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의료법인의 병원체 판매와 부가가치세 면세 여부

부가가치세과-985  ·  2012. 09. 27.
질의 및 요약

Q질의내용

  • 부가가치세 면세 진단검사용역을 제공하는 의료법인이 검사과정에서 발견된 병원체를 제약회사 등 타 사업자에게 일시적·우발적으로 제공·판매하는 경우, 이를 주된 면세 진단검사용역에 부수되는 거래로 보아 부가가치세 면세 매출로 처리할 수 있는지 여부가 궁금합니다.

S요약

진단검사용역을 제공하는 의료법인이 검체 검사과정에서 우발적·일시적으로 발견된 병원체를 제약회사 등 타 사업자에게 공급하는 경우, 이는 진단검사용역이라는 주된 면세사업에 부수되는 재화공급으로 보아 부가가치세가 면세되는 것으로 판단됩니다. 다만 병원체 공급이 일시적·우발적 부수거래인지 여부는 거래 빈도, 규모, 영업 관행 등을 종합해 개별적으로 판단할 사항으로 보입니다.
#의료법인 병원체 판매 #진단검사용역 부가세 #의료보건용역 면세 #부수재화 우발적 공급 #병원체 제약회사 제공 #부가가치세법 시행령 제3조
핵심 정리

R회신 내용 부가가치세과-985  ·  2012. 09. 27.

  • 회신 주체·출처: 국세청 부가가치세과-985, 2012.09.27. 회신 내용에 따른 해석입니다.
  • 국세청은 부가가치세가 면세되는 진단검사용역을 제공하는 의료법인이 그 검사결과로 발견된 병원체를 제약회사 등 타 사업자에게 공급하는 경우, 그 거래가 일시적·우발적인 것이라면 부가가치세법 시행령 제3조 제3호에 따른 부수 재화 공급에 해당하여 면세된다고 회신하였습니다.
  • 부가가치세법 제12조 제1항 제5호 및 시행령 제29조에 따라 의료기관이 제공하는 진단검사용역은 의료보건용역으로서 원칙적으로 부가가치세가 면세되며, 같은 법 제12조 제3항에 따라 이 면세 용역에 필수적으로 부수되는 재화 또는 용역의 공급 역시 면세되는 것으로 규정되어 있습니다.
  • 부가가치세법 시행령 제3조는 주된 거래에 포함되는 부수 재화·용역의 유형을 규정하면서, 제3호에서 주된 사업과 관련하여 우발적 또는 일시적으로 공급되는 재화 또는 용역을 부수 공급으로 보도록 정하고 있어, 진단검사 과정에서 부수적으로 얻게 된 병원체의 일시적·우발적 판매는 주된 면세 진단검사용역에 부수되는 면세 거래로 해석되고 있습니다.
  • 다만 국세청은 병원체 공급이 실제로 일시적·우발적 부수거래에 해당하는지 여부는 해당 의료법인의 사업 구조, 병원체 판매 빈도·규모, 별도 영리목적의 계속적 판매 여부, 거래 관행 등 구체적인 사실관계를 종합하여 판단해야 할 사항이라고 명시하고 있어, 동일 유형의 거래라도 사실관계에 따라 면세 여부가 달라질 수 있음을 전제로 하고 있습니다.

L관련 법령 해석

  • 부가가치세법 제1조(과세대상): 재화 또는 용역의 공급 및 재화의 수입에 부가가치세를 과세하며, 제4항에서 주된 거래에 필수적으로 부수되는 재화·용역 공급은 주된 거래에 포함된다고 규정
  • 부가가치세법 시행령 제3조 제3호: 주된 사업과 관련하여 우발적 또는 일시적으로 공급되는 재화 또는 용역을 주된 거래에 포함되는 부수 재화 또는 용역으로 규정
  • 부가가치세법 제12조 제1항 제5호: 대통령령으로 정하는 의료보건 용역 및 혈액의 공급에 대하여 부가가치세를 면제함
  • 부가가치세법 제12조 제3항: 면세되는 재화 또는 용역의 공급에 필수적으로 부수되는 재화 또는 용역의 공급도 면세 공급에 포함된다고 규정
  • 부가가치세법 시행령 제29조: 의료법에 따른 의료기관 등이 제공하는 일정한 의료보건용역을 부가가치세 면세 대상으로 구체화
사례 Q&A
1. 의료법인이 검사 중 발견한 병원체를 제약회사에 팔면 부가가치세를 내야 하나요?
답변
국세청 부가가치세과-985 해석에 따르면, 진단검사용역을 제공하는 의료법인이 검사과정에서 우발적·일시적으로 발견된 병원체를 제약회사 등에게 판매하는 경우에는 진단검사용역이라는 주된 면세 의료보건용역에 부수되는 거래로 보아 부가가치세가 면세될 수 있는 것으로 판단됩니다.
근거
부가가치세법 제12조 제1항 제5호 및 제3항은 의료보건용역과 그에 필수적으로 부수되는 재화·용역 공급을 면세 대상으로 규정하고 있으며, 시행령 제3조 제3호는 주된 사업과 관련하여 우발적 또는 일시적으로 공급되는 재화 또는 용역을 부수 공급으로 본다고 정하고 있습니다. 국세청은 해당 회신에서 병원체의 일시적·우발적 판매는 이에 해당한다고 보았습니다.
2. 병원체를 정기적으로 판매하면 의료기관도 부가가치세를 부담하나요?
답변
해당 유권해석은 병원체 공급이 일시적·우발적인 경우를 전제로 면세를 인정하고 있어, 병원체를 정기적·계속적으로 판매하는 경우에는 주된 면세 진단검사용역에 부수되는 거래로 보기 어려워 과세 거래로 판단될 가능성이 높다고 볼 수 있습니다.
근거
부가가치세법 시행령 제3조 제3호는 부수 재화·용역을 우발적 또는 일시적 공급으로 한정하고 있고, 국세청 회신에서도 병원체 판매가 일시적·우발적인지 여부를 구체적 사실관계로 판단해야 한다고 명시합니다. 따라서 별도의 수익사업으로 계속·반복적으로 병원체를 판매한다면 시행령 제3조 제3호 범위를 벗어나 독립된 과세 사업으로 볼 여지가 큽니다.
3. 진단검사용역과 함께 발생한 병원체 판매를 면세 매출로 보기 위한 요건은 무엇인가요?
답변
병원체 판매를 면세 매출로 보기 위해서는 해당 의료법인의 주된 사업이 부가가치세 면세 진단검사용역이어야 하고, 병원체 공급이 이 주된 사업과 관련하여 우발적 또는 일시적으로 이루어진 부수 재화 공급이어야 하며, 거래 실態상 별도의 독립된 수익사업으로 보기 어려운 점 등이 종합적으로 충족될 필요가 있는 것으로 보입니다.
근거
부가가치세법 제12조 제1항 제5호, 제3항은 면세 의료보건용역과 그에 부수되는 공급의 면세를 규정하고, 시행령 제3조 제3호는 주된 사업과 관련한 우발적 또는 일시적 공급을 부수 공급으로 봅니다. 국세청 부가가치세과-985 회신에서도 진단검사용역을 제공하는 의료법인의 병원체 일시적·우발적 판매는 시행령 제3조 제3호에 따라 면세되나, 그 요건 해당 여부는 개별 사실관계를 종합해 판단해야 한다고 밝히고 있습니다.

* 중앙부처 1차 해석은 부처에서 해석한 내용을 수집·제공하는 공공데이터로, 현재 기준과 다를 수 있습니다. 구체적 사안은 소관 부처에 확인하거나 전문가 상담을 권장합니다.

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유권해석 전문

요지

부가가치세가 면세되는 진단검사용역을 제공하는 의료법인이 진단검사결과 발견된 병원체를 제약회사 등 타 사업자에게 일시적・우발적으로 판매하는 경우 부가가치세가 면세되는 것이나 발견된 병원체를 일시적・우발적으로 판매하는 것인지 여부는 구체적인 사실을 종합하여 판단할 사항임

회신

부가가치세가 면세되는 진단검사용역을 제공하는 의료법인이 진단검사결과 발견된 병원체를 제약회사 등 타 사업자에게 일시적・우발적으로 판매하는 경우에는 부가가치세법 시행령 제3조제3호에 따라 면세되는 것임. 다만, 발견된 병원체를 일시적・우발적으로 판매하는 것인지 여부는 구체적인 사실을 종합하여 판단할 사항임.

[관련 참고자료]

1. 사실관계

 가. 질의자는 병의원 등에 진단검사용역을 제공하는 의료법인으로 면세사업자임

 나. 병의원으로부터 검사를 의뢰받은 검체 중에는 검사결과 병원체가 발견되는 것이 있는데, 그동안은 이를 모두 폐기하였음

 다. 발견된 병원체를 타 사업자(제약회사 등)에게 신약개발 등의 목적으로 제공하려고 함.

2. 질의내용

   발견된 병원체를 타 사업자에게 제공하는 경우 주된 거래에 포함되는 것으로 면세매출로 볼 수 있는지 여부

3. 관련된 법령

 ○ 부가가치세법 제1조 【과세대상】

  ① 부가가치세는 다음 각 호의 거래에 대하여 부과한다.

   1. 재화 또는 용역의 공급

   2. 재화의 수입

  ② 제1항에서 "재화"란 재산 가치가 있는 모든 유체물(有體物)과 무체물(無體物)을 말한다.

  ③ 제1항에서 "용역"이란 재화 외의 재산 가치가 있는 모든 역무(役務) 및 그 밖의 행위를 말한다.

  ④ 주된 거래인 재화의 공급에 필수적으로 부수(附隨)되는 재화 또는 용역의 공급은 주된 거래인 재화의 공급에 포함되고, 주된 거래인 용역의 공급에 필수적으로 부수되는 재화 또는 용역의 공급은 주된 거래인 용역의 공급에 포함되는 것으로 본다.

 ○ 부가가치세법 시행령 제3조 【부수재화 또는 용역의 범위】

  법 제1조제4항의 규정에 의하여 주된 거래인 재화 또는 용역의 공급에 포함되는 것으로 보는 재화 또는 용역은 다음 각 호에 규정하는 것으로 한다.

   1. 당해 대가가 주된 거래인 재화 또는 용역의 공급대가에 통상적으로 포함되어 공급되는 재화 또는 용역

   2. 거래의 관행으로 보아 통상적으로 주된 거래인 재화 또는 용역의 공급에 부수하여 공급되는 것으로 인정되는 재화 또는 용역

   3. 주된 사업과 관련하여 우발적 또는 일시적으로 공급되는 재화 또는 용역

   4. 주된 사업과 관련하여 주된 재화의 생산에 필수적으로 부수하여 생산되는 재화

○ 부가가치세법 제12조 【면세】

 ① 다음 각 호의 재화 또는 용역의 공급에 대하여는 부가가치세를 면제한다.

  5. 의료보건 용역(수의사의 용역을 포함한다)으로서 대통령령으로 정하는 것과 혈액

 ③ 제1항에 따라 면세되는 재화 또는 용역의 공급에 필수적으로 부수되는 재화 또는 용역의 공급은 면세되는 재화 또는 용역의 공급에 포함되는 것으로 본다.

○ 부가가치세법 시행령 제29조 【의료보건용역의 범위】

  법 제12조제1항제5호에 규정하는 의료보건용역은 다음 각 호에 규정하는 것(「의료법」 또는 ⁠「수의사법」에 따라 의료기관 또는 동물병원을 개설한 자가 제공하는 것을 포함한다)으로 한다.

  1. ⁠「의료법」에 따른 의사·치과의사·한의사·조산사 또는 간호사가 제공하는 용역. 다만, 「국민건강보험법」 제39조제3항에 따라 요양급여의 대상에서 제외되는 다음 각 목의 진료용역은 제외한다.

출처 : 국세청 2012. 09. 27. 부가가치세과-985 | 국세법령정보시스템