요지

한국철도공사가 ⁠「한국철도공사법」 및 ⁠「철도산업발전기본법」에 따라 철도청으로 부터 철도운영자산 현물출자를 받으면서 철도운영자산과 부채에 관한 권리·의무 및 철도청 직원의 고용을 포괄하여 승계한 경우 한국철도공사가 토지를 양도할 때 철도청이 현물출자 전에 해당 토지를 사용·소유하던 기간을 포함하여 ⁠「법인세법」제55조의2제1항제3호에 따른 비사업용 토지에 해당하는지 여부를 판단하는 것임

회신

귀 서면질의의 경우, 기획재정부 해석(기획재정부 재산세제과-1333, 2023.11.17.)을 참고하시기 바랍니다. 끝.

1. 사실관계

 ○ 한국철도공사는 철도산업의 구조개혁을 위하여 ｢철도산업발전기본법｣ 및 ｢한국철도공사법｣에 따라 국토교통부 산하 철도청의 관련조직을 전환함과 동시에 철도운영자산을 현물출자* 받아 2005년 1월 1일 설립된 법인임

   * 현물출자 당시 규정(舊조특법§38①)상 적격현물출자에 해당함

 ○ 한국철도공사는 위 법률에 따라 ｢철도운영자산·부채와 관련된 권리·의무｣ 및 ｢철도청 직원의 고용｣을 철도청으로부터 포괄승계함

 ○ 한국철도공사는 철도청으로부터 현물출자 받은 자산 중 일부토지(이하 ⁠‘쟁점토지’)를 양도할 예정인데

  - 철도청은 현물출자 전까지 쟁점토지를 사업용으로 사용하였고, 한국철도공사도 설립시점(’05.1.1.) 이후 2011년 말까지는 사업용으로 사용하였으나, 2012년 이후에는 나대지 상태(비사업용)로 보유중임

2. 질의요지

 ○｢철도산업발전기본법｣ 및 ｢한국철도공사법｣에 따라 철도청으로부터 철도운영자산을 현물출자 받으면서 철도운영자산과 부채에 관한 권리·의무 및 철도청 직원의 고용을 포괄승계한 경우,

  - 출자토지에 대한 비사업용토지의 기간요건 적용 시 ｢철도청이 소유한 기간｣의 합산여부

3. 관련 법령

○ 법인세법 제55조의2【토지등 양도소득에 대한 과세특례】

① 내국법인이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지, 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함한다), 주택을 취득하기 위한 권리로서 ｢소득세법｣ 제88조제9호에 따른 조합원입주권 및 같은 조 제10호에 따른 분양권(이하 이 조 및 제95조의2에서 "토지등"이라 한다)을 양도한 경우에는 해당 각 호에 따라 계산한 세액을 토지등 양도소득에 대한 법인세로 하여 제13조에 따른 과세표준에 제55조에 따른 세율을 적용하여 계산한 법인세액에 추가하여 납부하여야 한다. 이 경우 하나의 자산이 다음 각 호의 규정 중 둘 이상에 해당할 때에는 그 중 가장 높은 세액을 적용한다.

 1.~2. ⁠(생략)

 3. 비사업용 토지를 양도한 경우에는 토지등의 양도소득에 100분의 10(미등기 토지등의 양도소득에 대하여는 100분의 40)을 곱하여 산출한 세액

 4. ⁠(생략)

② 제1항제3호에서 ⁠“비사업용 토지”란 토지를 소유하는 기간 중 대통령령으로 정하는 기간 동안 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지를 말한다.

 1.~3. ⁠(생략)

 4. 농지, 임야 및 목장용지 외의 토지 중 다음 각 목을 제외한 토지

  가. ｢지방세법｣이나 관계 법률에 따라 재산세가 비과세되거나 면제되는 토지

  나. ｢지방세법｣ 제106조제1항제2호 및 제3호에 따른 재산세 별도합산과세대상 또는 분리과세대상이 되는 토지

  다. 토지의 이용상황, 관계 법률의 의무이행 여부 및 수입금액 등을 고려하여 법인의 업무와 직접 관련이 있다고 인정할 만한 상당한 이유가 있는 토지로서 대통령령으로 정하는 것

 5.~ 6. ⁠(생략)

 7. 그 밖에 제1호부터 제6호까지에 규정된 토지와 유사한 토지로서 법인의 업무와 직접 관련이 없다고 인정할 만한 상당한 이유가 있는 대통령령으로 정하는 토지

③ 제1항제3호를 적용할 때 토지를 취득한 후 법령에 따라 사용이 금지되거나 그 밖에 대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있어 비사업용 토지에 해당하는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 비사업용 토지로 보지 아니할 수 있다.

④ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지등 양도소득에 대하여는 제1항을 적용하지 아니한다. 다만, 미등기 토지등에 대한 토지등 양도소득에 대하여는 그러하지 아니하다.

 1.~2. ⁠(생략)

 3. ｢도시 및 주거환경정비법｣이나 그 밖의 법률에 따른 환지(換地) 처분 등 대통령령으로 정하는 사유로 발생하는 소득

⑤~⑧ ⁠(생략)

○ 법인세법 시행령 제92조의2【토지등양도소득에 대한 과세특례】

①~③ ⁠(생략)

④ 법 제55조의2제4항제3호에서 "대통령령으로 정하는 사유로 발생하는 소득"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 소득을 말한다.

 1. ⁠(생략)

 2. 적격분할ㆍ적격합병ㆍ적격물적분할ㆍ적격현물출자ㆍ조직변경 및 교환(법 제50조의 요건을 갖춘 것에 한한다)으로 인하여 발생하는 소득

 3.~7. ⁠(생략)

⑤ ⁠(생략)

⑥ 제68조는 법 제55조의2제1항에 따른 토지등양도소득의 귀속사업연도, 양도시기 및 취득시기에 관하여 이를 준용한다. 다만, 제68조제4항에 따른 장기할부조건에 의한 토지등의 양도의 경우에는 같은 조 제2항에도 불구하고 같은 조 제1항제3호에 따른다.

⑦~⑨ ⁠(생략)

○ 법인세법 시행령 제92조의3【비사업용 토지의 기간기준】

법 제55조의2제2항 각호 외의 부분에서 "대통령령으로 정하는 기간"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 기간을 말한다.

 1. 토지의 소유기간이 5년 이상인 경우에는 다음 각 목의 모두에 해당하는 기간

  가. 양도일 직전 5년 중 2년을 초과하는 기간

  나. 양도일 직전 3년 중 1년을 초과하는 기간

  다. 토지의 소유기간의 100분의 40에 상당하는 기간을 초과하는 기간

 2.~3. ⁠(생략)

○ 법인세법* 제55조의2【토지등 양도소득에 대한 과세특례】

   * 2004.12.31. 법률 제7317호로 개정된 것

① ⁠(생략)

② 다음 각 호의 1에 해당하는 토지등양도소득에 대하여는 제1항의 규정을 적용하지 아니한다. 다만, 미등기 토지등에 대한 토지등양도소득에 대하여는 그러하지 아니하다.

 1.~ 2. ⁠(생략)

 3. 도시및주거환경정비법 그밖의 법률의 규정에 의한 환지처분 등 대통령령이 정하는 사유로 인하여 발생하는 소득

(이하생략)

○ 법인세법 시행령* 제92조의2【토지등양도소득에 대한 과세특례】

   * 2004.03.22. 대통령령 제18324호로 개정된 것

①~③ ⁠(생략)

④ 법 제55조의2제2항제3호에서 "대통령령이 정하는 사유로 인하여 발생하는 소득"이라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 소득을 말한다.

 1. ⁠(생략)

 2. 분할(법 제46조제1항 각호 및 법 제47조제1항의 요건을 갖춘 것에 한한다)･현물출자(조세특례제한법 제38조제1항의 요건을 갖춘 것에 한한다)･조직변경 및 교환(법 제50조의 요건을 갖춘 것에 한한다)으로 인하여 발생하는 소득

(이하생략)

○ 법인세법 제47조의2【현물출자 시 과세특례】

① 내국법인(이하 이 조에서 "출자법인"이라 한다)이 다음 각 호의 요건을 갖춘 현물출자를 하는 경우 그 현물출자로 취득한 현물출자를 받은 내국법인(이하 이 조에서 "피출자법인"이라 한다)의 주식가액 중 현물출자로 발생한 자산의 양도차익에 상당하는 금액은 대통령령으로 정하는 바에 따라 현물출자일이 속하는 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입할 수 있다. 다만, 대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있는 경우에는 제2호 또는 제4호의 요건을 갖추지 못한 경우에도 자산의 양도차익에 상당하는 금액을 대통령령으로 정하는 바에 따라 손금에 산입할 수 있다.

 1. 출자법인이 현물출자일 현재 5년 이상 사업을 계속한 법인일 것

 2. 피출자법인이 그 현물출자일이 속하는 사업연도의 종료일까지 출자법인이 현물출자한 자산으로 영위하던 사업을 계속할 것

 3. 다른 내국인 또는 외국인과 공동으로 출자하는 경우 공동으로 출자한 자가 출자법인의 특수관계인이 아닐 것

 4. 출자법인 및 제3호에 따라 출자법인과 공동으로 출자한 자(이하 이 조에서 "출자법인등"이라 한다)가 현물출자일 다음 날 현재 피출자법인의 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 80 이상의 주식등을 보유하고, 현물출자일이 속하는 사업연도의 종료일까지 그 주식등을 보유할 것

 5. 삭제

② 출자법인이 제1항에 따라 손금에 산입한 양도차익에 상당하는 금액은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생하는 사업연도에 해당 주식등과 자산의 처분비율을 고려하여 대통령령으로 정하는 금액만큼 익금에 산입한다. 다만, 피출자법인이 적격합병되거나 적격분할하는 등 대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있는 경우에는 그러하지 아니하다.

 1. 출자법인이 피출자법인으로부터 받은 주식등을 처분하는 경우

 2. 피출자법인이 출자법인등으로부터 승계받은 대통령령으로 정하는 자산을 처분하는 경우. 이 경우 피출자법인은 그 자산의 처분 사실을 처분일부터 1개월 이내에 출자법인에 알려야 한다.

③ 제1항에 따라 양도차익 상당액을 손금에 산입한 출자법인은 현물출자일부터 3년의 범위에서 대통령령으로 정하는 기간 이내에 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생하는 경우에는 제1항에 따라 손금에 산입한 금액 중 제2항에 따라 익금에 산입하고 남은 금액을 그 사유가 발생한 날이 속하는 사업연도의 소득금액을 계산할 때 익금에 산입한다. 다만, 대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있는 경우에는 그러하지 아니하다.

 1. 피출자법인이 출자법인이 현물출자한 자산으로 영위하던 사업을 폐지하는 경우

 2. 출자법인등이 피출자법인의 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 50 미만으로 주식등을 보유하게 되는 경우

(이하생략)

○ 법인세법 시행령 제84조의2【현물출자로 인한 자산양도차익상당액의 손금산입】

① ⁠(생략)

② 제1항에 따라 손금에 산입하는 금액은 피출자법인주식등의 압축기장충당금으로 계상하여야 한다.

③~④ ⁠(생략)

⑤ 법 제47조의2제2항 각 호 외의 부분 단서에서 "피출자법인이 적격합병되거나 적격분할하는 등 대통령령으로 정하는 부득이한 사유"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

 1. 출자법인 또는 피출자법인이 최초로 적격구조조정에 따라 주식등 및 자산을 처분하는 경우

 2. 피출자법인의 발행주식 또는 출자액 전부를 출자법인이 소유하고 있는 경우로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우

  가. 출자법인이 피출자법인을 적격합병(법 제46조의4제3항에 따른 적격분할합병을 포함한다. 이하 이 조에서 같다)하거나 피출자법인에 적격합병되어 출자법인 또는 피출자법인이 주식등 및 자산을 처분하는 경우

  나. 출자법인 또는 피출자법인이 적격합병, 적격분할, 적격물적분할 또는 적격현물출자로 주식등 및 자산을 처분하는 경우. 다만, 해당 적격합병, 적격분할, 적격물적분할 또는 적격현물출자에 따른 합병법인, 분할신설법인등 또는 피출자법인의 발행주식 또는 출자액 전부를 당초의 출자법인이 직접 또는 기획재정부령으로 정하는 바에 따라 간접으로 소유하고 있는 경우로 한정한다.

 3. 출자법인 또는 피출자법인이 제82조의2제3항 각 호의 어느 하나에 해당하는 사업부문의 적격분할 또는 적격물적분할로 주식등 및 자산을 처분하는 경우

⑥~⑪ ⁠(생략)

⑫ 법 제47조의2제1항 각 호 외의 부분 단서 및 제3항 각 호 외의 부분 단서에서 "대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있는 경우"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

 1. 법 제47조의2제1항제4호 또는 제3항제2호와 관련된 경우: 출자법인등이 제80조의2제1항제1호 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우

 2. 법 제47조의2제1항제2호 또는 제3항제1호와 관련된 경우: 피출자법인이 제80조의2제1항제2호 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우

⑬~⑯ ⁠(생략)

⑰ 법 제47조의2제1항을 적용받으려는 출자법인 또는 주식승계법인은 법 제60조에 따른 신고를 할 때 피출자법인 또는 자산승계법인과 함께 기획재정부령으로 정하는 현물출자과세특례신청서 및 자산의 양도차익에 관한 명세서를 납세지 관할 세무서장에게 제출하여야 한다.

○ 舊 조세특례제한법* 제38조【현물출자에 대한 과세특례】

   * 2004.12.31. 법률 제7322호로 개정된 것

① 내국법인이 다음 각호의 요건을 갖춘 현물출자에 의하여 새로운 내국법인을 설립하는 경우에는 그 출자로 인하여 취득한 신설법인의 주식가액중 현물출자로 인하여 발생한 자산의 양도차익에 상당하는 금액은 당해 사업연도의 소득금액계산에 있어서 대통령령이 정하는 바에 따라 이를 손금에 산입하여 과세를 이연받을 수 있다.

 1. 신설법인의 설립등기일 현재 5년 이상 계속하여 사업을 영위한 내국법인이 현물출자할 것

 2. 주식 또는 대통령령이 정하는 자산을 현물출자할 것

(이하생략)

○ 舊조세특례제한법 시행령* 제35조【현물출자에 대한 과세특례】

   * 2004.12.03. 대통령령 제18594호로 개정된 것

① 법 제38조제1항제2호에서 "대통령령이 정하는 자산"이라 함은 법인이 사업에 직접 사용하던 자산으로서 다음 각호의 1에 해당하는 것을 말한다.

 1. 토지

 2.~ 3. ⁠(생략)

② 법 제38조제1항의 규정에 의하여 손금에 산입하는 금액은 현물출자한 자산의 현물출자 당시의 시가에서 현물출자일 전일의 장부가액을 차감한 금액(현물출자로 인하여 취득한 신설법인의 주식가액에 상당하는 금액을 한도로 한다)으로 하되, 그 금액은 당해 주식의 압축기장충당금으로 계상하여야 한다.

(이하생략)

○ 舊 법인세법* 제99조【과세표준】

   * 1998.12.28. 법률 제5581호로 개정된 것

① 특별부가세의 과세표준은 대통령령이 정하는 토지, 건물, 부동산에 관한 권리, 주식 또는 출자지분(이하 ⁠“土地등”이라 한다)의 양도로 인하여 발생한 양도차익으로 한다.

②~⑩ ⁠(생략)

⑪ 합병(제44조 제1항 각호의 요건을 갖춘 것에 한한다)ㆍ법인의 분할(제46조 제1항 각호 및 제47조 제1항의 요건을 갖춘 것에 한한다)ㆍ조직변경 및 교환(제50조의 요건을 갖춘 것에 한한다)으로 인하여 소유권이 이전되거나 토지구획정비사업법 기타 법률의 규정에 의한 환지처분으로 지목 또는 지번이 변경되거나 체비지로 충당되는 경우에는 대통령령이 정하는 바에 따라 이월과세 또는 과세이연을 적용받을 수 있다.

○ 舊 법인세법 시행령* 제140조【특별부가세의 과세표준계산】

   * 1998.12.31. 대통령령 제15970호로 개정된 것

①~⑨ ⁠(생략)

⑩ 조세특례제한법 제2조 제1항 제6호 또는 제7호의 규정은 법 제99조 제11항의 규정에 의한 이월과세 또는 과세이연을 적용함에 있어서 이를 준용한다.

⑪ ⁠(생략)

○ 舊 조세특례제한법* 제2조【정의】

   * 1998.01.08. 법률 제5494호로 개정된 것

① 이 법에서 사용하는 용어의 정의는 다음과 같다.

 1.~ 5. ⁠(생략)

 6. ⁠“이월과세”라 함은 현물출자등을 통하여 개인 또는 법인이 당해 사업에 사용되는 사업용고정자산등을 다른 법인에게 양도하는 경우 이를 양도하는 개인 또는 법인에 대하여는 소득세법 제94조의 규정에 의한 양도소득에 대한 소득세 또는 법인세법 제99조의 규정에 의한 특별부가세를 과세하지 아니하고, 그 대신 이를 양수한 법인이 당해 사업용고정자산등을 양도하는 경우 종전사업용고정자산등의 취득가액을 신사업용고정자산등의 취득가액으로 보아 신사업용고정자산등의 양도가액에서 차감한 금액에 대하여 특별부가세를 과세하는 것을 말한다. 이 경우 종전사업용고정자산등의 취득시기를 신사업용고정자산등의 취득시기로 본다.

 7. ⁠“과세이연”이라 함은 공장의 이전등을 위하여 개인 또는 법인이 당해 사업에 사용되는 사업용고정자산등을 양도하고 그 양도가액으로 다른 사업용고정자산등을 대체취득한 경우 종전사업용고정자산등의 양도에 따른 양도차익중 다음의 산식에 의하여 계산한 금액(신사업용고정자산등의 취득가액이 종전사업용고정자산등의 양도가액을 초과하는 경우에는 종전사업용고정자산등의 양도에 따른 양도차익을 한도로 하며, 이하 이 호에서 ⁠“과세이연금액”이라 한다)에 대하여는 양도소득세 또는 특별부가세를 과세하지 아니하는 것을 말한다. 이 경우 신사업용고정자산등의 양도에 대하여는 신사업용고정자산등의 취득가액에서 과세이연금액을 차감한 금액을 취득가액으로 보아 양도소득세 또는 특별부가세를 과세한다.

(이하생략)

○ 법인세법 시행령 제68조【자산의 판매손익 등의 귀속사업연도】

① 법 제40조제1항 및 제2항을 적용할 때 자산의 양도 등으로 인한 익금 및 손금의 귀속사업연도는 다음 각 호의 날이 속하는 사업연도로 한다.

 1.~ 2. ⁠(생략)

 3. 상품 등외의 자산의 양도：그 대금을 청산한 날 ⁠[괄호생략]. 다만, 대금을 청산하기 전에 소유권 등의 이전등기(등록을 포함한다)를 하거나 당해 자산을 인도하거나 상대방이 당해 자산을 사용수익하는 경우에는 그 이전등기일(등록일을 포함한다)ㆍ인도일 또는 사용수익일중 빠른 날로 한다.

○ 법인세법 시행령 제72조【자산의 취득가액 등】

② ⁠(생략)

 3. 합병ㆍ분할 또는 현물출자에 따라 취득한 자산의 경우 다음 각 목의 구분에 따른 금액

  가. 적격합병 또는 적격분할의 경우: 제80조의4제1항 또는 제82조의4제1항에 따른 장부가액

  나. 그 밖의 경우: 해당 자산의 시가  현물출자는 이에 해당함

○ 법인세법 제3조【납세의무자】

② 내국법인 중 국가와 지방자치단체는 그 소득에 대한 법인세를 납부할 의무가 없다.

○ 상속세 및 증여세법 시행령 제54조【비상장주식등의 평가】

④ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 제1항에도 불구하고 제2항에 따른 순자산가치에 따른다.

 2. 사업개시 전의 법인, 사업개시 후 3년 미만의 법인 또는 휴업ㆍ폐업 중인 법인의 주식등. 이 경우 ｢법인세법｣ 제46조의3, 제46조의5 및 제47조의 요건을 갖춘 적격분할 또는 적격물적분할로 신설된 법인의 사업기간은 분할 전 동일 사업부분의 사업개시일부터 기산한다.

○ 한국철도공사법 제4조【자본금 및 출자】

① 공사의 자본금은 22조원으로 하고, 그 전부를 정부가 출자한다.

③ 국가는 ｢국유재산법｣에도 불구하고 ｢철도산업발전 기본법｣ 제22조제1항제1호에 따른 운영자산을 공사에 현물로 출자한다.

○ 철도산업발전기본법 제21조【철도운영】

③ 국가는 철도운영 관련사업을 효율적으로 경영하기 위하여 철도청 및 고속철도건설공단의 관련조직을 전환하여 특별법에 의하여 한국철도공사(이하 "철도공사"라 한다)를 설립한다.

○ 철도산업발전기본법 제22조【철도자산의 구분 등】

① ⁠(생략)

 1. 운영자산 : 철도청과 고속철도건설공단이 철도운영 등을 주된 목적으로 취득하였거나 관련 법령 및 계약 등에 의하여 취득하기로 한 재산시설 및 그에 관한 권리

○ 철도산업발전기본법 제23조【철도자산의 처리】

② 국가는 국유재산법의 규정에 불구하고 철도자산처리계획에 의하여 철도공사에 운영자산을 현물출자한다.

③ 철도공사는 제2항의 규정에 의하여 현물출자받은 운영자산과 관련된 권리와 의무를 포괄하여 승계한다.

○ 철도산업발전기본법 제24조【철도부채의 처리】

② 운영부채는 철도공사가, 시설부채는 철도시설공단이 각각 포괄하여 승계하고, 기타부채는 일반회계가 포괄하여 승계한다.

○ 철도산업발전기본법 제25조【고용승계 등】

① 철도공사 및 철도시설공단은 철도청 직원중 공무원 신분을 계속 유지하는 자를 제외한 철도청 직원 및 고속철도건설공단 직원의 고용을 포괄하여 승계한다.

출처 : 국세청 2023. 11. 21. 서면-2022-법규법인-2582[법규과-2925] | 국세법령정보시스템