지방자치단체 소속기관 명의 세금계산서의 매입세액 공제

요지

세금계산서의 필요적 기재사항이 착오로 사실과 다르게 기재되어도 다른 기재사항으로 거래사실이 확인되면 매입세액 공제가 가능함

회신

귀 과세기준자문의 경우, 아래 기획재정부 회신(부가가치세제과-761, 2014.12.30.)을 참고하시기 바람
지방자치단체가 영위하는 부동산임대업과 관련한 시설물 등의 건설과 관련하여 수취하는 매입세금계산서에 공급받는 자의 명의와 등록번호를 착오에 의하여 지방자치단체의 소속기관 명의와 사업자등록번호로 잘못 기재하여 수취한 경우, ⁠「부가가치세법」제39조제1항제2호 단서 및 같은 법 시행령 제75조제2호에 따라 해당 매입세금계산서와 관련한 매입세액은 공제받을 수 있는 것입니다.

1. 사실관계

 ○ 서울시는 사업부서(도로교통과, 문화시설과 등)에서 공공시설 건설을 계획하면, 도시기반시설본부(서울시 산하 사업소)에서 해당시설을 건설하고 각 사업부서에서 건설된 해당 시설을 운영하며

  - 서울시는 건설된 공공시설 중 매점, 공연장 등 일부시설에 대해서 민간에 임대(부동산 임대업)하고 있음

 ○ 시공관련 건설계약 및 임대계약은 서울특별시장 명의로 체결하며, 매입세금계산서는 ⁠‘서울특별시도시기반시설본부’명의로 수취하나 부동산임대수입 관련 매출세금계산서는 ⁠‘서울특별시장’명의로 발급하였음

  - 매입세금계산서의 필요적 기재사항인 공급받는 자의 등록번호는 ⁠‘서울특별시도시기반시설본부’의 사업자등록번호를 기재하였으며,

  - 임의적 기재사항인 공급받는 자의 성명과 주소는 ⁠‘서울특별시도시기반시설본부’와 서울시청 별관주소를 기재하였음

 ○ 도시기반시설본부는 서울특별시행정기구설치조례(§48)에 따라 설치된 서울특별시장 소속기관의 하나인 사업소로서 각종 공사시공 및 도시철도건설과 관련된 업무를 수행하는 행정기관임

  - 도시기반시설본부는 1996.1.16부터 사업자등록을 하고 건설사업을 수행하여 왔음

 ○ 현재 서울시는 도시기반시설본부 명의로 받은 세금계산서상의 매입세액에 대하여 당초 불공제 매입세액으로 신고하였던 바,

  - 부가가치세 과세사업과 관련된 매입세액으로서 임대건물 및 시설에 관한 공사관련 도시기반시설본부 명의 세금계산서 수취분을 공제하여 줄 것을 경정청구한 상황임

2. 질의내용

 ○ 서울시에서 도시기반시설(공공건축물 편의시설 등)을 건설하여 이를 임대하는 경우, 해당 도시기반시설 건설시 매입세금계산서의 공급받는 자 명의 및 등록번호에 서울특별시가 아닌 소속기관인 도시기반시설본부 명의와 사업자 등록번호를 기재하여 수취하였을 때 해당 매입세액의 공제가 가능한 지 여부

3. 관련법령 및 관련사례

○ 부가가치세법 제6조【납세지】

 ② 제1항에 따른 사업장은 사업자가 사업을 하기 위하여 거래의 전부 또는 일부를 하는 고정된 장소로 하며, 사업장의 범위에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

○ 부가가치세법 제8조【사업자등록】

 ① 사업자는 사업장마다 대통령령으로 정하는 바에 따라 사업 개시일부터 20일 이내에 사업장 관할 세무서장에게 사업자등록을 신청하여야 한다. 다만, 신규로 사업을 시작하려는 자는 사업 개시일 이전이라도 사업자등록을 신청할 수 있다.

 ③ 제1항에도 불구하고 사업장이 둘 이상인 사업자는 사업자 단위로 해당 사업자의 본점 또는 주사무소 관할 세무서장에게 등록을 신청할 수 있다. 이 경우 등록한 사업자를 사업자 단위 과세 사업자라 한다.

○ 부가가치세법 제26조【재화 또는 용역의 공급에 대한 면세】

 ① 다음 각 호의 재화 또는 용역의 공급에 대하여는 부가가치세를 면제한다.

  19. 국가, 지방자치단체 또는 지방자치단체조합이 공급하는 재화 또는 용역으로서 대통령령으로 정하는 것

○ 부가가치세법 제32조【세금계산서 등】

 ① 사업자가 재화 또는 용역을 공급(부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역의 공급은 제외한다)하는 경우에는 다음 각 호의 사항을 적은 계산서(이하 "세금계산서"라 한다)를 그 공급을 받는 자에게 발급하여야 한다.

  1. 공급하는 사업자의 등록번호와 성명 또는 명칭

  2. 공급받는 자의 등록번호. 다만, 공급받는 자가 사업자가 아니거나 등록한 사업자가 아닌 경우에는 대통령령으로 정하는 고유번호 또는 공급받는 자의 주민등록번호

  3. 공급가액과 부가가치세액

  4. 작성 연월일

  5. 그 밖에 대통령령으로 정하는 사항

 ⑦ 세금계산서 또는 전자세금계산서의 기재사항을 착오로 잘못 적거나 세금계산서 또는 전자세금계산서를 발급한 후 그 기재사항에 관하여 대통령령으로 정하는 사유가 발생하면 대통령령으로 정하는 바에 따라 수정한 세금계산서(이하 "수정세금계산서"라 한다) 또는 수정한 전자세금계산서(이하 "수정전자세금계산서"라 한다)를 발급할 수 있다.

○ 부가가치세법 제38조【공제하는 매입세액】

 ① 매출세액에서 공제하는 매입세액은 다음 각 호의 금액을 말한다.

  1. 사업자가 자기의 사업을 위하여 사용하였거나 사용할 목적으로 공급받은 재화 또는 용역에 대한 부가가치세액(제52조제4항에 따라 납부한 부가가치세액을 포함한다)

○ 부가가치세법 제39조【공제하지 아니하는 매입세액】

 ① 제38조에도 불구하고 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

  2. 세금계산서 또는 수입세금계산서를 발급받지 아니한 경우 또는 발급받은 세금계산서 또는 수입세금계산서에 제32조제1항제1호부터 제4호까지의 규정에 따른 기재사항(이하 "필요적 기재사항"이라 한다)의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우의 매입세액. 다만, 대통령령으로 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.

○ 부가가치세법 시행령 제8조【사업장】

 ① 법 제6조제2항에 따른 사업장의 범위는 다음 표와 같다.

 ④ 제1항부터 제3항까지의 규정에 따른 사업장 외의 장소도 사업자의 신청에 따라 추가로 사업장으로 등록할 수 있다. 다만, 제1항의 표 제9호에 따른 무인자동판매기를 통하여 재화·용역을 공급하는 사업의 경우에는 그러하지 아니하다.

○ 부가가치세법 시행령 제46조【국가, 지방자치단체 또는 지방자치단체조합이 공급하는 재화 또는 용역으로서 면세하는 것의 범위】

  법 제26조제1항제19호에 따른 국가, 지방자치단체 또는 지방자치단체조합이 공급하는 재화 또는 용역은 다음 각 호의 재화 또는 용역을 제외한 것으로 한다.

  3. 부동산임대업, 도매 및 소매업, 음식점업·숙박업, 골프장 및 스키장 운영업, 기타 스포츠시설 운영업. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우는 제외한다.

○ 부가가치세법 시행령 제12조【등록번호】

 ① 법 제8조제5항에 따른 등록번호는 사업장마다 관할 세무서장이 부여한다. 다만, 법 제8조제3항 및 제4항에 따라 사업자 단위로 등록신청을 한 경우에는 사업자 단위 과세 적용 사업장에 한 개의 등록번호를 부여한다.

○ 부가가치세법 시행령 제67조【세금계산서】

 ② 법 제32조제1항제5호에 따라 세금계산서에 적을 그 밖의 사항은 다음 각 호와 같다.

  1. 공급하는 자의 주소

  2. 공급받는 자의 상호·성명·주소

  3. 공급하는 자와 공급받는 자의 업태와 종목

○ 부가가치세법 시행령 제75조【세금계산서 등의 필요적 기재사항이 사실과 다르게 적힌 경우 등에 대한 매입세액 공제】

  법 제39조제1항제2호 단서에서 "대통령령으로 정하는 경우"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

  2. 법 제32조에 따라 발급받은 세금계산서의 필요적 기재사항 중 일부가 착오로 사실과 다르게 적혔으나 그 세금계산서에 적힌 나머지 필요적 기재사항 또는 임의적 기재사항으로 보아 거래사실이 확인되는 경우

출처 : 국세청 2015. 01. 23. 법규과-65 | 국세법령정보시스템