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감면대상기존주택이 관리처분계획인가에 따라 조합원입주권으로 전환된 경우, 「조세특례제한법」 제99조의2 제2항에 따라 「소득세법」 제89조 제1항 제3호를 적용할 때 해당 조합원입주권은 보유기간에 관계없이 거주자의 소유주택으로 보지 아니하는 것임
귀 질의의 경우, 기존해석사례(서면법규과-1020, 2013.09.16.)를 참고하시기 바랍니다.
〇 서면법규과-1020, 2013.09.16.
「조세특례제한법」 제99조의2 제1항을 적용받는 주택을 취득하여 그 주택이 「도시 및 주거환경정비법」에 의한 관리처분계획에 따라 조합원입주권으로 전환된 경우, 「조세특례제한법」 제99조의2 제2항에 따라 「소득세법」 제89조제1항제3호 및 제104조제1항제4호부터 제7호까지의 규정을 적용할 때 해당 조합원 입주권의 보유기간에 관계없이 거주자의 소유주택으로 보지 아니하는 것입니다.
1. 질의내용 요약
○ 사실관계
- 갑은 ’13.12.5. 조세특례제한법 제99조의2 제1항에 따라 1세대1주택자로부터 감면대상기존주택(A)을 취득하고 관할 구청으로부터 감면대상기존주택임을 확인하는 날인(’13.12.13.)을 받았으며, ’14.1.9. A주택에 대한 잔금청산 및 소유권이전등기
- A주택은 ’15.1.29. 도시및주거환경정비법에 따른 주택재건축사업으로 인해 관리처분계획인가를 받았으며, 갑은 A주택 외에도 일반주택인 B주택을 보유하고 있음
○ 질의내용
1) 감면대상기존주택인 A주택이 도시및주거환경정비법에 따른 주택재건축사업으로 관리처분계획인가된 후 B주택을 양도하는 경우에도 조세특례제한법 제99조의2 제2항에 따라 A조합원입주권을 주택수에서 제외하는 것인지 여부
2) A조합원입주권이 감면 배제대상이 되는 시점은 관리처분계획인가일인지, A주택 철거일인지 또는 주택재건축사업 완료에 따라 준공된 시점인지(B주택을 양도하는 경우에도 A조합원입주권을 주택수에 포함한다는 기준시점은 동일한지)
3) A조합원입주권을 감면대상으로 보지 않는 경우라도 주택재건축사업 완료 후 준공된 시점에는 다시 재건축으로 준공된 주택을 감면대상기존주택으로 보는 것인지
4) 감면대상기존주택이 주택재건축사업에 따라 재건축되는 경우에는 조세특례제한법 제99조의2 제1항에 따른 양도소득세 과세특례를 적용받을 수 없다는 법적 근거는 무엇인지
5) A조합원입주권을 감면대상으로 보지 않아 B주택 양도시 A조합원입주권을 주택수에 포함하는 것으로 해석하는 경우에는 이의신청을 하고자 하는데 그 절차는?
2. 질의내용에 대한 자료
○ 조세특례제한법 제99조의 2 【신축주택 등 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례】
① 거주자 또는 비거주자가 대통령령으로 정하는 신축주택, 미분양주택 또는 1세대 1주택자의 주택으로서 취득가액이 6억원 이하이거나 주택의 연면적(공동주택의 경우에는 전용면적)이 85제곱미터 이하인 주택을 2013년 4월 1일부터 2013년 12월 31일까지 「주택법」 제38조에 따라 주택을 공급하는 사업주체 등 대통령령으로 정하는 자와 최초로 매매계약을 체결하여 그 계약에 따라 취득(2013년 12월 31일까지 매매계약을 체결하고 계약금을 지급한 경우를 포함한다)한 경우에 해당 주택을 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 양도소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면하고, 취득일부터 5년이 지난 후에 양도하는 경우에는 해당 주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 해당 주택의 양도소득세 과세대상소득금액에서 공제한다. 이 경우 공제하는 금액이 과세대상소득금액을 초과하는 경우 그 초과금액은 없는 것으로 한다.
② 「소득세법」 제89조 제1항 제3호를 적용할 때 제1항을 적용받는 주택은 해당 거주자의 소유주택으로 보지 아니한다.
③ 제1항은 전국 소비자물가상승률 및 전국 주택매매가격상승률을 고려하여 부동산 가격이 급등하거나 급등할 우려가 있는 지역으로서 대통령령으로 정하는 지역에는 적용하지 아니한다.
④ 제1항에 따른 양도소득세의 감면은 대통령령으로 정하는 방법에 따라 제1항에 따른 감면 대상 주택임을 확인받아 납세지 관할 세무서장에게 제출한 경우에만 적용한다.
⑤ 제1항을 적용할 때 해당 주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액의 계산과 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.
○ 조세특례제한법 시행령 제99조의 2 【신축주택 등 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례】
③ 법 제99조의 2 제1항 전단에서 “1세대 1주택자의 주택”이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 주택(주택에 부수되는 토지로서 건물이 정착된 면적에 지역별로 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지를 포함하며, 이하 이 조에서 “감면대상기존주택”이라 한다)을 말한다. 이 경우 다음 각 호에 해당하는지를 판정할 때 1주택을 여러 사람이 공동으로 소유한 경우 공동소유자 각자가 그 주택을 소유한 것으로 보되, 1세대의 구성원이 1주택을 공동으로 소유하는 경우에는 그러하지 아니하다.
1. 2013년 4월 1일 현재 「주민등록법」상 1세대(부부가 각각 세대를 구성하고 있는 경우에는 이를 1세대로 보며, 이하 이 항에서 “1세대”라 한다)가 매매계약일 현재 국내에 1주택(주택은 「주택법」에 따른 주택을 말하며, 「주택법」에 따른 주택을 소유하지 아니하고 2013년 4월 1일 현재 「주민등록법」에 따른 주민등록이 되어 있는 오피스텔을 소유하고 있는 경우에는 그 1오피스텔을 1주택으로 본다. 이하 이 항에서 “1주택”이라 한다)을 보유하고 있는 경우로서 해당 주택의 취득 등기일부터 매매계약일까지의 기간이 2년 이상인 주택
2. 국내에 1주택을 보유한 1세대가 그 주택(이하 이 항에서 “종전의 주택”이라 한다)을 양도하기 전에 다른 주택을 취득함으로써 일시적으로 2주택이 된 경우(제1호에 따라 1주택으로 보는 오피스텔을 소유하고 있는 자가 다른 주택을 취득하는 경우를 포함한다)로서, 종전의 주택의 취득 등기일부터 1년 이상이 지난 후 다른 주택을 취득하고 그 다른 주택을 취득한 날(등기일을 말한다)부터 3년 이내에 매매계약을 체결하고 양도하는 종전의 주택. 다만, 취득 등기일부터 매매계약일까지의 기간이 2년 이상인 종전의 주택으로 한정한다.
④ 제3항 각 호 외의 부분에서 “지역별로 정하는 배율”이란 다음의 각 호의 구분에 따른 배율을 말한다.
1. 도시지역 안의 토지: 5배
2. 도시지역 밖의 토지: 10배
⑤ 제3항을 적용할 때 다음 각 호의 감면대상기존주택은 제외한다.
1. 감면대상기존주택 양도자와 양수자 간에 실제로 거래한 가액이 6억원을 초과하고 연면적(공동주택 및 오피스텔의 경우에는 전용면적을 말한다)이 85제곱미터를 초과하는 감면대상기존주택. 이 경우 양수자가 부담하는 취득세 및 그 밖의 부대비용은 포함하지 아니한다.
2. 2013년 3월 31일 이전에 체결한 매매계약을 과세특례 취득기간 중에 해제한 매매계약자 또는 그 배우자[매매계약자 또는 그 배우자의 직계존비속(그 배우자를 포함한다) 및 형제자매를 포함한다]가 과세특례 취득기간 중에 계약을 체결하여 취득한 원래 매매계약을 체결하였던 감면대상기존주택
3. 감면대상기존주택 중 오피스텔을 취득하는 자가 취득 후 제2항 제4호 각 목의 모두에 해당하지 아니하게 된 경우의 해당 오피스텔
(이하 생략)
○ 서면법규과-1020, 2013.09.16.
「조세특례제한법」 제99조의2 제1항을 적용받는 주택을 취득하여 그 주택이 「도시 및 주거환경정비법」에 의한 관리처분계획에 따라 조합원입주권으로 전환된 경우, 「조세특례제한법」 제99조의2 제2항에 따라 「소득세법」 제89조제1항제3호 및 제104조제1항제4호부터 제7호까지의 규정을 적용할 때 해당 조합원 입주권의 보유기간에 관계없이 거주자의 소유주택으로 보지 아니하는 것입니다.
○ 기획재정부 재산세제과-135, 2014.02.21.
「조세특례제한법 시행령」제99조의 2 제3항에 따른 감면대상기존주택을 취득한 후「도시 및 주거환경정비법」에 따른 재개발・재건축 등으로 당해 감면대상기존주택이 신축주택으로 전환된 후 양도되는 경우에도 「조세특례제한법」제99조의 2에 따른 양도소득세 과세특례가 적용되는 것이나, 감면대상기존주택에 대한 양도소득 범위 내에서 양도소득세가 감면됩니다. 이 경우 정비사업조합으로부터 감면대상기존주택의 평가액 범위 내에서 2채의 신축주택을 공급받은 경우 2주택 모두 과세특례가 적용되는 것입니다.
○ 서면법규과-461, 2014.05.07.
귀 서면질의의 경우, 「조세특례제한법」 제99조의2 제1항을 적용받는 주택(이하 “감면대상 기존주택”이라 함)이 「도시 및 주거환경정비법」에 의한 관리처분계획에 따라 조합원입주권으로 전환되어 양도되는 경우에도 같은법 제99조의2에 따른 양도소득세 과세특례가 적용되는 것이나, 당초 취득한 감면대상 기존주택에 대한 양도소득 범위 내에서 감면하는 것입니다.
