특수관계인 위탁연구개발비의 세액공제 적용 여부

요지

특수관계 있는 국내 기업(이하 ⁠“수탁법인”)의 전담부서등에 과학기술 분야의 연구개발용역을 위탁하여 수탁법인의 전담부서등에서 해당 용역을 직접 수행하는 경우 그 용역대가로 지급한 비용 중「법인세법 시행령」제89조에 따른 시가 범위 내의 금액은 연구・인력개발비 세액공제를 적용받을 수 있는 것임

회신

1.귀하께서 2015년 5월 8일 우리 청에 요청하신 서면질의 사항에 대하여 다음과 같이 회신합니다.
2.귀 질의의 경우 기 회신사례(서면-2015-법령해석법인-0399, 2015.06.19.)를 참고하시기 바랍니다.

내국법인이 특수관계 있는 국내 기업(이하 ⁠“수탁법인”이라 함)의 전담부서등에 과학기술 분야의 연구개발용역을 위탁하여 수탁법인의 전담부서등에서 해당 용역을 직접 수행하는 경우 그 용역대가로 지급한 비용 중「법인세법 시행령」제89조에 따른 시가 범위 내의 금액은 ⁠「조세특례제한법」제10조의 연구・인력개발비에 대한 세액공제를 적용받을 수 있는 것임

1. 사실관계

○질의법인은 ’09.4월에 개업하여 인천광역시 연수구 송도동 203-3에서 연구개발 서비스업을 영위하는 법인으로,

  - 길 의료재단, 가천대학교 산업협력단과 특수관계에 있음

○2014년에 특수관계자인 길 의료재단, 가천대학교 산업협력단에 위탁연구개발비를 지출하였음

2. 질의내용

○질의법인이 특수관계자인 길 의료재단, 가천대학교 산업협력단에 지출한 위탁연구개발비가 조특법 제10조의 연구․인력개발비 세액공제 대상에 해당하는지 여부

3. 관련 법령

○ 조세특례제한법 제10조【연구・인력개발비에 대한 세액공제】

① 내국인이 각 과세연도에 연구・인력개발비가 있는 경우에는 다음 각 호의 금액을 합한 금액을 해당 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세만 해당한다) 또는 법인세에서 공제한다. 이 경우 제1호 및 제2호는 2015년 12월 31일까지 발생한 해당 연구・인력개발비에 대해서만 적용한다.

 1. 연구・인력개발비 중 대통령령으로 정하는 신성장동력산업 분야의 연구개발비(이하 이 조에서 "신성장동력연구개발비"라 한다)에 대해서는 해당 과세연도에 발생한 신성장동력연구개발비에 100분의 20(중소기업의 경우에는 100분의 30)을 곱하여 계산한 금액

 2. 연구・인력개발비 중 대통령령으로 정하는 원천기술을 얻기 위한 연구개발비(이하 이 조에서 "원천기술연구개발비"라 한다)에 대해서는 해당 과세연도에 발생한 원천기술연구개발비에 100분의 20(중소기업의 경우에는 100분의 30)을 곱하여 계산한 금액

 3. 제1호 및 제2호에 해당하지 아니하거나 제1호 및 제2호를 선택하지 아니한 내국인의 연구・인력개발비(이하 이 조에서 "일반연구・인력개발비"라 한다)의 경우에는 다음 각 목 중에서 선택하는 어느 하나에 해당하는 금액. 다만, 해당 과세연도의 개시일부터 소급하여 4년간 일반연구・인력개발비가 발생하지 아니하거나 직전 과세연도에 발생한 일반연구・인력개발비가 해당 과세연도의 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 일반연구・인력개발비의 연평균 발생액보다 적은 경우에는 나목에 해당하는 금액

 가. 해당 과세연도에 발생한 일반연구・인력개발비가 직전 과세연도에 발생한 일반연구・인력개발비를 초과하는 경우 그 초과하는 금액의 100분의 40(중소기업의 경우에는 100분의 50)에 상당하는 금액

 나. 해당 과세연도에 발생한 일반연구・인력개발비에 다음의 구분에 따른 비율을 곱하여 계산한 금액

 1) 중소기업인 경우: 100분의 25

 2) 중소기업이 대통령령으로 정하는 바에 따라 최초로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우: 다음의 구분에 따른 비율

 가) 최초로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 과세연도의 개시일부터 3년 이내에 끝나는 과세연도까지: 100분의 15

 나) 가)의 기간 이후부터 2년 이내에 끝나는 과세연도까지: 100분의 10

 3) 대통령령으로 정하는 중견기업이 2)에 해당하지 아니하는 경우: 100분의 8

 4) 1)부터 3)까지의 어느 하나에 해당하지 아니하는 경우: 다음 계산식에 따른 비율(100분의 3을 한도로 한다)

    100분의 2 + 해당 과세연도의 수입금액에서 일반연구・인력개발비가 차지하는 비율 × 2분의 1

② 제1항 제3호에 따른 4년간의 일반연구・인력개발비의 연평균 발생액의 구분 및 계산과 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

③ 제1항을 적용받으려는 내국인은 대통령령으로 정하는 바에 따라 세액공제신청을 하여야 한다.

④ 제1항 제1호 및 제2호를 적용받으려는 내국인은 일반연구・인력개발비와 신성장동력연구개발비, 원천기술연구개발비를 대통령령이 정하는 바에 따라 구분경리(구분경리)하여야 한다.

○ 조세특례제한법 시행령 제9조【연구 및 인력개발비에 대한 세액공제】

① 법 제10조제1항제1호에서 "대통령령으로 정하는 신성장동력산업 분야의 연구개발비"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 비용(이하 이 조에서 "신성장동력연구개발비"라 한다)을 말한다. 다만, 제8조 제1항 각 호에 해당하는 비용은 제외한다.

 1. 기획재정부령으로 정하는 연구소 또는 전담부서에서 별표 7에 따른 신성장동력산업 분야별 대상기술의 연구개발업무(이하 이 조에서 "신성장동력산업연구개발업무"라 한다)에 종사하는 연구원 및 이들의 연구개발업무를 직접적으로 지원하는 사람에 대한 인건비. 다만, 기획재정부령으로 정하는 사람에 대한 인건비는 제외한다.

 2. 신성장동력산업연구개발업무를 위하여 사용하는 견본품, 부품, 원재료와 시약류 구입비

② 법 제10조제1항제2호에서 "대통령령으로 정하는 원천기술을 얻기 위한 연구개발비"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 비용(이하 이 조에서 "원천기술연구개발비"라 한다)을 말한다. 다만, 제8조제1항 각 호에 해당하는 비용은 제외한다.

 1. 기획재정부령으로 정하는 연구소 또는 전담부서에서 별표 8에 따른 원천기술 분야별 대상기술의 연구개발업무(이하 이 조에서 "원천기술연구개발업무"라 한다)에 종사하는 연구원 및 이들의 연구개발업무를 직접적으로 지원하는 사람에 대한 인건비. 다만, 기획재정부령으로 정하는 사람에 대한 인건비는 제외한다.

 2. 원천기술연구개발업무를 위하여 사용하는 견본품, 부품, 원재료와 시약류 구입비

③ 법 제10조 제1항 제3호 나목에서 "대통령령으로 정하는 바에 따라 최초로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우"란 제2조제2항 각 호 외의 부분 본문 및 같은 조 제5항에 따라 중소기업에 해당하지 아니하게 된 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도와 그 다음 3개 과세연도가 경과한 경우를 말한다.

④ 법 제10조제1항제3호나목에서 "대통령령으로 정하는 중견기업"이란 다음 각 호의 요건을 모두 갖춘 기업을 말한다.

 1. 중소기업이 아닐 것

 2. 제2조제1항에 따른 업종을 주된 사업으로 영위할 것

 3. 소유와 경영의 실질적인 독립성이 「중견기업 성장촉진 및 경쟁력 강화에 관한 특별법 시행령」 제2조제1항제1호에 적합할 것

 4. 직전 3개 과세연도의 매출액(매출액은 제2조제4항에 따른 계산방법으로 산출하며, 과세연도가 1년 미만인 과세연도의 매출액은 1년으로 환산한 매출액을 말한다)의 평균금액이 5천억원 미만인 기업일 것

⑤ 법 제10조제2항에 따른 4년간의 일반연구ㆍ인력개발비의 연평균 발생액은 다음 계산식에 따라 계산한 금액으로 한다.

    해당 과세연도 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 일반연구ㆍ인력개발비의 합계액/해당 과세연도 개시일부터 소급하여 4년간 일반연구ㆍ인력개발비가 발생한 과세연도의 수(그 수가 4 이상인 경우 4로 한다)×해당 과세연도의 개월 수/12

⑥ 제5항의 계산식 중 해당 과세연도 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 일반연구ㆍ인력개발비의 합계액을 계산할 때 합병법인, 분할신설법인, 분할합병의 상대방법인, 사업양수법인 또는 기획재정부령으로 정하는 현물출자를 받은 법인(이하 이 항에서 "합병법인등"이라 한다)의 경우에는 합병, 분할, 분할합병, 사업양도 또는 기획재정부령으로 정하는 현물출자(이하 이 항에서 "합병등"이라 한다)를 하기 전에 피합병법인, 분할법인, 사업양도인 또는 현물출자자(이하 이 항에서 "피합병법인등"이라 한다)로부터 발생한 일반연구ㆍ인력개발비는 합병법인등에서 발생한 것으로 본다. 다만, 피합병법인등이 운영하던 사업의 일부를 승계한 경우로서 합병등을 하기 전에 피합병법인등의 해당 승계사업에서 발생한 일반연구ㆍ인력개발비를 구분하기 어려운 경우에는 피합병법인등에서 합병등을 하기 전에 발생한 일반연구ㆍ인력개발비에 각 사업연도의 승계사업의 매출액이 총매출액에서 차지하는 비율과 각 사업연도말 승계사업의 자산가액이 총자산가액에서 차지하는 비율 중 큰 것을 곱한 금액을 피합병법인등에서 발생한 일반연구ㆍ인력개발비로 본다.

⑦ 제5항의 계산식을 적용할 때 개월 수는 월력에 따라 계산하되, 과세연도 개시일이 속하는 달이 1개월 미만인 경우에는 1개월로 하고, 과세연도 종료일이 속하는 달이 1개월 미만인 경우에는 산입하지 아니한다.

⑧ 법 제10조제1항제1호 및 제2호를 적용받으려는 내국인은 신성장동력연구개발비, 원천기술연구개발비 및 일반연구ㆍ인력개발비를 각각 별개의 회계로 구분경리하여야 한다. 이 경우 신성장동력연구개발비 또는 원천기술연구개발비가 일반연구ㆍ인력개발비와 공통되는 경우에는 해당 비용 전액을 일반연구ㆍ인력개발비로 한다.

⑨ 법 제10조제1항을 적용받으려는 내국인은 과세표준신고를 할 때 기획재정부령으로 정하는 세액공제신청서, 연구및인력개발비명세서 및 연구개발계획서 등 증거서류를 납세지 관할 세무서장에게 제출하여야 한다.

⑩ 내국인이 지출한 연구개발비가 신성장동력연구개발비 및 원천기술연구개발비에 해당되는지에 관한 사항을 심의하기 위하여 기획재정부장관 소속으로 신성장동력산업및원천기술연구개발심의위원회를 둘 수 있다.

⑪ 제10항에 따른 신성장동력산업및원천기술연구개발심의위원회의 구성 및 운영 등에 필요한 사항은 기획재정부장관이 정한다.

○ 조세특례제한법 시행령 별표6

○ 조세특례제한법 시행규칙 제7조【연구 및 인력개발비의 범위】

① 영 별표 6 제1호가목1)에 따른 연구소 또는 전담부서란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 연구소 및 전담부서(이하 "전담부서등"이라 한다)를 말하며, 영 별표 6의 제1호가목1)에 따른 연구개발서비스업이란 「국가과학기술 경쟁력 강화를 위한 이공계지원 특별법」 제18조제2항에 따라 미래창조과학부장관에게 신고한 연구개발서비스업 중 같은 법 제2조제4호가목에 따른 연구개발업(이하 이 조에서 "연구개발서비스업"이라 한다)을 말한다.

 1. 「기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률 시행령」 제16조제1항 및 제2항에 따라 미래창조과학부장관의 인정을 받은 기업부설연구소 또는 연구개발전담부서

 2. 「문화산업진흥 기본법」 제17조의3제1항에 따른 기업부설창작연구소 또는 기업창작전담부서

② 영 제9조제1항제1호 및 같은 조 제2항제1호에서 "기획재정부령으로 정하는 연구소 및 전담부서"란 전담부서등 및 연구개발서비스업을 영위하는 기업으로서 영 제9조제1항제1호 및 같은 조 제2항제1호에 따른 신성장동력산업연구개발업무 및 원천기술연구개발업무(이하 이 항에서 "해당업무"라 한다)만을 수행하는 전담부서등 및 연구개발서비스업을 영위하는 기업(이하 이 조에서 "신성장동력산업·원천기술연구개발 전담부서등"이라 한다)을 말한다. 다만, 일반연구개발을 수행하는 전담부서등 및 연구개발서비스업을 영위하는 기업으로서 해당업무에 관한 별도의 조직을 구분하여 운영하는 경우에는 그 내부 조직을 신성장동력산업·원천기술연구개발 전담부서등으로 본다.

③ 영 별표 6의 제1호가목1)에서 "기획재정부령으로 정하는 자"란 전담부서등에서 연구업무에 종사하는 연구요원 및 이들의 연구업무를 직접적으로 지원하는 자와 연구개발서비스업에 종사하는 전담요원을 말한다. 다만, 주주인 임원으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자는 제외한다.

 1. 부여받은 주식매수선택권을 모두 행사하는 경우 당해 법인의 총발행주식의 100분의 10을 초과하여 소유하게 되는 자

 2. 당해 법인의 주주로서 「법인세법 시행령」 제43조제7항에 따른 지배주주등 및 당해 법인의 총발행주식의 100분의 10을 초과하여 소유하는 주주

 3. 제2호에 해당하는 자(법인을 포함한다)와 「소득세법 시행령」 제98조제1항 또는 「법인세법 시행령」 제87조제1항에 따른 특수관계인. 이 경우 「법인세법 시행령」 제87조제1항제7호에 해당하는 자가 당해 법인의 임원인 경우를 제외한다.

④ 영 제9조제1항제1호 및 제2항제1호에서"기획재정부령으로 정하는 사람"이란 제3항 각 호의 어느 하나에 해당하는 사람을 말한다.

⑤ 영 별표 6의 제1호마목에서 "기획재정부령으로 정하는 것"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자로부터 산업기술에 관한 자문을 받고 지급하는 기술자문료를 말한다.

 1. 과학기술분야를 연구하는 국·공립연구기관, 정부출연연구기관, 국내외 비영리법인(부설연구기관을 포함한다)이나 국내외 기업의 연구기관 또는 전담부서등에서 연구업무에 직접 종사하는 연구원

 2. ⁠「고등교육법」에 따른 대학(교육대학 및 사범대학을 포함한다) 또는 전문대학에 근무하는 과학기술분야의 교수(조교수 이상인 자에 한한다)

 3. 외국에서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 산업분야에 5년 이상 종사하였거나 학사학위 이상의 학력을 가지고 해당 분야에 3년 이상 종사한 외국인기술자

 가. 영 별표 4의 산업

 나. 광업

 다. 건설업

 라. 영 제5조제6항에 따른 엔지니어링사업

 마. 영 제5조제8항에 따른 물류산업

 바. 시장조사 및 여론조사업, 경영컨설팅업 및 공공관계 서비스업, 사업시설 유지관리 서비스업, 교육관련 자문 및 평가업, 기타 교육지원 서비스업(교환학생 프로그램 운영 등으로 한정한다), 비금융 지주회사, 기술 시험·검사 및 분석업, 측량업, 제도업, 지질조사 및 탐사업(광물채굴 목적의 조사 및 탐사를 제외한 지질조사 및 탐사활동으로 한정한다), 지도제작업, 전문디자인업, 그 외 기타 분류 안 된 전문·과학 및 기술 서비스업(지도제작, 환경정화 및 복원활동을 제외한 그 외 기타 분류 안 된 전문·과학 및 기술 서비스로 한정한다), 기타 광업 지원 서비스업(채굴목적 광물탐사활동으로 한정한다), 토양 및 지하수 정화업(토양 및 지하수 정화활동으로 한정한다), 기타 환경 정화 및 복원업[토양 및 지하수 외의 환경 정화 활동(선박유출기름 수거운반을 제외한다)으로 한정한다]

 사. 「국가과학기술 경쟁력 강화를 위한 이공계지원 특별법」 제2조제4호에 따른 연구개발서비스업

 아. 법 제7조제1항제1호허목의 의료업(「국가기술자격법 시행규칙」 별표 2의 국제의료관광코디네이터로 한정한다)

⑧ 영 별표 6의 제2호가목5)에서 "기획재정부령으로 정하는 것"이란 전담부서등에서 연구업무에 종사하는 연구요원이 훈련을 목적으로 지출하는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 비용을 말한다.

 1. 국내외기업(국내기업의 경우에는 전담부서등을 보유한 기업에 한한다)에의 위탁훈련비

 2. ⁠「산업발전법」에 따라 설립된 한국생산성본부에의 위탁훈련비

⑨ 영 별표 6의 제2호나목에서 "기획재정부령으로 정하는 것"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 비용을 말한다.

 1. 사업주가 단독 또는 다른 사업주와 공동으로 ⁠「근로자직업능력 개발법」 제2조제1호에 따라 직업능력개발훈련(이하 "직업능력개발훈련"이라 한다)을 실시하는 경우의 실습재료비(해당 기업이 생산 또는 제조하는 물품의 제조원가 중 직접 재료비를 구성하지 아니하는 것에 한한다)

 2. ⁠「근로자직업능력 개발법」 제20조제1항제2호에 따른 기술자격검정의 지원을 위한 필요경비

 4. ⁠「근로자직업능력 개발법」 제33조에 따른 직업능력개발훈련교사의 급여

 5. 사업주가 단독 또는 다른 사업주와 공동으로 실시하는 직업능력개발훈련으로서 ⁠「근로자직업능력 개발법」 제24조에 따라 고용노동부장관의 인정을 받은 훈련과정의 직업능력개발훈련을 받는 훈련생에게 지급하는 훈련수당·식비·훈련교재비 및 직업훈련용품비

⑩ 영 별표 6의 제2호라목에서 "기획재정부령으로 정하는 것"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 비용을 말한다.

 1. 지도요원의 인건비 및 지도관련경비

 2. 직업능력개발훈련의 훈련교재비 및 실습재료비

 3. 직업능력개발훈련시설의 임차비용

 4. 중소기업이 ⁠「중소기업 인력지원 특별법」에 따라 중소기업 핵심인력 성과보상기금에 납입하는 비용

 5. 내국인이 사용하지 아니하는 자기의 특허권 및 실용신안권을 중소기업(「법인세법」 제52조 및 「소득세법」 제41조에 따른 특수관계인이 아닌 경우에 한한다)에게 무상으로 이전하는 경우 그 특허권 및 실용신안권의 장부상 가액

⑪ 영 별표 6의 제2호마목에서 "기획재정부령으로 정하는 비용"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 비용을 말한다. 다만, 교육훈련시간이 24시간 이상인 교육과정의 것에 한한다.

 1. 품질관리·생산관리·설비관리·물류관리(이하 이 항에서 "품질관리등"이라 한다)에 관한 회사내 자체교육비로서 제13항 각 호의 비용에 준하는 것

 2. 다음 각 목의 기관에 품질관리 등에 관한 훈련을 위탁하는 경우의 그 위탁훈련비. 다만, ⁠「근로자직업능력 개발법」에 따른 위탁훈련비와 ⁠「산업발전법」에 따라 설립된 한국생산성본부에의 위탁훈련비를 제외한다.

 가. 국가전문행정연수원(국제특허연수부에서 훈련받는 경우에 한한다)

 나. ⁠「산업표준화법」에 따라 설립된 한국표준협회

 라. ⁠「산업디자인진흥법」에 따라 설립된 한국디자인진흥원

 마. 품질관리등에 관한 교육훈련을 목적으로 「민법」 제32조에 따라 설립된 사단법인 한국능률협회

 바. ⁠「상공회의소법」에 따라 설립된 부산상공회의소의 연수원

 3. 「문화산업진흥 기본법」 제31조에 따라 설립된 한국콘텐츠진흥원에 교육을 위탁하는 경우 그 위탁교육비용

 4. ⁠「항공법」에 따른 조종사의 운항자격 정기심사를 받기 위한 위탁교육훈련비용

 5. 해외 호텔 및 해외 음식점에서 조리법을 배우기 위한 위탁교육훈련비용

⑫ 영 별표 6의 제2호바목에서 "기획재정부령으로 정하는 사내기술대학(대학원을 포함한다) 및 사내대학"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것(이하 이 조에서 "사내기술대학등"이라 한다)을 말한다.

 1. 사내기술대학(대학원을 포함한다)의 경우 : 과학기술분야의 교육훈련을 위한 전용교육시설 및 교과과정을 갖춘 사내교육훈련기관으로서 교육부장관이 기획재정부장관과 협의하여 정하는 기준에 해당하는 사내교육훈련기관

 2. 사내대학의 경우 : ⁠「평생교육법」에 따라 설치된 사내대학

⑬ 영 별표 6의 제2호바목에서 "기획재정부령으로 정하는 것"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 비용을 말한다.

 1. 교육훈련용교재비·실험실습비 및 교육용품비

 2. 강사에게 지급하는 강사료

 3. 사내기술대학등에서 직접 사용하기 위한 실험실습용 물품·자재·장비 또는 시설의 임차비

 4. 사내기술대학등의 교육훈련생에게 교육훈련기간 중 지급한 교육훈련수당 및 식비

4. 관련 사례

○ 서면-2015-법령해석법인-0399, 2015.06.19.

    내국법인이 특수관계 있는 국내 기업(이하 ⁠“수탁법인”이라 함)의 전담부서등에 과학기술 분야의 연구개발용역을 위탁하여 수탁법인의 전담부서등에서 해당 용역을 직접 수행하는 경우 그 용역대가로 지급한 비용 중 시가 범위 내의 금액은 연구・인력개발비에 대한 세액공제 적용 가능함

○ 서면-2014-법령해석법인-21771, 2015.02.10.

    내국법인이 특수관계 있는 국내 기업의 부설연구소에 과학기술 분야의 연구개발용역을 위탁하고 용역대가로 지급한 비용(전사적 기업자원 관리설비 등 시스템 개발을 위한 위탁비용은 제외, 이하 ⁠“위탁연구개발비”라 함)은 연구・인력개발비에 대한 세액공제 적용 가능함

출처 : 국세청 2015. 11. 27. 서면-2015-법인-0606[법인세과-2645] | 국세법령정보시스템