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적격합병 시 영업권(합병매수차손) 세무처리

법인세과-216  ·  2013. 05. 08.
질의 및 요약

Q질의내용

  • 법인세법 제44조제2항에 따른 적격합병으로 피합병법인의 자산 양도손익을 없는 것으로 본 경우, 합병 당시 회계상 계상된 영업권(합병매수차손)을 세법상 어떻게 처리하여 익금 또는 손금에 산입하여야 하는지 여부

S요약

적격합병에 해당하여 법인세법 제44조제2항에 따라 피합병법인의 자산 양도손익을 없는 것으로 본 경우, 합병법인은 법인세법 제44조의3 제1항에 따라 피합병법인의 자산을 장부가액으로 양도받은 것으로 보아 세무상 처리하여야 하며, 회계상 계상한 영업권(합병매수차손)은 자산의 장부가·시가 차액을 자산조정계정으로 보아 해당 자산별로 익금 또는 손금에 산입하는 것으로 해석된다.
#적격합병 #합병 영업권 #합병매수차손 #자산조정계정 #법인세법 제44조 #법인세법 제44조의3
핵심 정리

R회신 내용 법인세과-216  ·  2013. 05. 08.

  • 회신 주체·출처: 국세청 법인세과-216, 2013.05.08, 법인세법 제44조제2항 및 제44조의3 관련 유권해석
  • 법인세법 제44조제2항(2009.12.31. 법률 제9898호 개정)에 따라 피합병법인의 자산 양도손익을 없는 것으로 한 적격합병의 경우에는, 합병법인에 대해서는 같은 법 제44조의3 제1항이 적용되어 피합병법인의 자산을 장부가액으로 양도받은 것으로 보는 것으로 회신하고 있습니다.
  • 따라서 이 경우 합병법인은 일반적인 합병 시 합병법인에 대한 과세규정인 법인세법 제44조의2에 따른 순자산시가와 양도가액 차액의 5년간 익금·손금 산입 규정을 적용하지 아니하고, 적격합병 과세특례 규정(제44조의3 및 시행령 제80조의4)에 따라 세무처리를 하여야 하는 것으로 해석하고 있습니다.
  • 시행령 제80조의4 제1항에 따라 합병법인은 피합병법인의 자산 및 부채를 합병등기일 현재의 시가로 계상하되, 시가에서 피합병법인의 장부가액을 차감한 금액을 자산조정계정으로 계상하여야 하며, 이 자산조정계정은 감가상각자산 여부에 따라 향후 감가상각비와의 상계 또는 처분 시 일괄 익금·손금 산입 방식으로 세무처리하는 것으로 보입니다.
  • 본 사안에서 질의법인은 적격합병으로 피합병법인을 흡수합병하면서 상증세법상 주식가치평가에 따른 합병비율로 합병대가를 교부하였고, 그 결과 순자산가액을 초과하는 부분을 회계상 영업권(합병매수차손)으로 200억원 계상한 후, 2011사업연도에 자산성이 없다고 보아 일시에 상각하였습니다.
  • 그러나 국세청은 적격합병으로 양도손익을 없는 것으로 한 이상, 합병법인이 피합병법인 자산을 장부가액으로 양도받은 것으로 보는 과세특례가 적용되므로, 회계상으로 계상한 영업권을 그대로 손금으로 인정하는 것이 아니라, 세법상으로는 장부가·시가 차이를 자산별 자산조정계정으로 보아 시행령 제80조의4에 따라 기간 또는 처분 시점에 익금 또는 손금에 산입하여야 한다는 취지를 밝히고 있는 것으로 이해됩니다.
  • 또한 관련 선행사례인 법인세과-1218(2010.12.31)에서도 법인세법 제44조제2항에 따라 피합병법인의 자산 양도손익을 없는 것으로 한 경우 합병법인에게 같은 법 제44조의2 제2항 및 제3항의 규정을 적용하지 않는다고 회신한 바 있어, 적격합병에서 순자산시가 초과액을 영업권으로 보고 제44조의2 제3항에 따라 5년간 손금산입하는 방식은 허용되지 않는 것으로 일관되게 해석되고 있습니다.
  • 더불어 법규법인2012-311(2012.09.04)에서도 완전자회사 합병 등 적격합병의 경우에도 제44조의3을 적용받는다면 합병법인은 시행령 제80조의4에 따라 자산·부채를 시가로 계상하고 그 차액을 자산조정계정으로 처리하여야 한다고 설명하고 있어, 적격합병 시 회계상 영업권은 세무상 독립적인 감가상각자산으로 보지 않고 자산조정계정에 의한 사후관리 체계로 처리하여야 함을 재확인하고 있습니다.
  • 결론적으로, 이 유권해석에 따르면 질의와 같은 적격합병에서 발생한 회계상 영업권(합병매수차손)은 세법상 자산조정계정에 의한 자산별 차액조정으로 녹아들게 되므로, 곧바로 일시 손금으로 인정되거나 별도의 영업권 상각을 손금으로 인정받기는 어려운 것으로 판단되며, 향후 감가상각 또는 자산처분 시점에 시행령 제80조의4 기준에 따라 순차적으로 익금 또는 손금에 반영하여야 할 것으로 보입니다.

L관련 법령 해석

  • 법인세법 제44조(합병 시 피합병법인에 대한 과세): 피합병법인은 합병으로 자산을 합병법인에 양도한 것으로 보며, 적격합병 요건을 충족하면 양도손익을 없는 것으로 할 수 있음
  • 법인세법 제44조의2(합병 시 합병법인에 대한 과세): 원칙적으로 합병법인은 피합병법인 자산을 시가로 양도받은 것으로 보고, 순자산시가 초과·미달분을 5년간 익금 또는 손금산입하도록 규정
  • 법인세법 제44조의3(적격 합병 시 합병법인에 대한 과세특례): 제44조제2항 또는 제3항에 따라 양도손익을 없는 것으로 한 경우 합병법인은 피합병법인의 자산을 장부가액으로 양도받은 것으로 보며, 장부가액과 시가의 차액을 자산별로 계상하도록 규정
  • 법인세법 시행령 제80조의4(적격합병 과세특례에 대한 사후관리): 적격합병 시 합병법인은 자산·부채를 시가로 계상하되 시가와 장부가액의 차이를 자산조정계정으로 계상하고, 감가상각자산과 기타자산에 대해 각각 정해진 방식으로 익금 또는 손금에 산입하도록 규정
  • 법인세법 시행령 제72조 제2항 제3호 가목: 적격합병으로 취득한 자산의 취득가액은 시행령 제80조의4 제1항에 따른 장부가액으로 보도록 규정하여 적격합병 시 세법상 취득가액 기준을 명확히 함
사례 Q&A
1. 적격합병 시 회계상 영업권(합병매수차손)을 일시 상각하면 법인세 손금으로 인정되나요?
답변
국세청 법인세과-216 회신에 따르면 적격합병에서 법인세법 제44조제2항에 따라 피합병법인의 자산 양도손익을 없는 것으로 한 경우, 합병법인은 같은 법 제44조의3 제1항에 따라 자산을 장부가액으로 양도받은 것으로 보게 됩니다. 이때 순자산가액 초과분을 회계상 영업권으로 일시에 상각하였더라도 세법상으로는 시행령 제80조의4에 따른 자산조정계정으로 보아 자산별로 익금·손금을 조정하게 되므로, 단순한 회계상 영업권 일시 상각이 곧바로 손금으로 인정되는 것은 아닌 것으로 해석됩니다.
근거
법인세법 제44조의3 제1항은 적격합병에서 양도손익을 없는 것으로 한 경우 합병법인이 피합병법인 자산을 장부가액으로 양도받은 것으로 본다고 규정하고, 법인세법 시행령 제80조의4는 시가와 장부가액 차액을 자산조정계정으로 계상하여 감가상각 또는 처분 시점에 익금·손금으로 조정하도록 규정하고 있습니다. 국세청 법인세과-216 및 법인세과-1218 회신은 이러한 체계를 전제로 적격합병에서 제44조의2 제2항·제3항에 따른 영업권 손금산입 규정이 적용되지 않는다고 명시하고 있습니다.
2. 적격합병에서는 법인세법 제44조의2 제3항에 따른 영업권 손금산입 규정을 적용할 수 있나요?
답변
국세청은 적격합병에서 양도손익을 없는 것으로 한 경우에는 합병법인에게 법인세법 제44조의2 제2항 및 제3항을 적용하지 않는다는 입장을 유지하고 있습니다. 따라서 피합병법인 순자산시가를 초과하는 합병대가를 단순히 영업권으로 보아 제44조의2 제3항에 따라 5년간 손금산입하는 방식은 적격합병에는 적용되지 않는 것으로 보입니다.
근거
법인세과-1218(2010.12.31)은 법인세법 제44조제2항에 따라 양도손익을 없는 것으로 한 경우 합병법인에게 같은 법 제44조의2 제2항 및 제3항 규정이 적용되지 않는다고 회신하였습니다. 또한 법인세과-146(2011.02.25)도 완전자회사 합병 등에서 제44조의3이 적용되는 경우 제44조의2 제3항의 영업권 손금 규정이 적용되지 않는다고 해석하고 있어, 본 건 법인세과-216 회신과 함께 적격합병에 대한 일관된 해석의 근거가 됩니다.
3. 적격합병에서 피합병법인 자산의 장부가와 시가 차이는 세법상 어떻게 처리되나요?
답변
적격합병으로 법인세법 제44조의3을 적용하는 경우, 합병법인은 피합병법인 자산을 장부가액으로 양도받은 것으로 보되, 실제 재무제표상에는 합병등기일 현재의 시가로 계상하고 장부가와 시가의 차액을 자산조정계정으로 기록하게 됩니다. 이 자산조정계정은 시행령 제80조의4에 따라 감가상각자산이면 향후 감가상각비와 상계하거나 가산하는 방식으로, 그 외 자산이면 처분 시 전액 익금 또는 손금에 산입하는 방식으로 사후관리되므로, 회계상 영업권으로 일시 비용 처리하는 것과는 다른 세무상 처리가 이루어지는 것으로 보입니다.
근거
법인세법 제44조의3 제1항은 장부가액과 시가의 차액을 자산별로 계상하도록 규정하고, 법인세법 시행령 제80조의4 제1항은 시가와 장부가액 차이를 자산조정계정으로 계상하도록 상세히 정하고 있습니다. 이어 같은 조 제1호·제2호에서 감가상각자산과 비감가상각자산별로 자산조정계정을 어떻게 익금·손금에 산입할지 규정하고 있어, 적격합병에서 장부가·시가 차액의 세무상 처리 기준이 됩니다.

* 중앙부처 1차 해석은 부처에서 해석한 내용을 수집·제공하는 공공데이터로, 현재 기준과 다를 수 있습니다. 구체적 사안은 소관 부처에 확인하거나 전문가 상담을 권장합니다.

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유권해석 전문

요지

법인세법 제44조제2항(2009.12.31. 법률 제9898호로 개정된 것)에 따라 피합병법인의 자산 양도손익이 없는 것으로 한 경우에는 같은 법 제44조의3【적격 합병 시 합병법인에 대한 과세특례】 제1항에 따라 피합병법인의 자산을 장부가액으로 양도받은 것으로 보아 익금 또는 손금에 산입하는 것

회신

법인세법 제44조제2항(2009.12.31. 법률 제9898호로 개정된 것)에 따라 피합병법인의 자산 양도손익이 없는 것으로 한 경우에는 같은 법 제44조의3【적격 합병 시 합병법인에 대한 과세특례】 제1항에 따라 피합병법인의 자산을 장부가액으로 양도받은 것으로 보아 익금 또는 손금에 산입하는 것입니다.

1. 사실관계

○질의법인은 ’11.7.31일 합병기일로 피합병법인을 흡수합병하였으며, 동 합병은 법인세법 제44조 2항의 적격합병에 해당

 -법인세법 제44조 3 ⁠“적격합병시 합병법인에 대한 과세특례”를 적용하였음

○피합병법인 주식가치를 상속세 및 증여세법 63조에 의한 주식가치평가 방법에 따라 산출된 합병비율에 따라 합병대가를 교부

  -피합병법인은 아파트 건축 및 분양하는 시행사로 2009년~ 2010까지 3개 사업년도에는 분양완료 등으로 거액의 당기 순이익이 발생되어

  -주식평가결과 순자산가치보다 높아 아래와 같이 영업권을 계상

○질의법인은 2011년 결산시 영업권이 향후 기대이익, 자산성이 없다고 판단하여 일시에 상각하였음

○질의법인 회계처리

 ① 합병 회계처리

  

(합병전)

자산 200억원

부채 100억원

자본 100억원

 ⇒

(합병후)

자산 200억원

영업권 200억원

부 채 100억원

자본금 50억원

주발초 250억원

 ② 2011년말 결산분개

   (차) 영업권 상각 200 ⁠(대) 영업권 200

    →자산성이 없다고 보아 영업권을 일시에 상각함

2. 질의요지

 ○적격합병시 회계상 계상한 영업권(합병매수차손)에 대한 세무처리

3. 관련규정

○ 법인세법 제44조 【합병 시 피합병법인에 대한 과세】

 ① 피합병법인이 합병으로 해산하는 경우에는 그 법인의 자산을 합병법인에 양도한 것으로 본다. 이 경우 그 양도에 따라 발생하는 양도손익(제1호의 가액에서 제2호의 가액을 뺀 금액을 말한다. 이하 이 조 및 제44조의3에서 같다)은 피합병법인이 합병등기일이 속하는 사업연도의 소득금액을 계산할 때 익금 또는 손금에 산입한다.

  1. 피합병법인이 합병법인으로부터 받은 양도가액

  2.피합병법인의 합병등기일 현재의 자산의 장부가액 총액에서 부채의 장부가액 총액을 뺀 가액(이하 이 관에서 "순자산 장부가액"이라 한다)

 ② 제1항을 적용할 때 다음 각 호의 요건을 모두 갖춘 합병의 경우에는 제1항제1호의 가액을 피합병법인의 합병등기일 현재의 순자산 장부가액으로 보아 양도손익이 없는 것으로 할 수 있다. 다만, 대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있는 경우에는 제2호 또는 제3호의 요건을 갖추지 못한 경우에도 대통령령으로 정하는 바에 따라 양도손익이 없는 것으로 할 수 있다.

  1. 합병등기일 현재 1년 이상 사업을 계속하던 내국법인 간의 합병일 것. 다만, 다른 법인과 합병하는 것을 유일한 목적으로 하는 법인으로서 대통령령으로 정하는 법인의 경우는 제외한다.

  2. 피합병법인의 주주등이 합병으로 인하여 받은 합병대가의 총합계액 중 합병법인의 주식등의 가액이 100분의 80 이상이거나 합병법인의 모회사의 주식등의 가액이 100분의 80 이상인 경우로서 그 주식등이 대통령령으로 정하는 바에 따라 배정되고, 대통령령으로 정하는 피합병법인의 주주등이 합병등기일이 속하는 사업연도의 종료일까지 그 주식등을 보유할 것

  3. 합병법인이 합병등기일이 속하는 사업연도의 종료일까지 피합병법인으로부터 승계받은 사업을 계속할 것

 ③ 내국법인이 발행주식총수 또는 출자총액을 소유하고 있는 다른 법인을 합병하거나 그 다른 법인에 합병되는 경우에는 제2항에도 불구하고 양도손익이 없는 것으로 할 수 있다.

○ 법인세법 제44조의2 【합병 시 합병법인에 대한 과세】

 ① 합병법인이 합병으로 피합병법인의 자산을 승계한 경우에는 그 자산을 피합병법인으로부터 합병등기일 현재의 시가(제52조제2항에 따른 시가를 말한다. 이하 이 관에서 같다)로 양도받은 것으로 본다. 이 경우 피합병법인의 각 사업연도의 소득금액 및 과세표준을 계산할 때 익금 또는 손금에 산입하거나 산입하지 아니한 금액, 그 밖의 자산ㆍ부채 등은 대통령령으로 정하는 것만 합병법인이 승계할 수 있다.

 ② 합병법인은 피합병법인에 지급한 양도가액이 피합병법인의 합병등기일 현재의 자산총액에서 부채총액을 뺀 금액(이하 이 관에서 "순자산시가"라 한다)에 미달하는 경우 그 차액을 제60조제2항제2호에 따른 세무조정계산서에 계상하고 합병등기일부터 5년간 균등분할하여 익금에 산입한다.

 ③ 합병법인은 피합병법인에 지급한 양도가액이 합병등기일 현재의 순자산시가를 초과하는 경우로서 대통령령으로 정하는 경우에는 그 차액을 제60조제2항제2호에 따른 세무조정계산서에 계상하고 합병등기일부터 5년간 균등분할하여 손금에 산입한다.

 ④ 제1항부터 제3항까지의 규정에 따른 익금산입액 및 손금산입액의 계산과 그 산입방법 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

○ 법인세법 제44조의3【적격 합병 시 합병법인에 대한 과세특례】

 ①제44조제2항 또는 제3항에 따라 양도손익이 없는 것으로 한 경우 합병법인은 제44조의2에도 불구하고 피합병법인의 자산을 장부가액으로 양도받은 것으로 한다. 이 경우 장부가액과 제44조의2제1항에 따른 시가와의 차액을 대통령령으로 정하는 바에 따라 자산별로 계상하여야 한다.

 ② 합병법인은 제1항에 따라 피합병법인의 자산을 장부가액으로 양도받은 경우 피합병법인의 합병등기일 현재의 제13조제1호의 결손금과 피합병법인이 각 사업연도의 소득금액 및 과세표준을 계산할 때 익금 또는 손금에 산입하거나 산입하지 아니한 금액, 그 밖의 자산·부채 및 제59조에 따른 감면·세액공제 등을 대통령령으로 정하는 바에 따라 승계한다.

○ 법인세법 시행령 제80조의4 【적격합병 과세특례에 대한 사후관리】

 ① 합병법인은 법 제44조의3제1항에 따라 피합병법인의 자산을 장부가액으로 양도받은 경우 양도받은 자산 및 부채의 가액을 합병등기일 현재의 시가로 계상하되, 시가에서 피합병법인의 장부가액(제85조제1호에 해당하는 세무조정사항이 있는 경우에는 그 세무조정사항 중 익금불산입액은 더하고 손금불산입액은 뺀 가액으로 한다)을 뺀 금액을 자산조정계정으로 계상하여야 한다. 이 경우 계상한 자산조정계정은 다음 각 호의 구분에 따라 0보다 큰 경우에는 익금에, 0보다 작은 경우에는 손금에 각각 산입한다.

  1. 감가상각자산에 설정된 자산조정계정: 자산조정계정이 0보다 큰 경우에는 해당 자산의 감가상각비(해당 자산조정계정에 상당하는 부분에 대한 것만 해당한다. 이하 이 항에서 같다)와 상계하고 0보다 작은 경우에는 감가상각비에 가산. 이 경우 해당 자산을 처분하는 경우에는 상계 또는 더하고 남은 금액을 그 처분하는 사업연도에 전액 익금 또는 손금에 산입한다.

  2. 제1호 외의 자산에 설정된 자산조정계정: 해당 자산을 처분하는 사업연도에 전액 익금 또는 손금에 산입. 다만, 자기주식을 소각하는 경우에는 익금 또는 손금에 산입하지 아니하고 소멸한다.

○ 법인세법 시행령 제72조 【자산의 취득가액 등】

 ② 법 제41조제1항 및 제2항에 따른 자산의 취득가액은 다음 각 호의 금액으로 한다.

 3. 합병·분할 또는 현물출자에 따라 취득한 자산의 경우 다음 각 목의 구분에 따른 금액

  가. 적격합병 또는 적격분할의 경우: 제80조의4제1항 또는 제82조의4제1항에 따른 장부가액

  나. 그 밖의 경우: 해당 자산의 시가

○ 법인세법 시행령 제24조 【감가상각자산의 범위】

 ① 법 제23조제3항에서 "건물, 기계 및 장치, 특허권 등 대통령령으로 정하는 자산"이란 다음 각 호의 고정자산(제3항의 자산을 제외하며, 이하 "감가상각자산"이라 한다)을 말한다.

 2. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 무형고정자산

 가. 영업권(합병 또는 분할로 인하여 합병법인등이 계상한 영업권은 제외한다), 디자인권, 실용신안권, 상표권

 나. 특허권, 어업권, ⁠「해저광물자원 개발법」에 의한 채취권, 유료도로관리권, 수리권, 전기가스공급시설이용권, 공업용수도시설이용권, 수도시설이용권, 열공급시설이용권

 다. 광업권, 전신전화전용시설이용권, 전용측선이용권, 하수종말처리장시설관리권, 수도시설관리권

 라. 댐사용권

○ 법인세법 시행령제31조 【즉시상각의의제】

 ⑧ 감가상각자산이 진부화, 물리적 손상 등에 따라 시장가치가 급격히 하락하여 법인이 기업회계기준에 따라 손상차손을 계상한 경우(법 제42조제3항제2호에 해당하는 경우는 제외한다)에는 해당 금액을 감가상각비로서 손금으로 계상한 것으로 보아 법 제23조제1항을 적용한다.

4. 관련사례

○법인세과-146, 2011.02.25

[질의] 

 2.완전자회사(지분 100%)를 흡수합병하면서 양도차익이 없는 것으로 하는 경우 영업권이 발생하는지

 3.단순히 피합병법인의 순자산 시가를 초과하는 양도가액이 영업권에 해당하는지

[회신]

 2. 내국법인이 ⁠「법인세법」제44조제3항(2009.12.31. 법률 제9898호로 개정된 것)에 따라 양도손익이 없는 것으로 한 경우에는 같은 법 제44조의2제3항의 규정이 적용되지 않는 것임

 3. ⁠「법인세법」제44조의2제3항(2009.12.31. 법률 제9898호로 개정된 것)이 적용되는 금액은 같은 법 시행령 제80조의3제2항에 의한 것을 말하는 것임

 ○법규법인2012-311 2012.09.04

  내국법인(합병법인)이 발행주식총수를 소유하고 있는 다른 법인(피합병법인)을 기업회계상 장부가액으로 합병한 경우에도 법인세법 제44조3【적격합병시 합병법인에 대한 과세특례】를 적용받는 경우에는 같은 법 시행령 제80조의4에 따라 합병법인은 양도받은 자산 및 부채의 가액을 합병등기일 현재의 시가로 계상하되, 시가에서 피합병법인의 장부가액(제85조제1호에 해당하는 세무조정사항이 있는 경우에는 그 세무조정사항 중 익금불산입액은 더하고 손금불산입액은 뺀 가액으로 한다)을 뺀 금액을 자산조정계정으로 계상하는 것임

○법인세과-1218, 2010.12.31

 법인세법 제44조제2항(2009.12.31. 법률 제9898호로 개정된 것)에 따라 피합병법인의 자산 양도손익이 없는 것으로 한 경우에는 합병법인에게 같은 법 제44조의2 제2항 및 제3항의 규정이 적용되지 않는 것

출처 : 국세청 2013. 05. 08. 법인세과-216 | 국세법령정보시스템