장기임대주택 6년 이상 임대 후 양도 시 장기보유특별공제 적용

요지

「소득세법 시행령」제167조의 3에 따른 장기임대주택을 6년 이상 임대한 후 양도하는 경우 그 주택을 양도함으로써 발생하는 소득에 대해서는 ⁠「소득세법」제95조제1항에 따른 장기보유 특별공제액을 계산할 때 같은 조 제2항의 보유기간별 공제율에 해당주택의 임대기간에 따라 ⁠「조세특례제한법」제97조의 4제1항 후단의 표에 있는 추가공제율을 더하여 적용하는 것

회신

1. 귀 질의 1)의 경우, ⁠「임대주택법」제2조제3호에 따른 매입임대주택 1호 이상을 ⁠「소득세법」제168조에 따른 사업자등록과 ⁠「임대주택법」제6조에 따른 임대사업자등록을 한 날부터 6년 이상 임대한 후 양도하는 경우 그 주택을 양도함으로써 발생하는 소득에 대해서는 ⁠「소득세법」제95조제1항에 따른 장기보유 특별공제액을 계산할 때 같은 조 제2항의 보유기간별 공제율에 해당주택의 임대기간에 따라 ⁠「조세특례제한법」제97조의 4제1항 후단의 표에 있는 추가공제율을 더한 공제율을 적용하는 것입니다.
2. 귀 질의 2)의 경우, ⁠「소득세법」제95조제1항의 장기보유 특별공제액은 같은 조 제2항에 따라 계산하는 것으로 이 때 보유기간은 해당자산의 취득일부터 양도일까지로 하는 것입니다.
3. 귀 질의 3)의 경우, 자산의 양도차익을 계산할 때 취득당시의 실지거래가액을 확인할 수 없는 경우에는 ⁠「소득세법 시행령」제176조의 2 제3항에 따라 매매사례가액, 감정가액, 환산가액을 순차적으로 적용하는 것이며 이 때 환산가액이란 같은 조 제2항각호의 방법에 따라 환산한 취득가액을 말하는 것입니다.
4. 귀 질의 4)는 법령해석사항이 아니므로 회신드릴 수 없습니다.

1. 질의내용 요약

 ○ 사실관계

- 2007.05.10. 주택(5채) 임대사업자 등록 및 사업자등록

- 2011.00.00. 위 임대주택 중 1채 양도(현재 4채 보유 중)

 ○ 질의내용

   질의 1) 장기임대주택을 양도할 때 장기보유특별공제를 최대 40%까지 받을 수 있는지

   질의 2) 장기보유특별공제 보유기간의 기산일

   질의 3) 취득시 실지거래가액 알 수 없을 때 취득가액 계산방법

   질의 4) 5년 이상 임대한 장기임대주택을 매도시 불리한 조건 등

2. 질의내용에 대한 자료

가. 관련 조세 법령 ⁠(법률, 시행령, 시행규칙, 기본통칙)

○ 조세특례제한법 제97조의4 【장기임대주택에 대한 양도소득세의 과세특례】

① 거주자 또는 비거주자가 ⁠「임대주택법」 제2조제3호에 따른 매입임대주택으로서 대통령령으로 정하는 주택을 6년 이상 임대한 후 양도하는 경우 그 주택을 양도함으로써 발생하는 소득에 대해서는 「소득세법」 제95조제1항에 따른 장기보유 특별공제액을 계산할 때 같은 조 제2항에 따른 보유기간별 공제율에 해당 주택의 임대기간에 따라 다음 표에 따른 추가공제율을 더한 공제율을 적용한다. 다만, 같은 항 단서에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다.(2014.1.1 신설)

② 제1항에 따라 과세특례를 적용받으려는 자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 주택임대에 관한 사항을 신고하고 과세특례의 적용신청을 하여야 한다.(2014.1.1 신설)

③ 제1항에 따른 임대주택에 대한 임대기간의 계산과 그밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.(2014.1.1 신설)

○ 조세특례제한법 시행령 제97조【장기임대주택에 대한 양도소득세의 감면】

① ~④ 생략

⑤ 법 제97조제4항의 규정에 의한 임대주택에 대한 임대기간(이하 이 조에서"주택임대기간"이라 한다)의 계산은 다음 각호에 의한다.

1. 주택임대기간의 기산일은 주택의 임대를 개시한 날로 할 것

2. 삭제

3. 상속인이 상속으로 인하여 피상속인의 임대주택을 취득하여 임대하는 경우에는 피상속인의 주택임대기간을 상속인의 주택임대기간에 합산할 것

3의2. 삭제

4. 5호 미만의 주택을 임대한 기간은 주택임대기간으로 보지 아니할 것

5. 제1호 또는 제3호의 규정을 적용함에 있어서 기획재정부령이 정하는 기간은 이를 주택임대기간에 산입할 것

(이하 생략)

○ 조세특례제한법 시행령 제97조의4【장기임대주택에 대한 양도소득세의 과세특례】

① 법 제97조의4제1항에서 "대통령령으로 정하는 주택"이란 「소득세법 시행령」 제167조의3제1항제2호가목에 따른 장기임대주택(「소득세법」 제1조의2제1항제2호에 따른 비거주자가 소유한 주택을 포함하며, 이하 이 조에서 "장기임대주택"이라 한다)을 말한다.

② 법 제97조의4제1항을 적용할 때 장기임대주택의 임대기간의 계산에 관하여는 제97조제5항제1호·제3호 및 제5호를 준용한다. 이 경우 「소득세법」 제168조에 따른 사업자등록과 ⁠「임대주택법」 제6조에 따른 임대사업자등록을 하고 임대주택으로 등록하여 임대하는 날부터 임대를 개시한 것으로 본다.

③ 법 제97조의4제2항에 따라 과세특례의 적용신청을 하려는 자는 해당 장기임대주택의 양도소득 과세표준예정신고 또는 과세표준확정신고와 함께 기획재정부령으로 정하는 과세특례적용신청서를 납세지 관할 세무서장에게 제출하여야 한다. 이 경우 그 절차 등에 관하여는 제97조제3항, 제4항 및 제6항을 준용한다

○ 소득세법 시행령 제167조의3【1세대 3주택 이상에 해당하는 주택의 범위】

① 생략

  1. 생략

2. 법 제168조에 따른 사업자등록과 ⁠「임대주택법」 제6조에 따른 임대사업자 등록(이하 이 조에서 "사업자등록등"이라 한다)을 한 거주자가 임대주택으로 등록하여 임대하는 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주택(이하 이 조에서 "장기임대주택"이라 한다). 다만, 2003년 10월 29일(이하 이 조에서 "기존사업자기준일"이라 한다) 현재 ⁠「임대주택법」 제6조에 따른 임대사업자등록을 하였으나 법 제168조에 따른 사업자등록을 하지 아니한 거주자가 2004년 6월 30일까지 동조동항의 규정에 의한 사업자등록을 한 때에는 ⁠「임대주택법」 제6조에 따른 임대사업자등록일에 법 제168조에 따른 사업자등록을 한 것으로 본다.

가. ⁠「임대주택법」 제2조제3호에 따른 매입임대주택을 1호 이상 임대하고 있는 거주자가 5년 이상 임대한 주택으로서 해당 주택 및 이에 부수되는 토지의 기준시가의 합계액이 해당 주택의 임대개시일 당시 6억원(수도권 밖의 지역인 경우에는 3억원)을 초과하지 아니하는 주택

(이하 생략)

○ 임대주택법 제2조 【정의】

1. ~ 2. 생략

3. "매입임대주택"이란 임대사업자가 매매 등으로 소유권을 취득하여 임대하는 주택 ⁠[「주택법」 제2조제1호의2에 따른 준주택 중 대통령령으로 정하는 오피스텔(이하 "오피스텔"이라 한다)을 포함한다]을 말한다

(이하 생략)

○ 소득세법 제95조 【양도소득금액】

① 양도소득금액은 제94조에 따른 양도소득의 총수입금액(이하 "양도가액"이라 한다)에서 제97조에 따른 필요경비를 공제하고, 그 금액(이하 "양도차익"이라 한다)에서 장기보유 특별공제액을 공제한 금액으로 한다.

②제1항에서 "장기보유 특별공제액"이란 제94조제1항제1호에 따른 자산(제104조제3항에 따른 미등기양도자산 및 제104조의3에 따른 비사업용 토지는 제외한다)으로서 보유기간이 3년 이상인 것 및 제94조제1항제2호가목에 따른 자산 중 조합원입주권(조합원으로부터 취득한 것은 제외한다)에 대하여 그 자산의 양도차익(조합원입주권을 양도하는 경우에는 「도시 및 주거환경정비법」 제48조에 따른 관리처분계획 인가 전 토지분 또는 건물분의 양도차익으로 한정한다)에 다음 표 1에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다. 다만, 대통령령으로 정하는 1세대 1주택(이에 딸린 토지를 포함한다)에 해당하는 자산의 경우에는 그 자산의 양도차익에 다음 표 2에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다.

(이하 생략)

○ 소득세법 제97조 【양도소득의 필요경비 계산】

① 거주자의 양도차익을 계산할 때 양도가액에서 공제할 필요경비는 다음 각 호에서 규정하는 것으로 한다.

1. 취득가액

가. 제94조제1항 각 호의 자산 취득에 든 실지거래가액. 다만, 제96조제2항 각 호 외의 부분에 해당하는 경우에는 그 자산 취득 당시의 기준시가

나. 가목 본문의 경우로서 취득 당시의 실지거래가액을 확인할 수 없는 경우에는 대통령령으로 정하는 매매사례가액, 감정가액 또는 환산가액

2. 자본적지출액 등으로서 대통령령으로 정하는 것

3. 양도비 등으로서 대통령령으로 정하는 것

(이하 생략)

○ 소득세법 제100조 【양도차익의 산정】

① 양도차익을 계산할 때 양도가액을 실지거래가액(제96조제3항에 따른 가액 및 제114조제7항에 따라 매매사례가액ㆍ감정가액이 적용되는 경우 그 매매사례가액ㆍ감정가액 등을 포함한다)에 따를 때에는 취득가액도 실지거래가액(제97조제7항에 따른 가액 및 제114조제7항에 따라 매매사례가액ㆍ감정가액ㆍ환산가액이 적용되는 경우 그 매매사례가액ㆍ감정가액ㆍ환산가액 등을 포함한다)에 따르고, 양도가액을 기준시가에 따를 때에는 취득가액도 기준시가에 따른다.

(이하 생략)

○ 소득세법 제114조 【양도소득과세표준과 세액의 결정ㆍ경정 및 통지】

① ~ ⑥

⑦ 제4항부터 제6항까지의 규정을 적용할 때 양도가액 또는 취득가액을 실지거래가액에 따라 정하는 경우로서 대통령령으로 정하는 사유로 장부나 그 밖의 증명서류에 의하여 해당 자산의 양도 당시 또는 취득 당시의 실지거래가액을 인정 또는 확인할 수 없는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 양도가액 또는 취득가액을 매매사례가액, 감정가액, 환산가액(실지거래가액ㆍ매매사례가액 또는 감정가액을 대통령령으로 정하는 방법에 따라 환산한 취득가액을 말한다) 또는 기준시가 등에 따라 추계조사하여 결정 또는 경정할 수 있다.

(이하 생략)

○ 소득세법 시행령 제176조의2 【추계결정 및 경정】

① 법 제114조제7항에서 "대통령령으로 정하는 사유"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

1. 양도 또는 취득당시의 실지거래가액의 확인을 위하여 필요한 장부ㆍ매매계약서ㆍ영수증 기타 증빙서류가 없거나 그 중요한 부분이 미비된 경우

2. 장부ㆍ매매계약서ㆍ영수증 기타 증빙서류의 내용이 매매사례가액, ⁠「부동산 가격공시 및 감정평가에 관한 법률」에 의한 감정평가법인(이하 이 조에서 "감정평가법인"이라 한다)이 평가한 감정가액 등에 비추어 허위임이 명백한 경우

② 법 제114조제7항에서 "대통령령으로 정하는 방법에 따라 환산한 취득가액"이란 다음 각 호의 방법에 따라 환산한 취득가액을 말한다.

1. 법 제94조제1항제3호의 규정에 의한 주식등이나 법 제94조제1항제4호의 규정에 의한 기타자산의 경우에는 다음 산식에 의하여 계산한 가액

2. 법 제96조제1항 및 동조제2항제1호 내지 제9호(제6호의 규정은 제4항의 규정에 의한 의제취득일 전에 취득한 자산에 한하여 적용한다)의 규정에 의한 토지ㆍ건물 및 부동산을 취득할 수 있는 권리의 경우에는 다음 산식에 의하여 계산한 가액

③ 법 제114조제7항에 따라 양도가액 또는 취득가액을 추계결정 또는 경정하는 경우에는 다음 각 호의 방법을 순차로 적용(신주인수권의 경우에는 제3호를 적용하지 아니한다)하여 산정한 가액에 의한다. 다만, 제1호에 따른 매매사례가액 또는 제2호에 따른 감정가액이 제98조제1항에 따른 특수관계인과의 거래에 따른 가액 등으로서 객관적으로 부당하다고 인정되는 경우에는 해당 가액을 적용하지 아니한다.

1. 양도일 또는 취득일 전후 각 3개월 이내에 해당 자산(주권상장법인의 주식등은 제외한다)과 동일성 또는 유사성이 있는 자산의 매매사례가 있는 경우 그 가액

2. 양도일 또는 취득일 전후 각 3월이내에 당해 자산(주식등을 제외한다)에 대하여 2이상의 감정평가법인이 평가한 것으로서 신빙성이 있는 것으로 인정되는 감정가액(감정평가기준일이 양도일 또는 취득일 전후 각 3월 이내인 것에 한한다)이 있는 경우에는 그 감정가액의 평균액

3. 제2항의 규정에 의하여 환산한 취득가액

4. 기준시가

(이하 생략)

나. 유사사례 ⁠(판례, 심판례, 심사례, 예규)

○ 부동산거래관리과-0906(2011.10.25)

〔 회 신 〕

소득세법 제95조제2항에 따른 장기보유특별공제액을 계산함에 있어 자산의 보유기간은 그 자산의 취득일부터 양도일까지로 하는 것 ⁠(이하 생략)

○ 서면인터넷방문상담5팀-50, 2008.01.08.

〔 회 신 〕

양도소득세를 실거래가액으로 계산함에 있어서 양도가액에서 공제하는 취득가액 및 필요경비는「소득세법」제97조 및「동법 시행령」제163조의 규정에 열거된 항목으로 객관적인 자료에 의하여 관련내용이 확인되는 경우에는 그 가액으로 하는 것이며 취득가액이 확인되지 않는 경우「소득세법 시행령」제176조의 2 제1항 내지 제2항의 규정에 따라 매매사례가액, 감정가액, 환산가액을 순차적으로 적용하며, 이때 필요경비는「동법 시행령」제163조 제6항 제1호 및 제2호의 규정에 의한 기준시가의 3％를 공제하는 것입니다.

출처 : 국세청 2014. 08. 29. 부동산납세과-652 | 국세법령정보시스템