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산학협력단의 과다인건비 제한 규정 적용 여부

서면-2024-상속증여-0527  ·  2024. 05. 27.
질의 및 요약

Q질의내용

  • 산학협력단이 임직원에게 8천만원을 초과하여 인건비를 지급할 경우, 법인세법 시행령 제56조 제11항 각 호의 과다인건비 제한 규정이 적용되는지 궁금합니다.

S요약

국세청에 따르면 산학협력단은 「법인세법 시행령」 제56조 제11항 각 호의 법인에 해당하지 않으므로, 임직원 인건비 총급여액이 8천만원을 초과해 지급되더라도 해당 초과분에 대한 손금산입 제한 규정이 적용되지 않는 것으로 판단됩니다. 산학협력단 설립·운영은 별도의 법령에 따라 규정됩니다.
#산학협력단 #인건비 제한 #8천만원 초과 #고유목적사업준비금 #법인세법 시행령 #조세특례제한법
핵심 정리

R회신 내용 서면-2024-상속증여-0527  ·  2024. 05. 27.

  • 국세청 서면-2024-상속증여-0527 회신(2024-05-27, 출처: https://taxlaw.nts.go.kr/qt/USEQTA002P.do?ntstDcmId=200000000000004332 )에 따르면 산학협력단은 「법인세법 시행령」 제56조 제11항 각 호의 법인에 해당하지 않는다고 명확히 밝혔습니다.
  • 따라서, 산학협력단은 임직원에게 연 8천만원을 초과하는 인건비를 지급하더라도 같은 조항의 과다인건비 손금산입 제한 규정이 적용되지 않는 것으로 회신하였습니다.
  • 이는 조세특례제한법 제74조 제1항에 따라 산학협력단이 고유목적사업준비금 손금산입 특례를 적용받기 때문임을 근거로 들고 있습니다.
  • 해당 회신은 질의요지(산학협력단이 법인세법 시행령 제56조 제11항 각 호의 법인에 해당하는지 여부)에 대해 구체적으로 답변한 것입니다.
  • 고유목적사업준비금의 손금산입 규정 및 인건비 한도 관련 조항은 산학협력단에는 적용되지 않는 것으로 해석됩니다.

L관련 법령 해석

  • 법인세법 시행령 제56조 제11항: 비영리내국법인의 임직원 급여가 연 8천만원을 초과하는 경우 초과 금액의 손금산입 제한
  • 조세특례제한법 제74조 제1항: 산학협력단 등 일부 법인은 법인세법 제29조 고유목적사업준비금 손금산입 특례 적용
  • 산업교육진흥 및 산학연협력촉진에 관한 법률 제25조: 산학협력단의 설립·운영에 관한 법적 근거 규정
  • 법인세법 시행령 제56조 제8항: 비과세·감면 소득 등에 해당하는 경우 고유목적사업준비금 적용 배제 규정
사례 Q&A
1. 산학협력단이 임직원에게 연 8천만원 초과 인건비 지급 시 손금산입 제한을 받나요?
답변
해당하지 않는 것으로 보입니다. 산학협력단은 법인세법 시행령 제56조 제11항 각 호의 법인에 해당하지 않으므로 초과 인건비의 손금산입 제한 규정이 적용되지 않습니다.
근거
국세청 서면-2024-상속증여-0527 회신에서 산학협력단은 해당 조항의 적용 대상이 아님을 명확히 회신하였습니다.
2. 산학협력단의 수익사업 고유목적사업준비금 손금산입 특례 적용 근거는?
답변
조세특례제한법 제74조 제1항 근거로 산학협력단은 수익사업에서 발생한 소득을 고유목적사업준비금으로 손금에 산입할 수 있습니다.
근거
조세특례제한법 제74조 제1항 및 국세청 유권해석에서 산학협력단에 특례가 적용됨을 확인하였습니다.
3. 산학협력단의 과다인건비 규제가 필요한 경우 필요한 절차는?
답변
현행 규정으로는 주무관청 승인 없이도 규제가 적용되지 않으나, 정관에 따른 관리 및 대학 장의 감사 등 내부통제가 이루어집니다.
근거
산학협력단은 인건비 한도 규정 적용 대상이 아니며, 회계와 감사 등에 관해서는 별도의 법령 및 내부 절차가 규정되어 있습니다.

* 중앙부처 1차 해석은 부처에서 해석한 내용을 수집·제공하는 공공데이터로, 현재 기준과 다를 수 있습니다. 구체적 사안은 소관 부처에 확인하거나 전문가 상담을 권장합니다.

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유권해석 전문

요지

산학협력단은 ⁠「법인세법 시행령」 제56조 제11항 각 호의 법인에 해당하지 아니하는 것임

회신

 ⁠「산업교육진흥 및 산학연협력촉진에 관한 법률」에 따른 산학협력단은 ⁠「조세특례제한법」 제74조 제1항의 규정에 의해 수익사업에서 발생한 소득을 고유목적사업준비금으로 손금 산입할 수 있으며, 이 경우 ⁠「법인세법 시행령」 제56조 제11항 제1호 및 제2호의 법인에 해당하지 아니하는 것입니다.

1. 사실관계

 ○ 산학협력단이 임직원에게 일시적으로 8천만원을 초과하는 인건비를 지급하고자 함

2. 질의요지

 ○ 산학협력단이 「법인세법 시행령」 제56조 제11항 각 호의 법인에 해당하는지 여부

3. 관련법령

법인세법 제29조【비영리내국법인의 고유목적사업준비금의 손금산입】

① 비영리내국법인(법인으로 보는 단체의 경우에는 대통령령으로 정하는 단체만 해당한다. 이하 이 조에서 같다)이 각 사업연도의 결산을 확정할 때 그 법인의 고유목적사업이나 제24조 제3항 제1호에 따른 일반기부금(이하 이 조에서 ⁠“고유목적사업등”이라 한다)에 지출하기 위하여 고유목적사업준비금을 손비로 계상한 경우에는 다음 각 호의 구분에 따른 금액의 합계액(제2호에 따른 수익사업에서 결손금이 발생한 경우에는 제1호 각 목의 금액의 합계액에서 그 결손금 상당액을 차감한 금액을 말한다)의 범위에서 그 계상한 고유목적사업준비금을 해당 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입한다.

 1. 다음 각 목의 금액

  가. 「소득세법」 제16조 제1항 각 호(같은 항 제11호에 따른 비영업대금의 이익은 제외한다)에 따른 이자소득의 금액

  나. 「소득세법」 제17조 제1항 각 호에 따른 배당소득의 금액. 다만, ⁠「상속세 및 증여세법」 제16조 또는 제48조에 따라 상속세 과세가액 또는 증여세 과세가액에 산입되거나 증여세가 부과되는 주식등으로부터 발생한 배당소득의 금액은 제외한다.

  다. 특별법에 따라 설립된 비영리내국법인이 해당 법률에 따른 복지사업으로서 그 회원이나 조합원에게 대출한 융자금에서 발생한 이자금액

 2. 그 밖의 수익사업에서 발생한 소득에 100분의 50(「공익법인의 설립・운영에 관한 법률」에 따라 설립된 법인으로서 고유목적사업등에 대한 지출액 중 100분의 50 이상의 금액을 장학금으로 지출하는 법인의 경우 100분의 80)을 곱하여 산출한 금액

⑧ 제1항은 이 법이나 다른 법률에 따라 감면 등을 적용받는 경우 등 대통령령으로 정하는 경우에는 적용하지 아니한다.

법인세법 시행령 제56조【고유목적사업준비금의 손금산입】

⑧ 법 제29조 제8항에서 ⁠“대통령령으로 정하는 경우”란 해당 비영리내국법인의 수익사업에서 발생한 소득에 대하여 법 또는 ⁠「조세특례제한법」에 따른 비과세・면제, 준비금의 손금산입, 소득공제 또는 세액감면(세액공제를 제외한다)을 적용받는 경우를 말한다. 다만, 고유목적사업준비금만을 적용받는 것으로 수정신고한 경우는 제외한다.

⑪ 해당 사업연도에 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 법인의 임원 및 직원이 지급받는 「소득세법」 제20조 제1항 각 호의 소득의 금액의 합계액(이하 ⁠“총급여액”이라 하며, 해당 사업연도의 근로기간이 1년 미만인 경우에는 총급여액을 근로기간의 월수로 나눈 금액에 12을 곱하여 계산한 금액으로 한다. 이 경우 개월 수는 태양력에 따라 계산하되, 1개월 미만의 일수는 1개월로 한다)이 8천만원을 초과하는 경우 그 초과하는 금액은 제6항 제1호에 따른 인건비로 보지 아니한다. 다만, 해당 법인이 해당 사업연도의 법 제60조에 따른 과세표준을 신고하기 전에 해당 임원 및 종업원의 인건비 지급규정에 대하여 주무관청으로부터 승인받은 경우에는 그러하지 아니하다.

 1. 법 제29조 제1항 제2호에 따라 수익사업에서 발생한 소득에 대하여 100분의 50을 곱한 금액을 초과하여 고유목적사업준비금으로 손금산입하는 비영리내국법인

 2. 「조세특례제한법」 제74조 제1항 제2호 및 제8호에 해당하여 수익사업에서 발생한 소득에 대하여 100분의 50을 곱한 금액을 초과하여 고유목적사업준비금으로 손금산입하는 비영리내국법인

⑬ 인건비 지급규정을 승인받은 자는 승인받은 날부터 3년이 지날 때마다 다시 승인을 받아야 한다. 다만, 그 기간 내에 인건비 지급규정이 변경되는 경우에는 그 사유가 발생한 날이 속하는 사업연도의 법 제60조에 따른 과세표준 신고기한까지 다시 승인을 받아야 한다.

⑭ 주무관청의 승인을 받은 법인은 법 제60조에 따른 신고를 할 때 인건비 지급규정 및 주무관청의 승인사실을 확인할 수 있는 서류를 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다.

조세특례제한법 제74조【고유목적사업준비금의 손금산입특례】

① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 법인에 대해서는 2025년 12월 31일 이전에 끝나는 사업연도까지 「법인세법」 제29조를 적용하는 경우 같은 조 제1항 제2호에도 불구하고 해당 법인의 수익사업(이 항 제4호 및 제5호의 경우에는 해당 사업과 해당 사업 시설에서 그 시설을 이용하는 자를 대상으로 하는 수익사업만 해당하고, 제6호의 체육단체의 경우에는 국가대표의 활동과 관련된 수익사업만 해당한다)에서 발생한 소득을 고유목적사업준비금으로 손금에 산입할 수 있다.

 1. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 법인

  가. ⁠「사립학교법」에 따른 학교법인

  나. ⁠「산업교육진흥 및 산학연협력촉진에 관한 법률」에 따른 산학협력단

  다. ⁠「평생교육법」에 따른 원격대학 형태의 평생교육시설을 운영하는 「민법」 제32조에 따른 비영리법인

  라. ⁠「국립대학법인 서울대학교 설립・운영에 관한 법률」에 따른 국립대학법인 서울대학교 및 발전기금

  마. 삭제

  바. ⁠「국립대학법인 인천대학교 설립・운영에 관한 법률」에 따른 국립대학법인 인천대학교 및 발전기금

 2. ⁠「사회복지사업법」에 따른 사회복지법인

 8. ⁠「공익법인의 설립・운영에 관한 법률」에 따라 설립된 법인으로서 해당 과세연도의 고유목적사업이나 「법인세법」 제24조 제3항 제1호에 따른 일반기부금에 대한 지출액 중 100분의 80 이상의 금액을 장학금으로 지출한 법인

산업교육진흥 및 산학연협력촉진에 관한 법률 제25조【산학협력단의 설립・운영】

① 대학은 학교규칙으로 정하는 바에 따라 대학에 산학연협력에 관한 업무를 관장하는 조직(이하 ⁠“산학협력단”이라 한다)을 둘 수 있다.

② 산학협력단은 법인으로 한다.

③ 산학협력단은 대통령령으로 정하는 바에 따라 주된 사무소의 소재지에서 설립등기를 함으로써 성립한다.

④ 산학협력단의 명칭에는 해당 학교명이 표시되어야 한다.

⑤ 산학협력단이 해산하는 경우 남은 재산은 해당 학교의 설립・경영자에게 귀속한다. 이 경우 학교법인에 귀속하는 남은 재산은 「사립학교법」 제29조 제2항에 따른 교비회계에 편입한다. 제2조 제2호 다목에 따른 외국교육기관의 경우 ⁠「사립학교법」 제29조 제2항에 따른 교비회계에 상응하는 회계에 편입한다.

⑥ 산학협력단의 능력, 주소, 등기, 재산목록, 이사, 해산 및 청산에 관하여는 「민법」 제34조부터 제36조까지, 제50조부터 제52조까지, 제53조, 제54조, 제55조 제1항, 제59조 제2항, 제61조, 제65조 및 제81조부터 제95조까지 준용하며, 산학협력단의 청산인에 관하여는 같은 법 제59조 제2항, 제61조, 제65조 및 제81조부터 제95조까지를 준용하며, 산학협력단의 청산인에 관하여는 같은 법 제59조 제2항, 제61조 및 제65조를 준용한다.

산업교육진흥 및 산학연협력촉진에 관한 법률 제26조【정관】

   대학의 장은 산학협력단을 설립하려면 다음 각 호의 사항이 포함된 정관을 작성하여야 한다.

 1. 목적

 2. 명칭

 3. 주된 사무소의 소재지

 4. 업무와 그 집행에 관한 사항

 5. 재산과 회계에 관한 사항

 6. 하부조직의 설치에 관한 사항

 7. 단장, 연구원 및 직원의 임면(任免)에 관한 사항

 8. 단장의 직무대행에 관한 사항

 9. 정관의 변경에 관한 사항

 10. 해산에 관한 사항

 11. 공고의 방법에 관한 사항

 12. 교직원의 직무발명 권리의 산학협력단 승계 및 그에 따른 수익의 외국교육기관(제2조 제2호 다목에 따른 외국교육기관에 한정한다) 사용 등에 관한 사항

산업교육진흥 및 산학연협력촉진에 관한 법률 시행령 제24조【산학협력단의 회계관리】

① 산학협력단 소관의 모든 수입과 지출은 산학협력단의 회계에 계상하여야 한다.

② 산학협력단의 회계는 산학연협력에 관한 법령이나 산학연협력에 관한 계약으로 정하는 바에 따라 재원별 또는 사업단위별로 별도의 계정을 두어 관리할 수 있다.

산업교육진흥 및 산학연협력촉진에 관한 법률 시행령 제27조【산학협력단의 회계처리 등】

① 산학협력단의 회계처리는 신뢰할 수 있도록 객관적인 자료와 증거에 따라 공정하게 하여야 한다.

② 산학협력단은 재무제표를 작성하여야 한다.

③ 제2항의 재무제표는 재무상태표・운영계산서 및 현금흐름표로 한다.

④ 제1항부터 제3항까지의 규정에 따른 회계처리와 재무제표 작성에 필요한 세부 사항은 교육부장관이 정하여 고시한다.

산업교육진흥 및 산학연협력촉진에 관한 법률 시행령 제28조【산학협력단의 예산 및 결산】

① 산학협력단의 예산 및 결산을 심의하기 위하여 정관으로 정하는 바에 따라 산학협력단에 심의기구를 두어야 한다.

② 단장은 사업연도마다 산학협력단의 총수입과 총지출에 관한 예산안을 편성하고, 제1항에 따른 심의기구의 심의를 거쳐 사업연도가 시작되기 20일 전까지 해당 예산안을 대학의 장에게 제출하여야 한다.

③ 대학의 장은 산학협력단의 사업연도가 시작되기 10일 전까지 산학협력단의 예산을 확정하여야 한다.

④ 단장은 산학협력단의 사업연도가 끝난 후 60일 이내에 제1항에 따른 심의기구의 심의를 거친 결산보고서를 대학의 장에게 제출하여야 한다.

⑤ 제4항의 결산보고서에는 다음 각 호의 서류를 첨부하여야 한다.

 1. 재무상태표와 재무상태표 부속 명세서

 2. 운영계산서와 운영계산서 부속 명세서

 3. 현금흐름표

 4. 부속서류

⑥ 대학의 장은 산학협력단의 사업연도가 끝난 후 70일 이내에 산학협력단의 결산을 확정하여야 한다.

산업교육진흥 및 산학연협력촉진에 관한 법률 시행령 제30조【감사】

   대학의 장은 학칙으로 정하는 바에 따라 소속 직원이나 외부 전문가로 하여금 산학협력단의 재산 상황과 회계를 매년 1회 이상 감사하게 하여야 한다.

4. 관련법령 개정이유

기획재정부 공고 제2012-3호(2012.1.6.)

   다. 공익법인의 과다인건비 제한(안 제56조 제11항부터 제13항까지)

       장학법인과 사회복지법인이 개별 임직원에게 지급하는 인건비 중 연간 8천만원을 초과하는 금액은 주무관청의 승인을 받지 않은 경우 고유목적사업준비금의 지출대상에서 제외하여 공익법인 경영의 투명성을 제고함

출처 : 국세청 2024. 05. 27. 서면-2024-상속증여-0527 | 국세법령정보시스템