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자경농지 양도소득세 감면과 주거지역 편입 후 3년 경과 시 특례적용

부동산납세과-704  ·  2014. 09. 17.
질의 및 요약

Q질의내용

  • 공공주택특별법에 따라 시행되는 보금자리주택 사업에서, 사업규모가 일정 기준 미만이거나 토지소유자가 1천명 미만인 경우에도 조세특례제한법에 따른 자경농지 양도소득세 감면 특례(주거지역 편입 후 3년 경과 시 보상 지연 특례 등)가 적용될 수 있는지 궁금합니다.

S요약

주거지역 등으로 편입된 자경농지의 양도 시 조세특례제한법 시행령 제66조제4항제1호 적용에 있어, 사업 면적·토지소유자 규모 기준은 법령상 정한 바에 따르며, 보상 지연의 책임이 사업시행자에게 있는지 여부는 사업 경과 등 개별 사실관계에 따라 판단될 사안임을 명확히 밝혔습니다.
#자경농지 #양도소득세 #감면 #조세특례제한법 #주거지역 편입 #보상지연
핵심 정리

R회신 내용 부동산납세과-704  ·  2014. 09. 17.

  • 국세청 부동산납세과-704(2014.09.17) 회신 기준
  • 공공주택건설 등에 관한 특별법에 따른 사업이면서 사업규모(토지소유자 1천명 미만, 사업면적 100만㎡ 미만)일 경우 조세특례제한법 시행령 제66조 제4항 제1호 가목의 대규모개발사업 특례 적용이 제한된다고 해석하고 있습니다.
  • 조세특례제한법 시행령 제66조 제4항 제1호 나목(공공기관 개발사업의 보상지연 특례) 적용 여부는, 시행규칙 제27조 제5항에서 정한 '보상 또는 사업 지연의 책임이 사업시행자에게 있는 사유'에 해당하는지, 사업시행 경과 등 개별 사실에 근거하여 판단되며, 이는 사실판단의 영역임을 명시하였습니다.
  • 즉, 사업규모 요건이 충족되지 않는다면 대규모개발사업 특례에 해당하지 않으나, 별개로 보상지연과 그 책임에 대해 구체적으로 사실관계를 검토하여야 한다고 판단된 것으로 보입니다.
  • 과거 유사사례(부동산거래관리과-687, 2010.5.14) 역시 사업시행 경과와 사업자 책임 유무 등 개별적 사실에 근거하여 감면특례 적용 여부를 판단하였습니다.

L관련 법령 해석

  • 조세특례제한법 제69조: 8년 이상 자경농지 양도 시 양도소득세 100% 감면 규정 및 주거지역 등 편입 시 특례 요건
  • 조세특례제한법 시행령 제66조 제4항: 주거지역 등 편입 후 3년 경과 농지의 감면제외 및 각호 예외사유(대규모 및 공공개발사업, 보상지연 등)
  • 조세특례제한법 시행규칙 제27조 제3항: 100만㎡ 또는 10만㎡(택지개발, 대지조성) 사업시행면적 기준 명확화
  • 조세특례제한법 시행규칙 제27조 제5항: '보상지연의 책임이 사업시행자에게 있는 사유'의 법적 취지
  • 공공주택건설 등에 관한 특별법: 보금자리주택 등 공공주택사업의 법적 근거
사례 Q&A
1. 자경농지 양도 시 보금자리주택 개발로 주거지역 편입 3년 경과했으면 감면특례 받을 수 있나요?
답변
사업시행 면적 또는 토지소유자 수 등 규모 요건을 충족하지 못하면 대규모개발사업 특례 적용이 곤란할 수 있습니다.
근거
조세특례제한법 시행령 제66조 제4항 제1호와 국세청 회신에 따라, 사업규모 기준 미만이면 이 특례는 적용받기 어렵다고 보았습니다.
2. 보상지연 사유가 사업시행자 책임이면 감면특례 가능하다고 해석될 수 있나요?
답변
사업 또는 보상지연의 책임이 사업시행자에게 있음이 인정된다면 해당 특례 적용 가능성이 있습니다.
근거
시행규칙 제27조 제5항 및 국세청 해석에 따라, 사업시행 경과와 구체적 사실을 개별적으로 검토해야 함을 명시하였습니다.
3. 공공주택법에 따른 사업도 택지개발촉진법과 동일하게 10만㎡ 기준 사용할 수 있나요?
답변
택지개발촉진법 또는 주택법 사업이 아니면 원칙적으로 100만㎡ 기준이 적용됩니다.
근거
시행규칙 제27조 제3항은 택지개발촉진법, 주택법 사업만 10만㎡를 기준으로 정하여 그 외는 100만㎡임이 명확합니다.

* 중앙부처 1차 해석은 부처에서 해석한 내용을 수집·제공하는 공공데이터로, 현재 기준과 다를 수 있습니다. 구체적 사안은 소관 부처에 확인하거나 전문가 상담을 권장합니다.

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유권해석 전문

요지

「조세특례제한법 시행령」제66조제4항제1호 나목을 적용할 때 같은 법 시행규칙 제27조제5항의 ⁠‘사업 또는 보상을 지연시키는 사유로서 그 책임이 사업시행자에게 있다고 인정되는 사유’가 있는지 여부는 사업시행 경과 등을 확인하여 사실판단할 사항임

회신

1. 귀 질의1의 경우, ⁠「조세특례제한법 시행규칙」제27조제3항에 따른 ⁠「택지개발촉진법」 또는 ⁠「주택법」이 아닌 ⁠「공공주택건설 등에 관한 특별법」(구 ⁠「보금자리주택건설 등에 관한 특별법」)에 따라 시행되는 사업으로서 토지소유자 및 사업시행면적이 일정규모(토지소유자가 1천명 이상이거나 사업시행면적이 100만제곱미터 이상) 미만이므로 ⁠「조세특례제한법 시행령」제66조제4항제1호 가목을 적용받을 수 없는 것입니다.
2. 질의 2의 경우, ⁠「조세특례제한법 시행령」제66조제4항제1호 나목을 적용할 때 같은 법 시행규칙 제27조제5항의 ⁠‘사업 또는 보상을 지연시키는 사유로서 그 책임이 사업시행자에게 있다고 인정되는 사유’가 있는지 여부는 사업시행 경과 등을 확인하여 사실판단할 사항입니다.

1. 질의내용 요약

○ 사실관계

    

- 서울 구로구 ○동 일대가 ○○보금자리지역으로 지정되면서 ’10.11.15. 해당 사업구역 안의 토지가 모두 주거지역으로 편입되었으나, 협의보상은 ’14.6월부터 시작됨으로써 주거지역 편입 후 3년이 경과함(사업시행자 : ◇◇공사)

- 위 ○○보금자리지역은 토지소유자가 1천명 미만이고, 사업시행면적도 66만 제곱미터이며, ⁠「공공주택건설 등에 관한 특별법」(구 ⁠「보금자리주택건설 등에 관한 특별법」)에 따라 사업이 시행되는 지역임

○ 질의내용

(질의1) 「택지개발촉진법」 또는 ⁠「주택법」과 밀접한 관련이 있는 ⁠「공공주택건설 등에 관한 특별법」(구 ⁠「보금자리주택건설 등에 관한 특별법」)에 따라 시행되는 사업의 경우에도 사업규모를 적용할 때 「조세특례제한법 시행규칙」 제27조제3항에 따른 10만 제곱미터를 적용할 수 있는지 여부

(질의2) 위 ○○보금자리지역의 사업시행자인 ◇◇공사의 자금난과 사업성 저하로 인해 사업시행이 지연된 경우 「조세특례제한법 시행령」 제66조제4항제1호 나목에 따라 보상을 지연시키는 사유의 책임이 사업시행자에게 있다고 인정되는 것인지 여부

2. 질의내용에 대한 자료

조세특례제한법 제69조 【자경농지에 대한 양도소득세의 감면】

① 농지 소재지에 거주하는 대통령령으로 정하는 거주자가 8년 이상[대통령령으로 정하는 경영이양 직접지불보조금의 지급대상이 되는 농지를 ⁠「한국농어촌공사 및 농지관리기금법」에 따른 한국농어촌공사 또는 농업을 주업으로 하는 법인으로서 대통령령으로 정하는 법인(이하 이 조에서 ⁠“농업법인”이라 한다)에 2015년 12월 31일까지 양도하는 경우에는 3년 이상] 대통령령으로 정하는 방법으로 직접 경작한 토지 중 대통령령으로 정하는 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다. 다만, 해당 토지가 ⁠「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」에 따른 주거지역ㆍ상업지역 및 공업지역(이하 이 조에서 ⁠“주거지역등”이라 한다)에 편입되거나 「도시개발법」 또는 그 밖의 법률에 따라 환지처분(換地處分) 전에 농지 외의 토지로 환지예정지 지정을 받은 경우에는 주거지역등에 편입되거나, 환지예정지 지정을 받은 날까지 발생한 소득으로서 대통령령으로 정하는 소득에 대해서만 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다.

(이하 생략)

조세특례제한법 시행령 제66조 【자경농지에 대한 양도소득세의 감면】

① ~ ③ 생략

④ 법 제69조 제1항 본문에서 ⁠“대통령령으로 정하는 토지”란 취득한 때부터 양도할 때까지의 사이에 8년(제3항의 규정에 따른 경영이양보조금의 지급대상이 되는 농지를 한국농어촌공사 또는 제2항의 규정에 의한 법인에게 양도하는 경우에는 3년) 이상 자기가 경작한 사실이 있는 농지로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 제외한 것을 말한다.

1. 양도일 현재 특별시ㆍ광역시(광역시에 있는 군을 제외한다) 또는 시[「지방자치법」 제3조 제4항에 따라 설치된 도농(都農) 복합형태의 시의 읍ㆍ면 지역 및 「제주특별자치도 설치 및 국제자유도시 조성을 위한 특별법」 제15조 제2항에 따라 설치된 행정시의 읍ㆍ면 지역은 제외한다]에 있는 농지 중 ⁠「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」에 의한 주거지역ㆍ상업지역 및 공업지역안에 있는 농지로서 이들 지역에 편입된 날부터 3년이 지난 농지. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우는 제외한다.

가. 사업시행지역 안의 토지소유자가 1천명 이상이거나 사업시행면적이 기획재정부령으로 정하는 규모 이상인 개발사업(이하 이 호에서 ⁠“대규모개발사업”이라 한다)지역(사업인정고시일이 같은 하나의 사업시행지역을 말한다) 안에서 대규모개발사업의 시행으로 인하여 ⁠「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」에 따른 주거지역ㆍ상업지역 또는 공업지역에 편입된 농지로서 사업시행자의 단계적 사업시행 또는 보상지연으로 이들 지역에 편입된 날부터 3년이 지난 경우

나. 사업시행자가 국가, 지방자치단체, 그 밖에 기획재정부령으로 정하는 공공기관인 개발사업지역 안에서 개발사업의 시행으로 인하여 ⁠「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」에 따른 주거지역ㆍ상업지역 또는 공업지역에 편입된 농지로서 기획재정부령으로 정하는 부득이한 사유에 해당하는 경우

다. ⁠「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」에 따른 주거지역ㆍ상업지역 및 공업지역에 편입된 농지로서 편입된 후 3년 이내에 대규모개발사업이 시행되고, 대규모개발사업 시행자의 단계적 사업시행 또는 보상지연으로 이들 지역에 편입된 날부터 3년이 지난 경우(대규모개발사업지역 안에 있는 경우로 한정한다)

(이하 생략)

조세특례제한법 시행규칙 제27조 【농지의 범위 등】

①․② 생략

③ 영 제66조 제4항 제1호 가목 및 제67조 제8항 제1호 가목에서 ⁠“기획재정부령으로 정하는 규모”란 100만 제곱미터로 하되, ⁠「택지개발촉진법」에 의한 택지개발사업 또는 ⁠「주택법」에 의한 대지조성사업의 경우에는 10만 제곱미터로 한다.

④ 영 제66조 제4항 제1호 나목 및 제67조 제8항 제1호 나목에서 ⁠“기획재정부령으로 정하는 공공기관”이란 ⁠「공공기관의 운영에 관한 법률」에 따라 지정된 공공기관과 ⁠「지방공기업법」에 따라 설립된 지방직영기업ㆍ지방공사ㆍ지방공단을 말한다.

⑤ 영 제66조 제4항 제1호 나목 및 제67조 제8항 제1호 나목에서 ⁠“기획재정부령으로 정하는 부득이한 사유”란 사업 또는 보상을 지연시키는 사유로서 그 책임이 사업시행자에게 있다고 인정되는 사유를 말한다.

(이하 생략)

부동산거래관리과-687, 2010.05.14.

[ 회 신 ]

귀 질의와 관련하여 「조세특례제한법 시행령」 제66조제4항제1호 가목의 ⁠‘개발사업의 시행으로 인하여 ⁠「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」에 따른 주거지역ㆍ상업지역 또는 공업지역에 편입된 농지로서 사업시행자의 단계적 사업시행 또는 보상지연으로 이들 지역에 편입된 날부터 3년이 지난 경우’에 해당하는지 여부 및 ⁠「같은법 시행규칙」 제27조제5항의 ⁠‘사업 또는 보상을 지연시키는 사유로서 그 책임이 사업시행자에게 있다고 인정되는 사유’가 있는지 여부는 사업시행 경과 등을 확인하여 사실판단할 사항입니다.

[사실관계]

- 2003.10.30. 농지 소재지 ○○경제자유구역 지정

    - 2006.11. 주거지역 편입(사업시행으로 인함)

    - 2008.12.31. ○○경제자유구역 △△지구 개발계획변경 및 실시계획 승인고시(사업인정고시)

    - 2009.8.14. 보상계획 및 열람공고

    - 2010년 4월 보상 및 등기이전

[질의내용]

- 주거지역에 편입된 후 3년이 지난 위 농지가 사업 및 보상지연에 해당되어 8년자경 감면을 적용받을 수 있는지 여부

출처 : 국세청 2014. 09. 17. 부동산납세과-704 | 국세법령정보시스템