비영리법인 부동산 처분 소득의 법인세 및 고유목적사업준비금 처리

요지

「법인세법」제29조제1항제4호 또는「조세특례제한법」제74조제1항의 규정에 따라 고유목적사업준비금을 손금으로 계상한 경우에는 당해 사업연도의 소득금액 계산에 있어서 이를 손금에 산입이 가능하나 손금으로 계상한 고유목적사업준비금에 대해서는 5년 이내에 고유목적사업에 사용하도록 하고 있음.

회신

귀 질의의 경우, 비영리내국법인이 3년 이상 계속하여 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업에 직접 사용하지 아니한 부동산을 처분하는 경우 정당한 사유여부에 불구하고 당해 부동산의 처분으로 인하여 생기는 수입에 대해서는 법인세가 과세되는 것이며,
- 다만, 동 금액에 대해서는「법인세법」제29조제1항제4호 또는「조세특례제한법」제74조제1항의 규정에 따라 고유목적사업준비금을 손금으로 계상한 경우에는 당해 사업연도의 소득금액 계산에 있어서 이를 손금에 산입이 가능하나 손금으로 계상한 고유목적사업준비금에 대해서는 5년 이내에 고유목적사업에 사용하도록 하고 있습니다.

1. 질의내용

○위 토지 등 매각 대금 전체를 법인에서 학교로 전출하여 5년이내에 고유목적사업 준비금으로 사용하는 경우 법인세 납부여부와 관련 법조항은 어떻게 되는지

2. 사실관계

○질의법인은 수익용 기본재산으로 보유하고 있는 00시 소재 토지가 ｢도시 및 주거환경 정비법｣제28조 및 같은 법 제48조의 규정에 의해

  - 00시에서 실시하는 도시환경 정비사업 구역에 편입되어 공공사업을 위하여 불가피하게 매각하게 됨.

3. 관련 법령

○ 법인세법 제3조 【과세소득의 범위】

③ 비영리내국법인의 각 사업연도의 소득은 다음 각 호의 사업 또는 수입(이하 "수익사업"이라 한다)에서 생기는 소득으로 한다.

5. 고정자산(고유목적사업에 직접 사용하는 고정자산으로서 대통령령으로 정하는 것은 제외한다)의 처분으로 인하여 생기는 수입

○ 법인세법 제29조 【고유목적사업준비금의 손금산입】

① 비영리내국법인(법인으로 보는 단체의 경우에는 대통령령으로 정하는 단체만 해당한다)이 각 사업연도에 그 법인의 고유목적사업이나 지정기부금(이하 이 조에서 "고유목적사업등"이라 한다)에 지출하기 위하여 고유목적사업준비금을 손금으로 계상한 경우에는 다음 각 호의 금액을 합한 금액의 범위에서 그 사업연도의 소득금액을 계산할 때 이를 손금에 산입한다.

4. 제1호부터 제3호까지에 규정된 것 외의 수익사업에서 발생한 소득에 100분의 50(「공익법인의 설립·운영에 관한 법률」에 따라 설립된 법인으로서 고유목적사업등에 대한 지출액 중 100분의 50 이상의 금액을 장학금으로 지출하는 법인의 경우에는 100분의 80)을 곱하여 산출한 금액

적용한다.

○ 법인세법 시행령 제56조 【고유목적사업준비금의 손금산입】

① 법 제29조제1항 각 호 외의 부분 본문에서 "대통령령으로 정하는 단체"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 단체를 말한다.

1. 제36조제1항제1호에 해당하는 단체

2. 삭제

3. 법령에 의하여 설치된 기금

4. ⁠「주택법」제2조제2호에 따른 공동주택의 입주자대표회의 또는 자치관리기구

② 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 이자소득금액은 법 제29조제1항제1호의 금액으로 본다.

1. 금융보험업을 영위하는 비영리내국법인이 한국표준산업분류상 금융보험업을 영위하는 법인에 일시적으로 자금을 예치함에 따라 발생하는 이자소득금액

2. 제2조제1항제5호나목에 따른 사업을 영위하는 자가 자금을 운용함에 따라 발생하는 이자소득금액

3. ⁠「한국주택금융공사법」에 따른 주택금융신용보증기금이 동법 제43조의8제1항 및 제2항에 따른 보증료의 수입을 운용함에 따라 발생하는 이자소득금액

③ 법 제29조제1항제4호에서 "수익사업에서 발생한 소득"이란 해당 사업연도의 수익사업에서 발생한 소득금액(고유목적사업준비금과 법 제24조제2항에 따른 기부금을 손금에 산입하기 전의 소득금액을 말한다)에서 법 제29조제1항제1호부터 제3호까지의 규정에 따른 금액 및 법 제13조제1호에 따른 결손금과 법 제24조제2항에 따른 기부금을 뺀 금액을 말한다.

④ 삭제

⑤ 법 제29조제1항에서 "고유목적사업"이라 함은 당해 비영리내국법인의 법령 또는 정관에 규정된 설립목적을 직접 수행하는 사업으로서 제2조제1항의 규정에 해당하는 수익사업외의 사업을 말한다.

⑥ 법 제29조제1항부터 제4항까지의 규정을 적용할 때 다음 각 호의 금액은 고유목적사업에 지출 또는 사용한 금액으로 본다.

1. 비영리내국법인이 당해 고유목적사업의 수행에 직접 소요되는 고정자산 취득비용(제31조제2항에 따른 자본적 지출을 포함한다) 및 인건비 등 필요경비로 사용하는 금액

2. 특별법에 의하여 설립된 법인(당해 법인에 설치되어 운영되는 기금중 「국세기본법」 제13조의 규정에 의하여 법인으로 보는 단체를 포함한다)으로서 건강보험·연금관리·공제사업 및 제2조제1항제8호에서 규정된 사업을 영위하는 비영리내국법인이 손금으로 계상한 고유목적사업준비금을 법령에 의하여 기금 또는 준비금으로 적립한 금액

3. 의료업을 영위하는 비영리내국법인(이하 이 조에서 "의료법인"이라 한다)이 의료기기 등 기획재정부령으로 정하는 고정자산을 취득하기 위하여 지출하는 금액과 기획재정부령으로 정하는 연구개발사업을 위하여 지출하는 금액

4. ⁠「농업협동조합법」에 의한 농업협동조합중앙회가 법 제61조제1항의 규정에 의하여 계상한 고유목적사업준비금을 회원에게 무상으로 대여하는 금액

5. ⁠「농업협동조합법」에 의한 농업협동조합중앙회가 ⁠「농업협동조합의 구조개선에 관한 법률」에 의한 상호금융예금자보호기금에 출연하는 금액

6. ⁠「수산업협동조합법」에 의한 수산업협동조합중앙회가 ⁠「수산업협동조합의 구조개선에 관한 법률」에 의한 상호금융예금자보호기금에 출연하는 금액

7. ⁠「신용협동조합법」에 의한 신용협동조합중앙회가 동법에 의한 신용협동조합예금자보호기금에 출연하는 금액

8. ⁠「새마을금고법」에 의한 새마을금고연합회가 동법에 의한 예금자보호준비금에 출연하는 금액

9. ⁠「산림조합법」에 의한 산림조합중앙회가 동법에 의한 상호금융예금자보호기금에 출연하는 금액

10. 「제주특별자치도 설치 및 국제자유도시 조성을 위한 특별법」 제261조에 따라 설립된 제주국제자유도시개발센터가 같은 법 제265조제1항제1호, 같은 항 제2호라목·마목(관련 토지의 취득·비축을 포함한다) 및 같은 항 제3호의 업무에 지출하는 금액

⑦ 법 제29조제5항에서 "대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 이자상당액"이란 제1호의 금액에 제2호의 율을 곱하여 계산한 금액을 말한다.

1. 당해 고유목적사업준비금의 잔액을 손금에 산입한 사업연도에 그 잔액을 손금에 산입함에 따라 발생한 법인세액의 차액

2. 손금에 산입한 사업연도의 다음 사업연도의 개시일부터 익금에 산입한 사업연도의 종료일까지의 기간에 대하여 1일 1만분의 3의 율

⑧ 법 제29조제6항에서 "대통령령으로 정하는 경우"란 해당 비영리 내국법인의 수익사업에서 발생한 소득에 대하여 법 또는 ⁠「조세특례제한법」에 따른 비과세·면제, 준비금의 손금산입, 소득공제 또는 세액감면(세액공제를 제외한다)을 적용받는 경우를 말한다. 다만, 고유목적사업준비금만을 적용받는 것으로 수정신고한 경우는 제외한다.

⑨ 법 제29조제1항의 규정을 적용받고자 하는 비영리내국법인은 법 제60조의 규정에 의한 신고와 함께 기획재정부령이 정하는 고유목적사업준비금조정명세서를 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다.

⑩ 제6항제3호의 규정을 적용받고자 하는 의료법인은 손금으로 계상한 고유목적사업준비금상당액을 기획재정부령이 정하는 의료발전회계로 구분하여 경리하여야 한다.

⑪ 해당 사업연도에 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 법인의 임원 및 종업원이 지급받는 「소득세법」 제20조제1항 각 호의 소득의 금액의 합계액(이하 "총급여액"이라 하며, 해당 사업연도의 근로기간이 1년 미만인 경우에는 총급여액을 근로기간의 월수로 나눈 금액에 12를 곱하여 계산한 금액으로 한다. 이 경우 월수의 계산은 제39조제2항을 준용한다)이 8천만원을 초과하는 경우 그 초과하는 금액은 제6항제1호에 따른 인건비로 보지 아니한다. 다만, 해당 법인이 해당 사업연도의 법 제60조에 따른 과세표준을 신고하기 전에 해당 임원 및 종업원의 인건비 지급규정에 대하여 주무관청으로부터 승인받은 경우에는 그러하지 아니하다.

1. 법 제29조제1항제4호에 따라 수익사업에서 발생한 소득에 대하여 100분의 50을 곱한 금액을 초과하여 고유목적사업준비금으로 손금산입하는 비영리내국법인

2. 「조세특례제한법」 제74조제1항제2호 및 제8호에 해당하여 수익사업에서 발생한 소득에 대하여 100분의 50을 곱한 금액을 초과하여 고유목적사업준비금으로 손금산입하는 비영리내국법인

⑫ 제11항 단서 또는 제13항에 따라 승인을 요청받은 주무관청은 해당 인건비 지급규정이 사회통념상 타당하다고 인정되는 경우 이를 승인하여야 한다.

⑬ 제12항에 따라 인건비 지급규정을 승인받은 자는 승인받은 날부터 3년이 지날 때마다 다시 승인을 받아야 한다. 다만, 그 기간 내에 인건비 지급규정이 변경되는 경우에는 그 사유가 발생한 날이 속하는 사업연도의 법 제60조에 따른 과세표준 신고기한까지 다시 승인을 받아야 한다.

⑭ 제12항에 따라 주무관청의 승인을 받은 법인은 법 제60조에 따른 신고를 할 때 인건비 지급규정 및 주무관청의 승인사실을 확인할 수 있는 서류를 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다.

○ 조세특례제한법 제74조 【고유목적사업준비금의 손금산입특례】

① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 법인에 대해서는 2014년 12월 31일(제7호바목 및 제9호의 경우에는 2015년 12월 31일) 이전에 끝나는 사업연도까지 「법인세법」 제29조를 적용하는 경우 같은 조 제1항제4호에도 불구하고 해당 법인의 수익사업(이 항 제4호 및 제5호의 경우에는 해당 사업과 해당 사업 시설에서 그 시설을 이용하는 자를 대상으로 하는 수익사업만 해당한다)에서 발생한 소득을 고유목적사업준비금으로 손금에 산입할 수 있다.

1. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 법인

가. ⁠「사립학교법」에 따른 학교법인

4. 관련 사례

○ 법인세과-616 ⁠(2011.8.25)

「사립학교법」에 의한 학교법인이 출연받은 수익용 부동산을 매각하고 매매대금을 교비회계로 실제 전출한 경우 고유목적사업 지출 해당 여부에 대해서는 아래의 기존 회신사례를 참고하시기 바람.

○ 법인세과-1051 ⁠(2010.11.10)

비영리내국법인이 증여받은 수익사업용 부동산의 처분에 따른 처분손익을 산정함에 있어 취득가액은 증여당시 「법인세법 시행령」 제89조에 따른 시가로 하는 것이며,

 고유목적사업준비금을 설정함에 있어 부동산임대소득 및 고정자산 처분소득이 있는 경우 각 소득금액을 합한 금액의 범위내에서 같은 법 제29조제1항제4호에 따라 고유목적사업준비금을 설정하는 것임.

○ 서면2팀-1034(2007.05.29)

【질의】｢고등교육법｣에 의한 대학교등을 운영하는 비영리법인이 출연받은 토지를 수익사업(임대)에 사용하고 처분함.

비영리법인이 출연받은 토지를 고유목적사업에 사용하지 않고 처분할 경우 당해 소득에 대한 ｢법인세법｣ 제29조에 의한 고유목적준비금의 손금산입 여부

【회신】귀 질의의 경우, 「법인세법」 제3조 제2항 제5호의 고정자산처분으로 인해 생기는 소득에 대한 같은 법 제29조의 고유목적사업준비금 손금산입 여부는 기존 회신사례(재법인46012-151, 2003.9.19.)를 참고하기 바람.

○ 법인46012-48 ⁠(1997.01.09)

 ｢사립학교법｣에 의한 학교법인이 출연받은 부동산을 양도함으로써 발생한 소득을 당해 학교법인의 고유목적사업에 사용한 경우에는 ｢조세감면규제법｣ 제61조제3항의 규정에 의거 동 금액을 고유목적사업준비금으로 손금산입할 수 있는 것입니다.

○ 서면2팀-1687, 2005.10.21.

비영리 내국법인이 고유목적사업준비금을 손금으로 계상한 사업연도의 종료일 이후 5년이 되는 날까지 해당 준비금을 고유목적사업에 사용하지 아니한 때(5년 내 사용하지 아니한 잔액에 한한다)에는 이를 익금에 산입하고, ｢법인세법 시행령｣ 제56조 제7항 제2호의 규정에 따라 계산한 이자상당액을 당해 사업연도의 법인세에 가산하여 납부하여야 하는 것임.

출처 : 국세청 2014. 05. 09. 법인세과-222 | 국세법령정보시스템