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국고보조금 지급 시 연구용역 부가가치세 과세 여부

서면-2015-부가-0501[부가가치세과-1280]  ·  2015. 08. 18.
질의 및 요약

Q질의내용

  • 정부의 위임을 받은 기관과 계약을 체결하고 연구용역을 수행하여 결과물을 귀속시키는 경우, 국고보조금에 대해 부가가치세가 과세되는지요?

S요약

사업자가 정부 위임 주관기관과 계약을 통해 연구용역을 제공하고 국고보조금을 지급받는 경우, 해당 보조금은 용역 공급의 대가로 간주되어 부가가치세 과세대상이 됨을 국세청이 명시하였습니다. 단, 결과물 소유권은 계약 내용에 따라 정해지므로 반드시 협약서를 확인해야 합니다.
#국고보조금 #부가가치세 #연구용역 #세금계산서 #연구결과물 귀속 #정부출연금
핵심 정리

R회신 내용 서면-2015-부가-0501[부가가치세과-1280]  ·  2015. 08. 18.

  • 국세청 서면-2015-부가-0501[부가가치세과-1280](2015.08.18) 회신에 따름
  • 사업자가 정부의 위임을 받은 주관기관과 계약을 체결하여 용역(예: 연구과제 수행)을 제공하고 결과물을 주관기관에 귀속시키며 국고보조금을 지급받는 경우, 해당 국고보조금은 용역의 공급 대가로 인정되어 부가가치세가 과세된다고 회신하였습니다.
  • 이러한 입장은 기 존재하는 해석례(부가가치세과-1148, 2012.11.22 및 부가가치세과-2544, 2008.08.13)와 동일하며, 연구결과물·지적재산권 등 유형·무형 성과의 소유권이 주관기관에 귀속되는 계약구조가 주요 쟁점임을 명시하였습니다.
  • 다만, 결과물 소유권 귀속여부는 구체적 협약 내용에 따라 결정되므로, 각 계약서를 상세히 검토해야 함을 덧붙였습니다.

L관련 법령 해석

  • 부가가치세법 제11조: 용역의 공급이란 계약상·법률상 원인에 따라 역무 제공 등 모든 경우를 포함
  • 부가가치세법 제29조 제1항·제3항: 용역공급에 대한 대가는 지급 명목을 불문하고 금전적 가치 있는 모든 것을 포함하며, 공급가액으로 과세표준을 삼음
  • 부가가치세법 제29조 제5항 제4호: 용역의 공급과 직접 관련되지 않은 국고보조금은 공급가액 제외
  • 국세청 부가가치세과-1148(2012.11.22): 주관기관 용역 결과를 귀속시킨 경우, 국고보조금은 용역대가로 부가가치세 과세
  • 국세청 부가가치세과-2544(2008.08.13): 연구결과·지적재산권이 주관기관에 귀속될 경우 용역대가로 부가가치세 과세
사례 Q&A
1. 국고보조금을 받은 연구용역은 부가가치세가 붙나요?
답변
연구용역 결과물의 소유권이 주관기관에 귀속되고 국고보조금이 대가로 지급된 경우에는 부가가치세가 과세되는 것이 맞습니다.
근거
국세청 서면-2015-부가-0501 및 부가가치세과-1148 해석례에 따르면, 연구결과물의 귀속과 국고보조금의 지급이 용역 공급의 대가로 판단되기 때문입니다.
2. 정부출연 연구용역에 대한 세금계산서 발급이 의무인가요?
답변
연구비가 용역 대가로 인정되는 경우 세금계산서 발급 의무가 있음을 판단할 수 있습니다.
근거
부가가치세법 제29조 및 관련 유권해석에서 용역의 대가로서의 국고보조금은 과세표준에 포함됨을 명시하고 있습니다.
3. 연구결과물이 참여기관에 소유권이 없는 경우에도 부가세가 나오나요?
답변
연구성과가 전적으로 주관기관에 귀속되면 참여기관 소유권 여부와 무관하게 부가가치세가 과세되는 것이 일반적인 해석입니다.
근거
국세청 부가가치세과-2544, 연구결과물 및 지적재산권이 주관기관(정부)에 귀속될 때 그 대가는 용역 공급의 대가로 부가가치세가 부과됨을 명확히 하였습니다.

* 중앙부처 1차 해석은 부처에서 해석한 내용을 수집·제공하는 공공데이터로, 현재 기준과 다를 수 있습니다. 구체적 사안은 소관 부처에 확인하거나 전문가 상담을 권장합니다.

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유권해석 전문

요지

사업자가 정부의 위임을 받은 기관(이하 주관기관이라 함)과의 계약에 따라 용역을 수행하고 그 결과물을 주관기관에 귀속시키기로 하면서 당해 주관기관으로부터 국고보조금을 지급받는 경우, 당해 국고보조금은 ⁠「부가가치세법」 제7조제1항의 용역의 공급에 따른 대가로 보아 부가가치세가 과세되는 것임

회신

귀 질의의 경우 기존해석사례(부가가치세과-1148 , 2012.11.22)를 보내드리니 참고하시기 바랍니다.
○ 부가가치세과-1148 , 2012.11.22
사업자가 정부의 위임을 받은 기관(이하 주관기관이라 함)과의 계약에 따라 용역을 수행하고 그 결과물을 주관기관에 귀속시키기로 하면서 당해 주관기관으로부터 국고보조금을 지급받는 경우, 당해 국고보조금은 ⁠「부가가치세법」 제7조제1항의 용역의 공급에 따른 대가로 보아 부가가치세가 과세되는 것입니다. 다만, 그 결과물의 소유권이 누구에게 있는 지는 계약내용에 따라 당사자가 결정할 사항입니다.

1. 사실관계

가. 한국정보화진흥원에서 공모한 과제에 당 병원이 선정되어 협약을 체결하였으며 참여기관인 A사는 당 병원과 협약을 체결함(주관-참여 협약서의 내용은 한국정보화진흥원에 선 제출하여 허가받음)

 나. 당 병원이 한국정보화진흥원의 요청으로 계산서를 발급하여 연구비를 수령하였고 협약서 상 연구결과물의 귀속여부가 모두 당 병원(주관기관)에게 소유권이 있으므로 참여기관에서 세금계산서를 수취하고 연구비를 지급함

 다. 사업내용

  - 사업명 : 미래네크워크선도시험망 실증시험

  - 계약관계 : 전담기관(한국정보화진흥원), 주관기관(당 병원), 참여기관(A사)

  - 주관기관 및 참여기관 간 협약체결 : 사업의 수행 과정에서 발생하는 연구기자재, 연구시설 및 시작품, 연구노트 등 유형적 결과물은 주관기관의 소유로 하며 다만, 참여기관이 소유를 목적으로 취득한 유형적 결과물은 해당 참여기관의 소유로 하며(해당 사업과 관련하여 참여기관 소유 목적 취득 유형적 결과물은 없음), 사업의 수행 과정에서 발생하는 지식재산권, 보고서의 판권 등 무형적 결과물은 주관기관의 소유로 함

2. 질의내용

  전담기관(한국정보화진흥원)에 계산서를 교부하여 정부출연금을 수령하고 참여기관에 연구비를 지급할 경우 세금계산서를 수취하는 것인지 여부

3. 관련법령

부가가치세법 제11조 【용역의 공급】

① 용역의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 따른 것으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것으로 한다.

1. 역무를 제공하는 것

2. 시설물, 권리 등 재화를 사용하게 하는 것

② 제1항에 따른 용역의 공급의 범위에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

부가가치세법 제29조 【과세표준】

① 재화 또는 용역의 공급에 대한 부가가치세의 과세표준은 해당 과세기간에 공급한 재화 또는 용역의 공급가액을 합한 금액으로 한다.

③ 제1항의 공급가액은 다음 각 호의 가액을 말한다. 이 경우 대금, 요금, 수수료, 그 밖에 어떤 명목이든 상관없이 재화 또는 용역을 공급받는 자로부터 받는 금전적 가치 있는 모든 것을 포함하되, 부가가치세는 포함하지 아니한다.

1. 금전으로 대가를 받는 경우: 그 대가. 다만, 그 대가를 외국통화나 그 밖의 외국환으로 받은 경우에는 대통령령으로 정한 바에 따라 환산한 가액

2. 금전 외의 대가를 받는 경우: 자기가 공급한 재화 또는 용역의 시가

⑤ 다음 각 호의 금액은 공급가액에 포함하지 아니한다.

1. 재화나 용역을 공급할 때 그 품질이나 수량, 인도조건 또는 공급대가의 결제방법이나 그 밖의 공급조건에 따라 통상의 대가에서 일정액을 직접 깎아 주는 금액

2. 환입된 재화의 가액

3. 공급받는 자에게 도달하기 전에 파손되거나 훼손되거나 멸실한 재화의 가액

4. 재화 또는 용역의 공급과 직접 관련되지 아니하는 국고보조금과 공공보조금

5. 공급에 대한 대가의 지급이 지체되었음을 이유로 받는 연체이자

6. 공급에 대한 대가를 약정기일 전에 받았다는 이유로 사업자가 당초의 공급가액에서 할인해 준 금액

○ 부가가치세과-1148 , 2012.11.22

사업자가 정부의 위임을 받은 기관(이하 주관기관이라 함)과의 계약에 따라 용역을 수행하고 그 결과물을 주관기관에 귀속시키기로 하면서 당해 주관기관으로부터 국고보조금을 지급받는 경우, 당해 국고보조금은 「부가가치세법」 제7조제1항의 용역의 공급에 따른 대가로 보아 부가가치세가 과세되는 것입니다. 다만, 그 결과물의 소유권이 누구에게 있는 지는 계약내용에 따라 당사자가 결정할 사항입니다.

○ 부가가치세과-2544 , 2008.08.13

사업자가 정부출연금을 지급받은 기관과 ⁠“항만시설물의 안정성 평가 및 보수보강 방안수립”에 관한 협약에 따라 연구 과제를 수행하는 경우로서 당해 연구과제 수행에 따른 모든 연구결과물 및 지적재산권 등을 정부 또는 정부출연금을 지급받은 기관이 전적으로 소유·통제하는 경우 사업자가 당해 기관으로부터 지급받은 대가는 용역공급에 대한 대가로서「부가가치세법」제7조 제1항의 규정에 의하여 부가가치세가 과세되는 것임

출처 : 국세청 2015. 08. 18. 서면-2015-부가-0501[부가가치세과-1280] | 국세법령정보시스템