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공익사업 시행자 지정 전 토지 양도 시 양도소득세 감면 적용

서면법규과-608  ·  2014. 06. 18.
질의 및 요약

Q질의내용

  • 공익사업 시행자로 지정되기 전 사업자에게 2년 이상 보유한 토지를 2015년 12월 31일 이전에 양도한 경우에도, 양도소득세 감면을 받을 수 있는지요?

S요약

거주자가 공익사업의 시행자로 지정되기 전 사업자에게 2년 이상 보유한 토지를 2015년 12월 31일 이전에 양도하고, 해당 과세기간의 과세표준신고를 적기에 이행한 경우, 지정 전 사업자가 5년 이내 시행자 지정을 받으면 조세특례제한법에 따라 양도소득세 감면이 가능한 것으로 판단됩니다.
#공익사업 #사업시행자 #양도소득세 #감면 #시행자 지정 전 #조세특례제한법
핵심 정리

R회신 내용 서면법규과-608  ·  2014. 06. 18.

  • 국세청 서면법규과-608(2014.06.18) 회신·해석임을 밝힙니다.
  • 공익사업 시행자로 지정되기 전의 사업자에게 2년 이상 보유한 토지를 2015년 12월 31일 이전에 양도하고, 양도 시 해당 과세기간의 신고를 법정기한 내 이행한 경우, 이후 5년 이내에 그 사업자가 공익사업 시행자 지정을 받았다면 조세특례제한법 제77조 제2항에 따라 양도소득세 감면이 가능합니다.
  • 이 경우 감면받을 수 있는 양도소득세는 양도 당시의 관련 법률 규정 및 감면율에 따라 적용되며, 사후에 감면율이 변경되어도 양도 시점을 기준으로 판단하게 됩니다.
  • 감면을 받으려면 사업자(시행자)가 지정된 날로부터 2개월 이내에 관련 감면신청서를 증빙서류와 함께 세무서에 제출해야 하며, 신고 기한 준수 등 절차적 요건도 반드시 충족해야 합니다.
  • 만약 사업자 지정 조건 불충족 또는 사업 미착수 등 사유 발생 시 감면세액 환수 또는 추징 등의 불이익이 발생할 수 있음에 유의하여야 합니다.

L관련 법령 해석

  • 조세특례제한법 제77조 제1, 2항: 2년 이상 보유 토지를 공익사업 시행자 또는 지정 전 사업자에게 2015년 12월 31일 이전 양도 시 양도소득세 감면 규정
  • 조세특례제한법 시행령 제72조: 감면신청서 제출 등 감면 절차 및 사후 관리
  • 조세특례제한법 기본통칙 77-0…2: 수용 범위에 협의 매매도 포함됨을 명시
  • 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률 제4조: 공익사업의 정의와 범위
  • 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률 제20조, 제22조: 사업시행자 사업인정 및 고시 절차
사례 Q&A
1. 공익사업 시행자 지정 전 토지 양도 시 세제 혜택이 있나요?
답변
네, 시행자 지정 전 사업자에게 2년 이상 보유한 토지를 2015년 12월 31일 이전 양도한 경우, 특정 요건 충족 시 양도소득세 감면 대상이 될 수 있습니다.
근거
조세특례제한법 제77조 제2항과 국세청 유권해석에 근거합니다.
2. 사업시행자 지정은 토지 양도 후 언제까지 이루어져야 하나요?
답변
토지 양도일부터 5년 이내에 사업시행자 지정이 이루어지면 감면 요건이 충족됩니다.
근거
조세특례제한법 제77조 제2항 및 국세청 서면해석 회신 근거.
3. 토지 양도 후 양도소득세 감면 신청은 어떻게 해야 하나요?
답변
사업시행자 지정일로부터 2개월 이내 세액감면신청서와 확인서류를 세무서에 제출하면 됩니다.
근거
조세특례제한법 시행령 제72조에 따른 절차 및 요건을 참고해야 합니다.

* 중앙부처 1차 해석은 부처에서 해석한 내용을 수집·제공하는 공공데이터로, 현재 기준과 다를 수 있습니다. 구체적 사안은 소관 부처에 확인하거나 전문가 상담을 권장합니다.

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유권해석 전문

요지

거주자가 공익사업의 시행자로 지정되기 전의 사업자에게 2년 이상 보유한 같은 법 제1항제1호의 공익사업에 필요한 토지등을 15.12.31.이전에 양도하고 해당 토지등을 양도한 날이 속하는 과세기간의 과세표준신고를 법정신고기한까지 한 경우로서 지정 전 사업자가 그 토지등의 양도일부터 5년 이내에 사업시행자로 지정받은 경우에는 감면가능

회신

거주자가 「조세특례제한법」 제77조 제1항제1호에 따른 공익사업의 시행자로 지정되기 전의 사업자(이하 ⁠“지정 전 사업자”)에게 2년 이상 보유한 같은 법 제1항제1호의 공익사업에 필요한 토지등을 2015년 12월 31일 이전에 양도하고 해당 토지등을 양도한 날이 속하는 과세기간의 과세표준신고를 법정신고기한까지 한 경우로서 지정 전 사업자가 그 토지등의 양도일부터 5년 이내에 사업시행자로 지정받은 경우에는 같은 법 제2항에 따른 양도소득세 감면을 받을 수 있는 것입니다.

1. 사실관계

 ○xxx교육청은 교육부 중앙투융자심사위원회로부터 ○○중학교의 설립승인을 받았으며

  -현재 거창군수와 도시관리계획(학교용지) 결정을 위해 협의 중에 있음

 ○학교용지 예정지가 농업진흥구역 해제 등으로 ’14년 7~8월 중 도시관리 계획 결정고시가 있을 것으로 예상되며

  - 토지 등에 대한 보상열람공고는 아직 이루어지지 않았음

 ○경상남도 교육청은 토지등 소유자(’10년 취득)와 ’14.4월에 토지 및 지장물 보상계약을 체결하여 보상금 전부를 지급하거나

  -또는 ’14.4월에 계약을 체결하고 보상금 일부를 지급한 후 ’14.6월에 잔금을 지급할 예정임

2. 신청내용

 ○사업인정고시가 없는 경우에도 「조세특례제한법」 제77조에 따른 공익사업용 토지 등에 대한 양도소득세 감면을 적용하는지 여부

3. 관련법령

조세특례제한법 제77조 【공익사업용 토지 등에 대한 양도소득세의 감면】

 ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 소득으로서 해당 토지등이 속한 사업지역에 대한 사업인정고시일(사업인정고시일 전에 양도하는 경우에는 양도일)부터 소급하여 2년 이전에 취득한 토지등을 2015년 12월 31일 이전에 양도함으로써 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세의 100분의 15 ⁠[토지등의 양도대금을 대통령령으로 정하는 채권으로 받는 부분에 대해서는 100분의 20으로 하되, ⁠「공공주택건설 등에 관한 특별법」 등 대통령령으로 정하는 법률에 따라 협의매수 또는 수용됨으로써 발생하는 소득으로서 대통령령으로 정하는 방법으로 해당 채권을 3년 이상의 만기까지 보유하기로 특약을 체결하는 경우에는 100분의 30(만기가 5년 이상인 경우에는 100분의 40)]에 상당하는 세액을 감면한다.

  1. ⁠「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」이 적용되는 공익사업에 필요한 토지등을 그 공익사업의 시행자에게 양도함으로써 발생하는 소득

  2. ⁠「도시 및 주거환경정비법」에 따른 정비구역(정비기반시설을 수반하지 아니하는 정비구역은 제외한다)의 토지등을 같은 법에 따른 사업시행자에게 양도함으로써 발생하는 소득

  3. ⁠「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」이나 그 밖의 법률에 따른 토지등의 수용으로 인하여 발생하는 소득

 ② 거주자가 제1항제1호에 따른 공익사업의 시행자 및 같은 항 제2호에 따른 사업시행자(이하 이 조에서 "사업시행자"라 한다)로 지정되기 전의 사업자(이하 이 항에서 "지정 전 사업자"라 한다)에게 2년 이상 보유한 토지등(제1항제1호의 공익사업에 필요한 토지등 또는 같은 항 제2호에 따른 정비구역의 토지등을 말한다. 이하 이 항에서 같다)을 2015년 12월 31일 이전에 양도하고 해당 토지등을 양도한 날이 속하는 과세기간의 과세표준신고(예정신고를 포함한다)를 법정신고기한까지 한 경우로서 지정 전 사업자가 그 토지등의 양도일부터 5년 이내에 사업시행자로 지정받은 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 제1항에 따른 양도소득세 감면을 받을 수 있다. 이 경우 감면할 양도소득세의 계산은 감면율 등이 변경되더라도 양도 당시 법률에 따른다.

 ③ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 해당 사업시행자는 제1항 또는 제2항에 따라 감면된 세액에 상당하는 금액을 그 사유가 발생한 과세연도의 과세표준신고를 할 때 소득세 또는 법인세로 납부하여야 한다.

  1. 제1항제1호에 따른 공익사업의 시행자가 사업시행인가 등을 받은 날부터 3년 이내에 그 공익사업에 착수하지 아니하는 경우

  2. 제1항제2호에 따른 사업시행자가 대통령령으로 정하는 기한까지 ⁠「도시 및 주거환경정비법」에 따른 사업시행인가를 받지 아니하거나 그 사업을 완료하지 아니하는 경우

 ④ 제1항에 따라 해당 채권을 만기까지 보유하기로 특약을 체결하고 양도소득세의 100분의 30(만기가 5년 이상인 경우에는 100분의 40)에 상당하는 세액을 감면받은 자가 그 특약을 위반하게 된 경우에는 즉시 감면받은 세액 중 양도소득세의 100분의 10(만기가 5년 이상인 경우에는 100분의 20)에 상당하는 금액을 징수한다.

 ⑤ 제1항제1호·제2호 또는 제2항에 따라 감면받은 세액을 제3항에 따라 납부하는 경우에는 제33조의2제4항의 이자 상당 가산액에 관한 규정을 준용하고 제1항에 따라 감면받은 세액을 제4항에 따라 징수하는 경우에는 제66조제6항을 준용한다.

 ⑥ 제1항제1호 또는 제2호에 따라 세액을 감면받으려면 해당 사업시행자가 대통령령으로 정하는 바에 따라 감면신청을 하여야 한다.

 ⑦ 제1항제3호에 따른 감면을 받으려는 자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 감면신청을 하여야 한다.

 ⑧ 제1항과 제4항을 적용하는 경우 채권을 만기까지 보유하기로 한 특약의 내용, 특약을 위반하였을 때 그 위반 사실을 국세청에 통보하는 방법, 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

 ⑨ 제1항 및 제2항을 적용하는 경우 상속받거나 「소득세법」 제97조의2제1항이 적용되는 증여받은 토지등은 피상속인 또는 증여자가 해당 토지등을 취득한 날을 해당 토지등의 취득일로 본다.

 ○조세특례제한법 시행령 제72조 【공익사업용토지 등에 대한 양도소득세의 감면】

 ④ 법 제77조제2항에 따라 공익사업용 토지 등을 양도한 자가 양도소득세를 감면받으려는 경우에는 법 제77조제1항제1호에 따른 공익사업의 시행자 및 같은 항 제2호에 따른 사업시행자(이하 이 조에서 "사업시행자"라 한다)가 해당 사업시행자로 지정받은 날부터 2개월 이내에 기획재정부령으로 정하는 세액감면신청서에 해당 사업시행자임을 확인할 수 있는 서류를 첨부하여 양도자의 납세지 관할 세무서장에게 제출하여야 한다.

⑤ 법 제77조제3항제2호에서 "대통령령으로 정하는 기한"이란 사업시행인가에 있어서는 ⁠「도시 및 주거환경정비법」에 의하여 사업시행자의 지정을 받은 날부터 1년이 되는 날, 사업완료에 있어서는 ⁠「도시 및 주거환경정비법」에 의하여 사업시행인가를 받은 사업시행계획서상의 공사완료일을 말한다.

 ⑦ 법 제77조제6항에 따른 감면신청을 하고자 하는 사업시행자는 당해 토지등을 양도한 날이 속하는 과세연도의 과세표준신고와 함께 기획재정부령이 정하는 세액감면신청서에 당해 사업시행자임을 확인할 수 있는 서류(특약체결자의 경우에는 특약체결 사실 및 보상채권 예탁사실을 확인할 수 있는 서류를 포함한다)를 첨부하여 양도자의 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다.

 ⑧ 법 제77조제7항에 따른 감면신청을 하고자 하는 자는 당해 토지등을 양도한 날이 속하는 과세연도의 과세표준신고(거주자와 「법인세법」 제62조의2제7항의 규정에 의하여 예정신고를 한 비영리내국법인의 경우에는 예정신고를 포함한다)와 함께 기획재정부령이 정하는 세액감면신청서에 수용된 사실을 확인할 수 있는 서류(특약체결자의 경우에는 특약체결 사실 및 보상채권 예탁사실을 확인할 수 있는 서류를 포함한다) 첨부하여 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다.

 ○조세특례제한법 기본통칙 77-0…2 【 토지수용의 범위 】

  법 제77조 제1항 제3호에 규정하는 ¨토지 등의 수용¨에는 ⁠「공익사업을 위한 토지등의 취득 및 보상에 관한 벌률」 및 기타 법률에 따른 사업인정 고시일 이 협의에 의하여 매매계약이 체결되어 양도한 경우를 포함한다.

 ○조세특례제한법 기본통칙 77-0…2 【 토지수용의 범위 】

 법 제77조 제1항 제3호에 규정하는 ⁠“토지 등의 수용”에는 다음 각호의 1에 해당하는 경우를 포함한다. ⁠(2002. 4. 15. 개정)

 1. 토지수용법에 의한 사업인정 고시일 이후 협의에 의하여 매매계약이 체결되어 양도한 경우 ⁠(2002. 4. 15. 개정)

 2. 소유하던 토지 및 건물 등을 도시계획법 제25조의 규정에 따라 건설교통부장관의 실시계획의 인가일 이후 매매계약이 체결되어 사업시행자에게 양도한 경우, 이 경우 당해 사업시행자의 주체를 불문한다.

  ○ 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률 제4조【공익사업】

  이 법에 따라 토지등을 취득하거나 사용할 수 있는 사업은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사업이어야 한다.

  1. 국방·군사에 관한 사업

  2. 관계 법률에 따라 허가·인가·승인·지정 등을 받아 공익을 목적으로 시행하는 철도·도로·공항·항만·주차장·공영차고지·화물터미널·궤도·하천·제방·댐·운하·수도·하수도·하수종말처리·폐수처리·사방·방풍·방화·방조·방수·저수지·용수로·배수로·석유비축·송유·폐기물처리·전기·전기통신·방송·가스 및 기상 관측에 관한 사업

  3. 국가나 지방자치단체가 설치하는 청사·공장·연구소·시험소·보건시설·문화시설·공원·수목원·광장·운동장·시장·묘지·화장장·도축장 또는 그 밖의 공공용 시설에 관한 사업

  4. 관계 법률에 따라 허가·인가·승인·지정 등을 받아 공익을 목적으로 시행하는 학교·도서관·박물관 및 미술관 건립에 관한 사업

  5. 국가, 지방자치단체, 「공공기관의 운영에 관한 법률」 제4조에 따른 공공기관, ⁠「지방공기업법」에 따른 지방공기업 또는 국가나 지방자치단체가 지정한 자가 임대나 양도의 목적으로 시행하는 주택 건설 또는 택지 및 산업단지 조성에 관한 사업

  6. 제1호부터 제5호까지의 사업을 시행하기 위하여 필요한 통로, 교량, 전선로, 재료 적치장 또는 그 밖의 부속시설에 관한 사업

  7. 제1호부터 제5호까지의 사업을 시행하기 위하여 필요한 주택, 공장 등의 이주단지 조성에 관한 사업

  8. 그 밖에 다른 법률에 따라 토지등을 수용하거나 사용할 수 있는 사업

 ○ 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률 제19조 【토지등의 수용 또는 사용】

 ① 사업시행자는 공익사업의 수행을 위하여 필요하면 이 법에서 정하는 바에 따라 토지등을 수용하거나 사용할 수 있다.

 ② 공익사업에 수용되거나 사용되고 있는 토지등은 특별히 필요한 경우가 아니면 다른 공익사업을 위하여 수용하거나 사용할 수 없다.

 ○ 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률 제20조 【사업인정】

 ① 사업시행자는 제19조에 따라 토지등을 수용하거나 사용하려면 대통령령으로 정하는 바에 따라 국토교통부장관의 사업인정을 받아야 한다.

 ② 제1항에 따른 사업인정을 신청하려는 자는 국토교통부령으로 정하는 수수료를 내야 한다.

 ○ 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률 제22조 【사업인정의 고시】

 ① 국토교통부장관은 제20조에 따른 사업인정을 하였을 때에는 지체 없이 그 뜻을 사업시행자, 토지소유자 및 관계인, 관계 시·도지사에게 통지하고 사업시행자의 성명이나 명칭, 사업의 종류, 사업지역 및 수용하거나 사용할 토지의 세목을 관보에 고시하여야 한다.

 ② 제1항에 따라 사업인정의 사실을 통지받은 시·도지사(특별자치도지사는 제외한다)는 관계 시장·군수 및 구청장에게 이를 통지하여야 한다.

 ③ 사업인정은 제1항에 따라 고시한 날부터 그 효력이 발생한다.

 ○ 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률 제26조 【협의 등 절차의 준용】

 ① 제20조에 따른 사업인정을 받은 사업시행자는 토지조서 및 물건조서의 작성, 보상계획의 공고·통지 및 열람, 보상액의 산정과 토지소유자 및 관계인과의 협의 절차를 거쳐야 한다. 이 경우 제14조부터 제16조까지 및 제68조를 준용한다.

 ② 사업인정 이전에 제14조부터 제16조까지 및 제68조에 따른 절차를 거쳤으나 협의가 성립되지 아니하고 제20조에 따른 사업인정을 받은 사업으로서 토지조서 및 물건조서의 내용에 변동이 없을 때에는 제1항에도 불구하고 제14조부터 제16조까지의 절차를 거치지 아니할 수 있다. 다만, 사업시행자나 토지소유자 및 관계인이 제16조에 따른 협의를 요구할 때에는 협의하여야 한다

 ○ 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률 제29조 【협의 성립의 확인】

 ① 사업시행자와 토지소유자 및 관계인 간에 제26조에 따른 절차를 거쳐 협의가 성립되었을 때에는 사업시행자는 제28조제1항에 따른 재결 신청기간 이내에 해당 토지소유자 및 관계인의 동의를 받아 대통령령으로 정하는 바에 따라 관할 토지수용위원회에 협의 성립의 확인을 신청할 수 있다.

 ② 제1항에 따른 협의 성립의 확인에 관하여는 제28조제2항, 제31조, 제32조, 제34조, 제35조, 제52조제7항, 제53조제4항, 제57조 및 제58조를 준용한다.

 ③ 사업시행자가 협의가 성립된 토지의 소재지·지번·지목 및 면적 등 대통령령으로 정하는 사항에 대하여 ⁠「공증인법」에 따른 공증을 받아 제1항에 따른 협의 성립의 확인을 신청하였을 때에는 관할 토지수용위원회가 이를 수리함으로써 협의 성립이 확인된 것으로 본다.

 ④ 제1항 및 제3항에 따른 확인은 이 법에 따른 재결로 보며, 사업시행자, 토지소유자 및 관계인은 그 확인된 협의의 성립이나 내용을 다툴 수 없다.

출처 : 국세청 2014. 06. 18. 서면법규과-608 | 국세법령정보시스템