요지
재화 또는 용역의 공급과 직접 관련되지 아니하는 국고보조금 그 자체는 「부가가치세법」 제29조제5항제4호 규정에 의하여 부가가치세 과세표준에 포함하지 아니하는 것이나, 국고보조금을 지급받은 자가 재화 또는 용역을 공급받고 그 국고보조금으로 대가를 지급하는 경우에는 공급하는 자의 부가가치세 과세표준에 포함됨
회신
재화 또는 용역의 공급과 직접 관련되지 아니하는 국고보조금 그 자체는「부가가치세법」제29조제5항제4호 규정에 의하여 부가가치세 과세표준에 포함하지 아니하는 것이나, 국고보조금을 지급받은 자가 재화 또는 용역을 공급받고 그 국고보조금으로 대가를 지급하는 경우에는 공급하는 자의 부가가치세 과세표준에 포함되어 부가가치세가 과세되는 것으로 매입세금계산서 수취 대상이며 부족한 공사비에 대하여 입주기업들에게 어떻게 배분할 것인지는 당사자간의 약정이나 합의에 따라 결정할 사항입니다.
[관련 참고자료]
1. 사실관계
가.질의자는 A농공단지 입주기업체협의회(수익사업을 하지 않는 비영리법인)로 농공단지 내 오수처리시설물 공사를 위하여 총 공사대금 4억원중 1.5억원을 지방자치단체로부터 보조금을 수령하였으며, 나머지 공사대금 2.5억원은 입주기업들에게 분배하여 공사대금에 충당할 예정임
나.질의자는 총공사대금 4.4억원(부가가치세 포함)이 필요하나 국가보조금 1.5억과 관련하여 부가가치세 1,500만원이 부족하며, 2.5억원에 대하여만 입주기업들에게 세금계산서를 발급하려고 함
2. 질의내용
가.지방자치단체로부터 수령한 보조금 관련 세금계산서 처리 방법
나.부족한 공사비를 입주기업들에게 배부하는 방법
3. 관련된 법령 및 기존 해석사례
○ 부가가치세법 제29조 【과세표준】
⑤ 다음 각 호의 금액은 공급가액에 포함하지 아니한다.
4.재화 또는 용역의 공급과 직접 관련되지 아니하는 국고보조금과 공공보조금
○ 부가가치세과-3484, 2008.10.7.
재화 또는 용역의 공급과 직접 관련되지 아니하는 국고보조금 그 자체는 「부가가치세법시행령」 제48조제10항의 규정에 의하여 부가가치세 과세표준에 포함하지 아니하는 것이나, 국고보조금을 지급받은 자가 재화 또는 용역을 공급받고 그 국고보조금으로 대가를 지급하는 경우에는 부가가치세 과세표준에 포함하는 것임
○ 부가46015-3851, 2000.11.27
사업자가 국고보조금 교부대상이 되는 재화 또는 용역을 공급하고 국가 등으로부터 그 대가를 직접 교부받는 국고보조금은 부가가치세법 제13조 제2항 제6호의 규정에 의하여 부가가치세 과세표준에 포함되지 아니하는 것이나, 귀 질의와 같이 재화나 용역을 공급받는 자가 국고보조금을 재원으로 하여 그 대가를 지급하는 경우에는 부가가치세 과세표준에 포함되는 것입니다.
○ 부가46015-2850, 1997.12.20
【질의】
영농조합법인이 시설자금으로 국고보조금을 지급받는 경우 수령한 국고보조금과 영농조합법인 자체부담분을 합하여 시설공급자에게 대가를 지급하는 바 현재 시설공급자는 국고보조금을 포함한 시설공급대가 전액에 대하여 부가가치세를 거래징수하는 바 (이유 : 국고보조금이 국가에서 직접 시설공급자에게 제공되는 경우 과세표준에 포함되지 않으나 국고보조금을 수령한 자에게서 대가를 지급받는 경우에는 과세표준에 포함된다는 취지의 예규가 있음(소비22601-740, 1989. 7. 11). 이 경우 영농조합법인은 국고보조금에까지 부가가치세를 부담하게 되는 상황임. 더욱이 영농조합법인은 면세사업자가 많은 바 부담한 부가가치세의 공제가 되지 않음.
(질문)
영농조합법인이 시설자금으로 국고보조금을 수령하여 자체부담분과 함께 시설공급자에게 대가를 지급하는 경우 시설공급자의 과세표준에 동 국고보조금이 포함되는지 여부
【회신】
영농조합법인이 재화나 용역을 공급받고 국고보조금을 재원으로 하여 대가를 지급하는 경우에는 부가가치세가 과세되는 것임.
출처 :
국세청 2014. 07. 18. 부가가치세과-660 | 국세법령정보시스템
