요지

「조세특례제한법」제63조에 따라 수도권과밀억제권역 밖 지역이전 중소기업에 대한 세액감면을 적용받던 중 공장을 일부 임대하거나 동일한 과밀억제권역 밖 지역으로 이전 시 당초 감면받은 세액을 추가납부하여야 하는지 여부

회신

｢조세특례제한법｣ 제63조 규정에 따라 수도권 과밀억제권역 밖 이전 중소기업에 대한 세액감면을 적용 받던 중 수도권 과밀억제권역 밖 지역으로 재이전하거나 이전한 공장 중 일부를 임대하는 경우에도 당초 세액감면 적용대상 과세기간에 발생한 법인세에 대하여는 세액감면을 받을 수 있는 것입니다.
다만, 감면을 받는 기간 중에 한국표준산업분류상의 세분류를 기준으로 이전전의 업종과 다른 새로운 업종을 추가한 경우에는 같은 법 제63조 제1항에 따라 감면이 배제되는 것입니다.

1. 사실관계

○ 질의법인은 인천시 부평구 창천동(수도권 과밀억제권내 지역)에 공장을 운영하면서 제조업을 영위하다가

 - 2014년 인천시 서구 오류동(성장관리권역)에 공장을 이전하였음

○ 질의법인은 2014∼2016년에「조세특례제한법」제63조에 따라 수도권과밀억제권역 밖 지역이전 중소기업에 대한 세액감면을 적용받는 중

  - 다음과 같은 경우 기감면 받은 세액에 대하여 법인세를 추가납부하여야 하는지 질의함

  ⅰ) 현 공장건물 중 일부(약 50%∼70%)를 임대하고 나머지 면적만을 질의법인이 사용하는 경우

  ⅱ) 현 공장건물 전부를 임대하고 질의법인은 인근의 공장건물을 임차하여 사용하는 경우

2. 질의내용

 ○「조세특례제한법」제63조에 따라 수도권과밀억제권역 밖 지역이전 중소기업에 대한 세액감면을 적용받던 중 공장을 일부 임대하거나 동일한 과밀억제권역 밖 지역으로 이전 시 당초 감면받은 세액을 추가납부하여야 하는지 여부

3. 관련법령

○조세특례제한법 제63조【수도권과밀억제권역 밖으로 이전하는 중소기업에 대한 세액감면】

 ① 수도권과밀억제권역에서 2년 이상 계속하여 공장시설을 갖추고 사업을 하는 중소기업(내국인만 해당한다)이 대통령령으로 정하는 바에 따라 수도권과밀억제권역 밖으로 그 공장시설을 전부 이전(본점이나 주사무소가 수도권과밀억제권역에 있는 경우에는 해당 본점이나 주사무소도 함께 이전하는 경우만 해당한다)하여 2017년 12월 31일까지 사업을 개시한 경우에는 이전 후의 공장에서 발생하는 소득에 대하여 이전일 이후 해당 공장에서 최초로 소득이 발생한 과세연도(이전일부터 5년이 되는 날이 속하는 과세연도까지 소득이 발생하지 아니한 경우에는 이전일부터 5년이 되는 날이 속하는 과세연도)와 그 다음 과세연도 개시일부터 6년(「수도권정비계획법」제6조제1항제2호의 성장관리권역, 같은 항 제3호의 자연보전권역, 수도권 외 지역에 소재하는 광역시 및 대통령령으로 정하는 지역으로 이전하는 경우에는 4년) 이내에 끝나는 과세연도에는 소득세 또는 법인세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면하고, 그 다음 3년(「수도권정비계획법」제6조제1항제2호의 성장관리권역, 같은 항 제3호의 자연보전권역, 수도권 외 지역에 소재하는 광역시 및 대통령령으로 정하는 지역으로 이전하는 경우에는 2년) 이내에 끝나는 과세연도에는 소득세 또는 법인세의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면한다.

 ② 제1항에 따라 감면을 적용받은 중소기업이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그 사유가 발생한 과세연도의 과세표준신고를 할 때 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 세액을 소득세 또는 법인세로 납부하여야 한다.

  1. 공장을 이전하여 사업을 개시한 날부터 3년 이내에 그 사업을 폐업하거나 법인이 해산한 경우. 다만, 합병ㆍ분할 또는 분할합병으로 인한 경우에는 그러하지 아니하다.

  2. 대통령령으로 정하는 바에 따라 공장을 수도권과밀억제권역 밖으로 이전하여 사업을 개시한 경우에 해당하지 아니하는 경우

  3. 제1항에 따라 감면을 받는 기간에 수도권과밀억제권역에 제1항에 따라 이전한 공장에서 생산하는 제품과 같은 제품을 생산하는 공장을 설치하거나 본사를 설치한 경우

 ③ 제1항에 따라 감면받은 소득세액 또는 법인세액을 제2항에 따라 납부하는 경우에는 제33조의2제4항의 이자 상당 가산액에 관한 규정을 준용한다.

 ④ ⁠(이하 생략)

○조세특례제한법 시행령 제60조【수도권과밀억제권역 밖으로 이전하는 중소기업에 대한 세액감면】

  ①법 제63조제1항의 규정에 의하여 세액을 감면받을 수 있는 경우는 수도권 과밀억제권역안에 소재하는 공장시설의 소유자가 그 공장시설을 수도권과밀억제권역 밖으로 이전하기 위하여 조업을 중단한 날부터 소급하여 2년 이상 계속 조업(「대기환경보전법」,「수질 및 수생태계 보전에 관한 법률」 또는 ⁠「소음·진동관리법」에 의하여 배출시설이나 오염물질배출방지시설의 개선·이전 또는 조업정지명령을 받아 조업을 중단한 기간은 이를 조업한 것으로 본다)한 실적이 있는 공장을 수도권과밀억제권역 밖으로 이전하여 사업을 개시한 경우로서 다음 각호의 1에 해당하는 경우로 한다.

  1.당해 공장을 수도권과밀억제권역 밖으로 이전한 후 이전일부터 1년 이내에 수도권 과밀억제권역안에 소재하는 구공장을 다른 사람에게 양도하거나 구공장에 남아있는 공장시설의 전부를 철거 또는 폐쇄하여 당해 공장시설에 의한 조업이 불가능한 상태에 있을 것

  2.수도권 과밀억제권역안에 소재하는 공장을 양도 또는 폐쇄한 날(공장의 대지·건물을 임차하여 자기공장 시설을 갖추고 있는 경우에는 공장이전을 위하여 조업을 중단한 날을 말한다. 이하 이 호에서 같다)부터 1년 이내에 수도권과밀억제권역 밖에서 사업을 개시할 것. 다만, 신공장을 신설하는 경우에는 구공장을 양도 또는 폐쇄한 날부터 3년 이내에 사업을 개시할 것

 ②법 제63조제1항에서 "대통령령으로 정하는 지역"이란 다음 표에 따른 지역을 말한다.

 ③법 제63조제2항 각 호 외의 부분에서 "대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 세액"이란 공장의 이전일 이후 법 제63조제1항의 규정에 의하여 감면받은 소득세액 또는 법인세액을 말한다. 이 경우 수도권과밀억제권역 밖으로 이전한 공장이 2 이상인 경우로서 법 제63조제2항제3호에 해당하는 때(본사를 설치한 때를 제외한다)에는 수도권 과밀억제권역안에 설치된 공장의 제품과 동일한 제품을 생산하는 공장의 이전으로 감면받은 분에 한한다.

 ④법 제63조제2항제2호에서 "대통령령으로 정하는 바에 따라 공장을 수도권과밀억제권역 밖으로 이전하여 사업을 개시한 경우"란 제1항에서 정하는 바에 따라 공장을 이전하여 사업을 개시한 경우를 말한다.

○ 조세특례제한법 기본통칙 63-60…2【공장 이전 후 추가 업종에서 발생한 소득의 세액감면 적용 여부】

 수도권 과밀억제권역에서 공장시설을 갖추고 제조업을 영위하던 법인이 당해 공장시설과 수도권 과밀억제권역 안에 소재하던 본점을 수도권 과밀억제권역 밖으로 함께 이전한 후 한국표준산업분류상의 세분류를 기준으로 이전전의 업종과 다른 새로운 업종을 추가한 경우, 그 추가한 업종에서 발생한 소득에 대하여는 법 제63조 규정의 수도권 과밀억제권역 밖으로 이전하는 중소기업에 대한 세액감면을 적용하지 아니한다｣ 제87조제1항제7호에 해당하는 자가 당해 법인의 임원인 경우를 제외한다.

4. 관련사례

○ 법인세과-1952, 2008.8.11.

「조세특례제한법」제63조 규정에 의하여 수도권 과밀억제권역외 지역이전 중소기업에 대한 세액감면이 적용되던 중소기업이 동일한 수도권 과밀억제권역외 지역으로 사업장을 이전한 경우에도 당초 세액감면 적용대상 과세기간에 발생하는 법인세에 대하여는 세액감면을 받을 수 있는 것임

○ 법인, 서면인터넷방문상담2팀-96, 2008.1.15.

 귀 질의의 경우, 수도권과밀억제권역 내·외에 소재하는 공장에서 2년 이상 계속하여 제조업을 영위하던 법인이 동 수도권과밀억제권역 안에 소재하는 공장을 본점과 함께 수도권과밀억제권 외의 지역으로 이전하여「조세특례제한법」제63조의 규정에 따라 공장 지방 이전에 관한 세액감면을 적용받던 중

  당해 수도권과밀억제권역 외의 지역으로 이전한 공장(본점을 포함함)을 당초 수도권과밀억제권 외의 지역에 소재하던 공장으로 재이전하여 당해 공장 이전 전 사업을 계속 영위하는 경우에는 동 규정에 의한 세액감면을 계속 적용받을 수 있는 것이며, 사업 폐지로 인한 감면세액 추징 사유로 보지 아니하는 것임

○ 서면인터넷방문상담1팀-818, 2004.6.16.

 구「조세특례제한법」제63조(2000.12.29. 개정 전) 규정에 의하여 수도권외 지역이전 중소기업에 대한 세액감면(현행 수도권 과밀억제권역외 지역이전 중소기업에 대한 세액감면)이 적용되던 중소기업이 동일한 수도권외 지역(현행 수도권 과밀억제권역외 지역)으로 사업장을 이전한 경우에도 당초 세액감면 적용대상 과세기간에 발생하는 소득세에 대하여는 세액감면을 받을 수 있는 것임

○ 조특, 법인세과-357, 2014.8.22.

공장이전 후 세분류 기준으로 다른 업종을 추가하는 경우 추가한 업종에서 발생한 소득은 감면대상에 해당되지 아니함

○ 서면2팀-1076, 2007.6.1.

 수도권 과밀억제권역 안에서 공장시설을 갖추고 제조업을 영위하던 법인이 당해 공장시설과 수도권 과밀억제권역 안에 소재하던 본점을 수도권 과밀억제권역 외의 지역으로 함께 이전한 후 한국표준산업분류상의 세분류를 기준으로 이전전의 업종과 다른 새로운 업종을 추가한 경우

  그 추가한 업종에서 발생한 소득에 대하여는「조세특례제한법」제63조 제1항 및 같은법 시행령 제54조 제2항의 규정에 따라 수도권과밀억제권역외 지역이전 중소기업 세액감면을 적용하지 아니하는 것임

출처 : 국세청 2017. 12. 08. 서면-2017-법인-0903[법인세과-3382] | 국세법령정보시스템