주사업장 총괄납부사업자의 재활용폐자원 매입세액 공제 한도 적용기준

요지

주사업장 총괄납부사업자의 재활용폐자원 매입세액 공제 한도액의 계산은 재활용폐자원을 매입하는 사업장과 재활용폐자원을 매입하여 판매하는 사업장의 과세표준의 합계액임

회신

「부가가치세법」제51조제1항에 따른 주사업장 총괄납부사업자가 재활용폐자원을 매입하여“자기의 다른 사업장”(이하 ⁠“A사업장”이라 한다)으로 반출하여 가공 등을 거쳐 판매하는 경우 재활용폐자원 매입세액 공제는 해당 재화를 매입한 사업장에서 공제받을 수 있는 것이며, ⁠「조세특례제한법」제108조제2항에 따른 ⁠“해당 과세기간에 해당 사업자가 공급한 재활용폐자원과 관련한 부가가치세 과세표준”의 계산은 해당 재화를 구입한 사업장과 A사업장의 해당 과세기간의 과세표준 합계액 중 재활용폐자원과 관련하여 발생한 과세표준을 말하는 것임

 ○ ⁠(주)☆☆☆☆(이하 ⁠“질의법인”이라 함)은 주사업장 총괄납부 사업자로서 폐차사업을 하는 지점이 있으며

  - 폐차사업장은 폐차를 매입하여 ⁠“자기의 다른 사업장”(이하 ⁠“A사업장”이라 함)에 원재료 등으로 사용 소비하게 하기 위하여 세금계산서를 발행하지 않고 반출하고 있으며

  - A사업장은 반입한 원재료 등을 그대로 판매하거나 제조 가공하여 판매함

2. 질의내용

 ○ 주사업장 총괄납부사업자가 자기의 다른 사업장에 원재료 등으로 사용하거나 소비하기 위해 거래명세표를 발행하고 반출하는 경우

  - 자기의 다른 사업장에 반출한 금액이 재활용폐자원 매입세액 공제 한도액 계산 시 ⁠“공급한 과세표준”에 해당하는지 여부

3. 관련법령

○ 부가가치세법 제6조 【납세지】

 ① 사업자의 부가가치세 납세지는 각 사업장의 소재지로 한다.

 ② 제1항에 따른 사업장은 사업자가 사업을 하기 위하여 거래의 전부 또는 일부를 하는 고정된 장소로 하며, 사업장의 범위에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

○ 부가가치세법 제10조 【재화 공급의 특례】

 ③ 사업장이 둘 이상인 사업자가 자기의 사업과 관련하여 생산 또는 취득한 재화를 판매할 목적으로 자기의 다른 사업장에 반출하는 것은 재화의 공급으로 본다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우는 재화의 공급으로 보지 아니한다.

  2. 사업자가 제51조에 따라 주사업장 총괄납부의 적용을 받는 과세기간에 자기의 다른 사업장에 반출하는 경우. 다만, 제32조에 따른 세금계산서를 발급하고 제48조 또는 제49조에 따라 관할 세무서장에게 신고한 경우는 제외한다.

○ 조세특례제한법 제108조 【재활용폐자원 등에 대한 부가가치세 매입세액 공제특례】

 ① 재활용폐자원 및 중고자동차를 수집하는 사업자가 세금계산서를 발급할 수 없는 자 등 대통령령으로 정하는 자로부터 재활용폐자원을 2016년 12월 31까지, 중고자동차를 2014년 12월 31일까지 취득하여 제조 또는 가공하거나 이를 공급하는 경우에는 취득가액에 다음 각 호의 값을 곱하여 계산한 금액을 ⁠「부가가치세법」제37조제1항 및 같은 법 제38조에 따라 매출세액에서 매입세액으로 공제할 수 있다.

  1. 재활용폐자원 : 103분의 3, 다만, 2014년 1월 1일부터 2015년 12월 31일까지 취득하는 경우에는 105분의 5로 한다.

 ② 제1항에 따라 재활용폐자원을 수집하는 사업자가 재활용폐자원에 대한 부가가치세 매입세액 공제특례를 적용받는 경우에는 부가가치세 확정신고를 할 때 해당 과세기간에 해당 사업자가 공급한 재활용폐자원과 관련한 부가가치세 과세표준에 100분의 80(2007년 12월 31일까지 취득한 재활용폐자원에 대해서는 100분의 90을 적용한다)을 곱하여 계산한 금액에서 세금계산서를 발급받고 매입한 재활용폐자원 매입가액(해당 사업자의 사업용 고정자산 매입가액은 제외한다)을 뺀 금액을 한도로 하여 계산한 매입세액을 매출세액에서 공제할 수 있다. 이 경우 ⁠「부가가치세법」제48조에 따른 예정신고 및 같은 법 제59조제2항에 따른 환급신고를 할 때 이미 재활용폐자원 매입세액 공제를 받은 경우에는 같은 법 제49조 같은 법 19조에 따른 확정신고를 할 때 정산하여야 한다.

 ③ 제1항 및 제2항을 적용하는 경우 재활용폐자원 및 중고자동차를 수집하는 사업자의 범위, 재활용폐자원 및 중고자동차의 범위, 매입세액 공제방법, 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

○ 조세특례제한법 시행령 제110조 【재활용폐자원 등에 대한 부가가치세 매입세액 공제특례】

 ① 법 제108조제1항에서 ⁠“대통령령으로 정하는 자”란 부가가치세 과세사업을 영위하지 아니하는 자(면세사업과 과세사업을 겸영하는 경우를 포함한다)와 「부가가치세법」 제61조에 규정된 간이과세자를 말한다.

 ③ 법 제108조의 규정에 의하여 매입세액공제를 받을 수 있는 사업자의 범위는 다음과 같다.

  1.「폐기물관리법」에 의하여 폐기물중간처리업허가를 받은 자(폐기물을 재활용하는 경우에 한한다) 또는 폐기물재활용신고를 한 자

  2. ⁠「자동차관리법」에 따라 자동차매매업등록을 한 자

 ④ 법 제108조의 규정에 따라 매입세액공제를 받을 수 있는 재활용폐자원 및 중고자동차(이하 이 조에서 ⁠“재활용폐자원 등”이라 한다)의 범위는 다음과 같다.

  1. 재활용폐자원

  2.「자동차관리법」에 다른 자동차 중 중고자동차. 다만, 다음 각 목의 자동차는 제외한다.(이하 생략)

○ 부가가치세법 제49조 【확정신고와 납부】

 ① 사업자는 각 과세기간에 대한 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 그 과세기간이 끝난 후 25일 이내에 대통령령으로 정하는 바에 따라 납세지 관할 세무서장에게 신고하여야 한다. 다만, 제48조제1항 및 제4항에 따라 예정신고를 한 사업자 또는 제59조제2항에 따라 조기에 환급을 받기 위하여 신고한 사업자는 이미 신고한 과세표준과 납부한 납부세액 또는 환급받은 환급세액은 신고하지 아니한다.

○ 부가가치세법 제51조 【주사업장 총괄 납부】

 ① 사업장이 둘 이상인 사업자가 대통령령으로 정하는 바에 따라 주된 사업장의 관할 세무서장에게 주사업장 총괄 납부를 신청한 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 납부할 세액을 주된 사업장에서 총괄하여 납부할 수 있다.

○ 부가46015-2288, 1995.12.4 외 다수

   사업장이 2개 이상이 있는 사업자의 의제매입세액 공제는 의제매입세액 공제대상 원재료를 공급받는 사업장에서 하여야 하나, 과세되는 용역을 공급하는 사업장이 따로 있는 경우에는 과세되는 용역을 공급하는 사업장에서도 공제할 수 있음

○ 법규부가2014-90 2014.3.24

   의제매입세액 한도액을 계산함에 있어 ⁠“해당과세기간에 해당 사업자가 면세농산물 등과 관련하여 공급한 과세표준”에는 제조장에서 직접 제조하여 판매한 배합사료의 공급가액과 직매장 등으로 반출되어 판매된 배합사료의 공급가액을 합산하여 계산하는 것이 원칙임

○ 법규부가2014-100, 2014.3.25

   주사업장 총괄납부사업자가 면세농산물 등을 구입한 사업장에서 생산된 반제품을 1차 가공하는 제조장으로 반출하고, 해당 반제품으로 제품을 완성하는 제조장에서 다시 완제품을 판매하는 사업장으로 반출하여 판매장 등에서 거래처에 완제품을 판매하는 경우 구입 사업장에서 의제매입세액 공제를 받을 수 있는 것이며, 구입사업장의 의제매입세액 한도액을 계산함에 있어 ⁠“해당 과세기간에 해당 사업자가 면세농산물 등과 관련하여 공급한 과세표준”은 판매장등의 해당 과세기간의 면세농산물 등과 관련한 과세표준 중 해당 구입사업장에서 반출․가공되어 판매한 완제품의 공급가액 합계액을 말하는 것임

출처 : 국세청 2014. 04. 30. 서면법규과-452 | 국세법령정보시스템