요지
면세사업과 관련된 자산을 취득하면서 부담한 부가가치세 중 같은 법 규정에 따라 공제받지 못한 매입세액은 취득가액에 포함함
회신
귀 서면질의의 경우, 실지거래가액에 의하여 자산양도차익을 계산함에 있어 양도가액에서 공제되는 취득가액은 당해 자산의 취득시 실지 소요된 거래가액을 말하는 것이며,「부가가치세법」상 면세사업과 관련된 자산을 취득하면서 부담한 부가가치세 중 같은 법 규정에 따라 공제받지 못한 매입세액은 취득가액에 포함되는 것입니다.
1. 질의내용
가. 신청내용
○준공된 신축건물의 용도를 주택으로 보아 과세관청이 당초 공제된 부가가치세 매입세액을 불공제 처분한 경우
- 해당 건물을 양도할 때 공제받지 못한 매입세액을 양도자산의 필요경비로 볼 수 있는지 여부
나. 사실관계
○ 甲은 부가가치세 일반사업자로 등록하여 근린생활시설 신축공사를 착수하여 공사와 관련된 매입세액을 공제받음(환급)
- 근린생활시설 준공 이후 사실상 주거시설(주택)으로 운용하기로 하고 입주자를 모집하던 중 乙에게 포괄적 양수도 계약에 따라 양도함
○ 관할 세무서장은 甲이 신축당시부터 사실상 주거용으로 사용된 것으로 보아 당초 신축공사와 관련된 매입세액을 불공제
- 당초 과세사업(상가임대)으로 신고된 부가가치세 매출과표는 모두 면세사업(주택임대)에 대한 과표로 경정
2. 관련 법령
○ 소득세법 제97조 【양도소득의 필요경비 계산】
① 거주자의 양도차익을 계산할 때 양도가액에서 공제할 필요경비는 다음 각 호에서 규정하는 것으로 한다.
1. 취득가액
가. 제94조제1항 각 호의 자산 취득에 든 실지거래가액. 다만, 제96조제2항 각 호 외의 부분에 해당하는 경우에는 그 자산 취득 당시의 기준시가
나. 가목 본문의 경우로서 취득 당시의 실지거래가액을 확인할 수 없는 경우에는 대통령령으로 정하는 매매사례가액, 감정가액 또는 환산가액
2. 자본적지출액 등으로서 대통령령으로 정하는 것
3. 양도비 등으로서 대통령령으로 정하는 것 (이하생략)
○ 소득세법 시행령 제163조 【양도자산의 필요경비】
① 법 제97조제1항제1호 가목 본문에서 "취득에 든 실지거래가액"이란 다음 각 호의 금액을 합한 것을 말한다.
1. 제89조제1항의 규정을 준용하여 계산한 취득원가에 상당하는 가액(제89조제2항제1호의 규정에 의한 현재가치할인차금을 포함 하되 부당행위계산에 의한 시가초과액을 제외한다)
2.～4.(생략)
③ 법 제97조제1항제2호에서 "자본적지출액 등으로서 대통령령으로 정하는 것"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 말한다.
1. 제67조제2항의 규정을 준용하여 계산한 자본적 지출액
2. 양도자산을 취득한 후 쟁송이 있는 경우에 그 소유권을 확보하기 위하여 직접 소요된 소송비용ㆍ화해비용 등의 금액으로서 그 지출한 연도의 각 소득금액의 계산에 있어서 필요경비에 산입된 것을 제외한 금액
3. 양도자산의 용도변경ㆍ개량 또는 이용편의를 위하여 지출한 비용
3의2. 「개발이익환수에 관한 법률」에 따른 개발부담금(개발부담금의 납부의무자와 양도자가 서로 다른 경우에는 양도자에게 사실상 배분될 개발부담금상당액을 말한다)
3의3. 「재건축초과이익 환수에 관한 법률」에 따른 재건축부담금 (재건축부담금의 납부의무자와 양도자가 서로 다른 경우에는 양도자에게 사실상 배분될 재건축부담금상당액을 말한다)
4. 제1호 내지 제3호, 제3호의2 및 제3호의3에 준하는 비용으로서 기획재정부령이 정하는 것
④ 삭제
⑤ 법 제97조제1항제3호에서 "대통령령으로 정하는 것"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 말한다.
1. 법 제94조제1항 각 호의 자산을 양도하기 위하여 직접 지출한 비용으로서 다음 각 목의 비용
가. 「증권거래세법」에 따라 납부한 증권거래세
나. 양도소득세과세표준 신고서 작성비용 및 계약서 작성비용
다. 공증비용, 인지대 및 소개비
라. 가목부터 다목까지의 비용과 유사한 비용으로서 기획재정부령으로 정하는 비용
2. 법 제94조제1항제1호의 자산을 취득함에 있어서 법령등의 규정에 따라 매입한 국민주택채권 및 토지개발채권을 만기전에 양도함으로써 발생하는 매각차손. 이 경우 기획재정부령으로 정하는 금융기관(이하 이 호에서 "금융기관"이라 한다) 외의 자에게 양도한 경우에는 동일한 날에 금융기관에 양도하였을 경우 발생하는 매각차손을 한도로 한다. (이하생략)
○ 소득세법 시행령 제89조 【자산의 취득가액등】
① 법 제39조제2항의 규정에 의한 자산의 취득가액은 다음 각호의 금액에 의한다.
1. 타인으로부터 매입한 자산은 매입가액에 취득세ㆍ등록세 기타 부대비용을 가산한 금액
2. 자기가 행한 제조ㆍ생산 또는 건설등에 의하여 취득한 자산은 원재료비ㆍ노무비ㆍ운임ㆍ하역비ㆍ보험료ㆍ수수료ㆍ공과금(취득세와 등록세를 포함한다)ㆍ설치비 기타 부대비용의 합계액
3. 제1호 및 제2호의 자산으로서 그 취득가액이 불분명한 자산과 제1호 및 제2호의 자산외의 자산은 당해 자산의 취득당시의 기획재정부령이 정하는 시가에 취득세ㆍ등록세 기타 부대비용을 가산한 금액 (이하생략)
○ 소득세법 기본통칙 97-0…5【 자산취득시 징수된 부가가치세 등의 필요경비 산입여부 】
취득등기시 납부한 취득세에 대한 교육세와 아파트 분양시 그 분양사업자가 거래징수한 부가가치세는 양도차익계산시 필요경비로 계산한다. 이 경우 아파트를 분양받은 자가 부가가치세법상 일반과세사업자로서 사업용으로 분양받은 경우에는 그 부가가치세는 필요경비로 산입할 수 없다.
○ 구 부가가치세 제12조 【면세】
① 다음 각 호의 재화 또는 용역의 공급에 대하여는 부가가치세를 면제한다.
12. 주택과 이에 부수되는 토지의 임대 용역으로서 대통령령으로 정하는 것
○ 조세특례제한법 제106조 【부가가치세의 면제 등】
① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 재화 또는 용역의 공급에 대해서는 부가가치세를 면제한다
4. 대통령령으로 정하는 국민주택 및 그 주택의 건설용역(대통령령으로 정하는 리모델링 용역을 포함한다)
○ 조세특례제한법 기본통칙 106-0…2 【 건설 중인 국민주택의 부가가치세 면제 】
사업자가 건설중에 있는 국민주택을 양도하는 경우에는 면세사업에 관련된 재화의 공급으로서 부가가치세를 면제한다.
○ 구 부가가치세법 제17조 【납부세액】
① 사업자가 납부하여야 할 부가가치세액(이하 "납부세액"이라 한다)은 자기가 공급한 재화 또는 용역에 대한 세액(이하 "매출세액"이라 한다)에서 다음 각 호의 세액(이하 "매입세액"이라 한다)을 공제한 금액으로 한다. 다만, 매출세액을 초과하는 매입세액은 환급받을 세액(이하 "환급세액"이라 한다)으로 한다.
1. 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역의 공급에 대한 세액
2. 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화의 수입에 대한 세액
② 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다. 정 2010.1.1, 2011.12.31, 2013.1.1>
6. 부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업(부가가치세가 과세되지 아니하는 재화 또는 용역을 공급하는 사업을 포함한다)에 관련된 매입세액(투자에 관련된 매입세액을 포함한다)과 대통령령으로 정하는 토지 관련 매입세액
○ 구 부가가치세법 제6조 【재화의 공급】
① 재화의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 의하여 재화를 인도(引渡) 또는 양도(讓渡)하는 것으로 한다.
② 사업자가 자기의 사업과 관련하여 생산하거나 취득한 재화를 자기의 사업을 위하여 직접 사용하거나 소비하는 경우 대통령령으로 정하는 것은 재화의 공급으로 본다.
③ 사업자가 자기의 사업과 관련하여 생산하거나 취득한 재화를 자기나 그 사용인의 개인적인 목적 또는 그 밖의 목적으로 사용ㆍ소비하거나, 자기의 고객이나 불특정 다수인에게 증여(贈與)하는 경우 대통령령으로 정하는 것은 재화의 공급으로 본다.
④ 사업자가 사업을 폐업하는 경우 남아 있는 재화(제17조제2항 각 호에 따라 매입세액이 공제되지 아니한 재화는 제외하고, 제6항제2호에 따른 사업양도에 의하여 사업양수자가 양수한 자산으로서 사업양도자가 제17조제1항 각 호의 세액을 공제받은 재화를 포함한다)는 자기에게 공급하는 것으로 본다. 제5조제1항 단서에 따라 등록한 경우 사실상 사업을 시작하지 아니하게 되는 경우에도 또한 같다.
○ 구 부가가치세법 시행령 제15조 【자가공급의 범위】
① 법 제6조제2항에 따라 재화의 공급으로 보는 것은 다음 각 호에 규정하는 것으로 한다.
1. 부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업을 위하여 사용 또는 소비되는 재화(법 제17조제2항에 따라 매입세액이 공제되지 아니하는 것은 제외하되, 법 제6조제6항제2호에 따른 사업양도에 의하여 사업양수자가 양수한 자산으로서 사업양도자가 법 제17조제1항 각 호의 세액을 공제받은 재화를 포함한다)
출처 :
국세청 2014. 04. 11. 서면법규과-351 | 국세법령정보시스템
