요지
중소기업 유예기간이 종료된 기업이 관계기업 적용에 따라 독립성이 위배되는 경우 일반연구·인력개발비에 대한 세액공제 금액은 해당 과세연도에 발생한 일반연구·인력개발비에 조세특례제한법 제10조제1항제3호나목2)에 따른 비율을 곱하여 계산하는 것임
회신
귀 서면질의의 경우, 아래 해석사례(기획재정부 조세특례제도과-1098, 2015.10.02.)를 참조하시기 바랍니다.
○ 기획재정부 조세특례제도과-1098, 2015.10.02.
「조세특례제한법」제10조제1항제3호나목의 일반연구․인력개발비에 대한 세액공제 방식을 선택한 내국인이 같은 법 제10조제1항제3호나목2)에 따른 공제율을 적용받는 기간 중에 같은 법 시행령(2012.2.2. 대통령령 제23590호로 일부개정된 것) 제2조제2항제3호 중 「중소기업기본법 시행령」(2011.12.28. 대통령령 제23412호로 일부개정된 것) 제3조제1항제2호다목에 해당되는 경우 해당 내국인의 소득세 또는 법인세에서 공제하는 일반연구․인력개발비에 대한 세액공제 금액은 해당 과세연도에 발생한 일반연구․인력개발비에 같은 법 제10조제1항제3호나목2)에 따른 비율을 곱하여 계산하는 것임
1. 질의내용
○ 중소기업 유예기간이 종료된 기업이 관계기업 적용에 따라 독립성이 위배되는 경우 등 사유발생시 적용할 연구인력개발비 세액공제율
2. 사실관계
○□□□□(주)는 제조업 영위법인으로 2008사업연도에 중소기업 판단 규모요건 중 자본금 기준 80억원을 초과함으로서
-2008사업연도와 이후 3년간인 2009～2011사업연도는 중소기업 유예 적용을 받고 2012사업연도는 중소기업 유예기간이 종료되어 중소기업으로 보지 않는 1년차가 되었음
○□□□□(주)는 2009사업연도에 자회사를 설립하여 50% 이상 지분율을 보유하고 있는 지배법인이 되어 2012.1.1. 이후 개시하는 사업연도부터 □□□□(주)와 자회사는 관계기업에 해당됨
- 관계기업 적용시 □□□□(주)와 그 자회사의 2012사업연도 매출액 합산액이 1천억원을 초과하여 ‘실질적인 독립성’ 요건을 충족하지 못하였으므로
-실질적 독립성 기준으로도 2012사업연도는 중소기업으로 보지 않는 사업연도에 해당됨
⇨ 따라서 회사는 2012년은 중소기업 판단 규모요건(자본금 기준) 뿐만 아니라 실질적인 독립성 기준(관계기업 기준)으로도 중소기업 요건을 충족하지 못하는 것임
○회사는 발생기준으로 연구 및 인력개발비 세액공제를 하고 있음
3. 관련법령
○ 조세특례제한법 제10조【연구·인력개발비에 대한 세액공제】
① 내국인이 각 과세연도에 연구·인력개발비가 있는 경우에는 다음 각 호의 금액을 합한 금액을 해당 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세만 해당한다) 또는 법인세에서 공제한다. 이 경우 제1호 및 제2호는 2015년 12월 31일까지 발생한 해당 연구·인력개발비에 대해서만 적용한다.(2013.1.1.)
3. 제1호 및 제2호에 해당하지 아니하거나 제1호 및 제2호를 선택하지 아니한 내국인의 연구·인력개발비(이하 이 조에서 "일반연구·인력개발비"라 한다)의 경우에는 다음 각 목 중에서 선택하는 어느 하나에 해당하는 금액. 다만, 해당 과세연도의 개시일부터 소급하여 4년간 일반연구·인력개발비가 발생하지 아니하거나 직전 과세연도에 발생한 일반연구·인력개발비가 해당 과세연도의 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 일반연구·인력개발비의 연평균 발생액보다 적은 경우에는 나목에 해당하는 금액
가. 해당 과세연도에 발생한 일반연구·인력개발비가 직전 과세연도에 발생한 일반연구·인력개발비를 초과하는 경우 그 초과하는 금액의 100분의 40(중소기업의 경우에는 100분의 50)에 상당하는 금액
나. 해당 과세연도에 발생한 일반연구·인력개발비에 다음의 구분에 따른 비율을 곱하여 계산한 금액
1) 중소기업인 경우: 100분의 25
2) 중소기업이 대통령령으로 정하는 바에 따라 최초로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우: 다음의 구분에 따른 비율
가) 최초로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 과세연도의 개시일부터 3년 이내에 끝나는 과세연도까지: 100분의 15
나) 가)의 기간 이후부터 2년 이내에 끝나는 과세연도까지: 100분의 10
3) 대통령령으로 정하는 중견기업이 2)에 해당하지 아니하는 경우: 100분의 8
4) 1)부터 3)까지의 어느 하나에 해당하지 아니하는 경우: 다음 계산식에 따른 비율(100분의 6을 한도로 한다)
100분의 3 + 해당 과세연도의 수입금액에서 일반연구·인력개발비가 차지하는 비율 × 2분의 1
② 제1항제3호에 따른 4년간의 일반연구·인력개발비의 연평균 발생액의 구분 및 계산과 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.
○ 조세특례제한법 시행령 제9조【연구 및 인력개발비에 대한 세액공제】
③ 법 제10조제1항제3호나목에서 "대통령령으로 정하는 바에 따라 최초로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우"란 제2조제2항 각 호 외의 부분 본문 및 같은 조 제5항에 따라 중소기업에 해당하지 아니하게 된 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도와 그 다음 3개 과세연도가 경과한 경우를 말한다.(신설 2010.12.30)
④ 법 제10조제1항제3호나목에서 "대통령령으로 정하는 중견기업"이란 다음 각 호의 요건을 모두 갖춘 기업을 말한다.(신설 2013.2.15)
1. 중소기업이 아닐 것
2. 제2조제1항에 따른 업종을 주된 사업으로 영위할 것
3. ｢독점규제 및 공정거래에 관한 법률｣ 제14조제1항에 따른 상호출자제한기업집단에 속하지 아니할 것
4. 직전 3개 과세연도의 매출액(매출액 계산방법은 제2조제1항 각 호 외의 부분 단서 및 같은 조 제4항에 따른 계산방법과 같고, 과세연도가 1년 미만인 과세연도의 매출액은 1년으로 환산한 매출액을 말한다)의 평균금액이 5천억원 미만인 기업일 것(2013.11.29)
○ 조세특례제한법 시행령 제2조【중소기업의 범위】
① ｢조세특례제한법｣(이하 "법"이라 한다) 제5조제1항 각 호 외의 부분에서 "대통령령으로 정하는 중소기업"이란 작물재배업, 축산업, 어업, 광업, 제조업(제조업과 유사한 사업으로서 기획재정부령으로 정하는 사업을 포함한다. 이하 같다) …(중략)… 일반도시가스사업을 주된 사업으로 영위하는 기업으로서 다음 각 호의 요건을 모두 갖춘 기업(이하 "중소기업"이라 한다)을 말한다. 다만, 상시 사용하는 종업원수가 1천명 이상, 자기자본이 1천억원 이상, 매출액이 1천억원 이상 또는 자산총액이 5천억원 이상인 경우에는 중소기업으로 보지 아니한다. (2013.2.15.)
1. 상시 사용하는 종업원수·자본금 또는 매출액이 업종별로 ｢중소기업기본법 시행령｣ 별표 1의 규정에 의한 규모기준(이하 이 조에서 "중소기업기준"이라 한다) 이내일 것
3. 실질적인 독립성이 ｢중소기업기본법 시행령｣ 제3조제1항제2호에 적합할 것. 이 경우 ｢중소기업기본법 시행령｣ 제3조제1항제2호나목에 따른 주식의 소유는 직접소유 및 간접소유(｢자본시장과 금융투자업에 관한 법률｣에 따른 집합투자기구를 통하여 간접소유한 경우는 제외한다)를 포함하며, 같은 영 제3조제1항제2호다목을 적용할 때 "별표 1의 기준에 맞지 아니하거나 제1항제1호 각 목의 어느 하나에 해당하는"은 "｢조세특례제한법 시행령｣ 제2조제1항 각 호 외의 부분 단서에 따른 기준에 해당하는"으로 본다.
② 제1항의 규정을 적용함에 있어서 중소기업이 그 규모의 확대 등으로 동항 각호외의 부분 단서에 해당되거나 동항 제1호의 기준을 초과함에 따라 중소기업에 해당하지 아니하게 된 때에는 최초로 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도와 그 다음 3개 과세연도까지는 이를 중소기업으로 보고, 동 기간(이하 이 조에서 "유예기간"이라 한다)이 경과한 후에는 과세연도별로 제1항의 규정에 따라 중소기업 해당여부를 판정한다. 다만, 중소기업이 다음 각 호의 어느 하나의 사유로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우에는 유예기간을 적용하지 아니하고, 제2호에 따른 유예기간 중에 있는 기업에 대해서는 합병일이 속하는 과세연도부터 유예기간을 적용하지 아니한다.
1. ｢중소기업기본법｣의 규정에 의한 중소기업외의 기업과 합병하는 경우
2. 유예기간중에 있는 기업과 합병하는 경우
3. 제1항제3호의 규정에 의한 기업외의 기업에 해당되는 경우
4. 창업일이 속하는 과세연도 종료일부터 2년 이내의 과세연도 종료일 현재 중소기업기준을 초과하는 경우
④ 제1항 각호외의 부분 단서 및 같은 항 제1호 및 제3호 후단에 따른 상시 사용하는 종업원수·자기자본·자본금·매출액·자산총액 및 발행주식의 간접소유비율의 계산에 관하여 필요한 사항은 기획재정부령으로 정한다.
⑤ 제1항을 적용할 때 기업이 ｢중소기업기본법 시행령｣ 제3조제1항제2호, 별표 1 및 별표 2의 개정으로 새로이 중소기업에 해당하게 되는 때에는 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도부터 중소기업으로 보고, 중소기업에 해당하지 아니하게 되는 때에는 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도와 그 다음 3개 과세연도까지 중소기업으로 본다.
○ 조세특례제한법 시행규칙 제2조【중소기업의 범위】
④ 영 제2조제1항 각 호 외의 부분 단서 및 같은 항 제1호에 따른 매출액은 기업회계기준에 따라 작성한 손익계산서상의 매출액으로 한다. 다만, 창업·분할·합병의 경우 그 등기일의 다음 날(창업의 경우에는 창업일)이 속하는 과세연도의 매출액을 연간 매출액으로 환산한 금액을 말한다. (2012.2.28)
○ 중소기업기본법 시행령 제3조【중소기업의 범위】 (2011.1.28 개정된 것)
① ｢중소기업기본법｣(이하 "법"이라 한다) 제2조제1항제1호에 따른 중소기업은 다음 각 호의 기준을 모두 갖춘 기업으로 한다.
2. 소유와 경영의 실질적인 독립성이 다음 각 목의 어느 하나에 해당하지 아니하는 기업
다. 관계기업에 속하는 기업의 경우에는 제7조의4에 따라 산정한 상시 근로자 수, 자본금, 매출액, 자기자본 또는 자산총액(이하 "상시근로자수등"이라 한다)이 별표 1의 기준에 맞지 아니하거나 제1항제1호 각 목의 어느 하나에 해당하는 기업
출처 :
국세청 2015. 10. 16. 서면-2013-법령해석법인-17240[법령해석과-2707] | 국세법령정보시스템
