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연구 및 인력개발준비금 임의환입 및 손금계상 특례

법인세과-371  ·  2014. 09. 01.
질의 및 요약

Q질의내용

  • 연구 및 인력개발준비금을 손금 산입한 사업연도 이후 기한 전에 임의로 환입한 경우(예: 미사용분 착각으로 조기 환입), 해당 환입금액 중 미사용분과 초과 환입분의 법인세 처리 방식은 어떻게 되는지요?

S요약

내국법인이 연구 및 인력개발준비금을 손금으로 계상한 사업연도 이후에 해당 준비금을 기한 전에 임의환입하는 경우, 미사용된 준비금 중 먼저 계상한 것부터 환입한 것으로 보게 됩니다. 환입한 금액에는 이자상당액을 법인세에 가산해야 하며, 미사용 준비금을 초과하여 환입된 부분은 손금으로 인정받지 못함에 유의하셔야 합니다.
#연구개발준비금 #인력개발준비금 #임의환입 #조기환입 #손금계상 #익금산입
핵심 정리

R회신 내용 법인세과-371  ·  2014. 09. 01.

  • 회신 주체·출처: 국세청, 법인세과-371(2014.09.01)
  • 연구 및 인력개발준비금을 손금으로 계상한 후, 해당 사업연도 이후 기한 전에 임의환입한 경우, 미사용된 준비금 중 먼저 계상한 것부터 환입한 것으로 봅니다.
  • 이 때 환입금액에 대해서는 조세특례제한법 제4조 제4항 이자상당액을 가산하여 법인세에 추가 납부하여야 함을 유의하셔야 합니다.
  • 준비금 임의환입액이 미사용 준비금을 초과할 경우, 초과분에 대해서는 법인세법 시행령 제98조 제1항에 따라 해당 금액은 손금으로 계상한 것으로 보지 아니합니다.
  • 임의환입 실수로 인해 익금산입을 취소하고 이후 정상적으로 3년 균등 환입 절차를 적용하는 것은 기존 회신례에 따라 가능한 것으로 판단됩니다.
  • 관련 기존 회신(서이46012-11955 등)에서도 같은 방식으로 유권해석한 바 있으니 참고 바랍니다.

L관련 법령 해석

  • 조세특례제한법 제9조(연구ㆍ인력개발준비금의 손금산입): 연구 및 인력개발비용 충당을 위한 준비금의 손금산입 및 환입 절차, 조기 환입 가능
  • 조세특례제한법 기본통칙 4-0…1: 미사용된 준비금 임의환입 시 환입액을 익금에 산입, 이자상당액 가산 규정
  • 법인세법 시행령 제98조: 준비금 손금계상 특례와 환입시 손금불산입(초과 환입시 손금계상 불인정)
  • 조세특례제한법 제9조 제4항: 연구ㆍ인력개발비 미사용액 익금환입시 이자상당액 가산
  • 법인세법 기본통칙 61-98…1·2: 준비금의 손금불산입·환입계상 특례 및 상계 입증요건
사례 Q&A
1. 연구 및 인력개발준비금의 임의 조기환입시 세무상 처리는 어떻게 되나요?
답변
임의환입한 금액은 미사용된 준비금 중 먼저 계상한 준비금부터 환입한 것으로 보아 익금에 산입하며, 이자상당액을 추가로 납부해야 합니다.
근거
조세특례제한법 기본통칙 4-0…1과 국세청 유권해석에 따라 임의환입액은 미사용 준비금 순으로 익금환입하며, 이자상당액은 법인세에 가산합니다.
2. 임의환입액이 미사용 준비금을 초과한다면 손금산입이 인정되나요?
답변
초과하여 환입한 금액에 대해서는 손금으로 계상한 것으로 인정받지 못합니다.
근거
법인세법 시행령 제98조 제1항 규정과 유권해석에서, 미사용 준비금 초과 환입분은 손금불산입 처리함을 명시하였습니다.
3. 준비금 임의환입 실수 시 정상 환입(3년 균등)으로 복구 가능성이 있나요?
답변
익금산입 취소 후 정상적인 3년 균등 환입절차를 적용하는 것이 가능한 것으로 보입니다.
근거
국세청 유권해석 및 서이46012-11055 회신사례에서 실수 환입 후 정상 환입 진행에 대한 안내가 있습니다.

* 중앙부처 1차 해석은 부처에서 해석한 내용을 수집·제공하는 공공데이터로, 현재 기준과 다를 수 있습니다. 구체적 사안은 소관 부처에 확인하거나 전문가 상담을 권장합니다.

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유권해석 전문

요지

연구 및 인력개발준비금을 손금으로 계상한 사업연도 이후에 동 준비금상당액을 기한전에 임의환입하는 경우에는 미사용된 준비금 중 먼저 계상한 준비금부터 환입한 것으로 보는 것임.

회신

귀 질의(①, ②)의 경우 아래 회신사례를 참고하시기 바랍니다.
※ 서이46012-11955  ⁠(2003.11.12)
귀 질의의 경우 내국법인이 조세특례제한법 제9조의 연구 및 인력개발준비금(이하 ⁠“준비금”이라 함)을 결산을 확정함에 있어서 손금으로 계상한 사업연도 이후에 동 준비금상당액 중 전부 또는 일부를 같은조에서 정한 기한전에 임의환입하는 경우에는 당해 사업연도까지 미사용된 준비금 중 먼저 계상한 준비금부터 환입한 것으로 보는 것이며,
이 경우 미사용된 준비금 중 익금에 환입하는 금액에 대하여는 같은법 제4조 제4항의 규정에 의한 이자상당액을 법인세에 가산하여 납부하여야 하는 것이고, 미사용된 준비금을 초과하여 환입된 준비금은 법인세법시행령 제98조 제1항의 규정에 의하여 당해 준비금을 손금계상한 것으로 보지 아니하는 것입니다.
또한, 조세특례제한법 제9조 제2항 제1호의 규정에 의하여 각 사업연도별로 익금에 산입할 금액에 대하여는 우리센터의 유사사례에 대한 기존 질의회신서이46012-11055(2003.5.27.)호의 내용을 참고하시기 바랍니다.

1. 질의내용

 ① 연구 및 인력개발준비금으로 사용한 금액에 대하여는 3년째 되는 날로부터 3년간 균등 환입하여야 하나, 미사용분으로 착각하여 조기환입한 경우, 익금산입을 취소하고 조특법 제9조 제2항 제1호의 규정에 따라 3년간 균등 환입하면 되는 것인지 여부

 ② 위와 같이 일시 환입한 것이 「법인세법 시행령」제98조 제1항에 의한 그 적립금을 처분한 경우로서 손금으로 계상한 것으로 보지 않는 경우에 해당하는지 여부

2. 사실관계

 ○질의법인의 연구 및 인력개발준비금 적립과 사용, 환입은 다음과 같이 처리하였음.

  - ’11.12.31. 연구 및 인력개발준비금 적립 1억 원(손금산입)

  - ’12.1.1.~12.31. : 연구 및 인력개발준비금 전액 사용 1억 원

  - ’12.12.31. 연구 및 인력개발준비금 전액 임의환입 1억 원(익금산입)

    * 연구 및 인력개발준비금을 전액 환입한 것은 미사용분으로 착각하여 환입한 것임.

  - ’14. 4. : 연구 및 인력개발준비금 임의환입을 취소하는 경정청구 신청

3. 관련 법령

법인세법 제61조【준비금의 손금 계상 특례】

① 내국법인이「조세특례제한법」에 따른 준비금을 세무조정계산서에 계상하거나「주식회사의 외부감사에 관한 법률」제3조에 따른 감사인의 회계감사를 받는 비영리내국법인이 제29조에 따른 고유목적사업준비금을 세무조정계산서에 계상한 경우로서 그 금액에 상당하는 금액이 해당 사업연도의 이익처분에 있어서 그 준비금의 적립금으로 적립되어 있는 경우 그 금액은 손금으로 계상한 것으로 본다.

② 제1항에 따른 준비금의 손금 계상 및 그 금액의 처리에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

법인세법 시행령 제98조 【준비금 등에 대한 손금계상의 특례】

① 법 제61조제1항의 규정에 의하여 손금에 산입한 준비금은 당해 준비금을 익금에 산입할 때 그 적립금을 처분하여야 한다. 이 경우 당해 준비금을 익금에 산입하기 전에 그 적립금을 처분한 경우에는 동항의 규정에 의하여 손금으로 계상한 것으로 보지 아니한다.

② 내국법인이 이 영 또는「조세특례제한법 시행령」에 따른 일시상각충당금 또는 압축기장충당금을 제97조제4항의 규정에 의한 세무조정계산서에 계상하고 이를 법인세 과세표준신고시 손금에 산입한 경우 그 금액은 손금으로 계상한 것으로 본다. 이 경우 각 자산별로 당해 자산의 일시상각충당금 또는 압축기장충당금과 감가상각비에 관한 명세서를 세무조정계산서에 첨부하여 제출하여야 한다.

법인세법 기본통칙 61-98…1【준비금등의 손금계상 특례규정 적용 】

  법 제61조 제1항의 규정에 의하여 손금에 산입한 준비금이 다음 각 호에 해당하는 경우에는 적립하여야 할 금액에 미달하게 적립한 적립금 또는 처분하여야 할 금액을 초과하여 처분한 적립금에 상당하는 준비금을 당해 준비금을 손금계상한 사업연도에 손금불산입한다. 이 경우 적립금에는 기업회계기준에 따라 당해사업연도에 세무조정계산서에 손금으로 산입한 준비금 및 특별감가상각충당금으로 인한 법인세 효과를 고정부채인 이연법인세대로 계상한 금액을 포함한다.

1. 당해 준비금을 손금산입한 사업연도의 이익처분에 있어서 당해 준비금에 상당하는 적립금을 적립하지 아니하거나 일부만을 적립하는 경우. 다만 당해 사업연도의 처분가능이익이 없거나 부족한 경우에는 처분가능이익을 한도로 적립할 수 있으며 그 부족액은 다음 사업연도 이후에 추가 적립하여야 한다.

2. 당해 준비금을 익금에 산입하는 사업연도의 이익처분에 있어서 익금산입에 상당하는 적립금을 초과하여 처분하는 경우

법인세법 기본통칙 61-98…2 【 준비금의 환입계상특례 】

  당기에 환입하여야 할 준비금 상당액을 당기에 설정한 당해 준비금 상당액에서 차감하여 상계하였음이 기장내용과 신고서에 첨부된 준비금명세서에 의하여 객관적으로 입증되는 경우에 한하여 그 상계부분을 각각 익금 및 손금에 산입한 것으로 본다.

조세특례제한법 제9조【연구ㆍ인력개발준비금의 손금산입】

① 내국인이 2013년 12월 31일 이전에 끝나는 과세연도까지 연구개발 및 인력개발(이하 "연구ㆍ인력개발"이라 한다)에 필요한 비용에 충당하기 위하여 연구ㆍ인력개발준비금을 적립한 경우에는 해당 과세연도의 수입금액(「법인세법」 제43조의 기업회계기준에 따라 계산한 매출액을 말한다. 이하 제10조에서 같다)에 100분의 3을 곱하여 산출한 금액의 범위에서 해당 과세연도의 소득금액을 계산할 때 해당 금액을 손금에 산입한다.

② 제1항에 따라 손금에 산입한 연구ㆍ인력개발준비금은 다음 각 호에 따라 익금에 산입한다.

1. 해당 준비금을 손금에 산입한 과세연도가 끝나는 날 이후 3년이 되는 날이 속하는 과세연도가 끝나는 날까지 연구ㆍ인력개발에 필요한 비용(새로운 서비스 및 서비스 전달체계를 개발하기 위한 연구개발의 경우 자체 연구개발에 필요한 비용만 해당한다) 중 대통령령으로 정하는 비용(이하 "연구ㆍ인력개발비"라 한다)에 사용한 금액에 상당하는 준비금은 그 3년이 되는 날이 속하는 과세연도부터 각 과세연도의 소득금액을 계산할 때 그 준비금을 36으로 나눈 금액에 해당 과세연도의 개월 수를 곱하여 산출한 금액을 익금에 산입한다.

2. 손금에 산입한 준비금이 제1호에 따라 익금에 산입할 금액을 초과하면 그 초과하는 부분에 상당하는 준비금은 그 준비금을 손금에 산입한 과세연도가 끝나는 날 이후 3년이 되는 날이 속하는 과세연도의 소득금액을 계산할 때 익금에 산입한다. 다만, 준비금을 손금에 산입한 후 사업계획 등이 변경되어 연구ㆍ인력개발에 사용하지 아니하게 된 금액은 그 3년이 되는 날이 속하는 과세연도 전에 익금에 산입할 수 있다.

③ 제1항에 따라 손금에 산입한 연구ㆍ인력개발준비금이 있는 내국인에게 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생하면 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도의 소득금액을 계산할 때 익금에 산입하지 아니한 연구ㆍ인력개발준비금 전액을 익금에 산입한다.

1. 해당 사업을 폐업하였을 때

2. 법인이 해산하였을 때. 다만, 합병 또는 분할(분할합병을 포함한다)로 인하여 해산하는 경우로서 합병법인, 분할로 인하여 신설되는 법인 또는 분할합병의 상대방 법인이 해당 연구ㆍ인력개발준비금을 승계한 때에는 그러하지 아니하다.

④ 제2항 제2호 또는 제3항에 따라 연구ㆍ인력개발준비금을 익금에 산입하는 경우 해당 준비금 중 연구ㆍ인력개발에 사용하지 아니한 금액에 상당하는 준비금에 대해서는 해당 과세연도 과세표준신고를 할 때 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 이자상당 가산액을 소득세 또는 법인세로 납부하여야 하며 해당 세액은 「소득세법」 제76조 또는 「법인세법」 제64조에 따라 납부하여야 할 세액으로 본다.

⑤ 제1항에 따른 연구개발은 과학적 또는 기술적 진전을 이루기 위한 활동과 새로운 서비스 및 서비스 전달체계를 개발하기 위한 활동을 말하고, 인력개발은 내국인이 고용하고 있는 임원 또는 사용인을 교육ㆍ훈련시키는 활동을 말하며 그 구체적인 범위는 대통령령으로 정한다.

⑥ 제1항을 적용받으려는 내국인은 대통령령으로 정하는 바에 따라 연구ㆍ인력개발준비금 명세서를 제출하여야 한다.

조세특례제한법 기본통칙 4-0…1【 준비금의 임의환입 특례 】

① 이 법에 규정한 준비금(손실준비금을 제외한다)을 설정한 내국인이 미사용된 준비금상당액 중 전부 또는 일부를 법이 정한 기한 전에 임의로 익금에 환깁하는 경우에는 이를 환입한 과세연도의 익금으로 본다. 이 경우 당해 익금에 환입하는 금액에 대하여는 법 제4조 제4항의 규정에 의한 이자상당액을 법인세 또는 소득세에 가산하여 납부하여야 한다.

 ② 제1항의 규정을 적용함에 있어서 임의환입액은 당해 과세연도까지 미사용된 준비금 중 먼저 설정한 준비금부터 환입한 것으로 본다.

 ③ 내국인이 이 법에서 정한 손실준비금 및 손실준비금 외의 준비금 중 사용된 금액을 익금에 환입함에 있어서 각 규정에 의하여 익금에 환입하여야 할 금액을 초과하여 환입한 금액은 이를 익금에 산입하지 아니한다.

 ④ 당기에 환입하여야 할 준비금 상당액을 당기에 설정할 준비금상당액에서 차감하여 상계하였음이 기장내용과 신고서에 첨부된 준비금명세서에 의하여 객관적으로 입증되는 경우에 한하여 그 상계 부분을 각각 익금 및 손금에 산입한 것으로 본다.

조세특례제한법 기본통칙 9-8…1【연구 및 인력개발비의 용어정의 등 】

① 영 별표6에서 규정하는 용어의 정의 및 그 적용범위는 다음 각 호와 같다.

1. ¨인건비¨라 함은 명칭여하에 불구하고 근로의 제공으로 인하여 지급하는 비용을 말하며,「소득세법」제22조의 퇴직소득에 해당하는 금액 및 퇴직급여충당금전입액을 포함하지 아니한다.

2. 자체연구개발을 위한 비용 중 ②의 ¨연구¨라 함은「기술개발촉진법」제2조 제1호의 ¨기술개발¨을 말한다.

3. 자체연구개발을 위한 비용에는 전담부서에서 사용하는 사무용품비등 소모품비와 복리후생비를 포함하지 아니한다.

조세특례제한법 시행령 제8조【연구 및 인력개발준비금의 범위 등】

① 법 제9조제2항제1호에서 "대통령령으로 정하는 비용"이란 법 제9조제5항에 따른 연구개발 및 인력개발을 위한 비용으로서 별표 6의 비용을 말한다. 다만, 다음 각 호에 해당하는 비용은 제외한다.

1. 법 제10조의2에 따른 연구개발출연금등을 지급받아 연구개발비로 지출하는 금액

2. 국가, 지방자치단체, ⁠「공공기관의 운영에 관한 법률」에 따른 공공기관 및 ⁠「지방공기업법」에 따른 지방공기업으로부터 연구개발 등을 목적으로 출연금 등의 자산을 지급받아 연구개발비로 지출하는 금액

② 제1항의 연구개발에는 다음 각 호의 활동을 포함하지 아니한다.

1. 일반적인 관리 및 지원활동

2. 시장조사와 판촉활동 및 일상적인 품질시험

3. 반복적인 정보수집 활동

4. 경영이나 사업의 효율성을 조사·분석하는 활동

5. 특허권의 신청·보호 등 법률 및 행정 업무

6. 광물 등 자원 매장량 확인, 위치확인 등을 조사·탐사하는 활동

7. 위탁받아 수행하는 연구활동

③ 법 제9조제4항에서 "대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 이자상당 가산액"이란 제1호의 금액에 제2호의 기간과 제3호의 율을 곱하여 계산한 금액을 말한다.

1. 연구·인력개발준비금을 손금에 산입한 과세연도에 그 준비금을 손금에 산입하지 아니하고 계산한 소득세액 또는 법인세액에서 그 준비금을 손금에 산입하여 계산한 소득세액 또는 법인세액을 뺀 금액

2. 손금에 산입한 과세연도의 다음 과세연도의 개시일부터 익금에 산입한 과세연도의 종료일까지의 기간

3. 1일 1만분의 3

④ 법 제9조제1항을 적용받으려는 내국인은 과세표준신고와 함께 기획재정부령으로 정하는 연구·인력개발준비금 명세서를 제출하여야 한다.

4. 관련 사례

○ 법인 22601-2134 ⁠(1991.11.12.)

  귀 질의의 경우 외부회계감사대상법인이 「법인세법 시행령」 제84조의 규정에 의하여 손금에 산입한 준비금에 상당하는 잉여금을 적립금으로 적립한 후 동 준비금을 익금산입 시에 그 적립된 금액을 처분(이입)하여야 하는 것이나, 익금산입 시 처분(이입)하지 아니한 경우 동 적립금은 임의적립금으로 보는 것임.

○ 법인 22601-1844 ⁠(1985.6.19.)

1. 「법인세법 시행령」 제84조의 외부회계감사대상법인이 「조세감면규제법」 제13조에 규정하는 투자준비금을 기왕연도에 손금에 산입한 후 「법인세법 시행령」 제84조의 준비금의 손금계상특례규정에 의한 회계처리로 수정하기 위하여 동 준비금 상당액을 단순히 전기손익수정이익으로 대체하고 이익처분에 있어서 적립금으로 적립한 경우에는 동 준비금의 임의환입으로 볼 수 없는 것이며,

 2. 이 경우 당해사업연도의 처분가능이익이 없거나 부족한 경우에는 처분가능이익을 한도로 적립할 수 있으며 그 부족액은 다음 사업연도 이후에 추가 적립하여야 하는 것임.

○ 서이46012-11955 ⁠(2003.11.12.)

  귀 질의의 경우 내국법인이 「조세특례제한법」 제9조의 연구 및 인력개발준비금(이하 ⁠“준비금”이라 함)을 결산을 확정함에 있어서 손금으로 계상한 사업연도 이후에 동 준비금상당액 중 전부 또는 일부를 같은조에서 정한 기한 전에 임의 환입하는 경우에는 당해 사업연도까지 미사용된 준비금 중 먼저 계상한 준비금부터 환입한 것으로 보는 것이며,

  이 경우 미사용된 준비금 중 익금에 환입하는 금액에 대하여는 같은법 제4조 제4항의 규정에 의한 이자상당액을 법인세에 가산하여 납부하여야 하는 것이고, 미사용된 준비금을 초과하여 환입된 준비금은 「법인세법 시행령」 제98조 제1항의 규정에 의하여 당해 준비금을 손금계상한 것으로 보지 아니하는 것입니다.

  또한, 「조세특례제한법」 제9조 제2항 제1호의 규정에 의하여 각 사업연도별로 익금에 산입할 금액에 대하여는 우리센터의 유사사례에 대한 기존 질의회신 서이46012-11055(2003.5.27.)호의 내용을 참고하시기 바랍니다.

○ 서이46012-11055 ⁠(2003. 5. 27.)

  중소기업투자준비금을 손금에 산입한 사업연도 이후에 동 준비금의 적립금 중 일부를 임의 처분함으로써 「법인세법 시행령」 제98조 제1항 규정에 의하여 당해 준비금을 손금계상한 것으로 보지 않게 되는 경우,

「조세특례제한법」 제4조 제2항 제1호의 규정에 의하여 각 사업연도별로 익금에 산입할 금액은 동호의 규정에 의한 자본적 지출에 소요된 금액에 상당하는 준비금(「법인세법 시행령」 제98조 제1항의 규정에 의한 손금부인액 상당액을 차감하지 아니한 금액)을 36으로 나눈 금액에 당해 사업연도의 월수를 곱하여 산출한 금액으로 하는 것이고,

  익금에 산입할 금액의 누계액은 동호의 규정에 의한 자본적 지출에 소요된 금액에 상당하는 준비금에서 「법인세법 시행령」 제98조 제1항의 규정에 의한 손금부인액 상당액을 차감한 금액을 한도로 하는 것입니다.

    * 즉, 법이 정한 기한 전에 임의환입하는 경우에는 해당 임의환입금액 상당액은 당초 손금계상한 사업연도의 손금에서 부인하는 것이라는 뜻.

○ 서면인터넷방문상담2팀-439 ⁠(2006.2.28.)

  귀 질의의 경우 「조세특례제한법」 제9조 제1항의 규정에 의하여 연구 및 인력개발 준비금을 손금에 산입하고 당해 사업연도 이익처분시 동 준비금의 적립금을 적립한 법인이 같은 법 같은 조 제2항의 규정에 의한 익금산입 시기가 도래하기 전에 「기업회계기준」 제78조 제2호의 규정에 따라 동 준비금을 결손금에 보전한 경우 「법인세법 시행령」 제98조 제1항의 규정에 의한 적립금의 기한 전 처분으로 보지 아니하는 것이나, 그 후 최초로 처분 가능익이 발생한 사업연도의 이익처분 시 동 준비금에 상당하는 적립금을 다시 적립하여야 하는 것입니다.

○ 서면인터넷방문상담2팀-1497 ⁠(2007. 8. 10.)

1. 질의1의 경우) 법인세법 제61조 제1항의 규정에 의하여 손금에 산입한 준비금이 법인세법 기본통칙 61-98-1 제1호 단서규정을 제외하고 손금산입한 사업연도의 이익처분에 있어서 당해 준비금에 상당하는 적립금을 적립하지 아니하거나 일부만을 적립하는 경우에는 미달하게 적립한 적립금에 상당하는 준비금을 당해 준비금을 손금계상한 사업연도에 손금불산입하는 것이며,

질의2의 경우) 법인세법 제61조 제1항의 규정에 의하여 손금에 산입한 준비금은 당해 준비금을 익금에 산입할 때 그 적립금 을 처분하여야 하며, 이 경우 당해 준비금을 익금에 산입하기 전에 그 적립금을 처분한 경우에는 손금으로 계상한 것으로 보지 아니하는 것입니다.

출처 : 국세청 2014. 09. 01. 법인세과-371 | 국세법령정보시스템