요지
2012.1.1. 이후 관계기업기준을 적용함에 따라 중소기업에서 제외되는 경우에는 중소기업기본법 시행령의 개정으로 중소기업에서 제외된 것이 아니며, 실질적 독립성 위반에 해당하므로 유예기간을 적용하지 아니함
회신
① 질의①은 다음의 기획재정부 해석을 참고하기 바람
○ 기획재정부 조세특례제도과-165, 2013.2.26.
「중소기업기본법 시행령」 (2009.3.25. 대통령령 제21368호로 일부개정된 것) 제3조 제2호 다목의 신설 및 「조세특례제한법 시행령」 (2010.12.30. 대통령령 제22583호로 일부 개정된 것) 제2조제1항제3호의 개정에 따라 새로이 중소기업에 해당하지 아니하게 되는 경우에는 「조세특례제한법 시행령」 (2012.2.2. 대통령령 제23590호로 일부개정된 것) 제2조제5항에 따른 “「중소기업기본법 시행령」 제3조제1항제2호, 별표1 및 별표2의 개정으로 새로이 중소기업에 해당하지 아니하게 되는 때”에 해당하지 아니하는 것임
② 내국법인이 「조세특례제한법 시행령」 제2조제2항에 따른 중소기업 유예기간을 적용받던 중 2012.1.1.이후 최초로 개시하는 사업연도에 「중소기업기본법 시행령」 제3조제1항제2호다목의 관계기업기준을 적용함에 따라 「조세특례제한법 시행령」 제2조제1항제3호의 ‘실질적인 독립성’ 요건을 갖추지 못하게 된 경우에는 그 사유가 발생한 사업연도부터 유예기간을 적용받을 수 없는 것임
1. 질의내용
① 중소기업이 2012.1.1. 이후 개시하는 사업연도부터 관계기업 기준 적용으로 중소기업에서 제외되는 경우, ｢조세특례제한법 시행령｣ 제2조제5항에 따른 유예기간을 적용할 수 있는지?
② ｢조세특례제한법 시행령｣ 제2조제2항에 따라 중소기업 유예기간 중이던 내국법인이 2012.1.1. 이후 개시하는 사업연도부터 관계기업 기준을 적용함에 따라 실질적 독립성을 위배하는 경우, 기존의 유예기간을 계속 적용할 수 있는지?
2. 사실관계
○ 갑법인은 코스닥시장에 등록되어 있는 외부감사대상법인으로서 지배·종속의 관계가 성립하는 자회사를 국내에 2개 보유하고 있는 법인이며, 2011년말까지 조특법상 중소기업에 해당함
3. 관련 법령
○ 조세특례제한법 시행령(2010.12.30., 대통령령 제22583호로 일부개정된 것) 제2조【중소기업의 범위】
① ｢조세특례제한법｣(이하 "법"이라 한다) 제5조제1항 각 호 외의 부분에서 "대통령령으로 정하는 중소기업"이란 작물재배업, ---(생략) ---시장조사 및 여론조사업을 주된 사업으로 영위하는 기업으로서 다음 각 호의 요건을 모두 갖춘 기업(이하 "중소기업"이라 한다)을 말한다. 다만, 상시 사용하는 종업원수가 1천명 이상, 자기자본이 1천억원 이상, 매출액이 1천억원 이상 또는 자산총액이 5천억원 이상인 경우에는 중소기업으로 보지 아니한다.
1. 상시 사용하는 종업원수·자본금 또는 매출액이 업종별로 ｢중소기업기본법 시행령｣ 별표 1의 규정에 의한 규모기준(이하 이 조에서 "중소기업기준"이라 한다) 이내일 것
2. 삭제
3. 실질적인 독립성이 ｢중소기업기본법 시행령｣ 제3조 제2호 가목부터 다목까지의 규정에 적합할 것. (생략)
② 제1항의 규정을 적용함에 있어서 중소기업이 그 규모의 확대 등으로 동항 각호외의 부분 단서에 해당되거나 동항제1호의 기준을 초과함에 따라 중소기업에 해당하지 아니하게 된 때에는 최초로 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도와 그 다음 3개 과세연도까지는 이를 중소기업으로 보고, 동 기간(이하 이 조에서 "유예기간"이라 한다)이 경과한 후에는 과세연도별로 제1항의 규정에 따라 중소기업 해당여부를 판정한다. 다만, 중소기업이 다음 각 호의 어느 하나의 사유로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우에는 유예기간을 적용하지 아니하고, 제2호에 따른 유예기간 중에 있는 기업에 대해서는 합병일이 속하는 과세연도부터 유예기간을 적용하지 아니한다.
1. 「중소기업기본법」의 규정에 의한 중소기업외의 기업과 합병하는 경우
2. 유예기간중에 있는 기업과 합병하는 경우
3. 제1항제3호의 규정에 의한 기업외의 기업에 해당되는 경우
4. 창업일이 속하는 과세연도 종료일부터 2년 이내의 과세연도 종료일 현재 중소기업기준을 초과하는 경우
③～④ (생략)
⑤ 제1항을 적용할 때 기업이 「중소기업기본법 시행령」 제3조제2호가목ㆍ나목 및 별표 1의 개정으로 새로이 중소기업에 해당하게 되는 때에는 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도부터 중소기업으로 보고, 중소기업에 해당하지 아니하게 되는 때에는 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도와 그 다음 3개 과세연도까지 중소기업으로 본다.
○ 조세특례제한법 시행령(2010.12.30., 대통령령 제22583호로 일부개정된 것) 부칙 제1조(시행일)
이 영은 2011년 1월 1일부터 시행한다. 다만, … 제2조제1항제3호 전단(「중소기업기본법 시행령」 제3조제2호다목의 부분만 해당한다) 및 후단의 개정규정은 2012년 1월 1일부터 시행한다.
○ 조세특례제한법 시행령(2012.2.2., 대통령령 제23590호로 일부개정된 것) 제2조【중소기업의 범위】
① (생략)
1.～2. (생략)
3. 실질적인 독립성이 「중소기업기본법 시행령」 제3조제1항제2호에 적합할 것. (생략)
③～④ (생략)
⑤ 제1항을 적용할 때 기업이 「중소기업기본법 시행령」 제3조제1항제2호, 별표 1 및 별표 2의 개정으로 새로이 중소기업에 해당하게 되는 때에는 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도부터 중소기업으로 보고, 중소기업에 해당하지 아니하게 되는 때에는 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도와 그 다음 3개 과세연도까지 중소기업으로 본다.
○ 조세특례제한법 시행령(2012.2.2., 대통령령 제23590호로 일부개정된 것) 부칙 제1조(시행일)
이 영은 공포한 날부터 시행한다. (생략)
제2조(일반적 적용례) ① 이 영 중 소득세 및 법인세에 관한 개정규정은 법률 제11133호 조세특례제한법 일부개정법률 시행 후 최초로 개시하는 과세연도 분부터 적용한다.
출처 :
국세청 2013. 03. 07. 서면법규과-257 | 국세법령정보시스템
