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공무원 명예퇴직수당 환수 시 퇴직소득세 경정청구 기한

서면-2024-법규기본-4251  ·  2025. 06. 25.
질의 및 요약

Q질의내용

  • 명예퇴직한 공무원이 재임용으로 명예퇴직수당을 환수당한 경우, 퇴직소득세 경정청구는 언제까지 가능한가요?

S요약

공무원이 명예퇴직수당에 대해 퇴직소득세를 원천징수 납부 후 지급명세서를 기한 내 제출했다가, 재임용되어 명예퇴직수당이 환수되는 경우, 원천징수세액 납부기한이 지난 후 5년 이내에 경정청구가 가능합니다. 만약 이 5년이 지났다면, 환수 사실을 안 날부터 3개월 이내 후발적 경정청구가 가능합니다.
#공무원 #명예퇴직수당 #환수 #퇴직소득세 #경정청구 #후발적 사유
핵심 정리

R회신 내용 서면-2024-법규기본-4251  ·  2025. 06. 25.

  • 국세청 서면-2024-법규기본-4251(2025-06-25) 회신 내용임.
  • 명예퇴직 후 공무원이 명예퇴직수당에 대해 퇴직소득세를 원천징수 납부하고 지급명세서를 제출기한 내 제출한 경우, 원천징수세액의 납부기한이 지난 후 5년 이내에는 국세기본법 제45조의2에 따라 경정청구가 가능합니다.
  • 이 5년의 경정청구 기한이 지난 경우라도, 재임용으로 명예퇴직수당 환수가 발생한 것은 국세기본법 제45조의2 제2항, 제5항 및 동 시행령 제25조의2에서 정한 후발적 사유에 해당하여, 환수 사실을 안 날부터 3개월 이내 추가로 경정청구를 할 수 있습니다.
  • 경정청구 시에는 환수 근거서류, 환수금 납입 영수증 등이 필요하며, 해당 공무원 또는 원천징수의무자가 처리할 수 있습니다.
  • 관련 법령에 대해 명확히 근거를 제시하여, 실무적으로 기한 관리와 서류 준비가 중요하다고 안내하였습니다.

L관련 법령 해석

  • 국세기본법 제45조의2: 경정청구는 특별한 사유 없는 한 원천징수세액 납부기한 지난 후 5년 이내 가능
  • 국세기본법 제45조의2 제2항, 제5항: 후발적 사유 발생 시(예: 명예퇴직수당 환수), 그 사유를 안 날부터 3개월 이내 추가 경정청구 허용
  • 국세기본법 시행령 제25조의2: 관청의 처분 취소 등으로 환수 발생 시 후발적 사유로 인정
  • 국가공무원법 제74조의2: 공무원 재임용 시 명예퇴직수당 환수 근거 및 절차 규정
  • 소득세법 제73조, 제146조, 제128조, 제164조: 퇴직소득세 원천징수·지급명세서 제출 및 기한 규정
사례 Q&A
1. 명예퇴직수당 환수 시 퇴직소득세 경정청구 기한은?
답변
원천징수세액의 납부기한이 지난 후 5년 이내 경정청구가 가능하며, 해당 기간이 지난 경우 환수 사실을 안 날부터 3개월 이내 후발적 경정청구가 가능합니다.
근거
국세기본법 제45조의2, 제45조의2 제2항·제5항, 시행령 제25조의2에 따라 경정청구 일반·후발적 기한이 규정되어 있습니다.
2. 공무원 재임용으로 명예퇴직수당 환수되면 세금 환급 청구 가능한가?
답변
네, 경정청구 일반기한(5년) 또는 후발적 사유(3개월) 내에 퇴직소득세 환급 청구가 가능합니다.
근거
국세기본법 제45조의2에 의해 환수로 인한 변동은 후발적 사유로 인정되어 환급 또는 경정청구가 가능합니다.
3. 명예퇴직수당 환수 후 경정청구 시 준비할 서류는?
답변
환수 고지서, 납입 영수증 등 실제 환수 사실을 입증하는 자료가 필요합니다.
근거
국세청 회신에 따르면 환수 근거와 납입 확인 자료 등 실무적 증빙이 요구됨을 명시하고 있습니다.

* 중앙부처 1차 해석은 부처에서 해석한 내용을 수집·제공하는 공공데이터로, 현재 기준과 다를 수 있습니다. 구체적 사안은 소관 부처에 확인하거나 전문가 상담을 권장합니다.

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유권해석 전문

요지

명예퇴직한 공무원이 명예퇴직수당에 대한 퇴직소득세를 원천징수 납부하고 지급명세서를 제출기한까지 제출한 「소득세법」 제73조제1항 각 호에 해당하는 소득이 있는 자에 해당하는 경우로서, 차후에 공무원으로 재임용됨에 따라 명예퇴직수당이 환수된 경우, 원천징수세액의 납부기한이 지난 후 5년 이내에 경정을 청구할 수 있는 것이며, 상기 기한이 경과한 이후에는 후발적 경정청구 사유로서, 환수가 발생한 것을 안 날부터 3개월 이내에 퇴직소득 과세표준 및 세액에 대하여 경정을 청구할 수 있음

회신

명예퇴직한 공무원이 명예퇴직수당에 대한 퇴직소득세를 원천징수 납부하고 지급명세서를 제출기한까지 제출한 「소득세법」 제73조제1항 각 호에 해당하는 소득이 있는 자에 해당하는 경우로서, 차후에 국가공무원법 제74조의2에 규정된 공무원으로 재임용됨에 따라 명예퇴직수당이 환수된 경우,
 ⁠(질의 1) 「국세기본법」 제45조의2 제5항에 따라 원천징수세액의 납부기한이 지난 후 5년 이내에 원천징수영수증에 기재된 퇴직소득 과세표준 및 세액에 대하여 경정을 청구할 수 있는 것이며,
 ⁠(질의 2) 상기 기한이 경과한 이후에는 「국세기본법」 제45조의2 제2항에 따른 후발적 경정청구 사유로서, 환수가 발생한 것을 안 날부터 3개월 이내에 퇴직소득 과세표준 및 세액에 대하여 경정을 청구할 수 있습니다.

1. 사실관계

 ○A는 공무원으로 재직하다가 명예퇴직함

 ○ 공무원연금공단은 A에게 지급된 퇴직급여 및 명예퇴직수당에 대한 퇴직소득세를 원천징수 신고․납부함

 ○A는 공무원으로 재임용되었고, 재임용한 국가기관의 장은 「국가공무원법」 제74조의2 및 「국가공무원 명예퇴직수당 등 지급규정」 제9조의4에 따라 명예퇴직수당 환수금 일부를 A에게 징수요청함

 ○ A는 해당 환수금을 납부함

2. 질의요지

 ○공무원이 명예퇴직하면서 명예퇴직수당을 지급받고, 이에 대해 퇴직소득세를 원천징수납부하였으나,

  -차후에 공무원으로 재임용되어 「국가공무원법」 제74조의2제3항에 따라 명예퇴직수당이 일부 환수되는 경우

  (질의1)원천납세자인 공무원의 퇴직소득세 경정청구 기한

  (질의2)상기의 기한이 경과한 이후 경정청구 가능 여부

3. 관련법령

국세기본법 제45조의2 【경정 등의 청구】

 ① 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자 및 제45조의3제1항에 따른 기한후과세표준신고서를 제출한 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당할 때에는 최초신고 및 수정신고한 국세의 과세표준 및 세액의 결정 또는 경정을 법정신고기한이 지난 후 5년 이내에 관할 세무서장에게 청구할 수 있다. 다만, 결정 또는 경정으로 인하여 증가된 과세표준 및 세액에 대하여는 해당 처분이 있음을 안 날(처분의 통지를 받은 때에는 그 받은 날)부터 3개월 이내(법정신고기한이 지난 후 5년 이내로 한정한다)에 경정을 청구할 수 있다.

 1. 과세표준신고서 또는 기한후과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액(각 세법에 따라 결정 또는 경정이 있는 경우에는 해당 결정 또는 경정 후의 과세표준 및 세액을 말한다)이 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과할 때

 2.과세표준신고서 또는 기한후과세표준신고서에 기재된 결손금액, 세액공제액 또는 환급세액(각 세법에 따라 결정 또는 경정이 있는 경우에는 해당 결정 또는 경정 후의 결손금액, 세액공제액 또는 환급세액을 말한다)이 세법에 따라 신고하여야 할 결손금액, 세액공제액 또는 환급세액에 미치지 못할 때

 ② 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자 또는 국세의 과세표준 및 세액의 결정을 받은 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생하였을 때에는 제1항에서 규정하는 기간에도 불구하고 그 사유가 발생한 것을 안 날부터 3개월 이내에 결정 또는 경정을 청구할 수 있다.

 1. 최초의 신고ㆍ결정 또는 경정에서 과세표준 및 세액의 계산 근거가 된 거래 또는 행위 등이 그에 관한 제7장에 따른 심사청구, 심판청구, 「감사원법」에 따른 심사청구에 대한 결정이나 소송에 대한 판결(판결과 같은 효력을 가지는 화해나 그 밖의 행위를 포함한다)에 의하여 다른 것으로 확정되었을 때

 2. 소득이나 그 밖의 과세물건의 귀속을 제3자에게로 변경시키는 결정 또는 경정이 있을 때

 3. 조세조약에 따른 상호합의가 최초의 신고ㆍ결정 또는 경정의 내용과 다르게 이루어졌을 때

 4. 결정 또는 경정으로 인하여 그 결정 또는 경정의 대상이 된 과세표준 및 세액과 연동된 다른 세목(같은 과세기간으로 한정한다)이나 연동된 다른 과세기간(같은 세목으로 한정한다)의 과세표준 또는 세액이 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 또는 세액을 초과할 때

 5.제1호부터 제4호까지와 유사한 사유로서 대통령령으로 정하는 사유가 해당 국세의 법정신고기한이 지난 후에 발생하였을 때

 ③~④ 생략

 ⑤ 「소득세법」 제73조제1항 각 호에 해당하는 소득이 있는 자, 「소득세법」 제119조 제1호ㆍ제2호, 제4호부터 제8호까지, 제8호의2 및 제10호부터 제12호까지의 규정에 해당하는 소득이 있는 자 또는 「법인세법」 제93조 제1호ㆍ제2호, 제4호부터 제6호까지 및 제8호부터 제10호까지의 규정에 해당하는 국내 원천소득이 있는 자(이하 이 항 및 제52조에서 "원천징수대상자"라 한다)의 경우에는 제1항부터 제4항까지의 규정을 준용한다. 이 경우 제1항 각 호 외의 부분 본문 중 "과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자 및 제45조의3제1항에 따른 기한후과세표준신고서를 제출한 자" 및 제2항 각 호 외의 부분 중 "과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자 또는 국세의 과세표준 및 세액의 결정을 받은 자"는 "연말정산 또는 원천징수하여 소득세 또는 법인세를 납부하고 「소득세법」 제164조, 제164조의2 및 「법인세법」 제120조, 제120조의2에 따라 지급명세서를 제출기한까지 제출한 원천징수의무자 또는 원천징수대상자(「소득세법」 제1조의2제1항제2호에 따른 비거주자 및 「법인세법」 제2조제3호에 따른 외국법인은 제외한다. 다만, 원천징수의무자의 폐업 등 대통령령으로 정하는 사유가 발생하여 원천징수의무자가 경정을 청구하기 어렵다고 인정되는 경우에는 그러하지 아니하다)"로, 제1항 각 호 외의 부분 본문ㆍ단서 및 제2항제5호 중 "법정신고기한이 지난 후"는 "연말정산세액 또는 원천징수세액의 납부기한이 지난 후"로, 제1항제1호 중 "과세표준신고서 또는 기한후과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액"은 "원천징수영수증에 기재된 과세표준 및 세액"으로, 제1항제2호 중 "과세표준신고서 또는 기한후과세표준신고서에 기재된 결손금액 또는 환급세액"은 "원천징수영수증에 기재된 환급세액"으로 본다.

 ⑥~⑦ ⁠(생략)

국세기본법 시행령 제25조의2【후발적 사유】

법 제45조의2제2항제5호에서 "대통령령으로 정하는 사유"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

 1. 최초의 신고ㆍ결정 또는 경정을 할 때 과세표준 및 세액의 계산 근거가 된 거래 또는 행위 등의 효력과 관계되는 관청의 허가나 그 밖의 처분이 취소된 경우

 2. 최초의 신고ㆍ결정 또는 경정을 할 때 과세표준 및 세액의 계산 근거가 된 거래 또는 행위 등의 효력과 관계되는 계약이 해제권의 행사에 의하여 해제되거나 해당 계약의 성립 후 발생한 부득이한 사유로 해제되거나 취소된 경우

 3. 최초의 신고ㆍ결정 또는 경정을 할 때 장부 및 증거서류의 압수, 그 밖의 부득이한 사유로 과세표준 및 세액을 계산할 수 없었으나 그 후 해당 사유가 소멸한 경우

 4. 제1호부터 제3호까지의 규정과 유사한 사유에 해당하는 경우

소득세법 제73조 【과세표준확정신고의 예외】

 ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 거주자는 제70조 및 제71조에도 불구하고 해당 소득에 대하여 과세표준확정신고를 하지 아니할 수 있다.

 1. 근로소득만 있는 자

 2. 퇴직소득만 있는 자

 3. 공적연금소득만 있는 자

 4.제127조에 따라 원천징수되는 사업소득으로서 대통령령으로 정하는 사업소득만 있는 자

 4의2. 제127조제1항제6호에 따라 원천징수되는 기타소득으로서 종교인소득만 있는 자

 5. 제1호 및 제2호의 소득만 있는 자

 6. 제2호 및 제3호의 소득만 있는 자

 7. 제2호 및 제4호의 소득만 있는 자

 7의2. 제2호 및 제4호의2의 소득만 있는 자

 8. 분리과세이자소득, 분리과세배당소득, 분리과세연금소득 및 분리과세기타소득(제127조에 따라 원천징수되지 아니하는 소득은 제외한다. 이하 이 항에서 같다)만 있는 자

 9. 제1호부터 제4호까지, 제4호의2, 제5호부터 제7호까지 및 제7호의2에 해당하는 사람으로서 분리과세이자소득, 분리과세배당소득, 분리과세연금소득 및 분리과세기타소득이 있는 자

 ②~⑤ ⁠(생략)

소득세법 제71조 【퇴직소득과세표준 확정신고】

 ① 해당 과세기간의 퇴직소득금액이 있는 거주자는 그 퇴직소득과세표준을 그 과세기간의 다음 연도 5월 1일부터 5월 31일까지 대통령령으로 정하는 바에 따라 납세지 관할 세무서장에게 신고하여야 한다.

 ② 제1항은 해당 과세기간의 퇴직소득 과세표준이 없을 때에도 적용한다. 다만, 제146조부터 제148조까지의 규정에 따라 소득세를 납부한 자에 대해서는 그러하지 아니하다.

 ③ 제1항에 따른 신고를 "퇴직소득 과세표준확정신고"라 한다.

소득세법 제146조 【퇴직소득에 대한 원천징수시기와 방법 및 원천징수영수증의 발급 등】

 ① 원천징수의무자가 퇴직소득을 지급할 때에는 그 퇴직소득과세표준에 원천징수세율을 적용하여 계산한 소득세를 징수한다.

 ②~④ ⁠(생략)

소득세법 제128조 【원천징수세액의 납부】

 ①원천징수의무자는 원천징수한 소득세를 그 징수일이 속하는 달의 다음 달 10일까지 대통령령으로 정하는 바에 따라 원천징수 관할 세무서, 한국은행 또는 체신관서에 납부하여야 한다.

 ② ⁠(생략)

소득세법 제164조 【지급명세서의 제출】

 ① 제2조에 따라 소득세 납세의무가 있는 개인에게 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 소득을 국내에서 지급하는 자(법인, 제127조제5항에 따라 소득의 지급을 대리하거나 그 지급 권한을 위임 또는 위탁받은 자 및 제150조에 따른 납세조합, 제7조 또는 「법인세법」 제9조에 따라 원천징수세액의 납세지를 본점 또는 주사무소의 소재지로 하는 자와 「부가가치세법」 제8조제3항 후단에 따른 사업자 단위 과세 사업자를 포함한다)는 대통령령으로 정하는 바에 따라 지급명세서를 그 지급일(제131조, 제135조, 제144조의5 또는 제147조를 적용받는 소득에 대해서는 해당 소득에 대한 과세기간 종료일을 말한다. 이하 이 항에서 같다)이 속하는 과세기간의 다음 연도 2월 말일(제3호에 따른 사업소득과 제4호에 따른 근로소득 또는 퇴직소득, 제6호에 따른 기타소득 중 종교인소득 및 제7호에 따른 봉사료의 경우에는 다음 연도 3월 10일, 휴업, 폐업 또는 해산한 경우에는 휴업일, 폐업일 또는 해산일이 속하는 달의 다음다음 달 말일)까지 원천징수 관할 세무서장, 지방국세청장 또는 국세청장에게 제출하여야 한다. 다만, 제4호의 근로소득 중 대통령령으로 정하는 일용근로자의 근로소득의 경우에는 그 지급일이 속하는 달의 다음 달 말일(휴업, 폐업 또는 해산한 경우에는 휴업일, 폐업일 또는 해산일이 속하는 달의 다음 달 말일)까지 지급명세서를 제출하여야 한다.

 1. 이자소득

 2. 배당소득

 3. 원천징수대상 사업소득

 4. 근로소득 또는 퇴직소득

 5. 연금소득

6. 기타소득(제7호에 따른 봉사료는 제외한다)

 7. 대통령령으로 정하는 봉사료

 8. 대통령령으로 정하는 장기저축성보험의 보험차익

 9. 삭제

국가공무원법 제74조의2 【명예퇴직 등】

 ① 공무원으로 20년 이상 근속(勤續)한 자가 정년 전에 스스로 퇴직(임기제공무원이 아닌 경력직공무원이 임기제공무원으로 임용되어 퇴직하는 경우로서 대통령령으로 정하는 경우를 포함한다)하면 예산의 범위에서 명예퇴직 수당을 지급할 수 있다.

 ② 직제와 정원의 개폐 또는 예산의 감소 등에 따라 폐직 또는 과원이 되었을 때에 20년 미만 근속한 자가 정년 전에 스스로 퇴직하면 예산의 범위에서 수당을 지급할 수 있다.

 ③ 제1항에 따라 명예퇴직수당을 지급받은 자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 명예퇴직수당을 지급한 국가기관의 장이 그 명예퇴직 수당을 환수하여야 한다. 다만, 제2호에 해당하는 경우로서 국가공무원으로 재임용된 경우에는 재임용한 국가기관의 장이 환수하여야 한다.

 1. 재직 중의 사유로 금고 이상의 형을 받은 경우

 1의2. 재직 중에 「형법」 제129조부터 제132조까지에 규정된 죄를 범하여 금고 이상의 형의 선고유예를 받은 경우

 1의3. 재직 중에 직무와 관련하여 「형법」 제355조 또는 제356조에 규정된 죄를 범하여 300만원 이상의 벌금형을 선고받고 그 형이 확정되거나 금고 이상의 형의 선고유예를 받은 경우

2. 경력직공무원, 그 밖에 대통령령등으로 정하는 공무원으로 재임용되는 경우

 3. 명예퇴직 수당을 초과하여 지급받거나 그 밖에 명예퇴직 수당의 지급 대상이 아닌 자가 지급받은 경우

 ④제3항에 따라 명예퇴직수당을 환수하여야 하는 국가기관의 장은 환수 대상자가 납부기한까지 환수금을 납부하지 아니하면 국세강제징수의 예에 따라 징수할 수 있다. 이 경우 체납액의 징수가 사실상 곤란하다고 판단되는 경우에는 징수 대상자의 주소지를 관할하는 세무서장에게 징수를 위탁한다.

국가공무원 명예퇴직수당 등 지급규정 제9조의4 【명예퇴직수당의 환수 및 정산지급 절차 등】

 ② 명예퇴직수당을 받은 사람을 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 공무원(선거에 의하여 임용되는 정무직공무원은 제외한다)으로 재임용하는 경우에는 다음 각 호의 구분에 따른 중앙행정기관의 장은 지체 없이 재임용되는 사람에게 환수고지서를 발급해야 하며, 환수고지서를 받은 사람이 환수고지서를 받은 날부터 30일 이내에 환수금을 내지 않으면 법 제74조의2제4항 전단에 따라 국세강제징수의 예에 따라 징수할 수 있다.

 1. 법 제2조제2항 및 제3항에 해당하는 공무원: 재임용한 중앙행정기관의 장

 2. 「지방공무원법」 제2조제2항 및 제3항에 해당하는 공무원: 지급중앙행정기관의 장

출처 : 국세청 2025. 06. 25. 서면-2024-법규기본-4251 | 국세법령정보시스템