장기임대주택과 2주택 보유 시 1세대1주택 비과세 특례

요지

요건을 충족한 장기임대주택과 거주주택을 보유한 1세대가 해당 거주주택을 양도하기 전에 다른 주택을 취득한 경우로서 일시적 2주택 요건을 충족하는 경우에는 1세대1주택 비과세 특례 적용 가능

답변내용

「소득세법 시행령」제167조의3 제1항 제2호 각 목에 따른 주택(장기임대주택)과 그 밖의 1주택(거주주택)을 국내에 소유하고 있는 1세대가 같은 영 제155조 제19항 각 호의 요건을 충족한 상태에서 해당 거주주택을 양도하기 전에 다른 주택을 취득한 경우로서 같은 조 제1항에 따른 일시적 2주택 요건을 충족하는 경우에는 1세대1주택 특례를 적용받을 수 있는 것입니다.
이 경우 다가구주택을 1인으로부터 취득(자기가 건설하여 취득한 경우를 포함)하는 경우에는 이를 단독주택으로 보는 것입니다.

1. 사실관계

 ○ 甲

  - A주택 : 1991.12.30. *** 아파트 취득(2년이상 거주)

 ○ 乙(甲의 배우자)

  - B주택 : 1997.12.17. *** 다가구주택 신축

  - C주택 : 2012.10.26 *** 다가구주택 취득

 ○ 2015.03.31. A주택 양도계약 체결(잔금청산일 2015.6.30.)

 ○ 2015.04.02. B주택을 구청에 임대사업자등록하고, 세무서에 임대사업자등록 함

2. 질의내용

 ○1세대가 3주택을 보유하고 1주택이 장기임대주택요건을 충족하는 경우 나머지 2주택의 일시적 2주택 규정을 적용할 수 있는지 여부

3. 관련법령

○ 소득세법 시행령 제154조【1세대1주택의 범위】

 ① 법 제89조제1항제3호가목에서 "대통령령으로 정하는 1세대 1주택"이란 거주자 및 그 배우자가 그들과 동일한 주소 또는 거소에서 생계를 같이 하는 가족과 함께 구성하는 1세대(이하 "1세대"라 한다)가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 해당 주택의 보유기간이 2년(제8항제2호에 해당하는 거주자의 주택인 경우는 3년) 이상인 것을 말한다. 다만, 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그 보유기간의 제한을 받지 아니한다.

○ 소득세법 시행령 제155조 【1세대1주택의 특례】

 ① 국내에 1주택을 소유한 1세대가 그 주택(이하 이 항에서 "종전의 주택"이라 한다)을 양도하기 전에 다른 주택을 취득(자기가 건설하여 취득한 경우를 포함한다)함으로써 일시적으로 2주택이 된 경우 종전의 주택을 취득한 날부터 1년 이상이 지난 후 다른 주택을 취득하고 그 다른 주택을 취득한 날부터 3년 이내에 종전의 주택을 양도하는 경우(3년 이내에 양도하지 못하는 경우로서 기획재정부령으로 정하는 사유에 해당하는 경우를 포함한다)에는 이를 1세대1주택으로 보아 제154조제1항을 적용한다. 이 경우 제154조제1항제1호, 제2호가목 및 제3호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 종전의 주택을 취득한 날부터 1년 이상이 지난 후 다른 주택을 취득하는 요건을 적용하지 아니하며, 종전의 주택 및 그 부수토지의 일부가 제154조제1항제2호가목에 따라 협의매수되거나 수용되는 경우로서 당해 잔존하는 주택 및 그 부수 토지를 그 양도일 또는 수용일부터 3년 이내에 양도하는 때에는 당해 잔존하는 주택 및 그 부수토지의 양도는 종전의 주택 및 그 부수토지의 양도 또는 수용에 포함되는 것으로 본다.

 ⑮ 제154조제1항을 적용할 때 「건축법 시행령」 별표 1 제1호다목에 해당하는 다가구주택은 한 가구가 독립하여 거주할 수 있도록 구획된 부분을 각각 하나의 주택으로 본다. 다만, 해당 다가구주택을 구획된 부분별로 양도하지 아니하고 하나의 매매단위로 하여 양도하는 경우에는 그 전체를 하나의 주택으로 본다.

 ⑲ 제167조의3제1항제2호에 따른 주택(이하 이 조에서 "장기임대주택"이라 한다)과 그 밖의 1주택을 국내에 소유하고 있는 1세대가 다음 각 호의 요건을 충족하고 해당 1주택(이하 이 조에서 "거주주택"이라 한다)을 양도하는 경우에는 국내에 1개의 주택을 소유하고 있는 것으로 보아 제154조제1항을 적용한다. 이 경우 해당 거주주택이 ⁠「임대주택법」 제6조에 따라 임대주택으로 등록한 사실이 있고 그 보유기간 중에 양도한 다른 거주주택(양도한 다른 거주주택이 둘 이상인 경우에는 가장 나중에 양도한 거주주택을 말한다. 이하 "직전거주주택"이라 한다)이 있는 거주주택(이하 이 항에서 "직전거주주택보유주택"이라 한다)인 경우에는 직전거주주택의 양도일 후의 기간분에 대해서만 국내에 1개의 주택을 소유하고 있는 것으로 보아 제154조제1항을 적용한다. 신설 2011.10.14, 2012.2.2, 2013.2.15, 2015.2.3>

  1. 거주주택: 거주기간(직전거주주택보유주택의 경우에는 법 제168조에 따른 사업자등록 및 ⁠「임대주택법」 제6조에 따른 임대주택사업자의 등록을 한 날 이후의 거주기간을 말한다)이 2년 이상일 것

  2. 장기임대주택: 양도일 현재 법 제168조에 따른 사업자등록을 하고, 장기임대주택을 ⁠「임대주택법」 제6조에 따라 임대주택으로 등록하여 임대하고 있을 것

 ⑳ 1세대가 장기임대주택의 임대기간요건(이하 이 조에서 "임대기간요건"이라 한다)을 충족하기 전에 거주주택을 양도하는 경우에도 해당 임대주택을 장기임대주택으로 보아 제19항을 적용한다. 신설 2011.10.14>

 ㉑ 1세대가 제20항을 적용받은 후에 임대기간요건을 충족하지 못하게 된(장기임대주택의 임대의무호수를 임대하지 아니한 기간이 6개월을 지난 경우를 포함한다) 때에는 그 사유가 발생한 날이 속하는 달의 말일부터 2개월 이내에 제1호의 계산식에 따라 계산한 금액을 양도소득세로 신고·납부하여야 한다. 이 경우 제2호의 임대기간요건 산정특례에 해당하는 경우에는 해당 규정에 따른다.

  1. 납부할 양도소득세 계산식

  　거주주택 양도 당시 해당 임대주택을 장기임대주택으로 보지 아니할 경우에 납부하였을 세액 - 거주주택 양도 당시 제19항을 적용받아 납부한 세액

  2. 임대기간요건 산정특례

  가. ⁠「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」에 따른 수용 등 기획재정부령으로 정하는 부득이한 사유로 해당 임대기간요건을 충족하지 못하게 되거나 임대의무호수를 임대하지 아니하게 된 때에는 해당 임대주택을 계속 임대하는 것으로 본다.

  나. ⁠「도시 및 주거환경정비법」에 따른 주택재건축사업(이하 "주택재건축사업"이라 한다) 또는 같은 법에 따른 주택재개발사업(이하 "주택재개발사업"이라 한다)의 사유가 있는 경우에는 임대의무호수를 임대하지 아니한 기간을 계산할 때 해당 주택의 관리처분계획 인가일 전 6개월부터 준공일 후 6개월까지의 기간은 포함하지 아니한다.

 ㉒ 제19항을 적용받으려는 자는 거주주택을 양도하는 날이 속하는 과세연도의 과세표준신고서와 기획재정부령으로 정하는 신고서에 다음 각 호의 서류를 첨부하여 납세지 관할 세무서장에게 제출하여야 한다.

  1. ⁠「임대주택법 시행령」 제8조제2항에 따른 임대사업자 등록증

  2. 장기임대주택의 임대차계약서 사본

  3. 임차인의 주민등록표 등본 또는 그 사본

  4. 그 밖에 기획재정부령으로 정하는 서류

 ㉓ 제22항에 따라 신고서를 제출받은 납세지 관할 세무서장은 「전자정부법」 제36조제1항에 따른 행정정보의 공동이용을 통하여 다음 각 호의 서류를 확인하여야 하며, 신청인이 제1호의 서류 확인에 동의하지 아니하는 경우에는 이를 제출하도록 하여야 한다. 신설 2011.10.14, 2012.2.2>

  1. 주민등록표 등·초본

  2. 거주주택의 토지·건축물대장 및 토지·건물 등기부 등본

  3. 장기임대주택의 등기부등본 또는 토지·건축물대장 등본

○ 소득세법 시행령 제167조의3 【1세대 3주택 이상에 해당하는 주택의 범위】

① 법 제104조제4항제1호에서 "대통령령으로 정하는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택"이란 국내에 주택을 3개 이상(제1호에 해당하는 주택은 주택의 수를 계산할 때 산입하지 아니한다) 소유하고 있는 1세대가 소유하는 주택으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하지 아니하는 주택을 말한다.

 2. 법 제168조에 따른 사업자등록과 ⁠「임대주택법」 제6조에 따른 임대사업자 등록(이하 이 조에서 "사업자등록등"이라 한다)을 한 거주자가 임대주택으로 등록하여 임대하는 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주택(이하 이 조에서 "장기임대주택"이라 한다). 다만, 2003년 10월 29일(이하 이 조에서 "기존사업자기준일"이라 한다) 현재 ⁠「임대주택법」 제6조에 따른 임대사업자등록을 하였으나 법 제168조에 따른 사업자등록을 하지 아니한 거주자가 2004년 6월 30일까지 동조동항의 규정에 의한 사업자등록을 한 때에는 ⁠「임대주택법」 제6조에 따른 임대사업자등록일에 법 제168조에 따른 사업자등록을 한 것으로 본다.

  가. 「임대주택법」 제2조제3호에 따른 매입임대주택을 1호 이상 임대하고 있는 거주자가 5년 이상 임대한 주택으로서 해당 주택 및 이에 부수되는 토지의 기준시가의 합계액이 해당 주택의 임대개시일 당시 6억원(수도권 밖의 지역인 경우에는 3억원)을 초과하지 아니하는 주택

  (이하 생략)

 ② 제1항을 적용할 때 주택수의 계산은 다음 각호의 방법에 의한다.

   1. 다가구주택 : 제155조제15항을 준용하여 주택수를 계산한다. 이 경우 제155조제15항 단서는 거주자가 선택하는 경우에 한정하여 적용하되, 제1항제9호 및 제167조의4제3항제3호에 따른 소형주택의 경우에는 거주자가 선택하지 아니하는 경우에도 그 전체를 하나의 주택으로 본다.

   2. 공동상속주택 : 상속지분이 가장 큰 상속인의 소유로 하여 주택수를 계산하되, 상속지분이 가장 큰 자가 2인 이상인 경우에는 제155조제3항 각호의 순서에 의한 자가 당해 공동상속주택을 소유한 것으로 본다.

   3. 부동산매매업자가 보유하는 재고자산인 주택 : 주택수의 계산에 있어서 이를 포함한다.

  부칙

  제2조(일반적 적용례) 이 영은 이 영 시행 후 최초로 양도하는 주택부터 적용한다.

  제3조(양도소득세 중과에서 제외되는 임대주택의 가액기준 변경에 관한 적용례) 제167조의3제1항제2호가목의 개정규정 중 가액기준 변경에 관한 개정부분과 같은 호 다목의 개정규정은 이 영 시행 후 ⁠「임대주택법」 제6조에 따라 임대주택으로 등록하는 주택부터 적용한다.

○ 소득세법 시행규칙 제82조 【소형주택 등의 범위】

 ① 영 제167조의3제1항제9호 및 제167조의4제3항제3호에서 "기획재정부령이 정하는 일정규모 이하의 소형주택"이라 함은 다음의 요건을 모두 갖춘 주택(「건축법 시행령」 별표 1의 제10호 나목의 오피스텔을 제외한다. 이하 이 조에서 같다)을 말한다. 다만, ⁠「도시 및 주거환경정비법」에 의한 정비구역(종전의 ⁠「주택건설촉진법」에 의하여 설립인가를 받은 재건축조합의 사업부지를 포함한다)으로 지정·고시된 지역에 소재하는 주택을 제외한다.

  1. 2003년 12월 31일 이전에 취득한 것일 것

  2. 대지면적이 120제곱미터 이하이고, 주택의 연면적(영 제154조제3항 본문의 규정에 의하여 주택으로 보는 부분과 주거전용으로 사용되는 지하실부분의 면적을 포함하고, 공동주택의 경우에는 전용면적을 말한다)이 60제곱미터 이하일 것

  3. 동 주택 양도당시 법 제99조의 규정에 의한 기준시가가 4천만원 이하일 것

 ② 삭제

 ③ 삭제

 ④ 영 제167조의3제5항 각호외의 부분 단서에서 "기획재정부령이 정하는 부득이한 사유"라 함은 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」 등에 의하여 수용(협의매수를 포함한다)되거나 사망으로 인하여 상속되는 경우를 말한다.

○ 소득세법 제168조【사업자등록 및 고유번호의 부여】

 ① 새로 사업을 시작하는 사업자는 사업장 소재지 관할 세무서장에게 등록하여야 한다. 다만, 분리과세 주택임대소득만 있는 사업자의 경우에는 그러하지 아니하다.

 ② ⁠「부가가치세법」에 따라 사업자등록을 한 사업자는 해당 사업에 관하여 제1항에 따른 등록을 한 것으로 본다.

 ③ 이 법에 따라 사업자등록을 하는 사업자에 대해서는 ⁠「부가가치세법」 제8조를 준용한다.

 ⑤ 사업장 소재지나 법인으로 보는 단체 외의 사단·재단 또는 그 밖의 단체의 소재지 관할 세무서장은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자에게 대통령령으로 정하는 바에 따라 고유번호를 매길 수 있다.

  1. 종합소득이 있는 자로서 사업자가 아닌 자

  2. ⁠「비영리민간단체 지원법」에 따라 등록된 단체 등 과세자료의 효율적 처리 및 소득공제 사후 검증 등을 위하여 필요하다고 인정되는 자

○ 임대주택법 제2조 【정의】

 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

 2. "건설임대주택"이란 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주택을 말한다.

  가. 임대사업자가 임대를 목적으로 건설하여 임대하는 주택[임대사업자가 토지를 임차하여 건설ㆍ임대하는 주택(이하 "토지임대부 임대주택"이라 한다)을 포함한다]

  나.「주택법」 제9조에 따라 등록한 주택건설사업자가 같은 법 제16조에 따라 사업계획승인을 받아 건설한 주택 중 사용검사 때까지 분양되지 아니한 주택으로서 제6조에 따른 임대사업자 등록을 마치고 국토교통부령으로 정하는 바에 따라 임대하는 주택

 3. "매입임대주택"이란 임대사업자가 매매 등으로 소유권을 취득하여 임대하는 주택 ⁠[「주택법」 제2조제1호의2에 따른 준주택 중 대통령령으로 정하는 오피스텔(이하 "오피스텔"이라 한다)을 포함한다]을 말한다.

○ 임대주택법 제6조 【임대사업자의 등록】

 ① 대통령령으로 정하는 호수(호수) 이상의 주택을 임대하려는 자는 특별자치도지사ㆍ시장ㆍ군수 또는 구청장(구청장은 자치구의 구청장을 말하며, 이하 "시장ㆍ군수ㆍ구청장"이라 한다)에게 등록을 신청할 수 있다.

 ② 제1항에 따라 등록한 자가 그 등록한 사항을 변경하려면 시장ㆍ군수ㆍ 구청장에게 신고하여야 한다. 다만, 국토교통부령으로 정하는 경미한 사항은 신고하지 아니하여도 된다.

 ③ 제1항과 제2항에 따른 등록 및 신고의 기준과 절차 등에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

○ 임대주택법 시행령 제7조 【임대사업자의 범위 및 등록 기준 등】

 ① 법 제6조제1항에서 "대통령령으로 정하는 호수"란 다음 각 호의 구분에 따른 호수(호수) 또는 세대를 말한다.

  1. 건설임대주택의 경우: 단독주택은 2호, 공동주택은 2세대

  2. 매입임대주택의 경우: 단독주택은 1호, 공동주택은 1세대

 ② 법 제6조제1항에 따라 임대사업자로 등록할 수 있는 자는 다음 각 호와 같으며, 2인 이상이 공동으로 건설하거나 소유하는 주택의 경우에는 공동 명의로 등록하여야 한다. 다만, 등록신청일부터 과거 5년 이내에 임대주택사업에서 부도(부도 후 부도 당시의 채무를 변제하고, 임대주택사업을 정상화시킨 경우는 제외한다)의 발생사실이 있는 자(부도 당시 법인의 대표자나 임원이었던 자와 부도 당시 법인의 대표자나 임원 또는 부도 당시 개인인 임대사업자가 대표자나 임원으로 있는 법인을 포함한다)는 건설임대주택의 임대사업자로 등록할 수 없다.

  1. 「주택법」 제9조에 따라 등록한 주택건설사업자

  2. 「주택법」 제10조제1항 및 제3항에 따라 임대를 목적으로 주택을 건설하는 토지소유자 또는 고용자

  3. 임대를 목적으로 주택을 건축하기 위하여 「건축법」 제11조에 따라 허가를 받은 자

  4. 임대를 목적으로 주택을 소유하고 있거나 이를 매입하기 위한 계약(분양계약을 포함한다)을 체결한 자

  5. 제14조제4항 각 호의 어느 하나에 해당되는 회사 등

○ 임대주택법 시행령 제8조 【임대사업자의 등록절차】

 ① 법 제6조제1항에 따라 임대사업자로 등록하려는 자는 국토교통부령으로 정하는 바에 따라 등록 신청서를 특별자치도지사·시장·군수 또는 구청장(자치구의 구청장을 말하며, 이하 "시장·군수 또는 구청장"이라 한다)에게 제출하여야 한다.

 ② 시장·군수 또는 구청장은 제1항의 등록 신청서를 접수하면 제7조제2항에 따른 등록 기준에 적합한지를 확인한 후 적합한 경우에는 임대사업자 등록부에 이를 올리고 등록증을 신청인에게 발급하여야 한다.

 ③ 제2항에 따라 등록증을 발급받은 자는 등록 사항이 변경된 경우에는 변경 사유가 발생한 날부터 30일 이내에 시장·군수 또는 구청장(변경 사항이 임대사업자의 주소인 경우에는 전입지의 시장·군수 또는 구청장을 말한다)에게 이를 신고하여야 한다. 다만, 등록 사항의 변경이 법 제6조의2에 따른 준공공임대주택의 등록 및 등록 사항의 변경신고로 인한 경우는 제외한다.

 ④ 제2항의 임대사업자 등록부는 전자적 처리가 불가능한 특별한 사유가 없으면 전자적 처리가 가능한 방법으로 작성·관리하여야 한다.

○ 임대주택법 제16조 【임대주택의 매각 제한 등】

 ① 임대주택은 다음 각 호의 기간(이하 "임대의무기간"이라 한다)이 지나지 아니하면 매각할 수 없다.

  1. 건설임대주택 중 국가나 지방자치단체의 재정으로 건설하는 임대주택 또는 주택도시기금의 자금을 지원받아 영구적인 임대를 목적으로 건설한 임대주택은 그 임대주택의 임대개시일부터 50년

  2. 건설임대주택 중 국가나 지방자치단체의 재정과 주택도시기금의 자금을 지원받아 건설되는 임대주택은 임대개시일부터 30년

  2의2. 장기전세주택은 그 임대주택의 임대개시일부터 20년

  3. 제1호와 제2호 외의 건설임대주택 중 제26조에 따라 임대 조건을 신고할 때 임대차 계약기간을 10년 이상으로 정하여 신고한 주택은 그 임대주택의 임대개시일부터 10년

  4. 제1호부터 제3호까지의 규정에 해당하지 아니하는 건설임대주택 및 매입임대주택은 대통령령으로 정하는 기간

○ 임대주택법 시행령 제13조 【임대주택의 임대의무기간 등】

 ① 법 제16조제1항제4호에서 "대통령령으로 정하는 기간"이란 다음 각 호의 구분에 따른 기간을 말한다.

  1. 준공공임대주택으로 등록한 민간건설임대주택 또는 매입임대주택: 준공공임대주택의 임대 개시일부터 10년. 이 경우 임대사업자가 준공공임대주택으로 등록하기 전에 임대하고 있는 주택을 법 제6조의2제1항 및 이 영 제8조의2제1호에 따라 준공공임대주택으로 등록한 경우에는 5년의 범위에서 준공공임대주택으로 등록하기 전에 임대한 기간의 2분의 1에 해당하는 기간을 임대의무기간에 포함하여 산정한다.

  2. 그 밖의 임대주택: 임대 개시일부터 5년

○ 지방세특례제한법 제31조 【임대주택 등에 대한 감면】

 ① ⁠「임대주택법」 제2조제4호에 따른 임대사업자(임대용 부동산 취득일부터 60일 이내에 임대사업자로 등록한 경우를 포함한다. 이하 이 조에서 "임대사업자"라 한다)가 임대할 목적으로 공동주택(그 부속토지를 포함하되, 해당 공동주택의 부대시설 및 임대수익금 전액을 임대주택관리비로 충당하는 임대용 복리시설을 포함한다. 이하 이 조에서 같다)을 건축하는 경우 그 공동주택과 임대사업자가 임대할 목적으로 건축주로부터 공동주택 또는 ⁠「임대주택법」 제2조제3호에 따른 오피스텔(이하 이 조에서 "오피스텔"이라 한다)을 최초로 분양받은 경우 그 공동주택 또는 오피스텔(「주택법」 제80조의2제1항에 따른 주택거래신고지역에 있는 공동주택 또는 오피스텔은 제외한다)에 대하여는 다음 각 호에서 정하는 바에 따라 2015년 12월 31일까지 지방세를 감면한다. 다만, 토지를 취득한 날부터 정당한 사유 없이 2년 이내에 공동주택을 착공하지 아니한 경우는 제외한다.

  1. 전용면적 60제곱미터 이하인 공동주택 또는 오피스텔을 취득하는 경우에는 취득세를 면제한다.

  2. ⁠「임대주택법」 제16조제1항제1호ㆍ제2호ㆍ제2호의2 및 제3호에 따른 장기임대 목적으로 전용면적 60제곱미터 초과 85제곱미터 이하인 임대주택(이하 이 조에서 "장기임대주택"이라 한다)을 20호(戶) 이상 취득하거나, 20호 이상의 장기임대주택을 보유한 임대사업자가 추가로 장기임대주택을 취득하는 경우(추가로 취득한 결과로 20호 이상을 보유하게 되었을 때에는 그 20호부터 초과분까지를 포함한다)에는 취득세의 100분의 25를 경감한다.

 ② 제1항을 적용할 때 ⁠「임대주택법」 제16조제1항 각 호에 따른 임대의무기간에 대통령령으로 정한 경우가 아닌 사유로 임대 외의 용도로 사용하거나 매각ㆍ증여하는 경우에는 감면된 취득세를 추징한다.

○ 주택법 제2조 【정의】

  이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

  1. "주택"이란 세대(世帶)의 구성원이 장기간 독립된 주거생활을 할 수 있는 구조로 된 건축물의 전부 또는 일부 및 그 부속토지를 말하며, 이를 단독주택과 공동주택으로 구분한다.

  (이하생략)

출처 : 국세청 2015. 08. 19. 사전-2015-법령해석재산-0097[법령해석과-2029] | 국세법령정보시스템