공익사업 지하사용 구분지상권·임차권 설정 보상금 부가가치세 과세여부

요지

토지소유자가 공익사업과 관련하여 사업시행자에게 토지의 사용에 대한 구분지상권 또는 임차권을 설정해주고 보상금을 일시불로 받는 경우 부가가치세 과세대상에 해당함

회신

토지소유자가 공익사업인 도시철도 건설사업 또는 전력사업과 관련하여 사업시행자인 서울특별시 또는 한국전력공사에게 토지의 지하 사용에 대한 구분지상권 또는 임차권을 설정해 주고「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」,「전기사업법」 및 ⁠「도시철도법」에 따라 산정한 보상금을 일시불로 받는 경우「부가가치세법」제4조에 따라 부가가체 과세대상에 해당하는 것임

1. 사실관계

: ☆☆☆☆ 도시철도 건설사업 관련

○ ★★★★공단은 서울 도시철도 9호선 2단계 건설사업과 관련하여 ☆☆☆☆(○○○)에 토지의 지하사용에 대한 구분지상권을 설정해 주고

 -「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」에 따라 산정한 보상금을 일시불로 지급받을 예정임

  * 현재 감정평가 진행 중으로 보상금액은 결정되지 않음(약 100억 예상)

: ●●●●공사 전력사업 관련

○ ◎◎◎◎(주)(이하 ⁠“토지소유자”라 한다)는 공익사업인 전력사업과 관련하여 ●●●●공사로부터 발전소 구내 지하전력구 부지사용과 관련하여 구분지상권을 설정해 주고「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」에 따라 산정한 보상금 503,013천원을 일시불로 지급 받음

○ 구분지상권은 토지소유자가 토지를 사용할 때에 구분지상권자와 협의를 해야 하는 등 많은 불편을 초래하여

 - 토지소유자의 권리설정 변경요청에 따라 토지소유자와 공익사업시행자인 ●●●●공사는 인천청라서측 지중화 전력구 임차권 설정계약으로 변경(2012.2.28.)

 - 구분지상권 설정에서 임차권 설정으로 변경되었으나, 구분지상권 지료와 임차권 차임은 503,013천원으로 동일하며, 권리존속기간도 계약체결일로부터 전기공작물이 존속하는 기간까지로 동일함

 지상권 설정에 따른 보상금 지급현황

(단위 : 억원)

   * ▲▲▲▲공사는 각 구청별로 보상금 지급업무를 수행하고 있어 보상금 현황자료 파악이 어려움

   * 기타소득으로 원천징수만 하고, 부가가치세는 별도로 지급하지 않음

2. 질의내용

 ○ 토지소유자가 공익사업인 도시철도 건설사업이나 전력사업과 관련 사업시행자인 서울특별시나 한국전력공사에게 도시철도나 전기공작물의 존속일까지 토지의 지하 사용에 대한 구분지상권 또는 임차권을 설정해 주고「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」제68조와 제71조에 따라 산정한 보상금을 일시불로 받는 경우 부가가치세가 과세되는지 여부 ?

3. 관련법령

 ○ 부가가치세법 제1조 【과세대상】

  ① 부가가치세는 다음 각 호의 거래에 대하여 부과한다.

   1. 재화 또는 용역의 공급

  ④ 주된 거래인 재화의 공급에 필수적으로 부수(附隨)되는 재화 또는 용역의 공급은 주된 거래인 재화의 공급에 포함되고, 주된 거래인 용역의 공급에 필수적으로 부수되는 재화 또는 용역의 공급은 주된 거래인 용역의 공급에 포함되는 것으로 본다.

 ○ 부가가치세법 시행령 제3조 【부수재화 또는 용역의 범위】

   법 제1조제4항의 규정에 의하여 주된 거래인 재화 또는 용역의 공급에 포함되는 것으로 보는 재화 또는 용역은 다음 각호에 규정하는 것으로 한다.

   1. 당해 대가가 주된 거래인 재화 또는 용역의 공급대가에 통상적으로 포함되어 공급되는 재화 또는 용역

   2. 거래의 관행으로 보아 통상적으로 주된 거래인 재화 또는 용역의 공급에 부수하여 공급되는 것으로 인정되는 재화 또는 용역

   3. 주된 사업과 관련하여 우발적 또는 일시적으로 공급되는 재화 또는 용역

   4. 주된 사업과 관련하여 주된 재화의 생산에 필수적으로 부수하여 생산되는 재화

○ 부가가치세법 제2조 【납세의무자】

  ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자는 이 법에 따라 부가가치세를 납부할 의무가 있다.

   1. 사업목적이 영리이든 비영리이든 관계없이 사업상 독립적으로 재화(제1조에 따른 재화를 말한다) 또는 용역(제1조에 따른 용역을 말한다)을 공급하는 자(이하 ⁠“사업자”라 한다)

   2. 재화를 수입하는 자

 ○ 부가가치세법 제7조 【용역의 공급】

  ① 용역의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 의하여 역무를 제공하거나 재화ㆍ시설물 또는 권리를 사용하게 하는 것으로 한다.

 ○ 부가가치세법 제9조 【거래 시기】

   ② 용역이 공급되는 시기는 역무가 제공되거나 재화ㆍ시설물 또는 권리가 사용되는 때로 한다.

   ④ 제1항과 제2항에 따른 공급 시기에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

 ○ 부가가치세법 시행령 제22조 【용역의 공급시기】

   법 제9조제2항에 규정하는 용역의 공급시기는 다음 각 호에 따른다. 다만, 폐업 전에 공급한 용역의 공급시기가 폐업일 이후에 도래하는 경우에는 그 폐업일을 공급시기로 본다.

   4. 제49조의2제1항ㆍ제2항 및 제4항의 규정에 의하여 계산하는 공급가액의 경우에는 예정신고기간 또는 과세기간의 종료일

   5. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 용역을 둘 이상의 과세기간에 걸쳐 계속적으로 제공하고 그 대가를 선불로 받는 경우에는 예정신고기간 또는 과세기간의 종료일

    가. 헬스클럽장 등 스포츠센터를 운영하는 사업자가 연회비를 미리 받고 회원들에게 시설을 이용하게 하는 것

    나. 사업자가 다른 사업자와 상표권 사용계약을 할 때 사용대가

    다. ⁠「노인복지법」에 따른 노인복지시설(유료인 경우에만 해당한다)을 설치ㆍ운영하는 사업자가 그 시설을 분양받은 자로부터 입주 후 수영장ㆍ헬스클럽장 등을 이용하는 대가를 입주 전에 미리 받고 시설 내 수영장ㆍ헬스클럽장 등을 이용하게 하는 것

    라. 그 밖에 가목에서 다목까지의 규정과 유사한 용역

 ○ 부가가치세법 시행령 제48조 【과세표준의 계산】

 ⑫ 사업자가 제22조제5호에 따라 둘 이상의 과세기간에 걸쳐 용역을 제공하고 그 대가를 선불로 받는 경우에는 해당 금액을 계약기간의 월수로 나눈 금액의 각 과세대상기간의 합계액을 그 과세표준으로 한다. 이 경우 월수의 계산에 관하여는 해당 계약기간의 개시일이 속하는 달이 1개월 미만인 경우에는 1개월로 하고, 해당 계약기간의 종료일이 속하는 달이 1개월 미만인 경우에는 산입하지 아니한다.

 ○ 부가가치세법 시행령 제49조의2 【부동산임대용역에 대한 과세표준계산의 특례】

  ④ 사업자가 둘 이상의 과세기간에 걸쳐 부동산임대용역을 공급하고 그 대가를 선불 또는 후불로 받는 경우에는 해당 금액을 계약기간의 월수로 나눈 금액의 각 과세대상기간의 합계액을 그 과세표준으로 한다. 이 경우 월수의 계산에 관하여는 제48조제12항 후단을 준용한다.

○ 부가가치세법 제12조【면세】

  ① 다음 각 호의 재화 또는 용역의 공급에 대하여는 부가가치세를 면제한다.

   13. 토지

 ○ 소득세법 제21조【기타소득】

  ① 기타소득은 이자소득·배당소득·사업소득·근로소득·연금소득·퇴직소득 및 양도소득 외의 소득으로서 다음 각 호에서 규정하는 것으로 한다.

    9. 지역권·지상권(지하 또는 공중에 설정된 권리를 포함한다)을 설정하거나 대여하고 받는 금품

 ○ 국세기본법 제14조 【실질과세】

  ② 세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 명칭이나 형식에 관계없이 그 실질 내용에 따라 적용한다.

 ○ 부가가치세법 기본통칙 1-0-2 【손해배상금 등】

   각종 원인에 의하여 사업자가 받는 다음 각 호에 예시하는 손해배상금 등은 과세대상이 되지 아니한다.

    1. 소유재화의 파손ㆍ훼손ㆍ도난 등으로 인하여 가해자로부터 받는 손해배상금

    2. 도급공사 및 납품계약서상 그 기일의 지연으로 인하여 발주자가 받는 지체상금

    3. 공급받을 자의 해약으로 인하여 공급할 자가 재화 또는 용역의 공급 없이 받는 위약금 또는 이와 유사한 손해배상금

    4. 대여한 재화의 망실에 대하여 받는 변상금

 ○ 국세기본법 기본통칙 14-0…5【거래의 실질내용 판단기준】

   거래의 실질내용은 형식상의 기록내용이나 거래명의에 불구하고 상거래관례, 구체적인 증빙, 거래당시의 정황 및 사회통념 등을 고려하여 판단한다.

□ 부가가치세 과세거래로 해석한 사례

 ○ 부가가치세과-1204, 2011.10.5.

 【질의】

   인천광역시에서는 도시계획시설사업으로 아래와 같이「인천도시철도 2호선 건설사업」을 추진 중에 있으며, 공사 구간 내 토지주에 대하여「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」에 근거하여 지하구간 사용에 따른 보상금(이하 ⁠“지하사용료”)과 지상구간 토지의 일시적 사용에 따른 보상금(이하 ⁠“일시사용료”)을 지급하고 있음.

  (사업개요)

  - 사 업 명: △△도시철도 2호선 건설사업

  - 사업규모: 연장29.2km, 정거장27개소, 차량기지1개소, 주박기지1개소

  - 사업기간: 2009.6.∼2014.7.

  - 사 업 비: 21,839억원(국비12,989억원 / 시비8,850억원)

  - 사업시행자: 인천광역시장(인천광역시도시철도건설본부장)

  * 지하사용료: 토지 지하에 지하철이 통과하게 됨으로 인하여 당해 지하구간에 대한 사용료를 토지주에게 일시불로 지급하고 토지등기부등본에 구분지상권(존속기간: 도시철도 존속 시까지)을 설정함.

  * 일시사용료: 도시철도 건설공사에 필요한 지상의 일부 토지를 일정기간(공사진행기간) 사용하기 위하여 사용료를 토지주에게 일시불로 지급함(토지등기부상에 별도의 권리설정 없음)

  지하사용료 및 일시사용료가 원칙적으로 부가가치세 과세대상에 해당하는지 여부 ?

【회신】

  귀 질의의 경우 기 질의회신문(서면3팀-952, 2008.5.13.)을 참고하기 바람.

  * 인천광역도시철도공사는 보상금으로 약 20억원을 지급하였으나 개인의 경우 기타소득으로 원천징수만 하였을 뿐 부가가치세는 지급하지 않음

 ○ 서면3팀-952, 2008.5.13.

 【질의】(사실관계)

 • 도시철도사업 개요(서울지하철7호선 인천지역 연장사업)

  - 연장구간 : 인천 부평구 삼산공원(부천시계)∼신복사거리∼부평구청역

  - 사업규모 : 정거장 3개소, 2.4㎞

  - 사 업 비 : 3,063억원(국비 1,838억원/시비 1,225억원)

  - 사업기간 : 2005.8∼2011.3.

＜지하사용 및 일시사용 보상금 지급내역＞

 ㆍ토지소유자 : 한국토지공사 인천지사, 한국농촌공사 김포지사

 ㆍ보상금 지급

  - 한국토지공사 : 7,344천원(지하사용료 5,032천원/일시사용료 2,312천원)

  - 한국농촌공사 : 140,400원(일시사용료 140,400원)

  ㆍ토지사용기간 : 계약체결일(2008.1.10.)부터∼2010.12.31.

  ㆍ지목 : 도로 및 구거(현이용실태 : 도로)

 •소득세법 제21조 제1항에서 ⁠“기타소득은 이자소득ㆍ배당ㆍ부동산 임대소득ㆍ사업소득ㆍ근로소득ㆍ일시재산소득ㆍ퇴직소득ㆍ양도소득 및 산림소득 외의 소득으로 다음 각 호에 규정하는 것으로 한다.”라고 하면서 제9호에는 지역권ㆍ지상권(지하 또는 공중에 설정된 권리를 포함한다)을 대여하고 받은 금품을 기타소득으로 규정하고 있는 바, 지하사용료(구분지상권 설정)보상금은 소득세법 제21조 제1항 제9호 규정에 의거 사업시행자(도시철도건설본부)가 원천징수후 관할세무서에 납부하고 있으나, 일시사용보상금은 소득세법 제18조(부동산임대소득) 규정에 의거 관할세무서에 자진 신고 후 납부할 수 있도록 안내하고 있음.

 •보상 물건 중 기존 도로(왕복8차선 차도)와 구거(하천)로 사용하고 있는 토지 등에 대하여 도시철도 공사로 인한 한시적 사용으로 지하사용 및 일시사용에 따른 손실보상금을 지급함에 있어 토지소유자들에게 세금 등을 자진 납부할 수 있도록 안내하고자 함.

 (질의내용)

  1. 손실보상금 중 불특정 한시적으로 지급하는 지하사용료 및 일시사용료가 부가가치세법 규정에 의한 ⁠“부동산 임대용역”으로 과세(10/100)가 되는지 여부

  2. 손실보상금(지하사용료 및 일시사용료) 1건의 보상 물건에 대하여 보상금액에 상관없이 부가가치세법(부동산 임대용역) 규정에 의거 납세 의무를 부담하는지 여부

【회신】

  귀 질의의 경우 기 질의회신사례(서면3팀-2179, 2007.8.1.)를 참고하기 바람.

  * 한국토지공사 7,344천원은 세금계산서를 발급받고 부가가치세를 지급하였고, 한국토지공사는 부가가치세를 신고․납부함

 ○ 서면3팀-2179, 2007.8.1. ⇐ 법규-3671, 2007.7.30.

【질의】

 「사회기반시설에 대한 대한 민간투자법(이하 ⁠“민간투자법”)」제4조 제1호의 방식(BTO)으로 추진 중인 인천국제공항철도 건설사업에 편입된 지자체소유 토지를「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률(이하 ⁠“토지보상법”)」에 의해 보상협의 중 지상권 설정부지에 대한 보상금에 부가가치세 과세 여부 문제 발생

 지하철공사의 지상토지 사용보상금의 부가가치세 과세대상 여부에 대한 기존 유권해석(부가46015-72, 1997.1.11.)처럼 본건의 지상권 사용 토지도 부가가치세가 면제가능한지.

【회신】

 공항철도건설부지로 편입된 토지의 소유자가「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」제71조 제1항의 규정에 의거 토지사용자로부터 지급받는 토지사용보상금은「부가가치세법」제7조 제1항의 규정에 의하여 부가가치세가 과세되는 것임.

○ 서면3팀-2679, 2004.12.30.

 ○○공사가 자기 소유 및 타인 소유의 토지위에 설치된 송전선 철탑이 도로공사지역에 편입되어 ○○공사로부터 철탑철거·이설 공사비와 용지 및 지상권 보상비를 구분하여 지급받는 경우 당해 토지보상비에 대하여는 「부가가치세법」 제12조제1항제12호 규정의 토지공급 대가에 해당하므로 부가가치세가 면제되는 것이나, 당해 철탑 철거·이설공사비와 지상권 보상비에 대하여는 동법 제1조 제1항 규정의 재화 및 용역공급 대가에 해당하여 부가가치세가 과세되는 것임

○ 서면3팀-2458, 2004.12.6.

 개인 또는 법인이 자기소유의 토지 지상을 송전선이 통과하게 됨에 따라 ⁠『공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률』에 의하여 한국전력공사로부터 일시적으로 지급받는 ⁠“선하부지 보상금”에 대하여는 부가가치세가 과세되지 아니하는 것이나, 재화 또는 용역의 공급 없이 받는 위약금 또는 이와 유사한 손해배상금 성격이 아닌 경우로서 토지(선하부지)임대차계약 등에 의하여 계속적으로 토지를 임대하고 그 대가를 매월 등 일정 기간별로 받는 때에는 「부가가치세법」 제1조의 규정에 의하여 부가가치세가 과세되는 것으로, 귀 질의가 이에 해당하는지 여부는 거래내용의 실질에 따라 종합적으로 고려하여 사실 판단 할 사항임.

○ 서면3팀-1690, 2004.8.19.

토지소유자가 토지위에 지상권을 설정하고 지상권자로부터 반환의무 없는 일정액의 지료를 일시불 또는 매월 정액(계속적․반복적)으로 받는 경우는 부가가치세 과세대상임.

□ 부가가치세 과세거래가 아닌 것으로 해석한 사례

○ 서삼 46015-10181, 2003.1.30.

 송전선이 토지지상을 통과하게 됨에 따라「공공용지의 취득 및 손실보상에 관한 특례법」에 의하여 개인 또는 법인이 한국전력공사로부터 지급받는 ⁠“선하부지 보상금”은 부가가치세가 과세되지 아니하는 것임.

○ 부가 46015-72, 1997.1.11

 토지소유자가 서울특별시 지하철공사로부터 지하철공사와 관련하여 ⁠「토지수용법 및 공공용지의 취득 및 손실보상에 관한 특례법」에 의하여 받는 지상토지사용보상금은 부가가치세가 과세되지 아니하는 것임.

○ 부가 22601-1652, 1992.11.4.

지하철노선이 건물지하를 관통하게 되어 서울특별시 지하부분 토지 사용에 따른 보상기준에 대한 조례에 근거하여 서울특별시로부터 받는 보상금은 「부가가치세법」 제1조 제1항 및 동법 기본통칙 1-0-2의 규정에 의하여 부가가치세 과세대상이 아님.

□ 지상권 설정 대가를 기타소득으로 본 사례

○ 소득 46011-3305, 1999.8.23.

 거주자가 지상권을 설정(대여 포함)하고 받는 대가는 소득세법 제21조 제1항 제9호의 규정에 의한 기타소득에 해당하는 것임.

○ 대법원 2007두 7505, 2009.9.24.

【사실관계】

 ․ 토지소유자가 이사 아들이 대표이사로 있는 ⁠(주)○○건설과 지상권을 설정(존속기간 1994년부터 10년간, 지료 20백만원)하고 등기

 ․ ⁠(주)○○건설은 토지 위에 상가건물을 신축하여 부동산임대업 영위

 ․ 1996년 지상권설정계약을 변경(1997년～2003년까지 1년에 50백만원 지료 지급)하였으나, 지상권설정등기에 관한 변경등기는 하지 않음

 ․ 토지소유자는 위 금액을 매출 또는 소득으로 부가가치세 및 종합소득세(기타소득으로 분류) 신고․납부

【과세처분】

 ․ 특수관계자간 거래로 부당행위계산 부인하여 임대수입금액 산정(토지가액×50%×정기예금이자율)

 ․ 부동산 임대소득으로 보아 종합소득세 533백만원 과세

 ․ 특수관계자인 법인에게 토지를 저가 임대한 것으로 보아 부가가치세 124백만원 과세

【대법원 판결】

 ․ 부가가치세 과세 정당. 다만, 부과제척기간이 지난 부분은 취소

 ․ 소득세

    당사자 사이에 지상권을 설정하고 지료에 관한 약정이 있었던 이상 그 지료액 또는 지급시기를 등기하지 않았다고 하더라도 토지소유자가 지급받는 지료는 계속적․정기적으로 지급받는지 여부에 상관없이 기타소득에 해당함

□ 사업자 해당여부 등 관련 사례

○ 대법원 88누 11339, 1989.7.25.

 부가가치세의 납세의무를 규정한「부가가치세법」제2조제1항 소정의 사업상 독립하여 재화 또는 용역을 공급하는 자라 함은 부가가치를 창출해 낼 수 있는 정도의 사업형태를 갖추고 계속적 반복적인 의사로 재화 또는 용역을 공급하는 자로서 자기가 영위하는 사업에서 생산한 재화 또는 용역의 공급 자체를 사업으로 하는 자 뿐만 아니라 그 사업의 범위 내에서 이와 관련 또는 부수하여 생산한 재화 또는 용역을 공급하는 자를 포함함

○ 대법원 2006두 14773, 2008.6.12..

 부가가치세법과 같은 법 시행령의 관계규정에 의하면, 부가가치세의 부과대상이 되는 재화의 공급이라 함은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 의하여 재화를 인도 또는 양도하는 것을 말하고, 그 납세의무자는 영리목적의 유무에 불구하고 사업상 독립적으로 재화 또는 용역을 공급하는 자이므로 사업자가 계약상 또는 법률상 원인에 의하여 재화를 인도 또는 양도하는 경우에는, 부가가치세의 과세대상인 거래가 되고, 임대사업용 건물을 양도함으로써 그에 의하여 비로소 부동산임대사업을 폐지하게 될 것이라면 이는 사업자가 법률상, 계약상의 원인에 의하여 재화를 공급하는 이상, 그 재화공급의 목적이 사업의 유지ㆍ확장을 위한 것이든 사업의 청산ㆍ정리를 위한 것이든, 부가가치세법상의 과세대상이 되며, 사업자가 주된 사업자로서 계속적으로 반복하여 하는 재화 등의 공급이 아니고 주된 사업과 관련하여 우발적 또는 일시적으로 하는 재화 등의 공급이라 하더라도 과세대상이 된다고 할 것이다(대법원 1996.1.23. 선고 95누12132 판결 참조).

출처 : 기획재정부 2014. 04. 07. 부가가치세제과-292 | 국세법령정보시스템