 법 같은 조의 제2항에 따른 과세특례를 적용받은 ⁠(전환)지주회사가 지주회사 제외신고를 할 경우 「조세특례제한법(2015.12.15. 법률 제13560호로 개정된 것)」 부칙 제18조 제2항에 따라 같은 법 제38조의2 제3항(2010.10.27., 법률 제10406호로 개정된 것)을 적용하는 것이므로 현물출자일 또는 자기주식교환일로부터 3년 이내에 「독점규제 및 공정거래에 관한 법률」에 따른 지주회사에 해당하지 아니하게 된 경우 현물출자 등으로 취득한 주식의 장부가액과 현물출자 등을 한 날의 현재의 시가와의 차액을 익금에 산입하는 것입니다.
따라서, 질의법인의 사례와 같이 지주회사로 전환되면서 현물출자 또는 자기주식 교환으로 주식을 취득한 날(2007년 12월)의 다음 사업연도 개시일부터 3년이 경과한 연도 이후에 지주회사 제외신고를 하는 경우에는 과세이연된 금액을 익금에 산입하지 않는 것입니다.

1. 사실관계

 ○질의법인은 75년 설립된 법인으로 07.8.1. 인적분할을 통해 ⁠‘갑’법인을 분할 신설법인으로 설립하고 현재 상호로 변경 후 지주회사로 전환함

공정거래법 상 자회사에 대한 지분율 요건(20% 이상) 충족 및 경영권 확보 목적으로 07.12.4. 공개매수 방식으로 주주들로부터 자회사(‘갑’법인) 주식을 현물출자 받고 그 대가로 신청법인의 신주를 배정함

위의 현물출자는 인적분할에 의하여 전환한 지주회사에 현물출자한 것으로 최대주주A는 07.6월 구 조특법§38의2에 따라 **억원의 주식양도차익에 대하여 과세이연 받음

     * 07년 과세특례 적용 당시 특례요건은 충족한 것으로 봄

2. 질의내용

 ○ ’07년 과세특례를 적용받은 질의법인이 ’24년 이후 지주회사에서 제외되는 경우 사후관리대상에 해당하는지 여부

3. 관련법령

조세특례제한법 제38조의2【주식의 현물출자 등에 의한 지주회사의 설립 등에 대한 과세특례】

 ① 내국법인의 내국인 주주가 2026년 12월 31일까지 다음 각 호의 요건을 모두 갖추어 주식을 현물출자함에 따라 ⁠「독점규제 및 공정거래에 관한 법률」에 따른 지주회사(「금융지주회사법」에 따른 금융지주회사를 포함한다. 이하 이 조에서 "지주회사"라 한다)를 새로 설립하거나 기존의 내국법인을 지주회사로 전환하는 경우 그 현물출자로 인하여 취득한 주식의 가액 중 그 현물출자로 인하여 발생한 양도차익에 상당하는 금액에 대하여는 대통령령으로 정하는 바에 따라 그 주주가 해당 지주회사의 주식을 처분할 때까지 양도소득세 또는 법인세의 과세를 이연받을 수 있다.

  1. 지주회사 및 현물출자를 한 주주 중 대통령령으로 정하는 주주가 현물출자로 취득한 주식을 현물출자일이 속하는 사업연도의 종료일까지 보유할 것

  2. 현물출자로 인하여 지주회사의 자회사로 된 내국법인(이하 이 조에서 "자회사"라 한다)이 현물출자일이 속하는 사업연도의 종료일까지 사업을 계속할 것

 ② 내국법인의 내국인 주주가 현물출자 또는 분할(「법인세법」 제46조제2항 각 호 또는 같은 법 제47조제1항에서 정한 요건을 갖춘 분할만 해당하며, 이하 이 조에서 "분할"이라 한다)에 의하여 지주회사로 전환한 내국법인(제1항에 따라 지주회사로 전환된 내국법인을 포함하며, 이하 이 조에서 "전환지주회사"라 한다)에 제1항 각 호 및 다음 각 호의 요건을 모두 갖추어 2026년 12월 31일까지 주식을 현물출자하거나 그 전환지주회사의 자기주식과 교환(이하 이 조에서 "자기주식교환"이라 한다)하는 경우 그 현물출자 또는 자기주식교환으로 인하여 취득한 전환지주회사의 주식가액 중 현물출자 또는 자기주식교환으로 인하여 발생한 양도차익에 상당하는 금액에 대해서는 대통령령으로 정하는 바에 따라 그 주주가 해당 전환지주회사의 주식을 처분할 때까지 양도소득세 또는 법인세의 과세를 이연받을 수 있다. 이 경우 제1항 각 호를 적용할 때 "지주회사"는 "전환지주회사"로, "자회사"는 "지분비율미달자회사"로, "현물출자"는 "현물출자 또는 자기주식교환"으로 본다.

  1. 전환지주회사의 주식소유비율이 「독점규제 및 공정거래에 관한 법률」 제18조제2항제2호 각 목 외의 부분 본문에서 정한 비율 미만인 법인(이하 이 조에서 "지분비율미달자회사"라 한다)으로서 다음 각 목에 해당하는 법인의 주식을 현물출자하거나 자기주식교환하는 것일 것

   가. 전환지주회사가 될 당시 해당 전환지주회사가 출자하고 있는 다른 내국법인

   나. 전환지주회사의 분할로 신설ㆍ합병되는 법인 및 분할 후 존속하는 법인

  2. 전환지주회사가 된 날부터 2년 이내에 현물출자하거나 자기주식교환하는 것일 것

  3. 자기주식교환의 경우에는 지분비율미달자회사의 모든 주주가 그 자기주식교환에 참여할 수 있어야 하며, 그 사실을 대통령령으로 정하는 바에 따라 공시하였을 것

 ③ 내국법인의 주주가 제1항 또는 제2항에 따라 과세를 이연받은 경우 지주회사(전환지주회사를 포함한다)는 현물출자 또는 자기주식교환(이하 이 조에서 "현물출자등"이라 한다)으로 취득한 주식의 가액을 장부가액으로 하고, 이후 3년 이내의 범위에서 대통령령으로 정하는 기간에 다음 각 호의 어느 하나의 사유가 발생하는 경우에는 현물출자등으로 취득한 주식의 장부가액과 현물출자등을 한 날 현재의 시가와의 차액(시가가 장부가액보다 큰 경우만 해당한다)을 대통령령으로 정하는 바에 따라 익금에 산입하여야 한다. 이 경우 제2호의 사유에 해당하는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 이자상당액을 법인세 납부금액에 가산하여 납부하여야 한다.

  1. 제1항에 따라 신설되거나 전환된 지주회사 또는 전환지주회사가 지주회사에 해당하지 아니하게 되는 경우. 다만, 「독점규제 및 공정거래에 관한 법률」 등 지주회사의 기준을 정한 법령의 개정으로 지주회사에 해당하지 아니하게 된 경우로서 대통령령으로 정하는 경우는 제외한다.

  2. 전환지주회사가 지주회사로 전환한 날의 다음 날부터 2년이 되는 날까지 지분비율미달자회사의 주식을 「독점규제 및 공정거래에 관한 법률」 제18조제2항제2호 각 목 외의 부분 본문에서 정한 비율 미만으로 소유하는 경우

  3. 자회사(지분비율미달자회사를 포함한다)가 사업을 폐지하는 경우

  4. 지주회사(전환지주회사를 포함한다) 또는 현물출자등을 한 주주 중 대통령령으로 정하는 주주가 현물출자등으로 취득한 주식을 처분하는 경우

조세특례제한법 시행령 제35조의3【지주회사의 설립 등에 대한 법인 주주의 과세특례】

 ① 내국법인의 주주인 법인이 법 제38조의2제1항 또는 제2항에 따라 보유주식을 지주회사 또는 전환지주회사에 현물출자하거나 지주회사 또는 전환지주회사의 주식과 교환하고 과세를 이연받는 경우 그 주식의 현물출자 또는 교환(이하 이 조 및 제35조의4에서 "현물출자등"이라 한다)을 한 날 현재의 그 현물출자등으로 취득한 지주회사 또는 전환지주회사의 주식가액(「법인세법」 제52조제2항에 따른 시가 평가액을 말한다)에서 그 현물출자등을 한 날 전일의 해당 보유주식의 장부가액을 뺀 금액(그 금액이 해당 보유주식의 시가에서 장부가액을 뺀 금액을 초과하는 경우 그 초과한 금액을 제외하며, 이하 이 조에서 "주식양도차익"이라 한다)을 그 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입한다. 이 경우 그 금액은 해당 주식의 압축기장충당금으로 계상해야 한다.

 ② 제1항에 따라 계상한 압축기장충당금은 해당 지주회사 또는 전환지주회사의 주식을 처분(현물출자등으로 취득한 주식 외에 다른 방법으로 취득한 주식이 있는 경우에는 현물출자등으로 취득한 주식을 먼저 처분한 것으로 본다)하는 사업연도에 이를 익금에 산입하되, 일부 주식을 처분하는 경우에는 다음 계산식에 따라 계산한 금액을 익금에 산입한다.

 압축기장충당금 ×

주식의 현물출자 또는 자기주식교환으로 취득한 지주회사 또는 전환주식회사의 주식 중 처분한 주식 수

주식의 현물출자 또는 자기주식교환으로 취득한 지주회사 또는 전환주식회사의 주식 수

 ③ 제2항에도 불구하고 「법인세법 시행령」 제82조의2제3항제2호의 요건을 충족하는 적격분할(물적분할 및 분할합병은 제외하며, 이하 이 항에서 "적격분할"이라 한다)로 인하여 해당 지주회사 또는 전환지주회사의 주식을 양도하는 경우에는 해당 주식에 계상된 압축기장충당금을 익금에 산입하지 않으며, 적격분할로 신설되는 법인은 해당 주식에 계상된 압축기장충당금을 적격분할로 양수받은 해당 지주회사 또는 전환지주회사 주식의 압축기장충당금으로 승계하고 제2항의 계산방법에 따라 익금에 산입한다.

 ④ 법 제38조의2제1항제1호 및 같은 조 제3항제4호에서 "대통령령으로 정하는 주주"란 현물출자등의 대상이 된 주식을 발행한 법인의 주주 중 「법인세법 시행령」 제80조의2제5항에 해당하는 주주를 말한다.

 ⑤ 법 제38조의2제1항제2호(같은 조 제2항에서 준용하는 경우를 포함한다) 및 같은 조 제3항제3호에 따른 자회사의 사업 계속 및 폐지 여부의 판정에 관하여는 「법인세법 시행령」 제80조의2제7항 및 제80조의4제8항을 준용한다.

 ⑥ 지주회사 또는 전환지주회사는 법 제38조의2제3항 각 호 외의 부분 전단에 따라 같은 조 제1항제2호에 따른 자회사(이하 이 조 및 제35조의4에서 "자회사"라 한다)의 주식을 장부가액으로 취득한 경우 현물출자등으로 취득한 자회사의 주식의 가액을 현물출자등을 한 날 현재의 시가로 계상하되, 시가에서 자회사의 주식의 장부가액 합계액을 뺀 금액을 자산조정계정으로 계상해야 한다. 이 경우 계상한 자산조정계정은 다음 계산식에 따른 금액을 해당 주식을 처분하는 사업연도에 익금 또는 손금에 산입하되, 자기주식으로 소각되는 경우에는 익금 또는 손금에 산입하지 않고 소멸하는 것으로 한다.

 자산조정계정 ×

 처분한 주식 수

현물출자등으로 취득한 주식 수

 ⑦ 법 제38조의2제3항 각 호 외의 부분 전단에서 "대통령령으로 정하는 기간"이란 현물출자등을 한 날이 속하는 사업연도의 다음 사업연도 개시일부터 2년을 말한다.

 ⑧ 법인이 제1항에 따라 주식양도차익상당액을 손금에 산입한 후 법 제38조의2제3항 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생한 경우에는 같은 항 각 호 외의 부분 전단에 따라 이 조 제6항의 자산조정계정의 잔액(잔액이 0보다 큰 경우로 한정하며, 잔액이 0보다 작은 경우에는 없는 것으로 본다)을 익금에 산입한다. 이 경우 제6항에 따라 계상한 자산조정계정은 소멸하는 것으로 한다.

 ⑨ 법 제38조의2제2항제3호에 따른 자기주식교환사실의 공시는 다음 각 호의 사항을 ⁠「신문 등의 진흥에 관한 법률」에 따른 일반일간신문 또는 경제분야의 특수일간신문 중 전국을 보급지역으로 하는 신문에 1회 이상 게재하는 방법에 따라야 한다.

  1. 자기주식교환일 및 교환대상주식의 범위

  2. 주권제출기한 및 제출장소

  3. 교환수량ㆍ교환비율 및 교환방법

  4. 모든 주주가 자기주식교환에 참여할 수 있다는 내용 및 그 밖에 주식교환에 필요한 사항

 ⑩ 법 제38조의2제3항 각 호 외의 부분 후단에 따라 법인세에 가산하여 납부해야 하는 이자상당액은 제1호의 금액에 제2호의 값을 곱하여 계산한 금액으로 한다.

  1. 법 제38조의2제3항제2호에 해당하는 사유로 제8항에 따라 익금에 산입하는 자산조정계정 잔액을 현물출자등을 한 날이 속하는 사업연도에 익금에 산입하지 않아 발생한 법인세액의 차액

  2. 현물출자등을 한 날이 속하는 사업연도의 다음 사업연도의 개시일부터 제1호에 따른 자산조정계정 잔액을 익금에 산입한 사업연도의 종료일까지의 기간에 대하여 1일 10만분의 22의 율을 곱한 값

 ⑪ 법 제38조의2제3항제1호 단서에서 "대통령령으로 정하는 경우"란 법령의 개정으로 지주회사의 기준이 변경된 날(이하 이 항에서 "기준변경일"이라 한다)이 속하는 사업연도(지주회사의 기준이 변경되어 지주회사에 해당되지 않게 된 해당 지주회사의 사업연도를 말하며, 이하 이 항에서 같다)와 그 다음 사업연도 개시일부터 4년 이내에 종료하는 사업연도의 기간(이하 이 항에서 "유예기간"이라 한다) 중 각 사업연도 종료일 현재 해당 지주회사의 신설 또는 전환 당시의 법령에 따른 지주회사 기준(신설 또는 전환 이후부터 기준변경일까지의 기간 중에 지주회사의 기준이 2회 이상 변경된 경우에는 기준변경일에서 가장 가까운 때의 기준을 말한다)을 충족하고 있는 경우로서 해당 유예기간 중에 있는 경우를 말한다.

 ⑫ 법 제38조의2제4항에 따른 법인세의 과세의 이연에 관하여는 제1항 및 제2항을 준용한다. 이 경우 압축기장충당금으로 계상해야 할 금액은 제1항에 따라 과세를 이연받은 금액과 그 과세의 이연을 받은 중간지주회사의 주식을 해당 중간지주회사를 지배하는 금융지주회사의 주식과 교환함으로써 발생한 양도차익의 합계액으로 하고, 그 중간지주회사의 주식과 교환함으로써 취득한 금융지주회사의 주식을 처분하는 사업연도에 해당 압축기장충당금을 익금에 산입한다.

 ⑬ 법 제38조의2제5항에서 "대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있는 경우"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

  1. 법 제38조의2제1항제1호(같은 조 제2항에서 준용하는 경우를 포함한다) 및 같은 조 제3항제4호에 대한 부득이한 사유가 있는 것으로 보는 경우: 지주회사, 전환지주회사 및 제4항에 따른 주주가 「법인세법 시행령」 제80조의2제1항제1호 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우

  2. 법 제38조의2제1항제2호(같은 조 제2항에서 준용하는 경우를 포함한다) 및 같은 조 제3항제3호에 대한 부득이한 사유가 있는 것으로 보는 경우: 지주회사 및 전환지주회사의 자회사가「법인세법 시행령」제80조의2제1항제2호 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우

 ⑭ 지주회사 또는 전환지주회사는 제1항에 따라 자회사의 주주인 법인이 현물출자등에 따른 주식양도차익을 손금에 산입한 경우 현물출자등으로 취득한 자회사의 주식을 자회사의 주주인 법인의 장부가액으로 취득한 것으로 한다.

 ⑮ 법 제38조의2제1항, 제2항 및 제4항을 적용받으려는 법인은 해당 현물출자등을 한 날이 속하는 사업연도의 과세표준신고를 할 때 지주회사 또는 전환지주회사와 함께 기획재정부령으로 정하는 현물출자등 과세특례신청서를 납세지 관할세무서장에게 제출해야 한다.

 ⑯ 제14항에 따라 자회사의 주식을 장부가액으로 취득한 지주회사 또는 전환지주회사는 현물출자등을 받은 날이 속하는 사업연도의 과세표준신고를 할 때 기획재정부령으로 정하는 자회사 주식의 장부가액 계산서를 납세지 관할 세무서장에게 제출해야 한다.

조세특례제한법 제38조의2【주식의 현물출자 등에 의한 지주회사의 설립 등에 대한 과세특례】(2010.12.27. 법률 10406호로 개정된 것)

 ② 내국법인의 내국인 주주가 현물출자 또는 분할(「법인세법」 제46조제2항 각 호 또는 같은 법 제47조제1항에서 정한 요건을 갖춘 분할만 해당하며, 이하 이 조에서 "분할"이라 한다)에 의하여 지주회사로 전환한 내국법인(제1항에 따라 지주회사로 전환된 내국법인을 포함하며, 이하 이 조에서 "전환지주회사"라 한다)에 제1항 각 호 및 다음 각 호의 요건을 모두 갖추어 2012년 12월 31일까지 주식을 현물출자하거나 그 전환지주회사의 자기주식과 교환(이하 이 조에서 "자기주식교환"이라 한다)하는 경우 그 현물출자 또는 자기주식교환으로 인하여 취득한 전환지주회사의 주식가액 중 현물출자 또는 자기주식교환으로 인하여 발생한 양도차익에 상당하는 금액에 대해서는 대통령령으로 정하는 바에 따라 그 주주가 해당 전환지주회사의 주식을 처분할 때까지 양도소득세 또는 법인세의 과세를 이연받을 수 있다. 이 경우 제1항 각 호를 적용할 때 "지주회사"는 "전환지주회사"로, "자회사"는 "지분비율미달자회사"로, "현물출자"는 "현물출자 또는 자기주식교환"으로 본다.

  1. ~ 3. ⁠(생략)

 ③ 내국법인의 주주가 제1항 또는 제2항에 따라 과세를 이연받은 경우 지주회사(전환지주회사를 포함한다)는 현물출자 또는 자기주식교환(이하 이 조에서 "현물출자등"이라 한다)으로 취득한 주식의 가액을 장부가액으로 하고, 이후 3년 이내의 범위에서 대통령령으로 정하는 기간에 다음 각 호의 어느 하나의 사유가 발생하는 경우에는 현물출자등으로 취득한 주식의 장부가액과 현물출자등을 한 날 현재의 시가와의 차액(시가가 장부가액보다 큰 경우만 해당한다)을 대통령령으로 정하는 바에 따라 익금에 산입하여야 한다. 이 경우 제2호의 사유에 해당하는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 이자상당액을 법인세 납부금액에 가산하여 납부하여야 한다.

  1. 제1항에 따라 신설되거나 전환된 지주회사 또는 전환지주회사가 지주회사에 해당하지 아니하게 되는 경우. 다만, 「독점규제 및 공정거래에 관한 법률」 등 지주회사의 기준을 정한 법령의 개정으로 지주회사에 해당하지 아니하게 된 경우로서 대통령령으로 정하는 경우는 제외한다.

  2. ~ 4. ⁠(생략)

조세특례제한법 시행령 제35조의3【주식의 현물출자 등에 의한 지주회사의 설립 등에 대한 과세특례】

 ⑥ 법 제38조의2제3항 각 호 외의 부분 전단에서 "대통령령으로 정하는 기간"이란 현물출자등을 한 날이 속하는 사업연도의 다음 사업연도 개시일부터 3년을 말한다.

조세특례제한법 부칙 법률 제10406호(2010.12.27.)

    (2015.12.15. 법률 제13560호로 개정된 것, ②항을 소급하여 추가)

제1조(시행일) 이 법은 2011년 1월 1일부터 시행한다.

제2조(일반적 적용례) ① 이 법 중 소득세 및 법인세에 관한 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 개시하는 과세연도 분부터 적용한다.

제3조 ~제17조(생략)

제18조(주식의 현물출자 등에 의한 지주회사 설립 등에 대한 과세특례에 관한 적용례)

 ① 제38조의2제1항, 제2항, 제5항 및 제6항의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 현물출자하거나 자기주식과 교환하는 분부터 적용한다.

 ② 제38조의2제3항의 개정규정은 이 법 시행 전에 현물출자하거나 자기주식과 교환하는 분에 대해서도 적용한다.

제19조 ~제55조(생략)

제56조(주식의 현물출자 등에 의한 지주회사 설립 등에 대한 과세특례에 관한 경과조치)

 ① 이 법 시행 전에 이루어진 현물출자 또는 자기주식교환에 대하여는 제38조의2제1항, 제2항, 제5항 및 제6항의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따르고, 2010년 12월 31일 현재 「금융지주회사법」 제3조에 따라 금융지주회사 설립을 위한 인가를 신청한 경우에는 제38조제1항제1호 및 제2호의 요건을 갖춘 것으로 보며 같은 조 제2항제2호를 적용하지 아니한다.

 ② 제1항에도 불구하고 종전의 제38조의2제3항제4호는 이 법 시행 전에 최대주주가 자회사의 임원으로 취임한 경우에만 적용한다.

조세특례제한법 부칙 법률 제10406호(2010.12.27. 개정된 것)

    (2015. 12.15. 법률 제13560호로 개정되기 전의 것)

제1조 ~ 제17조 ⁠(생략)

제18조(주식의 현물출자 등에 의한 지주회사 설립 등에 대한 과세특례에 관한 적용례) 제38조의2제1항부터 제3항까지, 제5항 및 제6항의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 현물출자하거나 자기주식과 교환하는 분부터 적용한다.

제19조 ~제55조(생략)

제56조(주식의 현물출자 등에 의한 지주회사 설립 등에 대한 과세특례에 관한 경과조치)

 ① 이 법 시행 전에 이루어진 현물출자 또는 자기주식교환에 대하여는 제38조의2제1항부터 제3항까지, 제5항 및 제6항의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따른다.

 ② ⁠(생략)

조세특례제한법 제38조의2【주식의 현물출자 등에 의한 지주회사의 설립 등에 대한 과세특례】(2010.12.27. 법률 제10406호로 개정되기 전의 것)

 ② 내국법인의 내국인 주주가 현물출자 또는 분할(「법인세법」 제46조제2항 각 호 또는 같은 법 제47조제1항에서 정한 요건을 갖춘 분할만 해당하며, 이하 이 조에서 "분할"이라 한다)에 의하여 지주회사로 전환한 내국법인(제1항에 따라 지주회사로 전환된 내국법인을 포함하며, 이하 이 조에서 "전환지주회사"라 한다)에 제1항 각 호 및 다음 각 호의 요건을 모두 갖추어 2012년 12월 31일까지 주식을 현물출자하거나 그 전환지주회사의 자기주식과 교환(이하 이 조에서 "자기주식교환"이라 한다)하는 경우 그 현물출자 또는 자기주식교환으로 인하여 취득한 전환지주회사의 주식가액 중 현물출자 또는 자기주식교환으로 인하여 발생한 양도차익에 상당하는 금액에 대해서는 대통령령으로 정하는 바에 따라 그 주주가 해당 전환지주회사의 주식을 처분할 때까지 양도소득세 또는 법인세의 과세를 이연받을 수 있다. 이 경우 제1항 각 호를 적용할 때 "지주회사"는 "전환지주회사"로, "자회사"는 "지분비율미달자회사"로, "현물출자"는 "현물출자 또는 자기주식교환"으로 본다.

  1. ~ 3. ⁠(생략)

 ③ 제1항 또는 제2항에 따라 양도소득세 또는 법인세의 과세를 이연받은 주주는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생한 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 그 과세를 이연받은 양도소득세 또는 법인세를 납부하여야 한다. 이 경우 제3호 및 제4호의 사유에 해당하는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 이자상당액을 양도소득세 또는 법인세 납부금액에 가산하여 납부하여야 한다.

  1. 제1항의 지주회사 또는 제2항의 전환지주회사가 지주회사에 해당하지 아니하게 되는 경우. 다만, ⁠「독점규제 및 공정거래에 관한 법률」등 지주회사의 기준을 정한 법령의 개정으로 지주회사에 해당하지 아니하게 된 경우로서 대통령령으로 정하는 경우는 제외한다.

  2. ~ 4.(생략)

독점규제 및 공정거래에 관한 법률 시행령 제2조【지주회사의 기준】

   (2016. 9. 29. 대통령령 제27529호로 개정된 것)

 ① ⁠「독점규제 및 공정거래에 관한 법률」(이하 "법"이라 한다) 제2조(정의)제1호의2 전단에서 "자산총액이 대통령령이 정하는 금액 이상인 회사"란 다음 각 호의 회사를 말한다.

  1. 해당 사업연도에 새로이 설립되었거나 합병 또는 분할·분할합병·물적분할(이하 "분할"이라 한다)을 한 회사의 경우에는 각각 설립등기일·합병등기일 또는 분할등기일 현재의 대차대조표상 자산총액이 5천억원 이상인 회사

  2. 제1호 외의 회사의 경우에는 직전 사업연도 종료일(사업연도 종료일 이전의 자산총액을 기준으로 지주회사 전환신고를 하는 경우에는 해당 전환신고 사유의 발생일) 현재의 대차대조표상의 자산총액이 5천억원 이상인 회사

독점규제 및 공정거래에 관한 법률 시행령 부칙 대통령령 제27529호

제1조(시행일) 이 영은 2016년 9월 30일부터 시행한다. 다만, 제2조제1항의 개정규정은 2017년 7월 1일부터 시행한다.

제2조(지주회사의 기준에 관한 경과조치) 부칙 제1조 단서에 따른 시행일 전에 지주회사를 설립하거나 지주회사로 전환하여 제15조제1항에 따라 신고를 한 지주회사로서 같은 시행일 당시 제2조제1항제1호 및 제2호의 개정규정에 따른 기준에 해당하지 아니하게 된 지주회사(이하 "기존 지주회사"라 한다)는 제2조제1항제1호 및 제2호의 개정규정에도 불구하고 2027년 6월 30일까지 제2조제1항제1호 및 제2호의 개정규정에 따른 지주회사의 자산총액 기준을 충족하여야 한다. 다만, 기존 지주회사가 부칙 제1조 단서에 따른 시행일 이후 제15조제4항에 따라 지주회사 제외 신고를 한 경우에는 신고한 날부터 지주회사에서 제외된다.

독점규제 및 공정거래에 관한 법률 시행령 제2조【지주회사의 기준】

    (2016. 9. 29. 대통령령 제27529호로 개정되기 전의 것)

 ① ⁠「독점규제 및 공정거래에 관한 법률」(이하 "법"이라 한다) 제2조(정의)제1호의2 전단에서 "자산총액이 대통령령이 정하는 금액 이상인 회사"란 다음 각 호의 회사를 말한다.

  1. 해당 사업연도에 새로이 설립되었거나 합병 또는 분할·분할합병·물적분할(이하 "분할"이라 한다)을 한 회사의 경우에는 각각 설립등기일·합병등기일 또는 분할등기일 현재의 대차대조표상 자산총액이 1천억원 이상인 회사

  2. 제1호 외의 회사의 경우에는 직전 사업연도 종료일(사업연도 종료일 이전의 자산총액을 기준으로 지주회사 전환신고를 하는 경우에는 해당 전환신고 사유의 발생일) 현재의 대차대조표상의 자산총액이 1천억원 이상인 회사

출처 : 국세청 2024. 04. 15. 서면-2024-법인-0254 | 국세법령정보시스템