비영리 의료법인 병원 건물·부속토지 취득 고유목적사업 인정 범위

요지

병원 건물 및 병원 건물의 부속토지 취득비용만이 고유목적사업 지출 범위에 포함되며, 병원건물의 부속토지 해당 여부는 사실판단사항임

회신

1. 보건업을 영위하는 비영리내국법인(이하 ⁠‘의료법인’)이 병원 건물과 그 부속토지를 취득하기 위하여 지출한 금액은 ｢법인세법 시행규칙｣ 제29조의2제1항제1호의 규정에 의하여 이를 고유목적사업에 지출 또는 사용한 금액으로 보는 것이나, 귀 질의의 토지가 병원 건물의 부속토지에 해당하는지 여부는 사실판단할 사항임
2. ｢법인세법 시행규칙｣ 제29조의2제1항제1호의 규정에 따른 병원 건물의 부속토지 면적을 산정함에 있어 동일경계안의 토지 위에 병원 건물과 그 외의 건물이 있고 해당 토지가 병원 건물과 그 외의 건물의 효용과 편익을 위하여 공통으로 사용되는 경우 병원건물의 부속토지면적은 각 건물의 바닥면적에 의하여 안분계산하는 것임

  3.의료법인이 병원 건물 등을 신축하면서 허가조건으로 당해 법인의 토지에 도로를 개설하여 이를 관할지방자치단체에 기부채납하기로 한 경우 도로부지 취득비용 및 공사원가는 잔존토지의 자본적 지출로 하는 것이며, ｢법인세법 시행규칙｣ 제29조의2제1항제1호의 규정에 따른 병원 건물의 부속토지를 취득하기 위하여 지출하는 금액에는 병원 건물의 부속토지에 대한 자본적 지출액을 포함하는 것임

 4. 고유목적사업준비금을 손금으로 계상한 의료법인이 병원 건물을 신축하기 위하여 지출한 비용은 지출시점에 고유목적사업에 지출 또는 사용한 것으로 보는 것이며, 병원 건물 신축용 토지를 취득하기 위해 지출한 금액의 고유목적사업 사용일에 대하여는 기존 해석사례(법인세과-498, 2009.04.24.)를 참조하시기 바람

[관련법령] 법인세법 제29조【비영리내국법인의 고유목적사업준비금의 손금산입】

1. 사실관계

 ○질의법인은 ’19년에 매입한 나대지에 병원, 기숙사 등을 신축할 예정임

  -’21.1월 상기 매입토지와 관련하여 한방병원, 기숙사 등으로 구체적인 이용범위에 대한 설계가 확정됨

 ○기숙사는 ’21.2월에 건설에 착공하여 ’21.**월에 준공되었으며, 한방병원은 ’22.8월에 건설에 착공하여 ’24.**월에 준공될 예정임.

2. 질의요지

○ ⁠(질의1) 고유목적사업의 지출로 보는 병원 건물 및 부속토지 범위

 ○ ⁠(질의2) 고유목적사업비에 지출한 것으로 보는 시점

3. 관련 법령

○ 법인세법 제29조【비영리내국법인의 고유목적사업비금의 손금산입】

①비영리내국법인(법인으로 보는 단체의 경우에는 대통령령으로 정하는 단체만 해당한다. 이하 이 조에서 같다)이 각 사업연도의 결산을 확정할 때 그 법인의 고유목적사업이나 제24조제3항제1호에 따른 기부금(이하 이 조에서 "고유목적사업등"이라 한다)에 지출하기 위하여 고유목적사업준비금을 손비로 계상한 경우에는 다음 각 호의 구분에 따른 금액의 합계액(제2호에 따른 수익사업에서 결손금이 발생한 경우에는 제1호 각 목의 금액의 합계액에서 그 결손금 상당액을 차감한 금액을 말한다)의 범위에서 그 계상한 고유목적사업준비금을 해당 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입한다.

   (중략)

⑤제1항에 따라 손금에 산입한 고유목적사업준비금의 잔액이 있는 비영리내국법인이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하게 된 경우 그 잔액은 해당 사유가 발생한 날이 속하는 사업연도의 소득금액을 계산할 때 익금에 산입한다.

 1. 해산한 경우(제4항에 따라 고유목적사업준비금을 승계한 경우는 제외한다)

 2. 고유목적사업을 전부 폐지한 경우

 3.법인으로 보는 단체가 「국세기본법」 제13조제3항에 따라 승인이 취소되거나 거주자로 변경된 경우

 4.고유목적사업준비금을 손금에 산입한 사업연도의 종료일 이후 5년이 되는 날까지 고유목적사업등에 사용하지 아니한 경우(5년 내에 사용하지 아니한 잔액으로 한정한다)

 5. 삭제

   (이하생략)

○ 법인세법 시행령 제56조【고유목적사업준비금의 손금산입】

   (중략)

⑤법 제29조제1항 각 호 외의 부분에 따른 고유목적사업은 해당 비영리내국법인의 법령 또는 정관에 따른 설립목적을 직접 수행하는 사업으로서 제3조제1항에 따른 수익사업 외의 사업으로 한다.

⑥ 법 제29조제1항부터 제5항까지의 규정을 적용할 때 다음 각 호의 금액은 고유목적사업에 지출 또는 사용한 금액으로 본다. 다만, 비영리내국법인이 유형자산 및 무형자산 취득 후 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업이나 보건업[보건업을 영위하는 비영리내국법인(이하 이 조에서 "의료법인"이라 한다)에 한정한다]에 3년 이상 자산을 직접 사용하지 아니하고 처분하는 경우에는 제1호 또는 제3호의 금액을 고유목적사업에 지출 또는 사용한 금액으로 보지 아니한다.

 1. 비영리내국법인이 해당 고유목적사업의 수행에 직접 소요되는 유형자산 및 무형자산 취득비용(제31조제2항에 따른 자본적 지출을 포함한다) 및 인건비 등 필요경비로 사용하는 금액

 2. 특별법에 따라 설립된 법인(해당 법인에 설치되어 운영되는 기금 중 「국세기본법」 제13조에 따라 법인으로 보는 단체를 포함한다)으로서 건강보험ㆍ연금관리ㆍ공제사업 및 제3조제1항제8호에 따른 사업을 영위하는 비영리내국법인이 손금으로 계상한 고유목적사업준비금을 법령에 의하여 기금 또는 준비금으로 적립한 금액

 3. 의료법인이 지출하는 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 금액

  가. 의료기기 등 기획재정부령으로 정하는 자산을 취득하기 위하여 지출하는 금액

  나. 「의료 해외진출 및 외국인환자 유치 지원에 관한 법률」 제2조제1호에 따른 의료 해외진출을 위하여 기획재정부령으로 정하는 용도로 지출하는 금액

  다. 기획재정부령으로 정하는 연구개발사업을 위하여 지출하는 금액

     (중략)

⑩ 제6항제3호를 적용받으려는 의료법인은 손비로 계상한 고유목적사업준비금상당액을 기획재정부령으로 정하는 의료발전회계로 구분하여 경리하여야 한다.

○ 법인세법 시행규칙 제29조의2【의료기기 등의 범위】

①영 제56조제6항제3호가목에서 "의료기기 등 기획재정부령으로 정하는 유형자산 및 무형자산"이란 다음 각 호의 자산을 말한다.

 1. 병원 건물 및 부속토지

 2.「의료기기법」에 따른 의료기기

 3.「보건의료기본법」에 따른 보건의료정보의 관리를 위한 정보시스템 설비

②영 제56조제6항제3호나목에서 "기획재정부령으로 정하는 용도"란 해외에서 사용하기 위하여 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

 1. 제1항제1호에 따른 병원 건물 및 부속토지를 임차하거나 인테리어 하는 경우

 2. 제1항제2호에 따른 의료기기 또는 같은 항 제3호에 따른 정보시스템 설비를 임차하는 경우

    (중략)

④영 제56조제10항에서 "기획재정부령으로 정하는 의료발전회계"란 고유목적사업준비금의 적립 및 지출에 관하여 다른 회계와 구분하여 독립적으로 경리하는 회계를 말한다.

○ 법인세법 시행령 제92조의8【사업에 사용되는 그 밖의 토지의 범위】

⑥ 법 제55조의2제2항의 규정을 적용함에 있어서 토지 위에 하나 이상의 건축물(시설물 등을 포함한다. 이하 이 항에서 같다)이 있고, 그 건축물이 법인의 특정 사업에 사용되는 부분(다수의 건축물 중 특정 사업에 사용되는 일부 건축물을 포함한다. 이하 이 항에서 "특정용도분"이라 한다)과 그러하지 아니한 부분이 함께 있는 경우 건축물의 바닥면적 및 부속토지면적(이하 이 항에서 "부속토지면적등"이라 한다) 중 특정용도분의 부속토지면적등의 계산은 다음 산식에 의한다.

 1. 하나의 건축물이 복합용도로 사용되는 경우

　 특정용도분의 부속토지면적등＝건축물의 부속토지면적등×특정용도분의 연면적/건축물의 연면적

 2. 동일경계 안에 용도가 다른 다수의 건축물이 있는 경우

　 특정용도분의 부속토지면적＝다수의 건축물의 전체 부속토지면적×특정용도분의 바닥면적/다수의 건축물의 전체 바닥면적

○ 법인세법 시행령 제72조【자산의 취득가액 등】

②법 제41조제1항 및 제2항에 따른 자산의 취득가액은 다음 각 호의 금액으로 한다.

 1. 타인으로부터 매입한 자산: 매입가액에 취득세(농어촌특별세와 지방교육세를 포함한다), 등록면허세, 그 밖의 부대비용을 가산한 금액[법인이 토지와 그 토지에 정착된 건물 및 그 밖의 구축물 등(이하 이 호에서 "건물등"이라 한다)을 함께 취득하여 토지의 가액과 건물등의 가액의 구분이 불분명한 경우 법 제52조제2항에 따른 시가에 비례하여 안분계산한다]

    (중략)

⑤ 법인이 보유하는 자산에 대하여 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생한 경우의 취득가액은 다음과 같다.

 1. 법 제42조제1항 각호 및 제3항의 규정에 의한 평가가 있는 경우에는 그 평가액

 2. 제31조제2항의 규정에 의한 자본적 지출이 있는 경우에는 그 금액을 가산한 금액

 3. 합병 또는 분할합병(제2항제5호에 해당하는 경우는 제외한다)으로 받은 제11조제8호에 따른 이익이 있는 경우에는 그 이익을 가산한 금액

○ 법인세법 시행령 제31조【즉시상각의의제】

②법 제23조제4항제2호에서 "대통령령으로 정하는 자본적 지출"이란 법인이 소유하는 감가상각자산의 내용연수를 연장시키거나 해당 자산의 가치를 현실적으로 증가시키기 위하여 지출한 수선비를 말하며, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것에 대한 지출을 포함한다.

 1. 본래의 용도를 변경하기 위한 개조

 2. 엘리베이터 또는 냉난방장치의 설치

 3. 빌딩 등에 있어서 피난시설 등의 설치

 4. 재해 등으로 인하여 멸실 또는 훼손되어 본래의 용도에 이용할 가치가 없는 건축물ㆍ기계ㆍ설비 등의 복구

 5. 그 밖에 개량ㆍ확장ㆍ증설 등 제1호부터 제4호까지의 지출과 유사한 성질의 것

출처 : 국세청 2022. 05. 13. 서면-2021-법규법인-5960[법규과-1509] | 국세법령정보시스템