합병평가차익 영업권의 해운소득 해당 여부

요지

해운기업에 대한 법인세 과세표준 계산특례를 적용 받는 해운소득은 조세특례제한법 시행령 제104조의7에 의하여 외항해상운송활동, 외항해상운송활동과 연계된 활동으로서 조세특례제한법 시행령 제104조의7 제2항 제2호의 각 목에 해당하는 활동 및 조세특례제한법 시행령 제104조의7 제2항 제3호의 각 목에 해당하는 활동에 해당하는 소득을 말함.

회신

조세특례제한법 제104조의10에 의하여 해운기업에 대한 법인세 과세표준 계산특례를 적용 받는 해운기업의 해운소득은 조세특례제한법 시행령 제104조의7에 의하여 외항해상운송활동, 외항해상운송활동과 연계된 활동으로서 조세특례제한법 시행령 제104조의7 제2항 제2호의 각 목에 해당하는 활동 및 조세특례제한법 시행령 제104조의7 제2항 제3호의 각 목에 해당하는 활동에 해당하는 소득을 말합니다.

1. 사실관계

 ○ 질의법인은 2009년 12월 31일을 합병기일로 하여 외항화물운송사업을 영위하던 대보해운을 흡수합병하고,

  -대보해운의 주주로부터 구 주식을 100%를 반환받고 합병비율에 따라 합병 신주를 교부하였음

 ○ 질의법인은 합병 이후에도 외항화물운송사업을 영위하고 있으며,

  -조특법 제104조의 10에 의해 해운소득에 대하여 톤세를 적용하여 법인세 과세표준을 계산하여 법인세를 신고하고 있음

 ○ 외항화물운송사업(해운사업) 이외의 사업은 영위하지 않고 회사의 수입 전부는 해운활동에서만 발생하고 있음

2. 질의내용

 ○ 합병 당시 인식한 영업권에 대한 합병평가차익을 해운소득으로 분류하여야 하는지 여부

3. 관련법령

○ 조세특례제한법 제104조의10【해운기업에 대한 법인세 과세표준 계산 특례】

 ① 내국법인 중 ⁠「해운법」상 외항운송사업의 경영 등 대통령령으로 정하는 요건을 갖춘 해운기업(이하 이 조에서 "해운기업"이라 한다)의 법인세과세표준은 2019년 12월 31일까지 다음 각 호에 따라 계산한 금액을 합한 금액으로 할 수 있다.

 1. 외항운송 활동과 관련된 대통령령으로 정하는 소득(이하 이 조에서 "해운소득"이라 한다)에 대해서는 「법인세법」 제13조부터 제54조까지의 규정에도 불구하고 선박별로 다음 계산식을 적용하여 계산한 개별선박표준이익의 합계액(이하 이 조에서 "선박표준이익"이라 한다)

   개별선박표준이익 ＝ 개별선박순톤수 × 톤당 1운항일 이익 × 운항일수 × 사용률

 2. 해운소득 외의 소득(이하 이 조에서 "비해운소득"이라 한다)에 대해서는 「법인세법」 제13조부터 제54조까지의 규정에 따라 계산한 금액

 ② 제1항에 따른 해운기업의 과세표준 계산의 특례(이하 이 조에서 "과세표준계산특례"라 한다)를 적용받으려는 법인은 대통령령으로 정하는 바에 따라 과세표준계산특례 적용을 신청하여야 하며, 과세표준계산특례를 적용받으려는 사업연도부터 연속하여 5개 사업연도(이하 "과세표준계산특례적용기간"이라 한다) 동안 과세표준계산특례를 적용받아야 한다. 다만, 과세표준계산특례를 적용받고 있는 해운기업은 2010년 12월 31일이 속하는 사업연도까지 대통령령으로 정하는 바에 따라 과세표준계산특례의 적용을 포기할 수 있다.

 ③ 제1항을 적용할 때 비해운소득에서 발생한 결손금은 선박표준이익과 합산하지 아니하며, 해운소득에 대해서는 이 법, 「국세기본법」 및 조약과 제3조제1항 각 호에 규정된 법률에 따른 비과세, 세액면제, 세액감면, 세액공제 또는 소득공제 등의 조세특례를 적용하지 아니한다.

 ④ 해운소득에 「법인세법」 제73조에 따라 원천징수된 소득이 포함되어 있는 경우 그 소득에 대한 원천징수세액은 법인세의 산출세액에서 이미 납부한 세액으로 공제하지 아니한다.

 ⑤ 과세표준계산특례 적용을 받기 전에 발생한 이월결손금은 제1항 각 호의 금액 계산 시 공제하지 아니한다.

 ⑥ 과세표준계산특례를 적용받고 있는 법인이 과세표준계산특례적용기간 동안 제1항에 따른 요건을 2개 사업연도 이상 위반하는 경우에는 2회째 위반하게 된 사업연도부터 해당 과세표준계산특례적용기간의 남은 기간과 다음 5개 사업연도 기간은 과세표준계산특례를 적용받을 수 없다.

 ⑦ 과세표준계산특례를 적용받는 내국법인이 「법인세법」 제63조제5항에 따라 중간예납을 하는 경우 중간예납의 과세표준은 제1항부터 제5항까지의 규정에 따라 계산한 금액으로 하고, 같은 법 제63조제5항제1호 및 제2호는 비해운소득과 관련된 부분에 대해서만 적용한다.

 ⑧ 제1항을 적용할 때 톤당 1운항일 이익은 선박톤수, 해운기업의 운항소득, 법인세 납부 실적 및 외국의 운영 사례 등을 고려하여 톤당 30원을 초과하지 아니하는 범위에서 대통령령으로 정한다.

 ⑨ 운항일수, 사용률 등 개별선박표준이익의 계산, 과세표준계산특례를 적용받지 아니하고 ⁠「법인세법」을 적용받게 되는 경우 각 사업연도 소득의 계산방법, 구분경리 방법 등 과세표준계산특례 적용에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

○ 조세특례제한법 시행령 제104조의7【해운기업에 대한 법인세 과세표준 계산특례】

 ② 법 제104조의10 제1항 제1호에서 "외항운송활동과 관련된 대통령령으로 정하는 소득"이란 제1호 또는 제2호에 해당하는 활동으로 발생한 소득과 제3호에 해당하는 소득(이하 이 조에서 "해운소득"이라 한다)을 말한다.

 1. 외항해상운송활동(외항해상운송에 사용하기 위한 「해운법」 제2조 제4호에 따른 용대선(傭貸船)을 포함한다. 이하 이 조에서 같다)

 2. 외항해상운송활동과 연계된 활동으로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 활동

 가. 화물의 유치ㆍ선적ㆍ하역ㆍ유지 및 관리와 관련된 활동

 나. 외항해상운송활동을 위하여 필요한 시설의 임대차와 관련된 활동으로서 기획재정부령이 정하는 활동

 다. 직원의 모집ㆍ교육 및 훈련과 관련된 활동

 라. 선박의 취득ㆍ유지ㆍ관리 및 폐기와 관련된 활동

 마. 선박의 매각. 다만, 법 제104조의10제1항에 따른 해운기업의 과세표준계산의 특례(이하 이 조에서 "과세표준계산특례"라고 한다)의 적용 이전부터 소유하고 있던 선박을 매각하는 경우에는 1)의 계산식에 따라 계산한 금액(이하 이 목에서 "특례적용전 기간분"이라 한다)은 비해운소득으로 하되, 그 매각대금으로 해당 선박의 매각일이 속하는 사업연도의 종료일까지 새로운 선박을 취득하는 경우에는 2)의 계산식에 따라 계산한 금액에 상당하는 금액은 해운소득으로 한다.

 바. 단일운송계약에 의한 기획재정부령이 정하는 복합운송활동

 사. 가목 내지 바목과 유사한 활동으로 기획재정부령이 정하는 활동

 3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 소득

 가. 외항해상운송활동과 관련하여 발생한 「소득세법」 제16조의 이자소득, 동법 제17조 제1항 제5호의 투자신탁수익의 분배금(이하 이 조에서 "이자소득등"이라 한다) 및 지급이자. 다만, 기업회계기준에 의한 투자자산에서 발생하는 이자소득등과 그 밖에 기획재정부령이 정하는 이자소득등을 제외한다.

 나. 외항해상운송활동과 관련하여 발생한 기업회계기준에 따른 화폐성 외화자산ㆍ부채를 평가함에 따라 발생하는 원화평가금액과 원화기장액의 차익 또는 차손

 다. 외항해상운송활동과 관련하여 상환받거나 상환하는 외화채권ㆍ채무의 원화금액과 원화기장액의 차익 또는 차손

 라. 외항해상운송활동과 관련하여 발생하는 차입금에 대한 이자율 변동, 통화의 환율 변동, 운임의 변동, 선박 연료유 등 해운관련 주요 원자재 가격변동의 위험을 회피하기 위하여 체결한 기업회계기준에 의한 파생상품거래로 인한 손익

출처 : 국세청 2015. 09. 23. 서면-2015-법인-0744[법인세과-2082] | 국세법령정보시스템