요지

｢지방공기업법｣에 따라 설립된 지방공사가 지방자치단체로부터 도시철도 특정구간의 전동차 유지보수 및 역무․승무업무(“쟁점용역”)를 위탁받아 지자체를 대신하여 자기 책임과 계산으로 쟁점용역을 공급하는 경우 부가법 §11에 따른 용역의 공급에 해당하는 것으로서 지방공사가 해당 용역을 제공하고 받는 보조금 등의 대가는 부가가치세 공급가액에 포함하는 것임

답변내용

서울지하철 7호선 연장구간 중 특정구간을 관할하는 지방자치단체(이하 ⁠“위탁기관”)가 ⁠「지방공기업법」제49조에 따라 설립된 지방공사(이하 ⁠“공사”)들과 서울지하철 7호선 연장구간 중 특정구간에 대한 열차의 운행관리, 차량의 정비 및 기타 제반 업무(이하 ⁠“쟁점업무①”) 및 여객운송·운임의 징수관리, 도시철도시설의 유지보수·관리, 부대사업 및 기타 제반 업무(이하 ⁠“쟁점업무②”, 쟁점업무①,②를 합쳐 ⁠“쟁점업무”라 칭함)를 각각 위탁 운영하는 협약을 체결하고, 공사가 자기 책임과 계산으로 쟁점업무 용역을 위탁기관에 제공하는 경우 ⁠「부가가치세법」제11조에 따른 용역의 공급에 해당하는 것으로서 공사가 쟁점업무 용역을 제공하고 받는 보조금은 용역의 공급과 직접 관련되는 대가로 ｢부가가치세법」제29조에 따라 부가가치세가 공급가액에 포함하는 것이며,
해당 공사가 ｢지방공기업법｣ 제71조에 따라 위탁기관으로부터 정산하여 지급받는 대행사업비는 용역의 공급대가에 해당하므로 대행사업비 전액을 부가가치세 공급가액에 포함하는 것입니다.

 질의요지

○ 지방자치단체가 지방공사에 특정사업 위탁수행 대가로 보조금을 지급하는 경우 부가가치세 공급가액 포함 여부

 사실관계

 ○ △△시(또는 ⁠“신청인”)는 서울지하철 *호선 연장구간(**역～**구청역구간 10.2km, 이하 ⁠“*호선 연장구간”) 중 ◇◇◇역부터 ○○역까지의 구간(6개역, 이하 ⁠“△△구간”)을 관할하는 지방자치단체이고,

  - @@교통공사 및 $$교통공사는 ｢지방공기업법｣ 제49조와 ｢@@교통공사 설립 및 운영에 관한 조례｣ 및 ｢$$교통공사 설립 및 운영에 관한 조례」에 따라 설립된 지방공사로 도시철도의 건설·운영 등을 주된 사업목적으로 하는 자임

 ○신청인은 @@교통공사 및 $$교통공사와 ’23.3월경 ｢도시철도 *호선 연장(△△)구간 관제·전동차 유지보수 위·수탁 협약｣(이하 ⁠“쟁점협약①”) 및 ｢도시철도 *호선 △△구간 역무·승무·기술 위·수탁 협약｣(이하 ⁠“쟁점협약②”)을 체결하고,

  - ’23.3.29.부터 5년간 $$교통공사는 △△구간에 관한 열차의 운행관리, 차량의 정비 및 기타 제반 업무(이하 ⁠“쟁점업무①”)를 수탁 운영,

  - $$교통공사는 △△구간에 관한 여객운송·운임의 징수관리, 도시철도시설의 유지보수·관리, 부대사업 및 기타 제반 업무(이하 ⁠“쟁점업무②”)를 수탁 운영할 예정으로

  - 각 공사는 신청인으로부터 사업비(이하 ⁠“쟁점사업비”)를 지급받기로 합의함(쟁점협약① §6, §11①, 쟁점협약② §7, §13)

 ○쟁점사업비는 △△구간 위·수탁 업무에 따른 운영경비에 부가가치세를 합산한 금액으로 ①인건비, ②경비, ③수탁재산 취득 및 제반비용, ④일반관리비, ⑤시설 및 장비사용료, ⑥위탁수수료로 구분되고,

  - 이중 위탁수수료는 신청인(위탁기관)이 각공사(수탁기관)에 지급하는 쟁점업무에 대한 보수 성격의 금원으로 위 사업비의 ①~④ 항목의 합계액의 3%에 해당함(쟁점협약① §11①, 쟁점협약② §13①)

 ○아울러 쟁점사업비 지급에 있어서 @@교통공사의 경우 매 분기별로 사업비를 청구하여 지급받고 있고,

  - $$교통공사는 운영수입을 사업비로 우선사용하고 매 회계연도 결산 및 정산이 완료된 후 사업비를 청구하여 사업비를 지급받는 방식으로 이루어짐(쟁점협약① §13①, 쟁점협약② §14①, §15)

 ○한편, 쟁점업무①,②는 @@교통공사 및 $$교통공사가 신청인의 업무를 대행하는 성격에 해당하므로,

  - 각 공사는 매년 사업연도 결산 종료 후 사업비 결산서를 신청인에게 제출하여야 하고, 이후 신청인과 각 공사가 선정한 회계법인이 사업비에 대한 정산보고서를 제출하면, 그 결과에 따라 사업비가 실제 소요된 비용만큼 지급될 수 있도록 정산됨(쟁점협약① §14, 쟁점협약② §16)

 ○쟁점사업비는 신청인이 편성하는 예산으로 충당되고, 이를 위하여 신청인은 △△시 철도건설사업특별회계 설치 조례를 제정하여

  - 관내에서 시행되는 철도사업 등의 원활한 추진을 위하여 ｢지방자치법｣ 제141조제2항에 따라 특별회계를 설치·운영하고 있음

 관련법령

○ 부가가치세법 제3조 【납세의무자】

 ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자로서 개인, 법인(국가ㆍ지방자치단체와 지방자치단체조합을 포함한다), 법인격이 없는 사단ㆍ재단 또는 그 밖의 단체는 이 법에 따라 부가가치세를 납부할 의무가 있다.

  1. 사업자

○ 부가가치세법 제4조【과세대상】

  부가가치세는 다음 각 호의 거래에 대하여 과세한다.

   1. 사업자가 행하는 재화 또는 용역의 공급

○ 부가가치세법 제9조 【재화의 공급】

 ① 재화의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 따라 재화를 인도(引渡)하거나 양도(讓渡)하는 것으로 한다.

○ 부가가치세법 제11조 【용역의 공급】

 ① 용역의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 따른 것으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것으로 한다.

  1. 역무를 제공하는 것

  2. 시설물, 권리 등 재화를 사용하게 하는 것

○ 부가가치세법 제14조 【부수 재화 및 부수 용역의 공급】

 ① 주된 재화 또는 용역의 공급에 부수되어 공급되는 것으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 재화 또는 용역의 공급은 주된 재화 또는 용역의 공급에 포함되는 것으로 본다.

  1. 해당 대가가 주된 재화 또는 용역의 공급에 대한 대가에 통상적으로 포함되어 공급되는 재화 또는 용역

  2. 거래의 관행으로 보아 통상적으로 주된 재화 또는 용역의 공급에 부수하여 공급되는 것으로 인정되는 재화 또는 용역

○ 부가가치세법 제26조【재화 또는 용역의 공급에 대한 면세】

 ① 다음 각 호의 재화 또는 용역의 공급에 대하여는 부가가치세를 면제한다.

  7. 여객운송 용역. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 여객운송 용역으로서 대통령령으로 정하는 것은 제외한다.

   가. 항공기, 고속버스, 전세버스, 택시, 특수자동차, 특종선박(特種船舶) 또는 고속철도에 의한 여객운송 용역

   나. 삭도, 유람선 등 관광 또는 유흥 목적의 운송수단에 의한 여객운송 용역

  18. 종교, 자선, 학술, 구호(救護), 그 밖의 공익을 목적으로 하는 단체가 공급하는 재화 또는 용역으로서 대통령령으로 정하는 것

  19. 국가, 지방자치단체 또는 지방자치단체조합이 공급하는 재화 또는 용역으로서 대통령령으로 정하는 것

 ② 제1항에 따라 면세되는 재화 또는 용역의 공급에 통상적으로 부수되는 재화 또는 용역의 공급은 그 면세되는 재화 또는 용역의 공급에 포함되는 것으로 본다.

○ 부가가치세법 시행령 제45조 【종교, 자선, 학술, 구호 등의 공익 목적 단체가 공급하는 재화 또는 용역으로서 면세하는 것의 범위】

  법 제26조 제1항 제18호에 따른 종교, 자선, 학술, 구호(救護), 그 밖의 공익을 목적으로 하는 단체가 공급하는 재화 또는 용역은 다음 각 호의 재화 또는 용역으로 한다.

  1. 주무관청의 허가 또는 인가를 받거나 주무관청에 등록된 단체(종교단체의 경우에는 그 소속단체를 포함한다)로서 「상속세 및 증여세법 시행령」 제12조 각 호의 어느 하나에 따른 사업 또는 기획재정부령으로 정하는 사업을 하는 단체가 그 고유의 사업목적을 위하여 일시적으로 공급하거나 실비(實費) 또는 무상으로 공급하는 재화 또는 용역

○ 부가가치세법 시행규칙 제34조 【종교, 자선, 학술, 구호 등의 공익 목적 단체가 공급하는 재화 또는 용역으로서 면세하는 것의 범위】

 ① 영 제45조 제1호에서 ⁠“기획재정부령으로 정하는 사업”이란 비영리법인의 사업으로서 종교, 자선, 학술, 구호, 사회복지, 교육, 문화, 예술 등 공익을 목적으로 하는 사업을 말한다.

○ 부가가치세법 제29조【과세표준】

 ① 재화 또는 용역의 공급에 대한 부가가치세의 과세표준은 해당 과세기간에 공급한 재화 또는 용역의 공급가액을 합한 금액으로 한다.

 ③ 제1항의 공급가액은 다음 각 호의 가액을 말한다. 이 경우 대금, 요금, 수수료, 그 밖에 어떤 명목이든 상관없이 재화 또는 용역을 공급받는 자로부터 받는 금전적 가치 있는 모든 것을 포함하되, 부가가치세는 포함하지 아니한다.

  1. 금전으로 대가를 받는 경우: 그 대가. ⁠(단서 생략)

 ⑤ 다음 각 호의 금액은 공급가액에 포함하지 아니한다.

  4. 재화 또는 용역의 공급과 직접 관련되지 아니하는 국고보조금과 공공보조금

○ 부가가치세법 제32조 【세금계산서 등】

 ① 사업자가 재화 또는 용역을 공급(부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역의 공급은 제외한다)하는 경우에는 다음 각 호의 사항을 적은 계산서(이하 "세금계산서"라 한다)를 그 공급을 받는 자에게 발급하여야 한다.

  1. 공급하는 사업자의 등록번호와 성명 또는 명칭

  2. 공급받는 자의 등록번호. ⁠(단서생략)

  3. 공급가액과 부가가치세액

  4. 작성 연월일(이하생략)

 ⑥ 위탁판매 또는 대리인에 의한 판매 등 대통령령으로 정하는 경우에는 제1항에도 불구하고 해당 재화 또는 용역을 공급하는 자이거나 공급받는 자가 아닌 경우에도 대통령령으로 정하는 바에 따라 세금계산서 또는 전자세금계산서를 발급하거나 발급받을 수 있다.

○ 부가가치세법 시행령 제69조 【위탁판매 등에 대한 세금계산서 발급】

 ① 위탁판매 또는 대리인에 의한 판매의 경우 수탁자 또는 대리인이 재화를 인도할 때에는 법 제32조제6항에 따라 수탁자 또는 대리인이 위탁자 또는 본인의 명의로 세금계산서를 발급하며, 위탁자 또는 본인이 직접 재화를 인도하는 때에는 위탁자 또는 본인이 세금계산서를 발급할 수 있다. 이 경우 수탁자 또는 대리인의 등록번호를 덧붙여 적어야 한다.

○ 지방공기업법 제49조 【설립】

 ① 지방자치단체는 제2조에 따른 사업을 효율적으로 수행하기 위하여 필요한 경우에는 지방공사(이하 "공사"라 한다)를 설립할 수 있다. 이 경우 공사를 설립하기 전에 특별시장, 광역시장, 특별자치시장, 도지사 및 특별자치도지사(이하 "시ㆍ도지사"라 한다)는 행정안전부장관과, 시장ㆍ군수ㆍ구청장(자치구의 구청장을 말한다)은 관할 특별시장ㆍ광역시장 및 도지사와 협의하여야 한다.

 ② 지방자치단체는 공사를 설립하는 경우 그 설립, 업무 및 운영에 관한 기본적인 사항을 조례로 정하여야 한다.

○ 지방공기업법 제71조 【대행사업의 비용 부담】

 ① 공사는 국가 또는 지방자치단체의 사업을 대행할 수 있으며, 이 경우에 필요한 비용은 국가 또는 지방자치단체가 부담한다.

 ② 제1항에 따른 비용의 부담에 필요한 사항은 대통령령으로 정하는 사항을 제외하고는 조례로 정한다.

○ 지방공기업법 시행령 제63조 【대행업무의 비용부담등】

 ① 공사가 법 제71조제1항의 규정에 의하여 국가 또는 지방자치단체의 사업을 대행하고자 하는 때에는 위탁계약에 의한다.

 ② 공사가 법 제71조제1항의 규정에 의하여 국가 또는 지방자치단체의 사업을 대행하는 경우 국가 또는 지방자치단체가 부담하여야 할 경비의 범위는 다음과 같다.

  1. 사업실시에 따른 사업계획의 수립, 사전조사, 용역등에 소요되는 경비

  2. 사업의 집행에 소요되는 시설비ㆍ인건비 및 부대경비

  3. 사업의 종료후 결산이전 또는 시설물등의 인계이전까지의 사이에 시설물등을 관리하는 데 소요되는 경비

  4. 사업의 대행에 따른 대행수수료

  5. 기타 사업집행상 필수적으로 소요되는 경비

 ③ 법 제71조제1항의 규정에 의하여 국가 또는 지방자치단체가 비용을 부담하는 경우, 공사는 미리 자금집행계획을 수립하여 국가 또는 지방자치단체에 제출하여야 하며, 국가 또는 지방자치단체는 다른 자금에 앞서 이에 대한 자금을 우선적으로 지급하되, 그 지급시기를 조정하고자 하는 때에는 공사와 협의하여야 한다.

 ④ 공사가 그 대행사업을 종료한 때에는 지체없이 국가 또는 지방자치단체가 부담한 비용을 정산하여야 한다.

 ⑤ 공사는 국가 또는 지방자치단체의 사업을 대행함에 있어 특히 필요한 경우에는 지방자치단체의 장의 승인을 얻어 그 사업의 일부를 제3자로 하여금 시행하게 할 수 있다.

○ 보조금 관리에 관한 법률 제2조【정의】

  이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

  1. "보조금"이란 국가 외의 자가 수행하는 사무 또는 사업에 대하여 국가(「국가재정법」 별표 2에 규정된 법률에 따라 설치된 기금을 관리ㆍ운용하는 자를 포함한다)가 이를 조성하거나 재정상의 원조를 하기 위하여 교부하는 보조금(지방자치단체에 교부하는 것과 그 밖에 법인ㆍ단체 또는 개인의 시설자금이나 운영자금으로 교부하는 것만 해당한다), 부담금(국제조약에 따른 부담금은 제외한다), 그 밖에 상당한 반대급부를 받지 아니하고 교부하는 급부금으로서 대통령령으로 정하는 것을 말한다.

○ 지방자치단체 보조금 관리에 관한 법률 제2조 【정의】

  이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

  1. ⁠“지방보조금”이란 지방자치단체가 법령 또는 조례에 따라 다른 지방자치단체, 법인ㆍ단체 또는 개인 등이 수행하는 사무 또는 사업 등을 조성하거나 이를 지원하기 위하여 교부하는 보조금 등을 말한다. 다만, 출자금 및 출연금과 국고보조재원에 의한 것으로서 지방자치단체가 교부하는 보조금은 제외한다.

○ 도시철도법 제2조 【정의】

  이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

   6. ⁠“도시철도운송사업”이란 도시철도와 관련된 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 사업을 말한다.

가. 도시철도시설을 이용한 여객 및 화물 운송

나. 도시철도차량의 정비 및 열차의 운행 관리

○ 서울교통공사 설립 및 운영에 관한 조례 제1조 【목적】
[서울특별시조례 제8017호, 2021.5.20., 일부개정, 이하 같음]

  이 조례는 안전하고 신속한 대중교통 수단을 제공함으로써 시민의 복리증진에 기여하기 위하여 ｢지방공기업법｣ 제49조에 따라 서울교통공사를 설립하고 이의 관리 및 운영에 필요한 사항을 규정함을 목적으로 한다.

○ 서울교통공사 설립 및 운영에 관한 조례 제19조 【사업의 범위】

  1. 시 도시철도의 건설·운영

  2. 도시철도 건설·운영에 따른 도시계획사업

  3. ⁠「도시철도법」제2조제6호의2에 따른 도시철도부대사업

○ 서울교통공사 설립 및 운영에 관한 조례 제20조 【대행사업 및 경비부담】

 ① 공사는 국가, 지방자치단체 및 그 밖의 위탁사업을 시장의 승인을 받아 대행할 수 있으며, 이 경우 상호 위ㆍ수탁계약에 따른다.

 ② 공사는 제1항에 따른 사업을 대행함에 있어 특히 필요한 경우에는 시장의 승인을 받아 그 사업의 일부를 제3자에게 시행하게 할 수 있다.

○ 서울교통공사 설립 및 운영에 관한 조례 제71조 【대행사업의 비용 부담】

 ① 공사는 국가 또는 지방자치단체의 사업을 대행할 수 있으며, 이 경우에 필요한 비용은 국가 또는 지방자치단체가 부담한다.

 ② 제1항에 따른 비용의 부담에 필요한 사항은 대통령령으로 정하는 사항을 제외하고는 조례로 정한다.

○ 부천시 철도건설사업특별회계 설치 조례 제1조 【목적】

  이 조례는 ⁠「대도시권 광역교통관리에 관한 특별법」, ⁠「도시철도법」에 따라 부천시 관내에서 시행되는 광역철도사업 및 부천시가 시행하는 도시철도 건설사업의 원활한 추진을 위하여 「지방자치법」 제141조제2항에 따라 도시철도 건설의 특별회계 설치에 관한 사항을 규정함을 목적으로 한다.

○ 부천시 철도건설사업특별회계 설치 조례 제2조 【특별회계의 설치】

 ① 철도 건설사업을 효율적으로 수행하기 위하여 부천시 철도건설사업특별회계(이하 ⁠“특별회계”라 한다)를 설치한다.

 ② 특별회계의 존속기한은 2023년 12월 31일로 하되, ⁠「지방재정법」제9조제4항에 따라 존속기한을 연장할 수 있다.

출처 : 국세청 2023. 11. 30. 사전-2023-법규부가-0805[법규과-3007] | 국세법령정보시스템