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임원인 연구요원 주식 10% 초과 보유 시 R&D세액공제 적용범위

서면법규과-1017  ·  2014. 09. 21.
질의 및 요약

Q질의내용

  • 임원이자 연구전담요원이 사업연도 중 법인 주식을 10% 초과 보유하여 연구인력개발비 세액공제 대상 전담요원에서 제외되는 경우, 그 제외일 이전 기간 인건비도 세액공제 대상이 되는지요?

S요약

임원인 연구요원이 사업연도 중 법인 주식을 10% 초과 취득해 연구전담요원에서 제외되는 경우, 그 제외일 전까지 지급된 인건비는 연구인력개발비 세액공제 대상에 해당하는 것으로 판단됩니다.
#임원 연구요원 #주식 10% 초과 #연구인력개발비 #세액공제 #연구개발비 인정 #사업연도 중 제외
핵심 정리

R회신 내용 서면법규과-1017  ·  2014. 09. 21.

  • 국세청 서면법규과-1017 회신(2014.09.21) 및 관련 조세특례제한법령 근거에 따라 작성되었습니다.
  • 해당 유권해석에서는 연구요원이자 임원에 해당하는 자가 사업연도 도중 회사의 주식을 10%를 초과하여 보유하게 되더라도, 그 초과 이전의 기간 동안 지급된 인건비는 연구인력개발비 세액공제의 적용 대상임을 명확히 하였습니다.
  • 이와 같이 연구전담요원 자격 상실일 이전의 연구활동 및 인건비 지급분에 대해서는 세액공제 요건을 충족한 것으로 볼 수 있습니다.
  • 즉, 법률상 '제외사유 발생일 이전' 기간에 지급된 인건비에 대해 과거 연구전담요원의 요건을 충족했다면 연구인력개발비 세액공제를 인정받을 수 있습니다.
  • 작업연도의 경과 중 연구소장이 연구전담요원 자격에서 제외된 시점까지의 인건비에 한해 해당 공제를 적용받을 수 있음을 안내하였습니다.

L관련 법령 해석

  • 조세특례제한법 제10조: 내국인이 각 과세연도에 연구·인력개발비가 있는 경우 연구·인력개발비(대통령령으로 정하는 비용)에 대해 일정 금액을 소득세 또는 법인세에서 공제
  • 조세특례제한법 시행규칙 제7조 제3항: 연구업무에 종사하는 연구요원으로서, 주주인 임원이 총발행주식의 10%를 초과 소유하는 경우 연구요원 범위에서 제외됨
  • 조세특례제한법 시행령 별표6: 연구개발비 범위로 전담부서의 직원 인건비를 포함하되, 연구전담요원 자격요건 따라 달라짐
  • 조세특례제한법 제9조: 연구·인력개발준비금의 손금산입 및 익금 산입 관련 특례 규정
사례 Q&A
1. 임원 연구요원이 주식 10% 초과 보유하면 세액공제 불가인가요?
답변
연구요원이자 임원이 주식을 10% 초과 보유하게 되어 연구전담요원에서 제외되더라도, 그 제외일 이전 기간의 인건비는 세액공제가 가능합니다.
근거
조세특례제한법 시행규칙 제7조 및 국세청 해석에 따라 제외사유 발생 이전 기간은 세액공제 요건을 충족한 것으로 인정됩니다.
2. 연구전담요원 자격 상실 전 인건비도 R&D 세액공제 가능한가요?
답변
자격 상실 전 기간 지급된 인건비는 연구인력개발비 세액공제 대상이 될 수 있습니다.
근거
국세청 서면법규과-1017 회신을 통해 명확히 인정하고 있습니다.
3. 사업연도 중 연구전담요원에서 제외된 경우 인건비 처리 방법은?
답변
사업연도 중 제외된 경우에도 제외 전까지의 인건비는 연구인력개발비 세액공제 청구가 가능하다고 판단됩니다.
근거
관련 법령 및 유권해석에 따라, '제외사유 발생일 이전' 기간이 공제 인정 범위임을 확인할 수 있습니다.

* 중앙부처 1차 해석은 부처에서 해석한 내용을 수집·제공하는 공공데이터로, 현재 기준과 다를 수 있습니다. 구체적 사안은 소관 부처에 확인하거나 전문가 상담을 권장합니다.

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유권해석 전문

요지

연구요원이자 임원에 해당하는 자가 사업연도 중 법인의 주식을 취득하여 그 소유지분이 총발행주식의 10%를 초과하게 되는 경우, 그 초과일 이전 기간에 상당하는 인건비에 대해서는 연구인력개발비 세액공제를 적용할 수 있는 것임

회신

조세특례제한법 제10조【연구ㆍ인력개발비에 대한 세액공제】를 적용함에 있어, 법인의 전담부서에서 연구업무에 종사하는 연구요원이자 임원에 해당하는 자가 사업연도 중 당해 법인의 주식을 취득하여 그 소유지분이 총발행주식의 10%를 초과하게 되어 연구인력개발비 세액공제 대상 연구전담요원에서 제외되는 경우, 그 제외사유 발생일 이전 기간에 상당하는 인건비에 대해서는 연구인력개발비 세액공제를 적용할 수 있는 것임

1. 질의내용

 ○ 임원이자 연구전담요원인 자가 사업연도 중 회사의 주식을 10% 초과 취득하여 R&D세액공제 대상 전담요원에서 제외되는 경우

  - 제외 사유 발생일 이전까지의 인건비는 R&D세액공제 대상인지?

2. 사실 관계

 ○ 질의법인은 2011년부터 기업부설연구소를 운영 중에 있으며, 연구소장 이하 연구전담요원들로 구성되어 있는데

  - 2013.7.1. 연구소장이 질의법인의 주식을 취득, 10%를 초과 보유하게 되어 R&D세액공제 대상 전담요원에서 제외됨

3. 관련 법령

조세특례제한법 제9조【연구·인력개발준비금의 손금산입】

 ② 제1항에 따라 손금에 산입한 연구·인력개발준비금은 다음 각 호에 따라 익금에 산입한다. ⁠(2011.12.31)

  1. 해당 준비금을 손금에 산입한 과세연도가 끝나는 날 이후 3년이 되는 날이 속하는 과세연도가 끝나는 날까지 연구·인력개발에 필요한 비용(새로운 서비스 및 서비스 전달체계를 개발하기 위한 연구개발의 경우 자체 연구개발에 필요한 비용만 해당한다) 중 대통령령으로 정하는 비용(이하 "연구·인력개발비"라 한다)에 사용한 금액에 상당하는 준비금은 그 3년이 되는 날이 속하는 과세연도부터 각 과세연도의 소득금액을 계산할 때 그 준비금을 36으로 나눈 금액에 해당 과세연도의 개월 수를 곱하여 산출한 금액을 익금에 산입한다.

조세특례제한법 제10조【연구·인력개발비에 대한 세액공제】

 ① 내국인이 각 과세연도에 연구·인력개발비가 있는 경우에는 다음 각 호의 금액을 합한 금액을 해당 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세만 해당한다) 또는 법인세에서 공제한다. 이 경우 제1호 및 제2호는 2015년 12월 31일까지 발생한 해당 연구·인력개발비에 대해서만 적용한다. ⁠(개정 2013.1.1)

  1. 연구·인력개발비 중 대통령령으로 정하는 신성장동력산업 분야의 연구개발비(이하 이 조에서 "신성장동력연구개발비"라 한다)에 대해서는 해당 과세연도에 발생한 신성장동력연구개발비에 100분의 20(중소기업의 경우에는 100분의 30)을 곱하여 계산한 금액

  2. 연구·인력개발비 중 대통령령으로 정하는 원천기술을 얻기 위한 연구개발비(이하 이 조에서 "원천기술연구개발비"라 한다)에 대해서는 해당 과세연도에 발생한 원천기술연구개발비에 100분의 20(중소기업의 경우에는 100분의 30)을 곱하여 계산한 금액

  3. 제1호 및 제2호에 해당하지 아니하거나 제1호 및 제2호를 선택하지 아니한 내국인의 연구·인력개발비(이하 이 조에서 "일반연구·인력개발비"라 한다)의 경우에는 다음 각 목 중에서 선택하는 어느 하나에 해당하는 금액. 다만, 해당 과세연도의 개시일부터 소급하여 4년간 일반연구·인력개발비가 발생하지 아니하거나 직전 과세연도에 발생한 일반연구·인력개발비가 해당 과세연도의 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 일반연구·인력개발비의 연평균 발생액보다 적은 경우에는 나목에 해당하는 금액

   가.∼나. ⁠(각목 생략)

조세특례제한법 시행령 제8조【연구 및 인력개발준비금의 범위 등】

 ① 법 제9조제2항제1호에서 "대통령령으로 정하는 비용"이란 법 제9조제5항에 따른 연구개발 및 인력개발을 위한 비용으로서 별표 6의 비용을 말한다. 다만, 다음 각 호에 해당하는 비용은 제외한다. ⁠(2013.2.15)

  1. 법 제10조의2에 따른 연구개발출연금등을 지급받아 연구개발비로 지출하는 금액

  2. 국가, 지방자치단체, 「공공기관의 운영에 관한 법률」에 따른 공공기관 및 「지방공기업법」에 따른 지방공기업으로부터 연구개발 등을 목적으로 출연금 등의 자산을 지급받아 연구개발비로 지출하는 금액

조세특례제한법 시행령【별표6】

구 분

비 용

1. 연구개발

가. 자체연구개발

 1) 연구개발 또는 문화산업 진흥 등을 위한 기획재정부령으로 정하는 연구소 또는 전담부서(이하 ⁠“전담부서등”이라 한다)에서 근무하는 직원으로서 기획재정부령으로 정하는 자의 인건비. 다만 다음의 인건비는 제외한다(2013.2.15. 개정)

  가)「소득세법」제22조에 따른 퇴직소득에 해당하는 금액

  나)「소득세법」 제29조 「법인세법」 제33조에 따른 퇴직급여충당금

  다) 「법인세법 시행령」 제20조제1항 각 호에 따른 성과급 등

  (이하 생략)

조세특례제한법 시행규칙 제7조【연구 및 인력개발비의 범위】

 ③ 영 별표 6의 제1호가목1)에서 "기획재정부령으로 정하는 자"란 전담부서등에서 연구업무에 종사하는 연구요원 및 이들의 연구업무를 직접적으로 지원하는 자(주주인 임원으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자를 제외한다)를 말한다. ⁠(2012.2.28)

  1. 부여받은 주식매수선택권을 모두 행사하는 경우 당해 법인의 총발행주식의 100분의 10을 초과하여 소유하게 되는 자

  2. 당해 법인의 주주로서 「법인세법 시행령」 제43조제7항에 따른 지배주주등 및 당해 법인의 총발행주식의 100분의 10을 초과하여 소유하는 주주

  3. 제2호에 해당하는 자(법인을 포함한다)와 「소득세법 시행령」 제98조제1항 또는 「법인세법 시행령」 제87조제1항에 따른 특수관계인. 이 경우 「법인세법 시행령」 제87조제1항제7호에 해당하는 자가 당해 법인의 임원인 경우를 제외한다.

출처 : 국세청 2014. 09. 21. 서면법규과-1017 | 국세법령정보시스템