정부출연금 연구용역의 부가가치세 과세 및 면세 판단

요지

전동차 부착형 오염물질 제거장치를 개발하여 그 결과물을 ◇◇연구원에 귀속시키고 받는 정부출연금은 국고보조금 또는 공공보조금에 해당하지 아니하는 것임 또한 해당 연구용역이 기존의 나노기술, 집진기술, 유동해석기술 등 연구결과를 응용 또는 이용하여 공급하는 용역에 해당하는 경우에는 부가가치세가 면제되는 학술연구용역과 기술연구용역에 해당하지 아니하는 것임

답변내용

위 세법해석 사전답변 신청의 사실관계와 같이, 신청법인이 ◇◇연구원과 연구개발 협약을 체결하여 ⁠“전동차 구조조사 및 미세먼지 제거장치 자료조사, 전동차 구조 및 요구사양 연구, 시제품 제작 및 실험적 검증지원, 전동차 성능 검증을 위한 현차 시험지원 등” 전동차 부착형 오염물질 제거장치를 개발하여 그 결과물을 ◇◇연구원에 귀속시키고 받는 정부출연금은 ⁠「부가가치세법」제29조제5항에 따른 국고보조금 또는 공공보조금에 해당하지 아니하는 것이며 다만, 연구용역수행 결과물의 소유권이 누구에게 있는 지 여부는 무형적 결과물 소유에 대한 협약내용, 기술료의 징수 및 사용을 위한 기술실시계약 체결내용 등 거래의 실질내용을 종합적으로 판단하여 결정할 사항입니다.
또한 해당 전동차 부착형 오염물질 제거장치 연구용역이 기존의 나노기술, 집진기술, 유동해석기술 등 연구결과를 응용 또는 이용하여 공급하는 용역에 해당하는 경우에는 ⁠「부가가치세법」제26조제1항제15호 및 같은 법 시행령 제42조제2호나목에 따라 부가가치세가 면제되는 학술연구용역과 기술연구용역에 해당하지 아니하는 것입니다

  ○ ◉◉시도시철도공사(이하 ⁠“신청법인”라 함)는 ◉◉시 산하 지하철을 운영하는 회사로

  - 신청법인 산하 부설연구소에서는 국토교통부 미래철도사업의 국가R&D과제인 ⁠「나노기술을 적용한 실시간 지하구간 오염물질 제거기술 개발」과제의 2세부과제이자 협동과제인 ⁠「전동차 부착형 도시철도터널 오염물질 제거기술개발」과제의 ⁠「전동차 부착형 오염물질 제거장치 적용연구 및 전동차 운영지원」의 내용으로 해당 연구과제를 수행하고 있음

 ○ 2014년9월3일 협동연구기관인 ◇◇연구원과 ⁠「국토교통기술연구개발사업 연구개발 협약서(이하 ⁠“협약서”라 함)」를 체결하였고

  - 총 연구개발기간은 2014년9월3일부터 2018년5월2일까지(3년8개월)이고, 위탁연구비는 전액 정부출연금이고 과제를 수행하면서 책정한 연구비는 총액 125백만원이며

  - 현재 1차년도 과제(2014년9월3일부터 2015년5월2일까지(3년8개월))를 수행하고 있으며 1차년도 과제수행비는 15백만원임

 ○ 신청법인과 ◇◇연구원 간 위탁연구과제를 수행하면서 발생된 유형적 결과물의 소유는 협동연구기관인 ◇◇연구원에서 소유하기로 하였음(협약서 제9조)

 ○ 해당 연구를 수행함에 있어 연구비를 ◇◇으로부터 수령 하고자 하였으나 ◇◇연구원에서는 연구비 지급을 위해서는 세금계산서 또는 계산서를 먼저 발급을 해주어야만 연구비를 신청법인에게 지급할 수 있다고 통보를 하였고

  - 이에 대해 신청법인은 위탁연구를 수행하는데 있어서 계산서 또는 세금계산서의 발급대상이 아니하고 판단을 하였으나 연구과제의 조속한 수행을 위하여 신청법인은 부득이하게 세금계산서를 발급하였고, ◇◇연구원으로부터 연구비를 수령하였음

2. 질의내용

  ○ 신청법인이 연구개발 협약서에 따라 연구용역을 제공하고 그 대가를 지급받는 경우 부가가치세 과세대상인지 여부 등

3. 관련법령

○ 부가가치세법 제11조 【용역의 공급】

 ① 용역의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 따른 것으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것으로 한다.

  1. 역무를 제공하는 것

  2. 시설물, 권리 등 재화를 사용하게 하는 것

 ② 제1항에 따른 용역의 공급의 범위에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

○ 부가가치세법 제29조 【과세표준】

 ① 재화 또는 용역의 공급에 대한 부가가치세의 과세표준은 해당 과세기간에 공급한 재화 또는 용역의 공급가액을 합한 금액으로 한다.

 ② 재화의 수입에 대한 부가가치세의 과세표준은 그 재화에 대한 관세의 과세가격과 관세, 개별소비세, 주세, 교육세, 농어촌특별세 및 교통ㆍ에너지ㆍ환경세를 합한 금액으로 한다.

 ③ 제1항의 공급가액은 다음 각 호의 가액을 말한다. 이 경우 대금, 요금, 수수료, 그 밖에 어떤 명목이든 상관없이 재화 또는 용역을 공급받는 자로부터 받는 금전적 가치 있는 모든 것을 포함하되, 부가가치세는 포함하지 아니한다.

  1. 금전으로 대가를 받는 경우: 그 대가. 다만, 그 대가를 외국통화나 그 밖의 외국환으로 받은 경우에는 대통령령으로 정한 바에 따라 환산한 가액

  2. 금전 외의 대가를 받는 경우: 자기가 공급한 재화 또는 용역의 시가

 ⑤ 다음 각 호의 금액은 공급가액에 포함하지 아니한다.

  4. 재화 또는 용역의 공급과 직접 관련되지 아니하는 국고보조금과 공공보조금

○ 부가가치세법 제26조 【재화 또는 용역의 공급에 대한 면세】

 ① 다음 각 호의 재화 또는 용역의 공급에 대하여는 부가가치세를 면제한다.

  15. 저술가ㆍ작곡가나 그 밖의 자가 직업상 제공하는 인적(인적) 용역으로서 대통령령으로 정하는 것

  18. 종교, 자선, 학술, 구호(구호), 그 밖의 공익을 목적으로 하는 단체가 공급하는 재화 또는 용역으로서 대통령령으로 정하는 것

○ 부가가치세법 시행령 제42조 【저술가 등이 직업상 제공하는 인적 용역으로서 면세하는 것의 범위】

   법 제26조제1항제15호에 따른 인적(인적) 용역은 독립된 사업(여러 개의 사업을 겸영하는 사업자가 과세사업에 필수적으로 부수되지 아니하는 용역을 독립하여 공급하는 경우를 포함한다)으로 공급하는 다음 각 호의 용역으로 한다.

  2. 개인, 법인 또는 법인격 없는 사단・재단, 그 밖의 단체가 독립된 자격으로 용역을 공급하고 대가를 받는 다음 각 목의 인적 용역

   나. 기획재정부령으로 정하는 학술연구용역과 기술연구용역

○ 부가가치세법 시행규칙 제32조 【학술연구용역과 기술연구용역의 범위】

   영 제42조제2호나목에서 "기획재정부령으로 정하는 학술연구용역과 기술연구용역"이란 새로운 학술 또는 기술 개발을 위하여 수행하는 새로운 이론ㆍ방법ㆍ공법 또는 공식 등에 관한 연구용역을 말한다.

○ 부가가치세법 시행령 제45조 【종교, 자선, 학술, 구호 등의 공익 목적 단체가 공급하는 재화 또는 용역으로서 면세하는 것의 범위】

   법 제26조제1항제18호에 따른 종교, 자선, 학술, 구호(구호), 그 밖의 공익을 목적으로 하는 단체가 공급하는 재화 또는 용역은 다음 각 호의 재화 또는 용역으로 한다.

  1. 주무관청의 허가 또는 인가를 받거나 주무관청에 등록된 단체로서 ⁠「상속세 및 증여세법 시행령」 제12조 각 호의 어느 하나에 따른 사업 또는 기획재정부령으로 정하는 사업을 하는 단체가 그 고유의 사업목적을 위하여 일시적으로 공급하거나 실비(실비) 또는 무상으로 공급하는 재화 또는 용역

  2. 학술 및 기술 발전을 위하여 학술 및 기술의 연구와 발표를 주된 목적으로 하는 단체(이하 "학술등 연구단체"라 한다)가 그 연구와 관련하여 실비 또는 무상으로 공급하는 재화 또는 용역

출처 : 국세청 2015. 07. 23. 사전-2015-법령해석부가-0076 | 국세법령정보시스템