의제매입세액 한도 산정 시 공급가액 합산 기준

요지

의제매입세액 공제 한도액을 계산함에 있어 ⁠“해당과세기간에 해당 사업자가 면세농산물 등과 관련하여 공급한 과세표준”은 제조장에서 공급한 과세표준과 직매장을 통하여 판매한 과세표준을 합한 금액임

회신

「부가가치세법」제51조제1항에 따른 주사업장 총괄납부사업자가 부가가치세가 면제되는 원재료를 자기의 제조 사업장(이하 ⁠“제조장”이라 한다)에서 과세재화인 사료를 생산하여 일부를 타인에게 판매할 목적으로 자기의 다른 사업장(이하 ⁠“직매장 등”이라 한다)으로 반출하는 경우 제조장에서 같은 법 제42조에 따른 의제매입세액을 공제받을 수 있는 것이며, 이 경우 제조장의 같은 법 시행령 제84조제1항에 따른 의제매입세액공제 한도액을 계산함에 있어 ⁠“해당 과세기간에 해당 사업자가 면세농산물 등과 관련하여 공급한 과세표준”에는 제조장에서 직접 제조하여 판매한 사료의 공급가액과 직매장등으로 반출되어 판매된 사료의 공급가액을 합산하여 계산하는 것이 원칙임

 ○ ⁠(주)☆☆☆☆(이하 ⁠“질의법인”이라 함)은 부가가치세를 면제받아 공급받거나 수입한 농산물을 원재료로 하여 사료를 제조하는 법인사업자로 부가가치세 총괄납부사업자임

 ○ 질의법인은 면세 원재료 237억원을 포함하여 총 400억원의 원재료를 공급받아 사료를 생산하여 공장에서 직접 판매(430억원)하거나 직매장을 통해 판매(360억원)하였으며

  - 공장에서 직매장에 반출하는 사료는 세금계산서를 발행하지 않고 거래명세서만 발행함

2. 질의내용

 ○ 해당 과세기간에 해당 사업자가 면세농산물 등과 관련하여 공급한 과세표준(부령§84① 단서)의 규정에서 총괄납부사업자의 경우 ⁠“면세농산물등과 관련하여 공급한 과세표준”의 계산방법에 대해 질의함

  - 갑설 : 공장 및 직매장 매출의 합

  - 을설 : 공장 매출분만 해당함

  - 병설 : 공장 및 직매장의 매출의 합에 총매입가액 중 면세매입가액 비율을 곱하여 계산함

3. 관련법령

○ 부가가치세법 제6조 【납세지】

 ① 사업자의 부가가치세 납세지는 각 사업장의 소재지로 한다.

 ② 제1항에 따른 사업장은 사업자가 사업을 하기 위하여 거래의 전부 또는 일부를 하는 고정된 장소로 하며, 사업장의 범위에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

○ 부가가치세법 시행령 제8조 【사업자】

 ③ 사업자가 자기의 사업과 관련하여 생산하거나 취득한 재화를 직접 판매하기 위하여 특별히 판매시설을 갖춘 장소(이하 ⁠“직매장”이라 한다)는 사업장으로 본다.

○ 부가가치세법 제10조 【재화 공급의 특례】

 ③ 사업장이 둘 이상인 사업자가 자기의 사업과 관련하여 생산 또는 취득한 재화를 판매할 목적으로 자기의 다른 사업장에 반출하는 것은 재화의 공급으로 본다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우는 재화의 공급으로 보지 아니한다.

  2. 사업자가 제51조에 따라 주사업장 총괄납부의 적용을 받는 과세기간에 자기의 다른 사업장에 반출하는 경우. 다만, 제32조에 따른 세금계산서를 발급하고 제48조 또는 제49조에 따라 관할 세무서장에게 신고한 경우는 제외한다.

○ 부가가치세법 제42조 【면세농산물 등 의제매입세액 공제 특례】

 ① 사업자가 제26조제1항제1호 또는 제27조제1호에 따라 부가가치세를 면제받아 공급받거나 수입한 농산물․축산물․수산물 또는 임산물(이하 ⁠“면세농산물 등”이라 한다)을 원재료로 하여 제조․가공한 재화 또는 창출한 용역의 공급에 대하여 부가가치세가 과세되는 경우(제28조에 따라 면세를 포기하고 영세율을 적용받는 경우는 제외한다)에는 면세농산물 등을 공급받거나 수입할 때 매입세액이 있는 것으로 보아 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액을 매입세액으로 공제할 수 있다.

○ 부가가치세법 시행령 제84조 【의제매입세액 계산】

 ① 법 제42조제1항에 따라 매입세액으로 공제할 수 있는 금액은 부가가치세를 면제받아 공급받은 농산물, 축산물, 수산물 또는 임산물(제34조제1항에 따른 1차 가공을 거친 것, 같은 조 제2항 각 호의 것 및 소금을 포함하며, 이하 ⁠“면세농산물 등”이라 한다)의 가액에 다음 표의 구분에 따른 율(이하 이 항에서 ⁠“공제율”이라 한다)을 곱한 금액으로 한다. 다만, 해당 과세기간에 해당 사업자가 면세농산물등과 관련하여 공급한 과세표준(이하 이 항에서 ⁠“과세표준”이라 한다)에 100분의 30을 곱하여 계산한 금액에 공제율을 곱한 금액을 매입세액으로서 공제할 수 있는 금액의 한도로 한다.

 ② 제1항에 따라 매입세액으로서 공제한 면세농산물 등을 그대로 양도 또는 인도하거나 부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업, 그 밖의 목적에 사용하거나 소비할 때에는 그 공제한 금액을 납부세액에 가산하거나 환급세액에서 공제하여야 한다.

 ③ 법 제42조제1항에 따라 매입세액을 공제받으려는 사업자는 기획재정부령으로 정하는 의제매입세액 공제신고서와 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 서류를 관할 세무서장에게 제출하여야 한다. 다만, 제조업을 경영하는 사업자가 농어민으로부터 면세농산물 등을 직접 공급받는 경우에는 의제매입세액 공제신고서만 제출한다.

  1. 「소득세법」 제163조 또는 「법인세법」 제121조에 따른 매입처별 계산서합계표

  2. 기획재정부령으로 정하는 신용카드매출전표 등 수령명세서

 ④ 제3항 단서에 따른 농어민은 통계청장이 고시하는 한국표준산업분류표상의 농업 중 작물 재배업, 축산업, 작물재배 및 축산 복합농업에 종사하거나 어업 및 소금 채취업에 종사하는 개인을 말한다.

 ⑤ 제3항에 따른 매입세액의 공제에 관하여는 제74조와 제75조를 준용한다.

 ⑥ 제1항부터 제5항까지에서 규정한 사항 외에 의제매입세액의 계산에 필요한 사항은 기획재정부령으로 정한다.

○ 부가가치세법 시행규칙 제56조 【의제매입세액 계산】

 ① 수입되는 영 제84조제1항에 따른 면세농산물 등에 대하여 같은 항에 따라 의제매입세액을 계산할 때 그 수입가액은 관세의 과세가격으로 한다.

○ 부가가치세법 제48조 【예정신고와 납부】

 ① 사업자는 각 과세기간 중 다음 표에 따른 기간(이하 ⁠“예정신고기간”이라 한다)이 끝난 후 25일 이내에 대통령령으로 정하는 바에 따라 각 예정신고기간에 대한 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 납세지 관할 세무서장에게 신고하여야 한다.

○ 부가가치세법 제49조 【확정신고와 납부】

 ① 사업자는 각 과세기간에 대한 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 그 과세기간이 끝난 후 25일 이내에 대통령령으로 정하는 바에 따라 납세지 관할 세무서장에게 신고하여야 한다. 다만, 제48조제1항 및 제4항에 따라 예정신고를 한 사업자 또는 제59조제2항에 따라 조기에 환급을 받기 위하여 신고한 사업자는 이미 신고한 과세표준과 납부한 납부세액 또는 환급받은 환급세액은 신고하지 아니한다.

○ 부가가치세법 제51조 【주사업장 총괄 납부】

 ① 사업장이 둘 이상인 사업자가 대통령령으로 정하는 바에 따라 주된 사업장의 관할 세무서장에게 주사업장 총괄 납부를 신청한 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 납부할 세액을 주된 사업장에서 총괄하여 납부할 수 있다.

○ 부가46015-2288, 1995.12.4 외 다수

   사업장이 2개 이상이 있는 사업자의 의제매입세액 공제는 의제매입세액 공제대상 원재료를 공급받는 사업장에서 하여야 하나, 과세되는 용역을 공급하는 사업장이 따로 있는 경우에는 과세되는 용역을 공급하는 사업장에서도 공제할 수 있음

○ 법규부가2014-90 2014.3.24

   의제매입세액 한도액을 계산함에 있어 ⁠“해당과세기간에 해당 사업자가 면세농산물 등과 관련하여 공급한 과세표준”에는 제조장에서 직접 제조하여 판매한 배합사료의 공급가액과 직매장 등으로 반출되어 판매된 배합사료의 공급가액을 합산하여 계산하는 것이 원칙임

출처 : 국세청 2014. 04. 28. 서면법규과-422 | 국세법령정보시스템