법인세 수정신고 시 과소신고가산세 계산의 기납부세액 차감 여부

요지

과소신고·초과환급신고가산세 계산 시 환급받은 중간예납세액 등 기납부세액은 과소신고분 산출세액에서 차감할 수 없는 것임

회신

납세의무자가 과세표준 확정신고 시 해당 사업연도에 결손이 발생하여 이미 납부한 중간예납세액 등 기납부세액을 환급받은 후 익금에 산입하여야 할 사항이 누락된 사실을 확인하여 수정신고를 하는 경우, 과소신고가산세 계산 시「국세기본법(2014.12.23. 법률 제12484호로 개정되기 전의 것)」제47조의3제1항제1호에 따른 금액에서 차감하는 기납부세액은 0(영)이 되는 것이므로 같은 조 제5항제1호를 적용할 수 없는 것임

1. 질의내용

 ○ 해당 사업연도에 결손이 발생하여 과세표준 확정 신고 시 기납부세액을 전액 환급받은 후 수정신고를 하는 경우, 환급받은 기납부세액을 과소신고․초과환급신고가산세 계산 시 차감하는지 여부

2. 사실관계

 ○ ⁠“☆☆☆☆ 주식회사”(이하 “질의법인”이라 함)는 2012사업연도(2012.4.1.～2013.3.31.)에 대한 법인세 신고사항 중 2012사업연도 귀속 익금으로 확정된 손해배상금 수령액(약 ○○○○억원)을 귀속시기 착오로 익금에 산입하지 않은 사실을 발견하고

  - 2014년 4월에 아래와 같이 과세표준 수정신고를 하였으나 산출세액이 최초 신고 시 기납부세액에 미달하므로 신고불성실 가산세는 적용되지 않는 것으로 신고함

(단위 : 백만원)

3. 관련법령

○ 국세기본법 제18조【세법 해석의 기준 및 소급과세의 금지】

 ① 세법을 해석․적용할 때에는 과세의 형평과 해당 조항의 합목적성에 비추어 납세자의 재산권이 부당하게 침해되지 아니하도록 하여야 한다.

 ② 국세를 납부할 의무(세법에 징수의무자가 따로 규정되어 있는 국세의 경우에는 이를 징수하여 납부할 의무. 이하 같다)가 성립한 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래에 대해서는 그 성립 후의 새로운 세법에 따라 소급하여 과세하지 아니한다.

 ③ 세법의 해석이나 국세행정의 관행이 일반적으로 납세자에게 받아들여진 후에는 그 해석이나 관행에 의한 행위 또는 계산은 정당한 것으로 보며, 새로운 해석이나 관행에 의하여 소급하여 과세되지 아니한다.

 ④～⑤ ⁠(생략)

○ 국세기본법 제21조【납세의무의 성립시기】

 ① 국세를 납부할 의무는 다음 각 호의 구분에 따른 시기에 성립한다.

  1. 소득세․법인세 : 과세기간이 끝나는 때. 다만, 청산소득에 대한 법인세는 그 법인이 해산을 하는 때

  2.～11. ⁠(생략)

 ② 다음 각 호의 국세를 납부할 의무는 제1항에도 불구하고 각 호의 시기에 성립한다.

  1.～2. ⁠(생략)

  3. 중간예납하는 소득세․법인세 또는 예정신고기간․예정부과기간에 대한 부가가치세 : 중간예납기간 또는 예정신고기간․예정부과기간이 끝나는 때

  4. ⁠(생략)

○ 국세기본법 제22조【납세의무의 확정】

 ① 국세는 해당 세법의 절차에 따라 그 세액이 확정된다.

 ② 다음 각 호의 국세는 제1항에도 불구하고 납세의무가 성립하는 때에 특별한 절차없이 그 세액이 확정된다.

  1.～4. ⁠(생략)

  5. 중간예납하는 법인세(세법에 따라 정부가 조사․결정하는 경우는 제외한다.

○ 국세기본법 제47조의2【무신고가산세】(2014.12.23. 법률 제12848호로 개정되기 전의 것)

 ① 납세의무자가 법정신고기한까지 세법에 따른 국세의 과세표준 신고(예정신고 및 중간신고를 포함하며,「교육세법」,「농어촌특별세법」및「종합부동산세법」에 따른 신고는 제외한다)를 하지 아니한 경우에는 다음 각 호의 구분에 따른 금액(이하 ⁠“산출세액 등”이라 한다)의 100분의 20에 상당하는 금액을 가산세로 한다. 다만, 과세표준 신고(「소득세법」제70조 및 제124조 또는「법인세법」제60조, 제76조의17 및 제97조에 따른 신고만 해당한다)를 하지 아니한 자가「소득세법」제160조제3항에 따른 복식부기의무자(이하 ⁠“복식부기의무자”라 한다) 또는 법인인 경우에는 각각 제1호 또는 제2호에 따른 금액의 100분의 20에 상당하는 금액과 수입금액에 1만분의 7을 곱하여 계산한 금액 중 큰 금액을 가산세로 하고,「부가가치세법」에 따른 사업자가 같은 법 제48조 제1항, 제49조 제1항 및 제67조에 따른 신고를 하지 아니한 경우로서 같은 법 또는「조세특례제한법」에 따른 영세율이 적용되는 과세표준(이하 ⁠“영세율 과세표준”이라 한다)이 있는 경우에는 제4호에 따른 금액의 100분의 20에 상당하는 금액과 영세율과세표준의 1천분의 5에 상당하는 금액을 합한 금액을 가산세로 한다.

  1.～8. ⁠(생략)

 ②～④ ⁠(생략)

 ⑤ 제1항을 적용할 때 중간예납세액, 원천징수세액, 수시부과세액 등 해당 국세를 납부할 때 공제하여 납부하는 세액으로서 대통령령으로 정하는 세액(이하 ⁠“기납부세액”이라 한다)이 있는 경우에는 산출세액 등에서 기납부세액을 빼고, 수입금액에서 기납부세액에 관련된 수입금액을 뺀다.

 ⑥～⑧ ⁠(생략)

○ 국세기본법 제47조의3【과소신고․초과환급신고가산세】(2014.12.23. 법률 제12848호로 개정되기 전의 것)

 ① 납세의무자가 법정신고기한까지 세법에 따른 국세의 과세표준 신고(예정신고 및 중간신고를 포함하며,「교육세법」및「농어촌특별세법」에 따른 신고는 제외한다)를 한 경우로서 과세표준 또는 납부세액을 신고하여야 할 금액보다 적게 신고(이하 이 조에서 ⁠“과소신고”라 한다)하거나 환급세액을 신고하여야 할 금액보다 많이 신고(이하 이 조에서 ⁠“초과신고”라 한다)한 경우에는 다음 각 호의 구분에 따른 금액의 100분의 10에 상당하는 금액을 가산세로 한다. 다만,「부가가치세법」에 따른 사업자가 같은 법 제48조제1항․제4항, 제49조제1항, 제66조 및 제67조에 따른 신고를 한 경우로서 영세율과세표준을 과소신고(신고하지 아니한 경우를 포함한다)한 경우에는 제2호에 따른 금액의 100분의 10에 상당하는 금액과 그 과소신고분(신고하여야 할 금액에 미달한 금액을 말한다. 이하 같다) 영세율과세표준의 1천분의 5에 상당하는 금액을 합한 금액을 가산세로 한다.

  1. 소득세, 법인세, 상속세․증여세, 증권거래세, 종합부동산세의 과세표준을 과소신고한 경우 : 다음 계산식에 따라 계산한 금액. 이 경우 종합부동산세의 산출세액은「종합부동산세법」제9조 제1항 또는 제14조 제1항․제4항에 따른 세액에서 같은 법 제9조 제3항부터 제7항까지의 규정 또는 제14조제3항․제6항에 따른 공제액을 뺀 금액으로서 각각 같은 법 제10조 또는 제15조에 따른 금액 이내의 금액으로 한다.

  2. 부가가치세, 개별소비세, 교통․에너지․환경세 및 주세의 납부세액을 과소신고하거나 환급세액을 초과신고한 경우 : 과세신고분 납부세액과 초과신고분(신고하여야 할 금액을 초과한 금액을 말한다. 이하 같다)환급세액을 합한 금액

 ②～④ ⁠(생략)

 ⑤ 기납부세액이 있는 경우에는 다음 각 호와 같이 계산한다.

  1. 제1항을 적용할 때에는 같은 항 각 호에 따른 금액에서 기납부세액을 뺀다.

  2. 제2항 제1호를 적용할 때에는 일반과소신고산출세액에서 기납부세액을 뺀다.

  3. 제2항 제2호를 적용할 때에는 일반과소신고납부세액 등에서 기납부세액을 뺀다.

 ⑥ 이 조에 따른 가산세의 부과에 대해서는 제47조의2 제3항, 제6항 및 제7항을 준용한다.

 ⑦ ⁠(생략)

 ☞ 입법취지 : 중간예납․수시부과세액 등 다른 공제대상 기납부세액도 이미 납부된 세액으로 무신고․과소신고에 따른 탈루세액으로 볼 수 없는 점에서 소득세 원천징수세액과 동일(기획재정부 발간, 2011간추린 개정세법 p487, 488)

○ 국세기본법 시행령 제27조【무신고가산세】(2015.2.3. 대통령령 제26066호로 개정되기 전의 것)

 ① 법 제47조의2 제5항에서 ⁠“대통령령으로 정하는 세액”이란 다음 각 호의 세액을 말한다.

  1. 소득세의 경우

   가.「소득세법」제76조 제3항(제125조에 따라 준용되는 경우를 포함한다)에 따라 공제되는 세액

   나.「소득세법」제106조 제3항 및 제111조 제3항(제118조의8에 따라 준용되는 경우를 포함한다)에 따라 공제되는 세액(같은 법 제114조에 따라 결정․경정한 세액은 제외한다)

  2. 법인세의 경우

   가.「법인세법」제64조 제1항(제1호의 세액은 제외하며, 제97조 제1항에 따라 준용되는 경우를 포함한다)에 따라 공제되는 세액

   나.「법인세법」제76조의19 제1항(제1호의 세액을 제외한다)에 따라 공제되는 세액

   다.「법인세법」제86조 제1항에 따라 공제되는 세액

  3. 개별소비세 또는 교통․에너지․환경세의 경우 :「개별소비세법」제12조 또는「교통․에너지․환경세」제10조에 따른 수시부과세액

  4. 상속세 또는 증에서의 경우 :「상속세 및 증여세법」제28조 또는 제58조에 따라 공제되는 증여세액

 ② 법 제47조의2를 적용하는 경우 수입금액은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 수입금액으로 한다.

  1. 개인 :「소득세법」제24조부터 제26조까지 및 제122조의 규정에 따라 계산한 사업소득에 대한 해당 개인의 총수입금액

  2. 법인 :「법인세법」제60조․제76조의17․제97조에 따라 법인세 과세표준 및 세액 신고서에 적어야 할 해당 법인의 수입금액

○ 국세기본법 시행령 제27조의2【과소신고․초과환급신고가산세】(2015.2.3. 대통령령 제26066호로 개정되기 전의 것)

 ① 법 제47조의3을 적용할 때 소득세 또는 법인세의 과세표준을 결손으로 신고한 때에는 신고한 과세표준이 없는 것으로 보아 과소신고분 과세표준을 계산한다.

 ②「부가가치세법 시행령」제101조 제1항의 표 제1호에 따라 제출한 수출실적명세서, 같은 항의 표 제3호 가목에 따라 제출한 내국신용장․구매확인서 전자발급명세서와 같은 조 제2항부터 제4항까지의 규정에 따라 제출한 영세율첨부서류제출명세서의 기재사항이 착오로 기재되었으나 관련 증명자료 등에 의하여 그 사실이 확인되는 경우에는 법 제47조의3 제1항 각 호 외의 부분 단서 및 같은 조 제2항 제2호 각 목 외의 부분 단서를 적용하지 아니한다.

○ 국세기본법 제47조의2【무신고가산세】(2014.12.23. 법률 제12848호)

① 납세의무자가 법정신고기한까지 세법에 따른 국세의 과세표준 신고(예정신고 및 중간신고를 포함하며,「교육세법」,「농어촌특별세법」및「종합부동산세법」에 따른 신고는 제외한다)를 하지 아니한 경우에는 그 신고로 납부하여야 할 세액(이 법 및 세법에 따른 가산세와 세법에 따라 가산하여 납부하여야 할 이자 상당 가산액이 있는 경우 그 금액은 제외하며, 이하 ⁠“무신고납부세액”이라 한다)의 100분의 20에 상당하는 금액을 가산세로 한다. 다만, 과세표준 신고(「소득세법」제70조 및 제124조 또는「법인세법」제60조, 제76조의17 및 제97조에 따른 신고만 해당한다)를 하지 아니한 자가「소득세법」제160조제3항에 따른 복식부기의무자(이하 "복식부기의무자"라 한다) 또는 법인인 경우에는 각각 무신고납부세액의 100분의 20에 상당하는 금액과 수입금액에 1만분의 7을 곱하여 계산한 금액 중 큰 금액을 가산세로 하고,「부가가치세법」에 따른 사업자가 같은 법 제48조제1항, 제49조제1항 및 제67조에 따른 신고를 하지 아니한 경우로서 같은 법 또는「조세특례제한법」에 따른 영세율이 적용되는 과세표준(이하 ⁠“영세율과세표준”이라 한다)이 있는 경우에는 무신고납부세액의 100분의 20에 상당하는 금액과 영세율과세표준의 1천분의 5에 상당하는 금액을 합한 금액을 가산세로 한다.

 ②～④ ⁠(생략)

 ⑤ 제1항 또는 제2항을 적용할 때 예정신고 및 중간신고와 관련하여 이 조 또는 제47조의3에 따라 가산세가 부과되는 부분에 대해서는 확정신고와 관련하여 제1항 또는 제2항에 따른 가산세를 적용하지 아니한다.

 ⑥～⑧ ⁠(생략)

○ 국세기본법 제47조의3【과소신고․초과환급신고가산세】(2014.12.23. 법률 제12848호)

 ① 납세의무자가 법정신고기한까지 세법에 따른 국세의 과세표준 신고(예정신고 및 중간신고를 포함하며,「교육세법」및「농어촌특별세법」에 따른 신고는 제외한다)를 한 경우로서 납부할 세액을 신고하여야 할 세액보다 적게 신고(이하 이 조에서 ⁠“과소신고”라 한다)하거나 환급받을 세액을 신고하여야 할 금액보다 많이 신고(이하 이 조에서 ⁠“초과신고”라 한다)한 경우에는 과소신고한 납부세액과 초과신고한 환급세액을 합한 금액(이 법 및 세법에 따른 가산세와 세법에 따라 가산하여 납부하여야 할 이자 상당 가산액이 있는 경우 그 금액은 제외하며, 이하 ⁠“과소신고납부세액등”이라 한다)의 100분의 10에 상당하는 금액을 가산세로 한다. 다만, ⁠「부가가치세법」에 따른 사업자가 같은 법 제48조제1항ㆍ제4항, 제49조제1항, 제66조 및 제67조에 따른 신고를 한 경우로서 영세율과세표준을 과소신고(신고하지 아니한 경우를 포함한다)한 경우에는 과소신고납부세액등의 100분의 10에 상당하는 금액과 그 과소신고된 영세율과세표준의 1천분의 5에 상당하는 금액을 합한 금액을 가산세로 한다.

 ②～④ ⁠(생략)

 ⑤ 삭제

 ⑥ 이 조에 따른 가산세의 부과에 대해서는 제47조의2제3항, 제5항 및 제6항을 준용한다.

 ⑦ ⁠(생략)

 ☞ 입법취지 : 세액공제․감면 적용대상인 과세표준 및 세액의 무신고․과소신고 시 산출세액을 기준으로 할 경우 불합리한 세부담을 유발하는 문제점을 개선하고 기납부세액이 과소신고세액에서 중복공제되어 과소신고가산세가 과소하게 산출되는 문제점 해결

○ 국세기본법 시행령 제27조【무신고가산세】(2015.2.3. 대통령령 제26066호)

 ① 삭제

 ② 법 제47조의2를 적용하는 경우 수입금액은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 수입금액으로 한다.

  1. 개인 :「소득세법」 제24조부터 제26조까지 및 제122조의 규정에 따라 계산한 사업소득에 대한 해당 개인의 총수입금액

  2. 법인 :「법인세법」제60조․제76조의17․제97조에 따라 법인세 과세표준 및 세액 신고서에 적어야 할 해당 법인의 수입금액

○ 국세기본법 시행령 제27조의2【과소신고․초과환급신고가산세】(2015.2.3. 대통령령 제26066호)

 ① 삭제

 ②「부가가치세법 시행령」 제101조제1항의 표 제1호에 따라 제출한 수출실적명세서, 같은 항의 표 제3호가목에 따라 제출한 내국신용장․구매확인서 전자발급명세서와 같은 조 제2항부터 제4항까지의 규정에 따라 제출한 영세율첨부서류제출명세서의 기재사항이 착오로 기재되었으나 관련 증명자료 등에 의하여 그 사실이 확인되는 경우에는 법 제47조의3제1항 단서 및 같은 조 제2항제2호를 적용하지 아니한다.

 ③ ⁠(생략)

○ 대법원2006두1609, 2008.5.29.

   양도소득세는 기간과세의 원칙이 적용되어 당해 과세기간 중에 발생한 양도소득을 모두 합산하여 그 과세표준과 세액을 산출하여 총괄적으로 신고함으로써 구체적 납세의무가 확정되는 점, 예정신고를 이행한 경우에도「소득세법」제110조 제4항 단서, 같은 법 시행령 제173조 제4항 제1호 내지 제3호에 해당하는 때에는 반드시 확정신고를 하여야 하는 점, 그 밖에 예정신고납부의 예납적 성격, 예정신고 및 자진납부의 불이행에 대하여 가산세가 부과되지 않는 점 등을 종합하여 보면, 납세자가 예정신고를 한 후 그와 다른 내용으로 확정신고를 한 경우에는 그 예정신고에 의하여 잠정적으로 확정된 과세표준과 세액은 확정신고에 의하여 확정된 과세표준과 세액에 흡수되어 소멸한다고 보아야 하고, 이에 따라 예정신고를 기초로 이루어진 징수처분 역시 효력을 상실한다고 보아야 할 것이다.

출처 : 국세청 2015. 04. 20. 서면-2015-법령해석기본-22515 | 국세법령정보시스템