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창업중소기업 주주 변경 시 세액감면 계속 적용 가능 여부

법인세과-619  ·  2013. 10. 31.
질의 및 요약

Q질의내용

  • 조세특례제한법 제6조에 따른 창업중소기업이 주주 변경이 있을 경우에도 기존의 세액감면을 계속 적용받을 수 있는지 궁금합니다.

S요약

조세특례제한법 제6조에 따라 수도권과밀억제권역 외 지역에서 창업한 중소기업이 창업중소기업 요건을 충족하면서 단순히 주주가 변경된 경우, 기존의 창업중소기업 세액감면이 계속 적용되는 것으로 판단됩니다.
#창업중소기업 #세액감면 #주주변동 #조세특례제한법 #수도권과밀억제권역 #중소기업
핵심 정리

R회신 내용 법인세과-619  ·  2013. 10. 31.

  • 회신 주체·출처: 국세청, 법인세과-619, 2013-10-31
  • 국세청은 조세특례제한법 제6조에 따라 수도권과밀억제권역 외의 지역에서 창업한 중소기업이 세액감면을 적용받고 있는 상황에서 주주 변동이 있다 하더라도, 변동 후에도 해당 법인이 창업중소기업 요건을 계속 충족한다면 세액감면 적용은 유지된다고 회신하였습니다.
  • 법인46012-1341, 1993.5.12. 기존 회신에서도 세액감면기간 중 주식지분 변동이 있어도 조세특례를 계속 적용받을 수 있음을 명확히 하였습니다.
  • 창업중소기업 감면은 사업 양수, 합병 등 법령상 특별한 승계 제외 사유가 없는 한, 단순 주주 변경만으로는 세액감면이 중단되지 않는 것으로 보입니다.
  • 다만 해당 법인이 계속해서 창업중소기업의 자격 요건을 갖추어야 하며, 자격 상실 시에는 세액감면 적용이 제한될 수 있습니다.

L관련 법령 해석

  • 조세특례제한법 제6조(창업중소기업 등에 대한 세액감면): 수도권과밀억제권역 외 지역 창업 중소기업에 대해 일정 기간 소득세 또는 법인세 일부 감면
  • 조세특례제한법 시행령 제5조: 창업중소기업 범위와 감면 대상, 감면 신청 요건 등 구체적 요건 규정
  • 조세특례제한법 제6조 제6항: 창업으로 보지 않는 경우와 그 예외 규정(합병·분할·현물출자 등, 사업의 승계 등)
  • 법인46012-1341, 1993.5.12. 유권해석: 세액감면 기간 중 주식지분 변동 있는 경우에도 조세특례 계속 적용 가능
사례 Q&A
1. 창업중소기업 주주 변경 시 세액감면이 계속 적용되나요?
답변
주주의 변동이 있더라도 창업중소기업 요건을 계속 충족하면 세액감면이 계속 적용되는 것으로 판단됩니다.
근거
국세청 법인세과-619 회신과 법인46012-1341 유권해석에 따르면 주식지분 변동이 있어도 세액감면은 유지될 수 있습니다.
2. 주주 변경 후 창업중소기업 자격을 상실하면 감면 혜택도 없어지나요?
답변
주주 변경 후 창업중소기업 요건을 충족하지 못하는 경우에는 세액감면 적용이 제한될 수 있습니다.
근거
조세특례제한법 제6조 창업중소기업의 자격 요건을 충족해야 감면 적용 유지가 근거가 됩니다.
3. 단순 주주 변경과 합병 등 사업승계 시 세액감면 적용 차이가 있나요?
답변
단순 주주 변경의 경우 감면 적용이 계속되지만, 합병·분할 등은 별도의 승계 요건이 적용되어 감면 유지 여부가 달라질 수 있습니다.
근거
조세특례제한법 제6조 제6항과 기존 예규(법인세과-1124 등)에서 사업승계 유형에 따라 감면 적용 기준이 구분됨을 확인할 수 있습니다.

* 중앙부처 1차 해석은 부처에서 해석한 내용을 수집·제공하는 공공데이터로, 현재 기준과 다를 수 있습니다. 구체적 사안은 소관 부처에 확인하거나 전문가 상담을 권장합니다.

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유권해석 전문

요지

조세특례제한법 제6조에 따라 수도권과밀억제권역 외의 지역에서 창업한 중소기업으로서 단순 주주 변동의 경우에는 창업중소기업 세액감면 계속 적용 가능

회신

「조세특례제한법」제6조에 따라 수도권과밀억제권역 외의 지역에서 창업한 중소기업으로서 창업중소기업 등에 대한 세액감면을 적용받는 법인이 주주의 변동이 있고 변동 후에도 창업중소기업에 해당하는 경우 주주 변동 후 창업중소기업 등에 대한 세액감면의 계속 적용 여부는 기존회신(법인46012-1341,1993.5.12.)을 참고하시기 바랍니다.
○ 법인46012-1341,1993.5.12.
조세감면규제법 제15조 제1항의 창업중소기업에 대한 조세특례를 적용받는 법인이 동 조세특례 적용기간 중에 주식지분의 변동이 있는 경우에도 동 조세특례를 계속 적용받을 수 있는 것입니다.

1. 사실관계 및 질의요지

 가. 사실관계

 ○당사는 2011.1월에 창업한 중소기업으로 조특법 §6에 따른 창업중소기업 등에 대한 세액감면을 적용받고 있음

 ○ 당사는 2013.4월 주주가 변경됨

 ○ 변경된 주주는 중소기업으로 창업 후 3년이 경과된 법인임

 나. 질의요지

 ○ 조특법 §6에 따른 세액감면을 적용받는 창업중소기업의 주주가 변경된 경우 감면의 계속 적용 여부

2. 질의내용에 대한 자료

 가. 관련조세법령(법, 시행령, 시행규칙)

 ○조세특례제한법 제6조【창업중소기업 등에 대한 세액감면】(2013.1.1 -11614호)

  ① 2015년 12월 31일 이전에 수도권과밀억제권역 외의 지역에서 창업한 중소기업(이하 "창업중소기업"이라 한다)과 「중소기업창업 지원법」 제6조제1항에 따라 창업보육센터사업자로 지정받은 내국인에 대해서는 해당 사업에서 최초로 소득이 발생한 과세연도(사업 개시일부터 5년이 되는 날이 속하는 과세연도까지 해당 사업에서 소득이 발생하지 아니하는 경우에는 5년이 되는 날이 속하는 과세연도)와 그 다음 과세연도의 개시일부터 4년 이내에 끝나는 과세연도까지 해당 사업에서 발생한 소득에 대한 소득세 또는 법인세의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면한다.

  

  ⑥ 제1항부터 제5항까지의 규정을 적용할 때 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우는 창업으로 보지 아니한다.

   1. 합병·분할·현물출자 또는 사업의 양수를 통하여 종전의 사업을 승계하거나 종전의 사업에 사용되던 자산을 인수 또는 매입하여 같은 종류의 사업을 하는 경우. 다만, 종전의 사업에 사용되던 자산을 인수하거나 매입하여 같은 종류의 사업을 하는 경우 그 자산가액의 합계가 사업 개시 당시 토지·건물 및 기계장치 등 대통령령으로 정하는 사업용자산의 총가액에서 차지하는 비율이 100분의 50 미만으로서 대통령령으로 정하는 비율 이하인 경우는 제외한다.

   2. 거주자가 하던 사업을 법인으로 전환하여 새로운 법인을 설립하는 경우

   3. 폐업 후 사업을 다시 개시하여 폐업 전의 사업과 같은 종류의 사업을 하는 경우

   4. 사업을 확장하거나 다른 업종을 추가하는 경우 등 새로운 사업을 최초로 개시하는 것으로 보기 곤란한 경우

 ⑦ 제1항, 제2항 및 제4항을 적용받으려는 내국인은 대통령령으로 정하는 바에 따라 세액감면신청을 하여야 한다.

조세특례제한법 시행령 제5조 【창업중소기업 등에 대한 세액감면】(2013.2.15-24368호)

  

  ④ 법 제6조제2항에서 "대통령령으로 정하는 기업"이란 다음 각호의 1에 해당하는 기업을 말한다.

   1. ⁠「벤처기업육성에 관한 특별조치법」 제2조의2의 요건을 갖춘 중소기업(같은 조 제1항제2호나목에 해당하는 중소기업을 제외한다)

   2. 연구개발 및 인력개발을 위한 비용으로서 별표 6의 비용(이하 이 조에서 "연구개발비"라 한다)이 당해 과세연도의 수입금액의 100분의 5이상인 중소기업

  ⑤ 제4항제2호의 규정은 ⁠「벤처기업육성에 관한 특별조치법」 제25조의 규정에 의한 벤처기업 해당여부의 확인을 받은 날이 속하는 과세연도부터 연구개발비가 동호의 규정에 의한 비율을 계속 유지하는 경우에 한하여 적용한다.

  ⑥ 법 제6조제3항제17호에서 "대통령령으로 정하는 엔지니어링사업"이란 ⁠「엔지니어링산업 진흥법」에 따른 엔지니어링활동(「기술사법」의 적용을 받는 기술사의 엔지니어링활동을 포함한다. 이하 같다)을 제공하는 사업(이하 "엔지니어링사업"이라 한다)을 말한다.

  ⑦ 삭제

  ⑧ 법 제6조제3항제18호에서 "대통령령으로 정하는 물류산업"이란 운수업 중 화물운송업, 화물취급업, 보관 및 창고업, 화물터미널운영업, 화물운송 중개·대리 및 관련 서비스업, 화물포장·검수 및 형량 서비스업 및 ⁠「항만법」에 따른 예선업과 기타 산업용 기계장비 임대업 중 파렛트임대업(이하 "물류산업"이라 한다)을 말한다.

  ⑨ 법 제6조제3항제20호에서 "대통령령으로 정하는 관광객이용시설업"이란 ⁠「관광진흥법 시행령」 제2조에 따른 전문휴양업과 종합휴양업을 말한다.

  ⑩ 법 제6조제4항에서 "대통령령으로 정하는 에너지신기술중소기업"이란 다음 각 호의 제품(이하 이 조에서 "고효율제품등"이라 한다)을 제조하는 중소기업을 말한다.

   1. 「에너지이용 합리화법」 제15조에 따른 에너지소비효율 1등급 제품 및 같은 법 제22조에 따라 고효율에너지 기자재로 인증받은 제품

   2. ⁠「신에너지 및 재생에너지 개발·이용·보급 촉진법」 제13조에 따라 신·재생에너지설비로 인증받은 제품

  ⑪ 법 제6조제5항에 따른 해당 사업에서 발생한 소득의 계산은 다음의 계산식에 따른다.

    해당 과세연도의 제조업에서 발생한 소득 × ⁠(해당 과세연도의 고효율제품등의 매출액/해당 과세연도의 제조업에서 발생한 총매출액)

  ⑫ 제11항을 적용하는 경우 고효율제품등의 매출액은 제조업 분야의 다른 제품의 매출액과 구분경리하여야 한다.

  ⑬ 법 제6조제6항제1호 단서에서 "토지·건물 및 기계장치 등 대통령령으로 정하는 사업용자산"이란 토지와 「법인세법 시행령」 제24조의 규정에 의한 감가상각자산을 말한다.

  ⑭ 법 제6조제6항제1호 단서에서 "대통령령으로 정하는 비율"이란 100분의 30을 말한다.

  ⑮ 법 제6조제6항을 적용할 때 동종의 사업의 분류는 한국표준산업분류에 따른 세분류를 따른다.

 16. 법 제6조제1항, 제2항 및 제4항에 따라 소득세 또는 법인세를 감면받으려는 자는 과세표준신고와 함께 기획재정부령으로 정하는 세액감면신청서를 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다.

나. 관련 예규(예규, 해석사례, 심사, 심판)

 ○ 법인46012-1341,1993.5.12.

    조세감면규제법 제15조 제1항의 창업중소기업에 대한 조세특례를 적용받는 법인이 동 조세특례 적용기간 중에 주식지분의 변동이 있는 경우에도 동 조세특례를 계속 적용받을 수 있는 것임

 ○ 법인세과-1124, 2009.10.13

    을(乙)법인에 흡수합병되어 소멸한 갑(甲)법인의 대표이사가 갑(甲)법인의 당초 업종과 동일한 병(丙)법인을 설립함에 있어, 갑(甲)법인으로부터 인적·물적 승계가 없고 갑(甲)법인의 사업장과 다른 사업장에새로이 법인을 설립한 후 2년 이내에벤처기업 확인을 받은 경우 동 병(丙)법인은「조세특례제한법」제6조제2항의창업벤처중소기업에 해당하는 것입니다.

 ○ 서면인터넷방문상담2팀-1654, 2005.10.17

    법인이「조세특례제한법」제6조의 규정에 의하여 창업중소기업에 대한 세액감면을 적용받던 법인을 흡수 합병하는 경우,

    합병으로 존속하는 법인이 같은 법 시행령 제2조의 규정에 의한 중소기업에 해당하는 때에는 합병으로 소멸한 법인의 사업에서 발생하는 소득에 대하여 그 피합병법인의 잔존감면기간 동안 승계하여 세액감면을 적용받을 수 있는 것이며

    같은 법 제127조의 규정에 의한 세액감면의 중복배제 요건을 판단함에 있어서 합병 후 동일한 사업장의 동일한 사업연도에 대하여 합병법인의 사업과 피합병법인의 사업을 구분 경리한 경우,

    합병법인은 합병법인 관련 사업에서 발생한 소득에 대하여는 같은 법 제7조의 중소기업에 대한 특별세액감면을 적용받고, 당초 피합병법인 관련 사업에서 발생한 소득에 대하여는 잔존감면기간 동안 같은 법 제6조의 창업중소기업에 대한 세액감면을 동시에 적용받을 수 있는 것입니다.

출처 : 국세청 2013. 10. 31. 법인세과-619 | 국세법령정보시스템